Lihat Struktur Protein dari PDB dalam 3D dengan Protein Viewer MolDraw
Jawaban singkat: Buka tab Protein di sebelah Structure, ketik ID PDB empat karakter seperti 1HHO, lalu tekan Go. Struktur dimuat sebagai kartun yang diwarnai per rantai. Gunakan Display dan Surface untuk mengubah tampilan, pilih residu di strip urutan untuk mengatur gayanya, dan gunakan Export untuk menyimpan gambar atau file. Penampil aktif secara bawaan dan tidak memerlukan akun.
Mengapa melihat protein dalam 3D?
Fungsi protein bergantung pada bentuknya. Urutan asam amino melipat menjadi heliks dan lembaran, yang kemudian tersusun menjadi struktur tiga dimensi dengan alur dan kantong. Obat molekul kecil biasanya bekerja dengan masuk ke salah satu kantong itu. Anda tidak dapat melihat semua itu dari urutan atau gambar 2D.
Protein Data Bank (PDB) adalah arsip publik struktur protein, DNA, dan RNA yang ditentukan secara eksperimen. Setiap entri memiliki ID empat karakter, seperti 1HHO untuk hemoglobin. Protein viewer MolDraw memuat entri ini di samping gambar Anda, sehingga Anda dapat beralih dari ligan ke targetnya tanpa membuka program lain.
Tampilan yang berbeda menjawab pertanyaan yang berbeda. Kartun menelusuri tulang punggung dan menampilkan struktur sekunder: heliks sebagai spiral dan untai β sebagai panah. Tongkat menampilkan atom satu per satu, yang Anda perlukan untuk rantai samping dan kontak pengikatan. Permukaan menampilkan bentuk luar molekul, sehingga kantong dan alur mudah terlihat.
Apa yang ditawarkan penampil ini
| Muat | Ketik ID PDB dan tekan Go untuk mengambilnya dari RCSB, tekan Open untuk file PDB lokal, atau jatuhkan file ke penampil. |
|---|---|
| Tampilan | Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line, atau Cross. Warnai menurut Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor, atau Spectrum, atau pilih warna Anda sendiri. Atur opasitasnya. |
| Permukaan | Tampilkan atau sembunyikan permukaan, pilih SAS, SES, VDW, atau MS, dan atur opasitasnya. |
| Strip urutan | Urutan satu huruf untuk setiap rantai. Pilih residu untuk memberinya gaya sendiri. |
| Ekspor | GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D, dan OBJ, dengan opsi Hi-res. |
Cara mendapatkan Protein viewer
Perlu melihat sekilas tanpa membuka editor? Penampil struktur protein mandiri dapat mengatur gaya, mewarnai, dan menyembunyikan setiap rantai secara terpisah.
Anda tidak perlu memasang apa pun. Protein viewer aktif secara bawaan dan berfungsi tanpa akun. Jika sebelumnya Anda menonaktifkannya:
- Buka editor MolDraw.
- Klik Settings (ikon roda gigi), lalu Plugins.
- Klik Install di sebelah Proteins. Tab Protein muncul di sebelah Structure.
Cara memuat dan mengatur gaya protein
- Klik tab Protein. Struktur contoh kecil, crambin (1CRN), dimuat lebih dulu.
- Ketik ID PDB di kotak ID, misalnya
1HHO, lalu tekan Go atau Enter. - Buka Display. Biarkan Cartoon dan pilih Secondary structure untuk mewarnai heliks dan untai secara berbeda, atau pilih Chain untuk membedakan subunit.
- Buka Surface, tekan Show, dan turunkan opasitasnya agar kartun tetap terlihat di bawahnya.
- Di strip urutan, klik satu residu, seret melintasi suatu rentang, atau Ctrl/Cmd+klik untuk menambah atau menghapus residu. Di panel gaya yang terbuka, atur Style ke Stick dan pilih warna.
- Buka Export, centang Hi-res jika Anda memerlukan gambar besar, lalu pilih PNG.
Cara memakainya di kelas dan dalam riset
- Mengajarkan struktur protein: muat 1HHO, warnai menurut struktur sekunder, dan tunjukkan heliksnya. Lalu warnai menurut rantai untuk menunjukkan bahwa hemoglobin memiliki empat subunit.
- Inti hidrofobik: warnai menurut Hydrophobicity untuk menunjukkan bahwa residu nonpolar cenderung berada di dalam lipatan.
- Target obat: muat 6LU7, protease utama SARS-CoV-2, tambahkan permukaan, dan diskusikan di mana inhibitor dapat terikat.
- Gambar: atur beberapa residu kunci sebagai tongkat di atas latar kartun dan ekspor gambar beresolusi tinggi untuk slide atau laporan.
- Langkah berikutnya: hitung massa suatu rantai dengan kalkulator berat molekul protein, atau siapkan reseptor untuk docking dengan PDB ke PDBQT.
Tips dan batasan
- ID yang bagus untuk memulai: 1HHO (hemoglobin), 1BNA (B-DNA), 6LU7 (protease utama SARS-CoV-2), dan 1GFL (green fluorescent protein).
- Setiap pilihan yang Anda beri gaya menjadi region tersendiri, sehingga Anda dapat mewarnai beberapa situs secara berbeda. Gunakan Remove style atau Clear selection di panel gaya untuk membatalkan.
- Pewarnaan B-factor menunjukkan seberapa besar variasi posisi atom dalam model. Nilai tinggi sering menandai loop yang fleksibel.
- Untuk membuka struktur yang Anda simpan sebelumnya, seret file .pdb dari komputer Anda ke penampil.
Mengambil lewat ID memerlukan koneksi internet, karena file berasal dari RCSB. Penampil memerlukan WebGL; pesan akan muncul jika peramban Anda tidak mendukungnya. Strip urutan hanya mencantumkan residu asam amino, sehingga ligan, air, dan asam nukleat tidak muncul di sana. Entri PDB adalah model eksperimental, dan kualitasnya bergantung pada metode dan resolusi, yang dapat Anda periksa di halaman RCSB entri tersebut.
Ingin melihat molekul kecil dalam 3D? Lihat cara melihat molekul dalam 3D.
Tanya jawab
Apakah saya memerlukan akun untuk melihat protein?
Tidak. Protein viewer terpasang secara bawaan dan berfungsi tanpa masuk akun.
Dari mana struktur-strukturnya berasal?
Saat Anda mengetik ID PDB dan menekan Go, plugin mengunduh entri dari RCSB Protein Data Bank. Anda juga dapat membuka file PDB dari komputer Anda.
Bagaimana cara menyorot situs aktif atau beberapa residu?
Pilih residu di strip urutan di bawah penampil. Panel gaya kecil akan terbuka tempat Anda dapat mengubahnya menjadi tongkat, mengganti warnanya, atau menambahkan permukaan.
Format ekspor apa saja yang tersedia?
Menu Export menyediakan GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D, dan OBJ. Centang Hi-res untuk gambar yang lebih besar.