Бесплатные химические базы данных: практическое руководство для студентов и исследователей

Опубликовано: 6 октября 2026 г. · Автор: Rafeeque Mavoor · Категория: Руководства · Данные проверены: октябрь 2026 г.

Студенты-химики рано или поздно сталкиваются с одной и той же задачей: у вас есть молекула, и нужны её свойства, биологическая активность, кристаллическая структура, эталонный спектр или патент. Ответ на каждый из этих вопросов хранится в отдельной базе данных. Это руководство объясняет, что представляет собой каждая крупная бесплатная химическая база данных, для чего она хороша, насколько она велика, что разрешает её лицензия и как к ней обращаться, — с реальными примерами адресов, которые мы проверили перед публикацией.

Все приведённые ниже цифры проверены в октябре 2026 года по официальным сайтам или API. Размеры баз данных меняются с каждым выпуском, поэтому считайте их снимками, а не константами.

Что такое химическая база данных?

Химическая база данных — это коллекция химических структур с поиском, связанных с данными о них: названиями, идентификаторами, рассчитанными свойствами, экспериментальными измерениями, биологической активностью, 3D-координатами, спектрами или документами, где они описаны. В большинстве современных баз данных можно искать по названию, по идентификатору (номер CAS, InChIKey, SMILES) или по нарисованной структуре, а многие предлагают бесплатный REST API для программного доступа.

Главное, что нужно понять: ни одна база данных не делает всего. Они различаются по направленности:

• Энциклопедии соединений (PubChem, ChEBI) отвечают на вопрос «что это за молекула?»
• Базы данных биоактивности (ChEMBL, DrugBank) отвечают на вопрос «что эта молекула делает с белком?»
• Библиотеки для скрининга (ZINC) отвечают на вопрос «какие похожие молекулы можно купить или задокировать?»
• Структурные базы данных (RCSB PDB) отвечают на вопрос «как эта молекула располагается в своей мишени?»
• Спектральные базы данных (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) отвечают на вопрос «как должен выглядеть её спектр?»
• Специализированные коллекции (COCONUT для природных соединений, SureChEMBL для патентов) закрывают ниши, которые пропускают крупные базы.

Как сравниваются бесплатные химические базы данных?

Что такое PubChem? Самая большая бесплатная химическая база данных

PubChem — крупнейшая в мире бесплатная химическая база данных, которую ведёт Национальный центр биотехнологической информации США (NCBI). Она объединяет данные более чем тысячи поставщиков в связанные коллекции: Substance (то, что прислали депоненты), Compound (уникальные стандартизованные структуры), BioAssay, Protein, Gene, Pathway и Patent.

• Размер: около 124 млн соединений и 349 млн веществ на главной странице PubChem (проверено в октябре 2026 года). В рецензируемой статье PubChem 2025 update на сентябрь 2024 года указано 118,6 млн соединений.
• Применение: поиск названий, синонимов, номеров CAS, формул, рассчитанных свойств (XLogP, TPSA), данных о безопасности, поставщиков и литературы.
• Кто пользуется: студенты, преподаватели, химики-аналитики, токсикологи, хемоинформатики и все, кому нужен быстрый и надёжный идентификатор.
• Доступ: веб-поиск с редактором структур и бесплатный API PUG-REST. PubChem просит программных пользователей не превышать 5 запросов в секунду.
• Лицензия: бесплатное использование; права на повторное использование определяются каждым источником данных, поэтому перед распространением данных проверяйте источник.

Запрос простыми словами: «Дай мне формулу, молекулярную массу, SMILES и InChIKey аспирина».

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

Реальный ответ (сокращён):

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

Ещё проверенные запросы к PubChem:

• InChIKey в CID: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON возвращает 2244.
• 2D-сходство (≥90 %) с цетиризином: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• Поиск подструктуры по SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

Что такое ChEMBL? Главная база данных биоактивности

ChEMBL — вручную курируемая база данных биоактивных лекарствоподобных молекул, которую ведёт Европейский институт биоинформатики EMBL (EMBL-EBI). Её основа — измеренные данные об активности, например значения IC50, Ki и EC50, извлечённые из журнальных статей и депонированных наборов данных; каждое значение связано с соединением, анализом и биологической мишенью.

• Размер (ChEMBL 37, май 2026): 2 921 148 различных соединений, 24 527 044 значения активности, 18 552 мишени и 101 100 публикаций — по данным эндпоинта статуса API ChEMBL.
• Применение: связь «структура — активность» (SAR), поиск известных активных соединений для мишени, создание обучающих наборов для машинного обучения и проверка стадии одобрения лекарства.
• Кто пользуется: специалисты по медицинской химии, фармакологи, вычислительные химики и специалисты по данным.
• Доступ: веб-интерфейс и бесплатный REST API (JSON или XML), а также полные выгрузки (SQLite, PostgreSQL, SDF).
• Лицензия: CC BY-SA 3.0. ChEMBL просит сохранять идентификаторы ChEMBL и номер выпуска при повторном использовании данных.

Запрос простыми словами: «Найди аспирин в ChEMBL».

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

Первый результат — CHEMBL25 (ASPIRIN, максимальная фаза 4, то есть одобрен), со SMILES CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O.

Запрос простыми словами: «Какие значения активности есть в ChEMBL для цетиризина (CHEMBL1000) на гистаминовом H1-рецепторе человека (CHEMBL231)?»

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

Реальный ответ (сокращён до двух из 12 полученных записей):

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem и ChEMBL: в чём разница?

PubChem — широкий, ChEMBL — глубокий. PubChem стремится включить каждое вещество, которое кто-либо депонировал, поэтому это лучшее место для идентификации соединения. В ChEMBL гораздо меньше соединений, но их биологическая активность курируется в едином формате (стандартные единицы, значения pChEMBL, сопоставленные мишени), поэтому именно там стоит спрашивать «насколько оно активно и на чём?». На практике используют обе: PubChem — чтобы подтвердить структуру и идентификаторы, ChEMBL — чтобы прочитать фармакологию.

Что такое ChEBI? Курируемый словарь малых молекул

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) — вручную курируемый словарь и онтология малых молекул, который ведёт EMBL-EBI. У курируемых записей есть определение, структура, синонимы и онтологические связи, которые говорят, чем молекула является (например, «член класса бензойных кислот») и какую роль играет (например, «нестероидный противовоспалительный препарат»).

• Размер: 201 471 запись, из них 61 961 — полностью курируемые записи «3 звезды» (выпуск 244, по данным статьи 2026 года в Nucleic Acids Research).
• Применение: единообразные названия и классификация, аннотирование данных метаболомики и системной биологии, обучение функциональным группам и классам соединений.
• Доступ: у ChEBI 2.0 (запущен в октябре 2025 года) новый сайт и REST API; старые сервисы SOAP выведены из эксплуатации.
• Лицензия: CC BY 4.0.

Запрос простыми словами: «Что такое CHEBI:15365?»

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

Ответ возвращает "name": "acetylsalicylic acid", формулу C9H8O4, моноизотопную массу 180.04226 и текст определения. Работает и текстовый поиск: https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin.

Что такое ZINC? Миллиарды соединений для виртуального скрининга

ZINC — бесплатная база данных коммерчески доступных («реально синтезируемых») соединений, подготовленных для виртуального скрининга, созданная лабораториями Ирвина и Шойчета в UCSF. ZINC-22 сосредоточена на огромных каталогах «синтез на заказ» от Enamine, WuXi и Mcule, а родственная база ZINC20 охватывает меньшие каталоги соединений в наличии. ZINC15 — предыдущее поколение, которое до сих пор упоминают многие руководства.

• Размер: около 54,9 млрд молекул в 2D и 5,9 млрд в готовых к докингу 3D-форматах (главная страница CartBlanche22, проверено в октябре 2026 года). В статье о ZINC-22 на момент публикации было указано 37 млрд 2D-молекул — это показывает, как быстро она растёт.
• Применение: кампании докинга, поиск доступных для покупки аналогов и скачивание готовых к докингу 3D-файлов с зарядами и конформациями.
• Кто пользуется: вычислительные химики, структурные биологи и академические группы скрининга.
• Доступ: веб-интерфейс CartBlanche (поиск по сходству, подструктуре и ID), массовые выгрузки и облачные копии.
• Лицензия: «бесплатно для использования и скачивания всеми»; нельзя распространять значительные части без письменного разрешения (лицензия UCSF ZINC).

Запрос простыми словами: «Найди доступные для покупки соединения, похожие на цетиризин». Вставьте SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 в поиск по сходству на cartblanche22.docking.org.

Что такое RCSB PDB? 3D-структуры белков и лигандов

Protein Data Bank (PDB) — единый мировой архив экспериментально определённых 3D-структур белков, нуклеиновых кислот и их комплексов; RCSB PDB — его центр данных в США и поисковый портал. Для химиков ценность PDB — в связанных лигандах: можно точно увидеть, как малая молекула располагается в своём связывающем кармане.

• Размер: 260 724 текущих записи (API holdings RCSB, проверено в октябре 2026 года).
• Применение: изучение способов связывания, подготовка рецепторов к докингу, обучение структуре белков и поиск всех структур с заданным лигандом.
• Доступ: веб, Data API (data.rcsb.org) и Search API (search.rcsb.org), поддерживающий текстовый, последовательностный и химический поиск.
• Лицензия: данные PDB выпускаются по CC0 1.0 (общественное достояние).

Запрос простыми словами: «Покажи запись лиганда аспирина (ID компонента AIN)».

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

Ответ возвращает название 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID и формулу C9 H8 O4.

Запрос простыми словами: «В каких записях PDB есть аспирин?» (Search API; вставьте в браузер, который сам закодирует JSON в URL):

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

Реальный ответ (сокращён): "total_count": 8, с записями вроде 1OXR, 1TGM и 3GCL. Химический поиск, отправленный со SMILES аспирина (service: "chemical"), тоже вернул AIN как лучшее совпадение. Любую из этих записей можно загрузить по её PDB ID в просмотрщике белков MolDraw или открыть на rcsb.org.

Что такое UniChem? Перевод идентификаторов между базами данных

UniChem — сервис EMBL-EBI для перекрёстных ссылок между идентификаторами: дайте ему один идентификатор структуры, и он вернёт соответствующие ID в других базах данных. Он связывает записи через стандартные InChI/InChIKey, поэтому работает всякий раз, когда две базы содержат одну и ту же структуру.

• Размер: 25 источников в API UniChem, включая ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB и nmrshiftdb2 (проверено в октябре 2026 года).
• Применение: объединение наборов данных, переход от ChEMBL ID к коду лиганда PDB и проверка, где ещё встречается соединение.
• Доступ: веб и REST API (/unichem/api/v1/).
• Лицензия: бесплатно по условиям использования EMBL-EBI; данные за каждым сопоставленным ID сохраняют лицензию своего источника.

Запрос простыми словами: «Где ещё встречается InChIKey аспирина?»

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

Ответ сопоставляет его, среди прочего, с CHEMBL25, CHEBI:15365, PubChem CID 2244, DrugBank DB00945, лигандом PDB AIN и Guide to Pharmacology 4139.

Что такое nmrshiftdb2? Бесплатная база данных спектров ЯМР

nmrshiftdb2 — открытая рецензируемая веб-база данных органических структур и их спектров ЯМР со встроенным предсказанием сдвигов ¹H и ¹³C. Её основа — полностью отнесённые спектры, многие с исходными данными.

• Размер: 271 817 структур, 70 030 измеренных и 396 583 рассчитанных спектра (счётчик на главной странице, проверено в октябре 2026 года).
• Применение: проверка отнесения, поиск эталонных сдвигов для класса соединений и обучение интерпретации ЯМР.
• Доступ: веб-поиск по структуре, подструктуре, спектру и другим свойствам; в июне 2026 года сайт объявил о новом REST-интерфейсе (мы его не тестировали).
• Лицензия: программное обеспечение с открытым исходным кодом, данные опубликованы по лицензии открытого контента.

Запрос простыми словами: «Найди измеренные спектры ¹³C соединений с 4-хлорбензгидрильной группой». Нарисуйте фрагмент на вкладке поиска nmrshiftdb2 и выполните поиск по подструктуре. Для быстрой оценки до поиска инструмент MolDraw «Структура в ЯМР» предскажет спектр по вашему рисунку.

Что такое MassBank? Экспериментальные спектры МС/МС

MassBank — открытый репозиторий экспериментальных масс-спектров малых молекул, пополняемый лабораториями всего мира. В примерах используется MassBank Europe (massbank.eu). Каждая запись описывает один спектр: соединение, прибор, ионизацию, энергию соударений и список пиков.

• Размер: 139 006 записей (счётчик API MassBank, проверено в октябре 2026 года).
• Применение: идентификация неизвестных в ВЭЖХ-МС/МС и метаболомике, сравнение схем фрагментации и обучение масс-спектрометрии.
• Доступ: веб-поиск (название, формула, пики) и REST API.
• Лицензия: у каждой записи своя лицензия Creative Commons (по умолчанию CC BY, но некоторые — CC0, CC BY-SA или некоммерческие), поэтому перед повторным использованием проверяйте поле license.

Запрос простыми словами: «Перечисли спектры кофеина в MassBank».

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

Запрос вернул 134 идентификатора записей. Загрузка одной из них, https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088, даёт спектр MS2 LC-APCI Orbitrap для [M+H]⁺ с прекурсором при m/z 195,088 и основным фрагментом при m/z 138,067 под лицензией CC BY.

Что такое COCONUT? Открытая база данных природных соединений

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) — крупнейшая открытая коллекция структур природных соединений, курируемая группой Штайнбека в Йенском университете имени Фридриха Шиллера. Версия 2.0 связывает каждую молекулу с организмами-источниками, литературой и стереохимическими вариантами.

• Размер: 738 829 уникальных молекул из 71 коллекции и 73 137 организмов (страница статистики COCONUT, проверено в октябре 2026 года). В статье о COCONUT 2.0 на момент выпуска в сентябре 2024 года указано 695 133.
• Применение: дерепликация природных соединений, идеи для каркасов и формирование наборов для скрининга.
• Доступ: веб-поиск (название, структура, подструктура, сходство) и полные выгрузки SDF/SQL. REST API существует, но требует входа в бесплатную учётную запись, поэтому для этого руководства мы его не запускали.
• Лицензия: данные — CC0; код — MIT.

Запрос простыми словами: «Покажи природные соединения, похожие на кофеин». Вставьте SMILES кофеина CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C в поиск по структуре на coconut.naturalproducts.net.

Что такое SureChEMBL? Химия из патентов

SureChEMBL — бесплатная патентная химическая база данных EMBL-EBI: она анализирует текст и изображения патентных документов и извлекает упомянутые в них химические структуры. Это самый простой бесплатный способ спросить: «В каких патентах есть эта структура?»

• Размер: SureChEMBL 2.0 (май 2025) охватывает около 116,6 млн патентных документов пяти ведомств (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO); только USPTO дало около 19,9 млн уникальных соединений.
• Применение: проверка уровня техники, патентный ландшафт и обнаружение серий соединений до их появления в журналах.
• Доступ: веб-поиск по структуре или ключевому слову, REST API и массовые файлы Parquet, обновляемые каждые две недели.
• Лицензия: CC BY 4.0.

Запрос простыми словами: «Сопоставь название цетиризин с соединением SureChEMBL».

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

Реальный ответ (сокращён): "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N". Затем в веб-интерфейсе можно найти патенты, содержащие эту структуру.

А как же DrugBank и NIST Chemistry WebBook?

DrugBank — подробная база знаний об одобренных и исследуемых лекарствах, их мишенях, метаболизме и взаимодействиях. Просматривать её можно бесплатно, но для скачивания нужна учётная запись; академические наборы данных лицензируются по CC BY-NC 4.0 для некоммерческого использования, а для коммерческого нужна платная лицензия. Считайте её «бесплатной для чтения, но не для повторного использования».

NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69) предлагает термохимические данные, ИК-спектры в газовой фазе и масс-спектры с ионизацией электронами для многих малых молекул. Поиск онлайн бесплатный, например https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI, но данные защищены авторским правом, и для массового распространения нужно разрешение NIST.

Какую химическую базу данных использовать?

Как использовать эти базы данных вместе с MolDraw?

В большинстве баз данных поиск лучше работает по машиночитаемому идентификатору, а не по названию. MolDraw выдаёт такие идентификаторы прямо по рисунку:

1. Нарисуйте структуру в редакторе MolDraw (или вставьте название с помощью инструмента «Название в структуру»).
2. Скопируйте SMILES из верхней строки параметров. Copy as… в контекстном меню даёт также форматы InChI и MOL (см. главу о SMILES в курсе MolDraw).
3. Получите InChIKey с помощью конвертера SMILES в InChIKey. InChIKey — самый надёжный ключ точного совпадения в PubChem, ChEMBL, ChEBI и UniChem.
4. Выполните запрос: вставьте SMILES в поиск по структуре базы данных или подставьте InChIKey в один из REST-адресов выше.
5. Верните результаты: преобразуйте PubChem CID конвертером CID в SMILES или InChIKey инструментом InChIKey в SMILES, затем вставьте результат в MolDraw для редактирования.

Разобранный пример: как сравнить аналоги цетиризина?

Допустим, вы изучаете антигистаминный препарат цетиризин и хотите узнать, какие у него есть близкие аналоги, насколько они активны и можно ли купить новые. Вот порядок работы с тремя базами данных; каждое число получено из реальных запросов, которые мы выполнили.

Шаг 1. Идентифицируйте его в PubChem. Нарисуйте цетиризин в MolDraw, скопируйте SMILES и найдите его:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem возвращает CID 2678, C21H25ClN2O3, MW 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 и InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N.

Шаг 2. Найдите аналоги в PubChem. Запрос 2D-сходства (порог 90) возвращает родственные соединения, включая гидроксизин (CID 3658, исходный препарат цетиризина) и левоцетиризин (CID 1549000, его отдельный энантиомер), а также их соли. Поиск по подструктуре с хлорбензгидрилпиперазиновым ядром добавляет хлорциклизин, меклизин и буклизин.

Шаг 3. Сравните активность в ChEMBL. Найдите InChIKey в ChEMBL:

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

Это даёт CHEMBL1000 (максимальная фаза 4, впервые одобрен в 1995 году). Среди его записей активности — значения Ki на H1-рецепторе человека от 5,89 до 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) и гораздо более слабое IC50 на hERG (KCNH2) около 30 µM (pChEMBL около 4,5). Такое окно примерно в три порядка величины — пример сравнения селективности, которое ChEMBL делает простым. Поиск по сходству, https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json, выдаёт левоцетиризин и солевые формы цетиризина для такого же сравнения.

Шаг 4. Поищите доступные для покупки аналоги в ZINC. Вставьте SMILES в поиск по сходству CartBlanche22, чтобы увидеть соединения «синтез на заказ» с изменённой кислотной боковой цепью или арильными кольцами. Затем проверьте свойства интересных находок в MolDraw, например с помощью калькулятора правила Липински.

Как эффективно искать в химических базах данных?

• Используйте InChIKey для точных совпадений, а SMILES — для поиска по сходству и подструктуре. Названия неоднозначны («витамин C», соли, торговые названия).
• Учитывайте соли и стереоизомеры. Цетиризин, цетиризина дигидрохлорид и левоцетиризин — разные записи в любой базе данных.
• Отмечайте выпуск или дату. Цитируйте ChEMBL с номером выпуска и записывайте дату запроса к PubChem.
• Соблюдайте ограничения частоты запросов. PubChem просит не более 5 запросов в секунду; объединяйте большие задачи в пакеты или скачивайте массовые файлы.
• Проверяйте лицензию перед распространением. Просмотр везде в этом руководстве бесплатен, а повторная публикация данных — не всегда.

Вопросы и ответы

Какая бесплатная химическая база данных самая большая?

PubChem — самая большая бесплатная химическая база данных: около 124 млн уникальных соединений и 349 млн депонированных веществ (проверено в октябре 2026 года). В ZINC-22 молекул больше (около 54,9 млрд), но большинство из них — виртуальные соединения «синтез на заказ» для скрининга, а не охарактеризованные вещества.

Чем PubChem отличается от ChEMBL?

PubChem — широкий агрегатор, который стремится охватить все депонированные вещества, поэтому он лучше всего подходит для идентификации и свойств. ChEMBL меньше, но вручную курируется по биоактивности, со стандартизованными значениями активности, связанными с мишенями, поэтому он лучше всего подходит для вопросов о связи «структура — активность» и разработке лекарств.

Можно ли бесплатно использовать ZINC в коммерческих целях?

Согласно лицензии UCSF ZINC, ZINC можно бесплатно использовать и скачивать всем, включая компании. Ограничение касается распространения: нельзя распространять значительные части ZINC без письменного разрешения команды ZINC. Сами соединения нужно покупать у указанных поставщиков.

В какой бесплатной базе данных есть спектры ЯМР?

nmrshiftdb2 — основная бесплатная база данных ЯМР: 70 030 измеренных спектров для 271 817 структур (проверено в октябре 2026 года) и встроенное предсказание ¹H и ¹³C. Страницы соединений PubChem также ссылаются на спектры из других источников, а NIST Chemistry WebBook охватывает ИК- и масс-спектры, но не ЯМР.

В какой бесплатной базе данных есть масс-спектры?

MassBank содержит 139 006 записей экспериментальных масс-спектров (проверено в октябре 2026 года), в основном спектры МС/МС малых молекул, с лицензиями Creative Commons для каждой записи. NIST Chemistry WebBook предлагает онлайн масс-спектры с ионизацией электронами для многих малых молекул.

Можно ли искать в химических базах данных по структуре?

Да. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT и SureChEMBL поддерживают поиск по структуре — обычно по рисунку или вставленному SMILES. Можно нарисовать молекулу в MolDraw, скопировать её SMILES и вставить в поиск по структуре базы данных или использовать запросы на точное совпадение, подструктуру или сходство через их API.

Какая химическая база данных лучше всего подходит студентам?

Начните с PubChem для названий, свойств и данных о безопасности, ChEBI для определений и классов соединений и RCSB PDB для 3D-структур. Все три бесплатны, не требуют регистрации и имеют понятный веб-интерфейс. Добавьте ChEMBL, когда изучаете фармакологию, и nmrshiftdb2, когда осваиваете ЯМР.

Что такое база данных биоактивности?

База данных биоактивности хранит измеренные эффекты соединений на биологические мишени, например значения IC50, Ki или EC50, связанные с анализом и белком. ChEMBL — ведущая бесплатная база данных биоактивности; PubChem BioAssay содержит результаты скрининга, депонированные лабораториями и скрининговыми центрами.

DrugBank бесплатен?

DrugBank можно бесплатно просматривать онлайн, а академические пользователи после регистрации могут скачивать наборы данных по лицензии CC BY-NC 4.0. Для коммерческого использования, в том числе в коммерческих продуктах или сервисах, нужна платная лицензия DrugBank.

Как перевести PubChem CID в ChEMBL ID?

Используйте UniChem. Найдите InChIKey соединения (PubChem показывает его на каждой странице соединения), затем отправьте его в API соединений UniChem, который вернёт соответствующие идентификаторы ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB и другие. Для аспирина InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N сопоставляет CID 2244 с CHEMBL25.

Источники

• PubChem: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · документация PUG-REST · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL: ebi.ac.uk/chembl · документация API · лицензия и описание · анонс выпуска ChEMBL 37
• ChEBI: ebi.ac.uk/chebi · запуск ChEBI 2.0 · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC: CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · лицензия UCSF ZINC
• RCSB PDB: rcsb.org · Data API · Search API · правила использования
• UniChem: ebi.ac.uk/unichem · документация API
• nmrshiftdb2: nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank: massbank.eu · MassBank API · формат записей и лицензии
• COCONUT: coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
• SureChEMBL: surechembl.org · анонс SureChEMBL 2.0 · FAQ и лицензия
• DrugBank: go.drugbank.com · академическое лицензирование
• NIST Chemistry WebBook: webbook.nist.gov/chemistry · лицензирование NIST SRD