Visualiza estructuras de proteínas del PDB en 3D con el visor de proteínas de MolDraw
Respuesta corta: abre la pestaña Protein junto a Structure, escribe un ID de PDB de cuatro caracteres como 1HHO y pulsa Go. La estructura se carga como cintas coloreadas por cadena. Usa Display y Surface para cambiar la vista, selecciona residuos en la tira de secuencia para darles estilo y usa Export para guardar una imagen o un archivo. El visor está activado por defecto y no necesita cuenta.
¿Por qué ver una proteína en 3D?
La función de una proteína depende de su forma. La secuencia de aminoácidos se pliega en hélices y láminas, que se empaquetan en una estructura tridimensional con surcos y bolsillos. Un fármaco de molécula pequeña suele actuar encajando en uno de esos bolsillos. Nada de eso se ve en una secuencia ni en un dibujo 2D.
El Protein Data Bank (PDB) es el archivo público de estructuras determinadas experimentalmente de proteínas, ADN y ARN. Cada entrada tiene un ID de cuatro caracteres, como 1HHO para la hemoglobina. El visor de proteínas de MolDraw carga estas entradas junto a tu dibujo, así que puedes pasar de un ligando a su diana sin abrir otro programa.
Cada vista responde a una pregunta distinta. Las cintas trazan el esqueleto y muestran la estructura secundaria: las hélices como espirales y las hebras β como flechas. Las varillas muestran los átomos individuales, necesarios para ver cadenas laterales y contactos de unión. Una superficie muestra la forma exterior de la molécula, lo que hace fáciles de ver los bolsillos y los surcos.
Qué ofrece el visor
| Carga | Escribe un ID de PDB y pulsa Go para obtenerlo del RCSB, pulsa Open para un archivo PDB local o suelta un archivo sobre el visor. |
|---|---|
| Visualización | Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line o Cross. Colorea por Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor o Spectrum, o elige tu propio color. Ajusta la opacidad. |
| Superficie (Surface) | Muestra u oculta una superficie, elige SAS, SES, VDW o MS y ajusta su opacidad. |
| Tira de secuencia | Secuencia en código de una letra de cada cadena. Selecciona residuos para darles su propio estilo. |
| Exportar | GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D y OBJ, con una opción Hi-res. |
Cómo obtener el visor de proteínas
¿Quieres echar un vistazo rápido sin abrir el editor? El visor independiente de estructuras de proteínas aplica estilos, colores y ocultación a cada cadena por separado.
No necesitas instalar nada. El visor de proteínas está activado por defecto y funciona sin cuenta. Si lo desactivaste antes:
- Abre el editor de MolDraw.
- Haz clic en Settings (el engranaje) y después en Plugins.
- Haz clic en Install junto a Proteins. La pestaña Protein aparece junto a Structure.
Cómo cargar una proteína y darle estilo
- Haz clic en la pestaña Protein. Primero se carga una pequeña estructura de ejemplo, la crambina (1CRN).
- Escribe un ID de PDB en el recuadro ID, por ejemplo
1HHO, y pulsa Go o Intro. - Abre Display. Deja Cartoon y elige Secondary structure para colorear de forma distinta hélices y hebras, o elige Chain para distinguir las subunidades.
- Abre Surface, pulsa Show y baja la opacidad para que las cintas sigan viéndose debajo.
- En la tira de secuencia, haz clic en un residuo, arrastra sobre un intervalo o usa Ctrl/Cmd+clic para añadir o quitar un residuo. En el panel de estilo que se abre, ajusta Style a Stick y elige un color.
- Abre Export, marca Hi-res si necesitas una imagen grande y elige PNG.
Usos en clase y en investigación
- Enseñar la estructura de las proteínas: carga 1HHO, colorea por estructura secundaria y señala las hélices. Después colorea por cadena para mostrar que la hemoglobina tiene cuatro subunidades.
- Núcleo hidrófobo: colorea por Hydrophobicity para mostrar cómo los residuos apolares tienden a quedar dentro del plegamiento.
- Dianas farmacológicas: carga 6LU7, la proteasa principal del SARS-CoV-2, añade una superficie y comenta dónde podría unirse un inhibidor.
- Figuras: muestra unos pocos residuos clave como varillas sobre un fondo de cintas y exporta una imagen de alta resolución para una diapositiva o un informe.
- Siguientes pasos: calcula la masa de una cadena con la calculadora de peso molecular de proteínas o prepara un receptor para docking con PDB a PDBQT.
Consejos y límites
- Buenos ID para empezar: 1HHO (hemoglobina), 1BNA (ADN-B), 6LU7 (proteasa principal del SARS-CoV-2) y 1GFL (proteína verde fluorescente).
- Cada selección a la que das estilo se convierte en su propia región, así que puedes colorear varios sitios de forma distinta. Usa Remove style o Clear selection en el panel de estilo para deshacerlo.
- La coloración por B-factor muestra cuánto varían las posiciones atómicas en el modelo. Los valores altos suelen señalar bucles flexibles.
- Para abrir una estructura que guardaste antes, arrastra el archivo .pdb desde tu ordenador hasta el visor.
Obtener una estructura por ID requiere conexión a internet, porque el archivo procede del RCSB. El visor necesita WebGL; muestra un mensaje si tu navegador no puede ofrecerlo. La tira de secuencia solo incluye residuos de aminoácidos, así que los ligandos, el agua y los ácidos nucleicos no aparecen en ella. Una entrada del PDB es un modelo experimental y su calidad depende del método y de la resolución, que puedes consultar en la página de la entrada en el RCSB.
¿Prefieres ver una molécula pequeña en 3D? Consulta cómo ver moléculas en 3D.
Preguntas y respuestas
¿Necesito una cuenta para ver proteínas?
No. El visor de proteínas viene instalado por defecto y funciona sin iniciar sesión.
¿De dónde proceden las estructuras?
Cuando escribes un ID de PDB y pulsas Go, el plugin descarga la entrada del RCSB Protein Data Bank. También puedes abrir un archivo PDB de tu ordenador.
¿Cómo resalto un sitio activo o unos pocos residuos?
Selecciona los residuos en la tira de secuencia debajo del visor. Se abre un pequeño panel de estilo donde puedes cambiarlos a varillas, cambiar su color o añadir una superficie.
¿Qué formatos de exportación hay?
El menú Export ofrece GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D y OBJ. Marca Hi-res para obtener una imagen más grande.