MolDraw › Kimya araçları › Protein Molekül Ağırlığı Hesaplayıcı

Protein Molekül Ağırlığı Hesaplayıcı

Kısaca: Bir proteinin veya peptidin molekül ağırlığını dizisinden hesaplayın: Da/kDa cinsinden ortalama ve monoizotopik kütle, bileşim ve 280 nm’deki sönüm katsayısı. Ücretsizdir, web tarayıcınızda çalışır ve indirme gerektirmez.

Bir protein veya peptit dizisi yapıştırın (tek harfli kodlar veya FASTA). Ortalama ve monoizotopik molekül ağırlığını, amino asit bileşimini ve UV derişim ölçümleri için molar sönüm katsayısını ve 1 mg/mL’lik çözeltinin A280 değerini alırsınız.

Kısa cevap: protein MA = kalıntı kütlelerinin toplamı + bir su (18,015 Da). İnsülin A zinciri (21 kalıntı) ortalama 2383,71 Da, monoizotopik 2382,00 Da’dur.
Sonuçlar burada görünür.

Protein molekül ağırlığı hesaplayıcı nasıl kullanılır

  1. Diziyi tek harfli kodla yapıştırın. Başlık satırı, boşluklar, sayılar ve satır sonları kaldırıldığından FASTA biçimi de olur.
  2. Hesaplayıcı her amino asidin ortalama (veya monoizotopik) kalıntı kütlesini ve serbest N- ve C-uçları için bir su molekülünü toplar.
  3. Molekül ağırlığını Da ve kDa cinsinden okuyun. SDS-PAGE ve tamponlar için ortalama kütleyi, peptitlerin yüksek çözünürlüklü kütle spektrometrisi için monoizotopik kütleyi kullanın.
  4. Bir UV okumasından derişimi bulmak için sönüm katsayısını Beer–Lambert ile (c = A280 / ε·l) kullanın.

Çözümlü örnekler

İnsülin A zinciri (21 aa)

GIVEQCCTSICSLYQLENYCN

2383,71 Da ortalama · 2382,00 Da monoizotopik

ε280 = 2 Tyr × 1490 + 2 sistin × 125 = 3230 M−1cm−1

İnsan ubikitini (76 aa)

8564,84 Da (8,56 kDa)

Bir Tyr, Trp yok: ε280 = 1490 M−1cm−1

A280’den derişim

ε = 43.824 M−1cm−1 olan bir protein 1 cm’lik küvette A280 = 0,55 okunuyor.

c = 0,55 ÷ 43.824 = 12,6 µM

Protein molekül ağırlığı nasıl hesaplanır

Amino asitler birleşirken her peptit bağı bir su açığa çıkarır; bu yüzden bir protein, kalıntılardan (amino asit eksi H2O) oluşan bir zincir ile uçtaki H ve OH için bir sudan oluşur:

MW = Σ (kalıntı kütlesi) + 18,015 Da (ortalama) MWmono = Σ (monoizotopik kalıntı kütlesi) + 18,011 Da

Ortalama kalıntı kütleleri doğal izotop bolluklarını kullanır ve SDS-PAGE, jel filtrasyonu ve tartımla ilişkilidir. Monoizotopik kütleler yalnızca en bol izotopu (12C, 1H, 14N, 16O, 32S) kullanır ve bir peptidin yüksek çözünürlüklü kütle spektrumundaki ilk pikle eşleşir. Hızlı bir tahmin kalıntı başına 110 Da’dur.

280 nm’de sönüm katsayısı

280 nm’deki absorbans Trp, Tyr ve disülfit bağlı sisteinlerden gelir. Pace ve ark. (1995) değerleri kullanılarak:

ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(sistin)
Hesaplanan kütle modifiye edilmemiş polipeptit zinciri içindir. Glikozilasyon, fosforilasyon, disülfit bağları (her biri −2,016 Da), sinyal peptidinin uzaklaştırılması ve N-uç Met işlenmesi gerçek kütleyi değiştirir. Belirsiz kodlar (B, Z, X) kabul edilmez; U (selenosistein) ve O (pirolizin) kabul edilir.

Küçük moleküller için molekül ağırlığı hesaplayıcıyı kullanın; PDB’den bir protein yapısını görüntülemek için MolDraw protein görüntüleyiciyi açın.

Bir protein–ligant kompleksi mi inceliyorsunuz? MolDraw’ın ücretsiz araçlarıyla PDB yapılarını 3B olarak görüntüleyin ve ligantları docking için hazırlayın.

Protein görüntüleyiciyi aç

Sık sorulan sorular

Bir proteinin molekül ağırlığı nasıl hesaplanır?

Dizideki her amino asidin kalıntı kütlesini toplayın ve bir su için 18,015 Da ekleyin. Ortalama kalıntı kütlesi yaklaşık 110 Da’dur, yani 300 kalıntı yaklaşık 33 kDa’dur.

Ortalama ve monoizotopik kütle arasındaki fark nedir?

Ortalama kütle doğal izotop bolluklarını kullanır ve toplu ölçümlere uygundur. Monoizotopik kütle yalnızca en hafif kararlı izotopları kullanır ve peptitlerin yüksek çözünürlüklü kütle spektrometrisiyle eşleşir.

Da’u kDa’ya nasıl çeviririm?

1000’e bölün. 8564,84 Da = 8,56 kDa. Bir dalton 1 g/mol’e eşittir.

Sönüm katsayısı nasıl hesaplanır?

ε280 = 5500 × Trp + 1490 × Tyr + 125 × sistin (M−1 cm−1). Sisteinlerin disülfit oluşturup oluşturmamasına göre iki değer verilir.

Proteinim SDS-PAGE’de neden farklı boyutta görünüyor?

Translasyon sonrası modifikasyonlar, alışılmadık yük veya eksik denatürasyon jeldeki hareketliliği değiştirir. Hesaplanan değer modifiye edilmemiş zincir içindir.

Hesaplayıcı FASTA biçimini destekler mi?

Evet. '>' ile başlayan başlık satırları yok sayılır; boşluklar, satır sonları, sayılar ve durdurma sembolleri (*) de yok sayılır.

İlgili kimya araçları

Protein Viewer eklentisi3B olarak PDBMolekül ağırlığı hesaplayıcı% bileşimle formülden g/mol’eKesin kütle hesaplayıcıMS için monoizotopik kütleMolarite hesaplayıcıMol, hacim ve derişimSeyreltme hesaplayıcıC1V1 = C2V2 seyreltmeleriPDB’den PDBQT’ye dönüştürücüDocking için dosya hazırlayınMol kütlesi hesaplayıcıAdım adım mol kütlesi hesabıÇözelti hazırlama hesaplayıcıBir çözelti için gereken kütleSMILES’tan molekül ağırlığınaDoğrudan SMILES dizesinden MAPeptit ve DNA diziden yapıyaDiziden tam yapı, formül ve kütle

Bir rapor için molekül mü çizmeniz gerekiyor? Ücretsiz bir çevrimiçi ChemDraw alternatifi olan MolDraw ile kimyasal yapıları çevrimiçi çizin (ChemDraw ile MolDraw karşılaştırmasına bakın).

Son güncelleme: