SDF 轉 InChI 工具
簡而言之:將 SDF 或 MOL 區塊轉換為標準 InChI 字串,用於索引與搜尋。完全免費,在網頁瀏覽器中執行,不需下載。
貼上 SDF 或 MOL 區塊,並將其轉換為標準 InChI 字串。
InChI 會顯示在這裡。
輸入與輸出格式
| 輸入:SDF | 輸出:InChI | |
|---|---|---|
| 全名 | SDF(結構資料檔) | InChI(IUPAC 國際化學識別碼) |
| 內容 | 一筆或多筆 MOL 紀錄,各自可附帶資料欄位,以 $$$$ 分隔。 | 由結構產生的分層文字識別碼。標準 InChI 在任何程式中都相同。 |
| 檔案或形式 | .sdf | 以 InChI=1S/ 開頭的文字 |
檔案格式說明
SDF 以 MOL 格式的原子與鍵區塊儲存分子紀錄,並可附加性質欄位,常用於化合物庫與篩選資料集。
InChI 是 IUPAC 制定的標準化識別碼,以分層文字形式表示分子。將 SDF 轉換為 InChI 有助於建立穩定的識別碼,用於搜尋、索引與去除重複。
若 SDF 含有多筆紀錄,請逐筆仔細轉換與檢查。鹽類結構、混合物、立體化學與缺少的氫原子都可能影響所得的 InChI。
關於 SDF 檔
SDF(structure-data file,結構資料檔)基本上是多筆 MOL 紀錄串接而成。每筆紀錄後面可接 > <NAME> 或 > <CAS> 等資料欄位,並以含有 $$$$ 的一行結束。化合物庫、PubChem 下載與供應商型錄常使用 SDF,因為一個檔案就能容納數千個分子及其性質。
為什麼要產生 InChI
標準 InChI 為每個結構提供與原子順序和畫法無關的標準識別碼,適用於合併化合物庫、去除重複,以及與公開資料庫比對化合物。
使用方式
- 用純文字編輯器開啟 .sdf 檔。
- 複製一筆紀錄(從標題列到
$$$$)並貼上。 - 轉換並複製 InChI,或用 InChI 轉 InChIKey 將其縮短。
疑難排解
- 含有特殊元素、查詢原子或 R 基團的紀錄,可能無法產生標準 InChI。
- 大型檔案一次處理幾筆紀錄會比較容易。
- 請保留原本的空格;SDF 連接表是依欄位對齊的。
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