Bases de datos químicas gratuitas: guía práctica para estudiantes e investigadores

Publicado: 6 oct 2026 · Por Rafeeque Mavoor · Categoría: Guías · Datos consultados: octubre de 2026

Los estudiantes de química se encuentran tarde o temprano con el mismo problema: tienes una molécula y necesitas sus propiedades, su actividad biológica, una estructura cristalina, un espectro de referencia o una patente. Cada una de esas preguntas se responde en una base de datos distinta. Esta guía explica qué es cada una de las principales bases de datos químicas gratuitas, para qué sirve, qué tamaño tiene, qué permite su licencia y cómo consultarla, con URL de ejemplo reales que probamos antes de publicar.

Todas las cifras de abajo se consultaron en octubre de 2026 en los sitios o API oficiales. El tamaño de las bases de datos cambia con cada versión, así que tómalas como instantáneas, no como constantes.

¿Qué es una base de datos química?

Una base de datos química es una colección de estructuras químicas que se puede buscar, vinculada a datos sobre ellas: nombres, identificadores, propiedades calculadas, medidas experimentales, actividades biológicas, coordenadas 3D, espectros o los documentos donde se publicaron. La mayoría de las bases de datos modernas se pueden buscar por nombre, por identificador (número CAS, InChIKey, SMILES) o dibujando una estructura, y muchas ofrecen una API REST gratuita para el acceso programático.

Lo fundamental es entender que ninguna base de datos lo hace todo. Se diferencian por su enfoque:

• Las enciclopedias de compuestos (PubChem, ChEBI) responden a "¿qué es esta molécula?"
• Las bases de datos de bioactividad (ChEMBL, DrugBank) responden a "¿qué le hace esta molécula a una proteína?"
• Las bibliotecas de cribado (ZINC) responden a "¿qué moléculas parecidas puedo comprar o usar en docking?"
• Las bases de datos estructurales (RCSB PDB) responden a "¿cómo se sitúa esta molécula en su diana?"
• Las bases de datos espectrales (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) responden a "¿cómo debería ser su espectro?"
• Las colecciones especializadas (COCONUT para productos naturales, SureChEMBL para patentes) cubren nichos que las grandes no abarcan.

¿Cómo se comparan las bases de datos químicas gratuitas?

¿Qué es PubChem? La mayor base de datos química gratuita

PubChem es la mayor base de datos química gratuita del mundo y la gestiona el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI) de EE. UU. Agrega datos de más de mil contribuidores en colecciones enlazadas: Substance (lo que enviaron los depositantes), Compound (estructuras únicas estandarizadas), BioAssay, Protein, Gene, Pathway y Patent.

• Tamaño: unos 124 millones de compuestos y 349 millones de sustancias según la página principal de PubChem (consultado en octubre de 2026). La actualización de PubChem de 2025, revisada por pares, indicaba 118,6 millones de compuestos a septiembre de 2024.
• Se usa para: consultar nombres, sinónimos, números CAS, fórmulas, propiedades calculadas (XLogP, TPSA), datos de seguridad, proveedores y bibliografía.
• Quién la usa: estudiantes, docentes, químicos analíticos, toxicólogos, quimioinformáticos y cualquiera que necesite un identificador rápido y fiable.
• Acceso: búsqueda web con un editor de estructuras y la API gratuita PUG-REST. PubChem pide a los usuarios programáticos que no superen las 5 peticiones por segundo.
• Licencia: uso gratuito; los derechos de reutilización dependen de cada fuente de datos, así que comprueba la fuente antes de redistribuir datos.

Consulta en lenguaje natural: "Dame la fórmula, el peso molecular, el SMILES y el InChIKey de la aspirina."

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

Respuesta real (recortada):

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

Más consultas de PubChem probadas:

• De InChIKey a CID: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON devuelve 2244.
• Similitud 2D (≥90 %) con la cetirizina: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• Búsqueda de subestructura a partir de un SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

¿Qué es ChEMBL? La base de datos de referencia en bioactividad

ChEMBL es una base de datos curada manualmente de moléculas bioactivas de tipo fármaco, mantenida por el Instituto Europeo de Bioinformática del EMBL (EMBL-EBI). Su núcleo son datos de actividad medidos, como valores de IC50, Ki y EC50, extraídos de artículos científicos y conjuntos de datos depositados, cada uno vinculado a un compuesto, un ensayo y una diana biológica.

• Tamaño (ChEMBL 37, mayo de 2026): 2 921 148 compuestos distintos, 24 527 044 actividades, 18 552 dianas y 101 100 publicaciones, según el endpoint de estado de la API de ChEMBL.
• Se usa para: relaciones estructura–actividad (SAR), encontrar compuestos activos conocidos para una diana, crear conjuntos de entrenamiento para aprendizaje automático y comprobar la fase de aprobación de un fármaco.
• Quién la usa: químicos médicos, farmacólogos, químicos computacionales y científicos de datos.
• Acceso: interfaz web y una API REST gratuita (JSON o XML), además de descargas completas (SQLite, PostgreSQL, SDF).
• Licencia: CC BY-SA 3.0. ChEMBL pide que se conserven los ID de ChEMBL y el número de versión cuando reutilices sus datos.

Consulta en lenguaje natural: "Busca la aspirina en ChEMBL."

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

El primer resultado es CHEMBL25 (ASPIRIN, fase máxima 4, es decir, aprobado), con el SMILES CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O.

Consulta en lenguaje natural: "¿Qué valores de potencia tiene ChEMBL para la cetirizina (CHEMBL1000) sobre el receptor H1 de histamina humano (CHEMBL231)?"

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

Respuesta real (recortada a dos de los 12 registros devueltos):

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem frente a ChEMBL: ¿cuál es la diferencia?

PubChem es amplia; ChEMBL es profunda. PubChem intenta incluir todas las sustancias químicas que alguien haya depositado, así que es el mejor lugar para identificar un compuesto. ChEMBL contiene muchos menos compuestos, pero cura su actividad biológica en un formato coherente (unidades estándar, valores pChEMBL, dianas asignadas), así que es el mejor lugar para preguntar "¿qué potencia tiene y sobre qué?". En la práctica se usan las dos: PubChem para confirmar la estructura y los identificadores, y ChEMBL para leer la farmacología.

¿Qué es ChEBI? Un diccionario curado de moléculas pequeñas

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) es un diccionario y una ontología de moléculas pequeñas curados manualmente, gestionados por EMBL-EBI. Las entradas curadas tienen una definición, una estructura, sinónimos y enlaces ontológicos que dicen qué es la molécula (p. ej., "un miembro de la clase de los ácidos benzoicos") y qué función tiene (p. ej., "antiinflamatorio no esteroideo").

• Tamaño: 201 471 entradas, de las que 61 961 son entradas "de 3 estrellas" totalmente curadas (versión 244, según el artículo de Nucleic Acids Research de 2026).
• Se usa para: nombrar y clasificar de forma coherente, anotar datos de metabolómica y de biología de sistemas, y enseñar grupos funcionales y clases de compuestos.
• Acceso: ChEBI 2.0 (lanzado en octubre de 2025) tiene un nuevo sitio web y una nueva API REST; los antiguos servicios SOAP se retiraron.
• Licencia: CC BY 4.0.

Consulta en lenguaje natural: "¿Qué es CHEBI:15365?"

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

La respuesta devuelve "name": "acetylsalicylic acid", la fórmula C9H8O4, la masa monoisotópica 180.04226 y el texto de la definición. También funciona una búsqueda de texto: https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin.

¿Qué es ZINC? Miles de millones de compuestos para cribado virtual

ZINC es una base de datos gratuita de compuestos disponibles comercialmente ("tangibles") preparados para el cribado virtual, creada por los laboratorios de Irwin y Shoichet en la UCSF. ZINC-22 se centra en enormes catálogos de fabricación bajo pedido de Enamine, WuXi y Mcule, mientras que su base de datos hermana ZINC20 cubre catálogos más pequeños con existencias. ZINC15 es la generación anterior, que muchos tutoriales todavía mencionan.

• Tamaño: unos 54 900 millones de moléculas en 2D y 5900 millones en formatos 3D listos para docking (página principal de CartBlanche22, consultado en octubre de 2026). El artículo de ZINC-22 indicaba 37 000 millones de moléculas 2D en el momento de su publicación, lo que muestra lo rápido que crece.
• Se usa para: campañas de docking, encontrar análogos comprables y descargar archivos 3D listos para docking con cargas y conformaciones.
• Quién la usa: químicos computacionales, biólogos estructurales y grupos académicos de cribado.
• Acceso: la interfaz web CartBlanche (búsqueda por similitud, subestructura e ID), descargas masivas y copias en la nube.
• Licencia: "de uso y descarga gratuitos para todos"; no puedes redistribuir partes importantes sin permiso por escrito (licencia de ZINC de la UCSF).

Consulta en lenguaje natural: "Busca compuestos comprables parecidos a la cetirizina." Pega el SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 en la búsqueda por similitud de cartblanche22.docking.org.

¿Qué es el RCSB PDB? Estructuras 3D de proteínas y ligandos

El Protein Data Bank (PDB) es el archivo mundial único de estructuras 3D determinadas experimentalmente de proteínas, ácidos nucleicos y sus complejos; RCSB PDB es su centro de datos y portal de búsqueda en EE. UU. Para los químicos, su valor está en los ligandos unidos: puedes ver exactamente cómo se sitúa una molécula pequeña en su bolsillo de unión.

• Tamaño: 260 724 entradas actuales (API de holdings de RCSB, consultado en octubre de 2026).
• Se usa para: estudiar modos de unión, preparar receptores para docking, enseñar la estructura de las proteínas y encontrar todas las estructuras que contienen un ligando dado.
• Acceso: web, la Data API (data.rcsb.org) y la Search API (search.rcsb.org), que admite búsquedas de texto, de secuencia y químicas.
• Licencia: los datos del PDB se publican con licencia CC0 1.0 (dominio público).

Consulta en lenguaje natural: "Muéstrame la ficha del ligando de la aspirina (ID de componente AIN)."

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

Devuelve el nombre 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID y la fórmula C9 H8 O4.

Consulta en lenguaje natural: "¿Qué entradas del PDB contienen aspirina?" (Search API; pégalo en un navegador, que codifica el JSON en la URL por ti):

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

Respuesta real (recortada): "total_count": 8, con entradas como 1OXR, 1TGM y 3GCL. Una búsqueda química enviada con el SMILES de la aspirina (service: "chemical") también devolvió AIN como primer resultado. Puedes cargar cualquiera de estas entradas por su ID de PDB en el visor de proteínas de MolDraw o abrirla en rcsb.org.

¿Qué es UniChem? Traducir identificadores entre bases de datos

UniChem es el servicio de referencias cruzadas de identificadores de EMBL-EBI: le das un identificador de estructura y te devuelve los ID correspondientes en otras bases de datos. Enlaza los registros mediante el InChI/InChIKey estándar, así que funciona siempre que dos bases de datos contengan la misma estructura.

• Tamaño: 25 fuentes indicadas por la API de UniChem, entre ellas ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB y nmrshiftdb2 (consultado en octubre de 2026).
• Se usa para: fusionar conjuntos de datos, pasar de un ID de ChEMBL a un código de ligando del PDB y comprobar en qué otros sitios aparece un compuesto.
• Acceso: web y API REST (/unichem/api/v1/).
• Licencia: uso gratuito según las condiciones de uso de EMBL-EBI; los datos de cada ID asignado conservan la licencia de su fuente.

Consulta en lenguaje natural: "¿En qué otros sitios aparece el InChIKey de la aspirina?"

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

La respuesta lo asigna a CHEMBL25, CHEBI:15365, el CID de PubChem 2244, DrugBank DB00945, el ligando del PDB AIN y Guide to Pharmacology 4139, entre otros.

¿Qué es nmrshiftdb2? Una base de datos gratuita de espectros de RMN

nmrshiftdb2 es una base de datos web abierta y revisada por pares de estructuras orgánicas y sus espectros de RMN, con predicción integrada de desplazamientos de ¹H y ¹³C. Su núcleo son espectros totalmente asignados, muchos con datos brutos.

• Tamaño: 271 817 estructuras, 70 030 espectros medidos y 396 583 espectros calculados (contador de la página principal, consultado en octubre de 2026).
• Se usa para: comprobar una asignación, encontrar desplazamientos de referencia para una clase de compuestos y enseñar a interpretar la RMN.
• Acceso: búsqueda web por estructura, subestructura, espectro y otras propiedades; el sitio anunció una nueva interfaz REST en junio de 2026 (no la hemos probado).
• Licencia: el software es de código abierto y los datos se publican con una licencia de contenido abierto.

Consulta en lenguaje natural: "Busca espectros de ¹³C medidos de compuestos que contengan un grupo 4-clorobenzhidrilo." Dibuja el fragmento en la pestaña de búsqueda de nmrshiftdb2 y lanza una búsqueda de subestructura. Para una estimación rápida antes de buscar, la herramienta estructura a RMN de MolDraw predice un espectro a partir de tu dibujo.

¿Qué es MassBank? Espectros experimentales de MS/MS

MassBank es un repositorio abierto de espectros de masas experimentales de moléculas pequeñas, aportados por laboratorios de todo el mundo. Los ejemplos de esta guía usan MassBank Europe (massbank.eu). Cada registro describe un espectro: compuesto, instrumento, ionización, energía de colisión y lista de picos.

• Tamaño: 139 006 registros (recuento de la API de MassBank, consultado en octubre de 2026).
• Se usa para: identificar compuestos desconocidos en LC-MS/MS y metabolómica, comparar patrones de fragmentación y enseñar espectrometría de masas.
• Acceso: búsqueda web (nombre, fórmula, picos) y una API REST.
• Licencia: cada registro tiene su propia licencia Creative Commons (CC BY por defecto, pero algunos son CC0, CC BY-SA o no comerciales), así que revisa el campo license antes de reutilizarlo.

Consulta en lenguaje natural: "Lista los espectros de MassBank de la cafeína."

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

Esto devolvió 134 accesiones de registros. Al consultar una, https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088, se obtiene un espectro MS2 de LC-APCI Orbitrap del [M+H]⁺ con el precursor en m/z 195,088 y un fragmento principal en m/z 138,067, con licencia CC BY.

¿Qué es COCONUT? La base de datos abierta de productos naturales

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) es la mayor colección abierta de estructuras de productos naturales, curada por el grupo de Steinbeck en la Universidad Friedrich Schiller de Jena. La versión 2.0 vincula cada molécula con sus organismos de origen, la bibliografía y sus variantes estereoquímicas.

• Tamaño: 738 829 moléculas únicas de 71 colecciones, con 73 137 organismos (página de estadísticas de COCONUT, consultado en octubre de 2026). El artículo de COCONUT 2.0 indicaba 695 133 en su publicación de septiembre de 2024.
• Se usa para: desreplicación de productos naturales, ideas de esqueletos y creación de conjuntos de cribado.
• Acceso: búsqueda web (nombre, estructura, subestructura, similitud) y descargas completas en SDF/SQL. La API REST existe, pero requiere iniciar sesión con una cuenta gratuita, así que no la usamos para esta guía.
• Licencia: datos CC0; código MIT.

Consulta en lenguaje natural: "Muestra productos naturales parecidos a la cafeína." Pega el SMILES de la cafeína CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C en la búsqueda por estructura de coconut.naturalproducts.net.

¿Qué es SureChEMBL? Química extraída de patentes

SureChEMBL es la base de datos gratuita de química de patentes de EMBL-EBI: analiza el texto y las imágenes de documentos de patente y extrae las estructuras químicas que mencionan. Es la forma gratuita más sencilla de preguntar "¿qué patentes contienen esta estructura?".

• Tamaño: SureChEMBL 2.0 (mayo de 2025) cubre unos 116,6 millones de documentos de patente de cinco oficinas (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO); solo la USPTO aportó unos 19,9 millones de compuestos únicos.
• Se usa para: búsquedas de estado de la técnica, análisis del panorama de patentes y detección de series de compuestos antes de que aparezcan en revistas.
• Acceso: búsqueda web por estructura o palabra clave, una API REST y archivos Parquet masivos que se actualizan cada dos semanas.
• Licencia: CC BY 4.0.

Consulta en lenguaje natural: "Resuelve el nombre cetirizine como compuesto de SureChEMBL."

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

Respuesta real (recortada): "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N". Después puedes buscar en la interfaz web las patentes que contienen esa estructura.

¿Y DrugBank y el NIST Chemistry WebBook?

DrugBank es una base de conocimiento detallada sobre fármacos aprobados y en investigación, sus dianas, su metabolismo y sus interacciones. Se puede consultar gratis, pero las descargas requieren una cuenta; los conjuntos de datos académicos tienen licencia CC BY-NC 4.0 para uso no comercial, y el uso comercial necesita una licencia de pago. Considérala "gratuita para leer, no para reutilizar".

El NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69) ofrece datos termoquímicos, espectros IR en fase gaseosa y espectros de masas por ionización electrónica de muchas moléculas pequeñas. Se puede consultar gratis en línea, por ejemplo https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI, pero los datos tienen derechos de autor y la redistribución masiva requiere permiso del NIST.

¿Qué base de datos química debo usar?

¿Cómo uso estas bases de datos con MolDraw?

La mayoría de las bases de datos buscan mejor con un identificador legible por máquina que con un nombre. MolDraw te da esos identificadores directamente a partir de un dibujo:

1. Dibuja la estructura en el editor de MolDraw (o pega un nombre con nombre a estructura).
2. Copia el SMILES desde la fila superior de opciones. Copy as… en el menú contextual también da los formatos InChI y MOL (consulta el capítulo sobre SMILES del curso de MolDraw).
3. Genera un InChIKey con el convertidor de SMILES a InChIKey. Los InChIKeys son la clave de coincidencia exacta más fiable en PubChem, ChEMBL, ChEBI y UniChem.
4. Consulta: pega el SMILES en la búsqueda por estructura de una base de datos, o pon el InChIKey en una de las URL REST de arriba.
5. Trae los resultados de vuelta: convierte un CID de PubChem con el convertidor de CID a SMILES o un InChIKey con InChIKey a SMILES y pégalo en MolDraw para editarlo.

Ejemplo resuelto: ¿cómo comparo análogos de la cetirizina?

Supón que estudias el antihistamínico cetirizina y quieres saber qué análogos cercanos existen, qué potencia tienen y si podrías comprar otros nuevos. Este es un flujo de trabajo con tres bases de datos; todas las cifras proceden de las consultas en vivo que hicimos.

Paso 1: identifícala en PubChem. Dibuja la cetirizina en MolDraw, copia el SMILES y búscala:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem devuelve el CID 2678, C21H25ClN2O3, PM 388,9, XLogP 1,7, TPSA 53 e InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N.

Paso 2: encuentra análogos en PubChem. La consulta de similitud 2D (umbral 90) devuelve compuestos relacionados, como la hidroxizina (CID 3658, el fármaco del que deriva la cetirizina) y la levocetirizina (CID 1549000, su enantiómero puro), además de sus sales. Una búsqueda de subestructura sobre el núcleo clorobenzhidrilpiperazina añade la clorciclizina, la meclizina y la buclizina.

Paso 3: compara la actividad en ChEMBL. Busca el InChIKey en ChEMBL:

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

Esto da CHEMBL1000 (fase máxima 4, aprobado por primera vez en 1995). Sus registros de actividad incluyen valores de Ki sobre el receptor H1 humano de entre 5,89 y 79 nM (pChEMBL 7,1–8,2) y una IC50 sobre hERG (KCNH2) mucho más débil, de unos 30 µM (pChEMBL de unos 4,5). Esa ventana de aproximadamente tres órdenes de magnitud es el tipo de comparación de selectividad que ChEMBL facilita. Una búsqueda de similitud, https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json, enumera la levocetirizina y las formas salinas de la cetirizina para compararlas del mismo modo.

Paso 4: busca análogos comprables en ZINC. Pega el SMILES en la búsqueda por similitud de CartBlanche22 para ver compuestos de fabricación bajo pedido que modifican la cadena lateral ácida o los anillos arílicos. Después comprueba en MolDraw las propiedades de cualquier resultado interesante, por ejemplo con la calculadora de la regla de Lipinski.

¿Cómo buscar bien en bases de datos químicas?

• Prefiere los InChIKeys para coincidencias exactas y los SMILES para búsquedas de similitud o subestructura. Los nombres son ambiguos ("vitamina C", sales, nombres comerciales).
• Ojo con las sales y los estereoisómeros. La cetirizina, el diclorhidrato de cetirizina y la levocetirizina son registros distintos en todas las bases de datos.
• Anota la versión o la fecha. Cita ChEMBL con su número de versión y registra la fecha en que consultaste PubChem.
• Respeta los límites de uso. PubChem pide no superar las 5 peticiones por segundo; agrupa los trabajos grandes o descarga los archivos masivos.
• Revisa la licencia antes de redistribuir. Consultar es gratis en todas las bases de datos de esta guía; volver a publicar los datos no siempre lo es.

Preguntas frecuentes

¿Cuál es la mayor base de datos química gratuita?

PubChem es la mayor base de datos química gratuita, con unos 124 millones de compuestos únicos y 349 millones de sustancias depositadas (consultado en octubre de 2026). ZINC-22 contiene más moléculas (unos 54 900 millones), pero la mayoría son compuestos virtuales que se fabrican bajo pedido para cribado, no sustancias caracterizadas.

¿Qué diferencia hay entre PubChem y ChEMBL?

PubChem es un agregador amplio que intenta cubrir todas las sustancias químicas depositadas, así que es la mejor opción para identificar compuestos y consultar propiedades. ChEMBL es más pequeña, pero está curada manualmente para la bioactividad, con valores de potencia estandarizados vinculados a dianas, así que es la mejor opción para preguntas de estructura–actividad y de descubrimiento de fármacos.

¿ZINC es gratuita para uso comercial?

Según la licencia de ZINC de la UCSF, ZINC es de uso y descarga gratuitos para todos, incluidas las empresas. La restricción es la redistribución: no puedes redistribuir partes importantes de ZINC sin permiso por escrito del equipo de ZINC. Los compuestos en sí deben comprarse a los proveedores indicados.

¿Qué base de datos gratuita tiene espectros de RMN?

nmrshiftdb2 es la principal base de datos gratuita de RMN, con 70 030 espectros medidos para 271 817 estructuras (consultado en octubre de 2026) y predicción integrada de ¹H y ¹³C. Las páginas de compuestos de PubChem también enlazan a espectros de otras fuentes, y el NIST Chemistry WebBook cubre espectros IR y de masas, no de RMN.

¿Qué base de datos gratuita tiene espectros de masas?

MassBank contiene 139 006 registros de espectros de masas experimentales (consultado en octubre de 2026), sobre todo espectros de MS/MS de moléculas pequeñas, con licencias Creative Commons por registro. El NIST Chemistry WebBook ofrece en línea espectros de masas por ionización electrónica de muchas moléculas pequeñas.

¿Puedo buscar en bases de datos químicas por estructura?

Sí. PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT y SureChEMBL admiten búsqueda por estructura, normalmente dibujando o pegando un SMILES. Puedes dibujar la molécula en MolDraw, copiar su SMILES y pegarlo en la búsqueda por estructura de la base de datos, o hacer consultas exactas, de subestructura o de similitud a través de sus API.

¿Qué base de datos química es la mejor para estudiantes?

Empieza con PubChem para nombres, propiedades y datos de seguridad, ChEBI para definiciones y clases de compuestos y el RCSB PDB para estructuras 3D. Las tres son gratuitas, no requieren cuenta y tienen interfaces web claras. Añade ChEMBL cuando estudies farmacología y nmrshiftdb2 cuando aprendas RMN.

¿Qué es una base de datos de bioactividad?

Una base de datos de bioactividad almacena los efectos medidos de compuestos sobre dianas biológicas, como valores de IC50, Ki o EC50, vinculados al ensayo y a la proteína. ChEMBL es la principal base de datos de bioactividad gratuita; PubChem BioAssay contiene resultados de cribado depositados por laboratorios y centros de cribado.

¿DrugBank es gratuita?

DrugBank se puede consultar gratis en línea, y los usuarios académicos pueden descargar conjuntos de datos con licencia CC BY-NC 4.0 tras registrarse. El uso comercial, incluido el uso en productos o servicios comerciales, requiere una licencia de pago de DrugBank.

¿Cómo convierto un CID de PubChem en un ID de ChEMBL?

Usa UniChem. Busca el InChIKey del compuesto (PubChem lo muestra en cada página de compuesto) y envíalo a la API de compuestos de UniChem, que devuelve los identificadores correspondientes de ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB y otros. Para la aspirina, el InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N vincula el CID 2244 con CHEMBL25.

Fuentes

• PubChem: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · documentación de PUG-REST · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL: ebi.ac.uk/chembl · documentación de la API · licencia e información · anuncio de la versión ChEMBL 37
• ChEBI: ebi.ac.uk/chebi · lanzamiento de ChEBI 2.0 · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC: CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · licencia de ZINC de la UCSF
• RCSB PDB: rcsb.org · Data API · Search API · política de uso
• UniChem: ebi.ac.uk/unichem · documentación de la API
• nmrshiftdb2: nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank: massbank.eu · API de MassBank · formato de registro y licencias
• COCONUT: coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
• SureChEMBL: surechembl.org · anuncio de SureChEMBL 2.0 · preguntas frecuentes y licencia
• DrugBank: go.drugbank.com · licencias académicas
• NIST Chemistry WebBook: webbook.nist.gov/chemistry · licencias de NIST SRD