Database Kimia Gratis: Panduan Praktis untuk Mahasiswa dan Peneliti

Diterbitkan: 6 Okt 2026 · Oleh Rafeeque Mavoor · Kategori: Panduan · Data diperiksa: Oktober 2026

Mahasiswa kimia cepat atau lambat menghadapi masalah yang sama: Anda punya sebuah molekul, dan Anda membutuhkan sifatnya, aktivitas biologisnya, struktur kristalnya, spektrum acuannya, atau patennya. Setiap pertanyaan itu ada di database yang berbeda. Panduan ini menjelaskan apa itu setiap database kimia gratis utama, kegunaannya, ukurannya, apa yang diizinkan lisensinya, dan cara mengkuerinya, dengan contoh URL nyata yang kami uji sebelum menerbitkan.

Semua angka di bawah ini diperiksa pada Oktober 2026 terhadap situs atau API resmi. Ukuran database berubah di setiap rilis, jadi anggaplah sebagai potret sesaat, bukan konstanta.

Apa itu database kimia?

Database kimia adalah kumpulan struktur kimia yang dapat dicari dan terhubung dengan data tentangnya: nama, pengenal, sifat terhitung, pengukuran eksperimen, aktivitas biologis, koordinat 3D, spektrum, atau dokumen tempat struktur itu dilaporkan. Sebagian besar database modern dapat dicari berdasarkan nama, pengenal (nomor CAS, InChIKey, SMILES), atau dengan menggambar struktur, dan banyak yang menyediakan REST API gratis untuk akses terprogram.

Hal terpenting yang perlu dipahami adalah tidak ada satu database yang bisa melakukan segalanya. Fokusnya berbeda-beda:

• Ensiklopedia senyawa (PubChem, ChEBI) menjawab "molekul apa ini?"
• Database bioaktivitas (ChEMBL, DrugBank) menjawab "apa pengaruh molekul ini terhadap protein?"
• Pustaka skrining (ZINC) menjawab "molekul serupa apa yang bisa saya beli atau docking?"
• Database struktur (RCSB PDB) menjawab "bagaimana molekul ini berada di dalam targetnya?"
• Database spektrum (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) menjawab "seperti apa seharusnya spektrumnya?"
• Koleksi khusus (COCONUT untuk bahan alam, SureChEMBL untuk paten) mencakup ceruk yang terlewat oleh database besar.

Bagaimana perbandingan database kimia gratis?

Apa itu PubChem? Database kimia gratis terbesar

PubChem adalah database kimia gratis terbesar di dunia, dikelola oleh National Center for Biotechnology Information (NCBI) Amerika Serikat. PubChem mengumpulkan data dari lebih dari seribu kontributor ke dalam koleksi yang saling terhubung: Substance (yang dikirim penyetor), Compound (struktur unik yang terstandar), BioAssay, Protein, Gene, Pathway, dan Patent.

• Ukuran: sekitar 124 juta senyawa dan 349 juta substansi di halaman utama PubChem (diperiksa Oktober 2026). Pembaruan PubChem 2025 yang ditinjau sejawat melaporkan 118,6 juta senyawa per September 2024.
• Digunakan untuk: mencari nama, sinonim, nomor CAS, rumus, sifat terhitung (XLogP, TPSA), data keselamatan, pemasok, dan literatur.
• Siapa yang memakainya: mahasiswa, guru, kimiawan analitik, toksikolog, ahli kemoinformatika, dan siapa pun yang membutuhkan pengenal yang cepat dan andal.
• Akses: pencarian web dengan penggambar struktur, dan PUG-REST API gratis. PubChem meminta pengguna terprogram tetap di bawah 5 permintaan per detik.
• Lisensi: gratis digunakan; hak penggunaan ulang mengikuti setiap sumber data, jadi periksa sumbernya sebelum mendistribusikan ulang data.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Berikan rumus, berat molekul, SMILES, dan InChIKey aspirin."

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

Respons nyata (dipangkas):

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

Kueri PubChem lain yang sudah diuji:

• InChIKey ke CID: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON mengembalikan 2244.
• Kemiripan 2D (≥90%) dengan setirizin: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• Pencarian substruktur dari SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

Apa itu ChEMBL? Database bioaktivitas andalan

ChEMBL adalah database molekul bioaktif mirip obat yang dikurasi secara manual, dikelola oleh European Bioinformatics Institute milik EMBL (EMBL-EBI). Intinya adalah data aktivitas terukur, seperti nilai IC50, Ki, dan EC50, yang diekstraksi dari artikel jurnal dan dataset yang disetorkan, masing-masing terhubung ke senyawa, uji, dan target biologis.

• Ukuran (ChEMBL 37, Mei 2026): 2.921.148 senyawa berbeda, 24.527.044 aktivitas, 18.552 target, dan 101.100 publikasi, sebagaimana dilaporkan oleh endpoint status API ChEMBL.
• Digunakan untuk: hubungan struktur–aktivitas (SAR), mencari senyawa aktif yang diketahui untuk suatu target, membangun set pelatihan machine learning, dan memeriksa fase persetujuan obat.
• Siapa yang memakainya: kimiawan medisinal, farmakolog, kimiawan komputasi, dan ilmuwan data.
• Akses: antarmuka web dan REST API gratis (JSON atau XML), ditambah unduhan lengkap (SQLite, PostgreSQL, SDF).
• Lisensi: CC BY-SA 3.0. ChEMBL meminta agar ID ChEMBL dan nomor rilis dipertahankan saat Anda menggunakan ulang datanya.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Cari aspirin di ChEMBL."

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

Hasil pertama adalah CHEMBL25 (ASPIRIN, fase maksimum 4, yaitu disetujui), dengan SMILES CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Nilai potensi apa yang dimiliki ChEMBL untuk setirizin (CHEMBL1000) pada reseptor histamin H1 manusia (CHEMBL231)?"

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

Respons nyata (dipangkas menjadi dua dari 12 catatan yang dikembalikan):

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem vs ChEMBL: apa bedanya?

PubChem luas; ChEMBL dalam. PubChem berusaha memuat setiap bahan kimia yang pernah disetorkan siapa pun, sehingga menjadi tempat terbaik untuk mengidentifikasi senyawa. ChEMBL memuat jauh lebih sedikit senyawa tetapi mengkurasi aktivitas biologisnya dalam format yang konsisten (satuan standar, nilai pChEMBL, target yang dipetakan), sehingga menjadi tempat yang lebih baik untuk bertanya "seberapa kuat, dan terhadap apa?" Dalam praktiknya Anda memakai keduanya: PubChem untuk memastikan struktur dan pengenal, ChEMBL untuk membaca farmakologinya.

Apa itu ChEBI? Kamus molekul kecil yang dikurasi

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) adalah kamus dan ontologi molekul kecil yang dikurasi secara manual, dikelola oleh EMBL-EBI. Entri terkurasi memiliki definisi, struktur, sinonim, dan tautan ontologi yang menyatakan molekul itu apa (mis. "anggota kelas asam benzoat") dan peran apa yang dimilikinya (mis. "obat antiinflamasi nonsteroid").

• Ukuran: 201.471 entri, 61.961 di antaranya adalah entri "bintang 3" yang terkurasi penuh (rilis 244, dilaporkan dalam makalah Nucleic Acids Research 2026).
• Digunakan untuk: penamaan dan klasifikasi yang konsisten, anotasi data metabolomik dan biologi sistem, serta pengajaran gugus fungsi dan kelas senyawa.
• Akses: ChEBI 2.0 (diluncurkan Oktober 2025) memiliki situs web dan REST API baru; layanan SOAP lama sudah dihentikan.
• Lisensi: CC BY 4.0.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Apa itu CHEBI:15365?"

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

Responsnya mengembalikan "name": "acetylsalicylic acid", rumus C9H8O4, massa monoisotopik 180.04226, dan teks definisinya. Pencarian teks juga dapat dipakai: https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin.

Apa itu ZINC? Miliaran senyawa untuk skrining virtual

ZINC adalah database gratis berisi senyawa yang tersedia secara komersial ("tangible") yang disiapkan untuk skrining virtual, dibangun oleh laboratorium Irwin dan Shoichet di UCSF. ZINC-22 berfokus pada katalog make-on-demand yang sangat besar dari Enamine, WuXi, dan Mcule, sedangkan database saudaranya, ZINC20, mencakup katalog stok yang lebih kecil. ZINC15 adalah generasi lama yang masih disebut di banyak tutorial.

• Ukuran: sekitar 54,9 miliar molekul dalam 2D dan 5,9 miliar dalam format 3D siap docking (halaman utama CartBlanche22, diperiksa Oktober 2026). Makalah ZINC-22 melaporkan 37 miliar molekul 2D saat diterbitkan, yang menunjukkan betapa cepat pertumbuhannya.
• Digunakan untuk: kampanye docking, mencari analog yang dapat dibeli, dan mengunduh file 3D siap docking lengkap dengan muatan dan konformasi.
• Siapa yang memakainya: kimiawan komputasi, ahli biologi struktur, dan kelompok skrining akademik.
• Akses: antarmuka web CartBlanche (pencarian kemiripan, substruktur, dan ID), unduhan massal, dan salinan cloud.
• Lisensi: "gratis digunakan dan diunduh oleh siapa saja"; Anda tidak boleh mendistribusikan ulang sebagian besar isinya tanpa izin tertulis (lisensi ZINC UCSF).

Kueri dalam bahasa sederhana: "Cari senyawa yang dapat dibeli yang mirip dengan setirizin." Tempel SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 ke pencarian kemiripan di cartblanche22.docking.org.

Apa itu RCSB PDB? Struktur 3D protein dan ligan

Protein Data Bank (PDB) adalah satu-satunya arsip global struktur 3D protein, asam nukleat, dan kompleksnya yang ditentukan secara eksperimen; RCSB PDB adalah pusat data dan portal pencariannya di AS. Bagi kimiawan, nilainya ada pada ligan yang terikat: Anda dapat melihat persis bagaimana sebuah molekul kecil berada di kantong pengikatannya.

• Ukuran: 260.724 entri terkini (API holdings RCSB, diperiksa Oktober 2026).
• Digunakan untuk: mempelajari mode pengikatan, menyiapkan reseptor untuk docking, mengajarkan struktur protein, dan menemukan setiap struktur yang mengandung ligan tertentu.
• Akses: web, Data API (data.rcsb.org), dan Search API (search.rcsb.org), yang mendukung pencarian teks, sekuens, dan kimia.
• Lisensi: data PDB dirilis dengan CC0 1.0 (domain publik).

Kueri dalam bahasa sederhana: "Tampilkan catatan ligan untuk aspirin (ID komponen AIN)."

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

Ini mengembalikan nama 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID dan rumus C9 H8 O4.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Entri PDB mana yang mengandung aspirin?" (Search API; tempel ke peramban, yang akan meng-encode JSON-nya untuk Anda):

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

Respons nyata (dipangkas): "total_count": 8, dengan entri seperti 1OXR, 1TGM, dan 3GCL. Pencarian kimia yang dikirim dengan SMILES aspirin (service: "chemical") juga mengembalikan AIN sebagai kecocokan teratas. Anda dapat memuat entri mana pun berdasarkan ID PDB-nya di penampil protein MolDraw atau membukanya di rcsb.org.

Apa itu UniChem? Menerjemahkan ID antar-database

UniChem adalah layanan rujukan silang pengenal dari EMBL-EBI: berikan satu pengenal struktur dan layanan ini mengembalikan ID yang cocok di database lain. UniChem menautkan catatan melalui InChI/InChIKey standar, sehingga berfungsi setiap kali dua database memuat struktur yang sama.

• Ukuran: 25 sumber yang tercantum di API UniChem, termasuk ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB, dan nmrshiftdb2 (diperiksa Oktober 2026).
• Digunakan untuk: menggabungkan dataset, berpindah dari ID ChEMBL ke kode ligan PDB, dan memeriksa di mana lagi sebuah senyawa muncul.
• Akses: web dan REST API (/unichem/api/v1/).
• Lisensi: gratis digunakan sesuai ketentuan penggunaan EMBL-EBI; data di balik setiap ID yang dipetakan tetap mengikuti lisensi sumbernya.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Di mana lagi InChIKey aspirin muncul?"

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

Responsnya memetakan ke CHEMBL25, CHEBI:15365, CID PubChem 2244, DrugBank DB00945, ligan PDB AIN, dan Guide to Pharmacology 4139, di antara lainnya.

Apa itu nmrshiftdb2? Database spektrum NMR gratis

nmrshiftdb2 adalah database web terbuka yang ditinjau sejawat berisi struktur organik dan spektrum NMR-nya, dengan prediksi geseran ¹H dan ¹³C bawaan. Intinya adalah spektrum yang ditetapkan sepenuhnya, banyak di antaranya dengan data mentah.

• Ukuran: 271.817 struktur, 70.030 spektrum terukur, dan 396.583 spektrum terhitung (penghitung di halaman utama, diperiksa Oktober 2026).
• Digunakan untuk: memeriksa penetapan, mencari geseran acuan untuk suatu kelas senyawa, dan mengajarkan interpretasi NMR.
• Akses: pencarian web berdasarkan struktur, substruktur, spektrum, dan sifat lain; situs ini mengumumkan antarmuka REST baru pada Juni 2026 (kami belum mengujinya).
• Lisensi: software-nya open source dan datanya diterbitkan dengan lisensi konten terbuka.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Cari spektrum ¹³C terukur dari senyawa yang mengandung gugus 4-klorobenzhidril." Gambar fragmennya di tab pencarian nmrshiftdb2 dan jalankan pencarian substruktur. Untuk perkiraan cepat sebelum mencari, alat struktur ke NMR MolDraw memprediksi spektrum dari gambar Anda.

Apa itu MassBank? Spektrum MS/MS eksperimen

MassBank adalah repositori terbuka spektrum massa eksperimen molekul kecil, yang disumbangkan oleh laboratorium di seluruh dunia. Contoh di sini memakai MassBank Europe (massbank.eu). Setiap catatan menggambarkan satu spektrum: senyawa, instrumen, ionisasi, energi tumbukan, dan daftar puncak.

• Ukuran: 139.006 catatan (hitungan API MassBank, diperiksa Oktober 2026).
• Digunakan untuk: mengidentifikasi senyawa tak dikenal dalam LC-MS/MS dan metabolomik, membandingkan pola fragmentasi, dan mengajarkan spektrometri massa.
• Akses: pencarian web (nama, rumus, puncak) dan REST API.
• Lisensi: setiap catatan memiliki lisensi Creative Commons sendiri (CC BY secara default, tetapi ada yang CC0, CC BY-SA, atau nonkomersial), jadi periksa kolom license sebelum menggunakan ulang.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Daftarkan spektrum MassBank untuk kafein."

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

Ini mengembalikan 134 aksesi catatan. Mengambil salah satunya, https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088, memberikan spektrum MS2 LC-APCI Orbitrap dari [M+H]⁺ dengan prekursor pada m/z 195,088 dan fragmen utama pada m/z 138,067, berlisensi CC BY.

Apa itu COCONUT? Database bahan alam terbuka

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) adalah koleksi terbuka struktur bahan alam terbesar, dikurasi oleh kelompok Steinbeck di Friedrich Schiller University Jena. Versi 2.0 menautkan setiap molekul ke organisme sumbernya, literatur, dan varian stereokimianya.

• Ukuran: 738.829 molekul unik dari 71 koleksi, dengan 73.137 organisme (halaman statistik COCONUT, diperiksa Oktober 2026). Makalah COCONUT 2.0 melaporkan 695.133 pada rilis September 2024.
• Digunakan untuk: dereplikasi bahan alam, ide kerangka, dan membangun set skrining.
• Akses: pencarian web (nama, struktur, substruktur, kemiripan) dan unduhan SDF/SQL lengkap. REST API tersedia tetapi memerlukan login akun gratis, jadi kami tidak menjalankannya untuk panduan ini.
• Lisensi: data CC0; kode MIT.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Tampilkan bahan alam yang mirip dengan kafein." Tempel SMILES kafein CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C ke pencarian struktur di coconut.naturalproducts.net.

Apa itu SureChEMBL? Kimia dari paten

SureChEMBL adalah database kimia paten gratis dari EMBL-EBI: database ini menambang teks dan gambar dokumen paten dan mengekstraksi struktur kimia yang disebutkan di dalamnya. Ini adalah cara gratis termudah untuk bertanya "paten mana yang memuat struktur ini?"

• Ukuran: SureChEMBL 2.0 (Mei 2025) mencakup sekitar 116,6 juta dokumen paten dari lima otoritas (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO); USPTO saja menyumbang sekitar 19,9 juta senyawa unik.
• Digunakan untuk: pemeriksaan prior art, pemetaan lanskap paten, dan mengenali seri senyawa sebelum muncul di jurnal.
• Akses: pencarian web berdasarkan struktur atau kata kunci, REST API, dan file Parquet massal yang diperbarui setiap dua minggu.
• Lisensi: CC BY 4.0.

Kueri dalam bahasa sederhana: "Uraikan nama setirizin menjadi senyawa SureChEMBL."

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

Respons nyata (dipangkas): "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N". Anda kemudian dapat mencari paten yang memuat struktur itu di antarmuka web.

Bagaimana dengan DrugBank dan NIST Chemistry WebBook?

DrugBank adalah basis pengetahuan terperinci tentang obat yang disetujui dan obat dalam penelitian, target, metabolisme, dan interaksinya. DrugBank gratis dijelajahi, tetapi unduhan memerlukan akun; dataset akademik berlisensi CC BY-NC 4.0 untuk penggunaan nonkomersial, dan penggunaan komersial memerlukan lisensi berbayar. Anggaplah "gratis dibaca, tidak gratis digunakan ulang."

NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69) menyediakan data termokimia, spektrum IR fase gas, dan spektrum massa ionisasi elektron untuk banyak molekul kecil. Gratis dicari secara online, misalnya https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI, tetapi datanya berhak cipta dan redistribusi massal memerlukan izin dari NIST.

Database kimia mana yang sebaiknya saya pakai?

Bagaimana cara memakai database ini dengan MolDraw?

Sebagian besar database paling baik dicari dengan pengenal yang dapat dibaca mesin, bukan nama. MolDraw memberi Anda pengenal itu langsung dari gambar:

1. Gambar strukturnya di editor MolDraw (atau tempel nama dengan nama ke struktur).
2. Salin SMILES dari baris opsi di atas. Copy as… di menu konteks juga memberikan format InChI dan MOL (lihat bab SMILES dalam kursus MolDraw).
3. Buat InChIKey dengan konverter SMILES ke InChIKey. InChIKey adalah kunci pencocokan eksak paling andal di PubChem, ChEMBL, ChEBI, dan UniChem.
4. Kueri: tempel SMILES ke pencarian struktur database, atau masukkan InChIKey ke salah satu URL REST di atas.
5. Bawa kembali hasilnya: konversi CID PubChem dengan konverter CID ke SMILES atau InChIKey dengan InChIKey ke SMILES, lalu tempel ke MolDraw untuk disunting.

Contoh kerja: bagaimana cara membandingkan analog setirizin?

Misalkan Anda mempelajari antihistamin setirizin dan ingin mengetahui analog dekat mana yang ada, seberapa kuat analog itu, dan apakah Anda dapat membeli yang baru. Berikut alur kerja dengan tiga database; setiap angka berasal dari kueri langsung yang kami jalankan.

Langkah 1: Identifikasi di PubChem. Gambar setirizin di MolDraw, salin SMILES-nya, lalu cari:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem mengembalikan CID 2678, C21H25ClN2O3, MW 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53, dan InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N.

Langkah 2: Cari analog di PubChem. Kueri kemiripan 2D (ambang 90) mengembalikan kerabat termasuk hidroksizin (CID 3658, obat induk setirizin) dan levosetirizin (CID 1549000, enansiomer tunggalnya), ditambah garam-garamnya. Pencarian substruktur pada inti klorobenzhidril-piperazina menambahkan klorsiklizin, meklizin, dan buklizin.

Langkah 3: Bandingkan aktivitas di ChEMBL. Cari InChIKey-nya di ChEMBL:

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

Ini memberikan CHEMBL1000 (fase maksimum 4, pertama disetujui 1995). Catatan aktivitasnya mencakup nilai Ki reseptor H1 manusia antara 5,89 dan 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) dan IC50 hERG (KCNH2) yang jauh lebih lemah, sekitar 30 µM (pChEMBL sekitar 4,5). Jendela sekitar tiga orde besaran itu adalah jenis perbandingan selektivitas yang dipermudah oleh ChEMBL. Pencarian kemiripan, https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json, mencantumkan levosetirizin dan bentuk garam setirizin untuk dibandingkan dengan cara yang sama.

Langkah 4: Cari analog yang dapat dibeli di ZINC. Tempel SMILES ke pencarian kemiripan CartBlanche22 untuk melihat senyawa make-on-demand yang memvariasikan rantai samping asam atau cincin arilnya. Lalu periksa sifat hasil yang menarik di MolDraw, misalnya dengan kalkulator aturan Lipinski.

Bagaimana cara mencari di database kimia dengan baik?

• Utamakan InChIKey untuk pencocokan eksak dan SMILES untuk pencarian kemiripan atau substruktur. Nama bersifat ambigu ("vitamin C", garam, nama merek).
• Waspadai garam dan stereoisomer. Setirizin, setirizin dihidroklorida, dan levosetirizin adalah catatan yang berbeda di setiap database.
• Catat rilis atau tanggalnya. Kutip ChEMBL dengan nomor rilisnya dan catat tanggal Anda mengkueri PubChem.
• Hormati batas laju. PubChem meminta tidak lebih dari 5 permintaan per detik; kelompokkan pekerjaan besar atau unduh file massalnya.
• Periksa lisensi sebelum mendistribusikan ulang. Menjelajah gratis di semua database dalam panduan ini; menerbitkan ulang data tidak selalu.

FAQ

Apa database kimia gratis terbesar?

PubChem adalah database kimia gratis terbesar, dengan sekitar 124 juta senyawa unik dan 349 juta substansi yang disetorkan (diperiksa Oktober 2026). ZINC-22 mencantumkan lebih banyak molekul (sekitar 54,9 miliar), tetapi sebagian besar adalah senyawa virtual make-on-demand untuk skrining, bukan substansi yang sudah dikarakterisasi.

Apa perbedaan PubChem dan ChEMBL?

PubChem adalah agregator luas yang berusaha mencakup setiap bahan kimia yang disetorkan, sehingga paling baik untuk identifikasi dan sifat. ChEMBL lebih kecil tetapi dikurasi secara manual untuk bioaktivitas, dengan nilai potensi terstandar yang terhubung ke target, sehingga paling baik untuk pertanyaan struktur–aktivitas dan penemuan obat.

Apakah ZINC gratis untuk penggunaan komersial?

Menurut lisensi ZINC dari UCSF, ZINC gratis digunakan dan diunduh oleh siapa saja, termasuk perusahaan. Pembatasannya ada pada redistribusi: Anda tidak boleh mendistribusikan ulang sebagian besar ZINC tanpa izin tertulis dari tim ZINC. Senyawanya sendiri harus dibeli dari vendor yang tercantum.

Database gratis mana yang memiliki spektrum NMR?

nmrshiftdb2 adalah database NMR gratis utama, dengan 70.030 spektrum terukur untuk 271.817 struktur (diperiksa Oktober 2026) dan prediksi ¹H serta ¹³C bawaan. Halaman senyawa PubChem juga menautkan ke spektrum dari sumber lain, dan NIST Chemistry WebBook mencakup spektrum IR dan massa, bukan NMR.

Database gratis mana yang memiliki spektrum massa?

MassBank memuat 139.006 catatan spektrum massa eksperimen (diperiksa Oktober 2026), sebagian besar spektrum MS/MS molekul kecil, dengan lisensi Creative Commons per catatan. NIST Chemistry WebBook menyediakan spektrum massa ionisasi elektron untuk banyak molekul kecil secara online.

Bisakah saya mencari di database kimia berdasarkan struktur?

Bisa. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT, dan SureChEMBL semuanya mendukung pencarian struktur, biasanya dengan menggambar atau menempelkan SMILES. Anda dapat menggambar molekul di MolDraw, menyalin SMILES-nya, dan menempelkannya ke pencarian struktur database, atau memakai kueri eksak, substruktur, atau kemiripan melalui API-nya.

Database kimia mana yang terbaik untuk mahasiswa?

Mulailah dengan PubChem untuk nama, sifat, dan data keselamatan, ChEBI untuk definisi dan kelas senyawa, serta RCSB PDB untuk struktur 3D. Ketiganya gratis, tidak memerlukan akun, dan memiliki antarmuka web yang jelas. Tambahkan ChEMBL saat Anda mempelajari farmakologi, dan nmrshiftdb2 saat Anda mempelajari NMR.

Apa itu database bioaktivitas?

Database bioaktivitas menyimpan efek terukur senyawa terhadap target biologis, seperti nilai IC50, Ki, atau EC50, yang terhubung ke uji dan proteinnya. ChEMBL adalah database bioaktivitas gratis terkemuka; PubChem BioAssay memuat hasil skrining yang disetorkan oleh laboratorium dan pusat skrining.

Apakah DrugBank gratis?

DrugBank gratis dijelajahi secara online, dan pengguna akademik dapat mengunduh dataset dengan lisensi CC BY-NC 4.0 setelah mendaftar. Penggunaan komersial, termasuk dalam produk atau layanan komersial, memerlukan lisensi berbayar dari DrugBank.

Bagaimana cara mengubah CID PubChem menjadi ID ChEMBL?

Gunakan UniChem. Cari InChIKey senyawa tersebut (PubChem menampilkannya di setiap halaman senyawa), lalu kirimkan ke API compounds UniChem, yang mengembalikan pengenal ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB, dan lainnya yang cocok. Untuk aspirin, InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N memetakan CID 2244 ke CHEMBL25.

Sumber

• PubChem: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · dokumentasi PUG-REST · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL: ebi.ac.uk/chembl · dokumentasi API · Lisensi dan tentang · Pengumuman rilis ChEMBL 37
• ChEBI: ebi.ac.uk/chebi · Peluncuran ChEBI 2.0 · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC: CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · Lisensi ZINC UCSF
• RCSB PDB: rcsb.org · Data API · Search API · Kebijakan penggunaan
• UniChem: ebi.ac.uk/unichem · dokumentasi API
• nmrshiftdb2: nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank: massbank.eu · API MassBank · Format catatan dan lisensi
• COCONUT: coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
• SureChEMBL: surechembl.org · Pengumuman SureChEMBL 2.0 · FAQ dan lisensi
• DrugBank: go.drugbank.com · Lisensi akademik
• NIST Chemistry WebBook: webbook.nist.gov/chemistry · Lisensi NIST SRD