Konwerter MOL na InChI
W skrócie: Zamieniaj bloki struktur MOL lub SDF na standardowe identyfikatory InChI do pracy z danymi chemicznymi. Narzędzie jest darmowe, działa w przeglądarce i nie wymaga instalacji.
Wklej blok MOL lub SDF i zamień go na standardowy identyfikator InChI.
Formaty wejściowe i wyjściowe
| Dane wejściowe: plik MOL | Wynik: InChI | |
|---|---|---|
| Pełna nazwa | Plik MOL (MDL Molfile) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Co zawiera | Lista atomów ze współrzędnymi 2D lub 3D i tabela wiązań dla jednej cząsteczki. | Warstwowy identyfikator tekstowy tworzony na podstawie struktury. Standardowy InChI jest taki sam w każdym programie. |
| Plik lub postać | .mol | Tekst zaczynający się od InChI=1S/ |
Formaty plików w skrócie
MOL przechowuje cząsteczkę jako tabele atomów i wiązań, często ze współrzędnymi 2D lub 3D. Przydaje się do wymiany edytowalnych struktur.
InChI to standardowy identyfikator tekstowy generowany ze struktury. Przydaje się do wyszukiwania, indeksowania, rejestracji i porównywania rekordów chemicznych w różnych bazach danych.
Jakość konwersji zależy od tego, czy plik MOL ma jednoznaczne atomy, wiązania, ładunki i stereochemię. Sprawdź wygenerowany InChI pod kątem soli, tautomerów i warstw stereochemicznych.
O plikach MOL
Plik MOL (MDL Molfile) przechowuje pojedynczą strukturę jako tablicę połączeń: nagłówek, wiersz liczników, blok atomów ze współrzędnymi x, y, z i symbolami pierwiastków oraz blok wiązań wskazujący, które atomy są połączone i jakim rzędem wiązania. Większość programów chemicznych potrafi eksportować MOL, dlatego jest to popularny format wymiany. Istnieją dwie wersje: V2000, klasyczny format o stałych kolumnach, i V3000, który obsługuje większe cząsteczki i więcej funkcji.
Dlaczego warto konwertować na InChI
InChI daje standardowy identyfikator, który nie zależy od kolejności atomów ani współrzędnych rysunku. Dwa pliki MOL tej samej cząsteczki narysowanej inaczej dają ten sam standardowy InChI, co ułatwia wykrywanie duplikatów i przeszukiwanie baz danych.
Jak z niego korzystać
- Otwórz plik .mol w edytorze tekstu i skopiuj całą zawartość, łącznie z wierszami nagłówka i ostatnim wierszem
M END. - Wklej go do pola danych i przekonwertuj.
- Skopiuj InChI lub skróć go dalej narzędziem InChI na InChIKey.
Rozwiązywanie problemów: pliki MOL są wrażliwe na kolumny, więc plik przeformatowany przez edytor tekstu (np. Word) może nie zadziałać. Kopiuj ze zwykłego edytora tekstu.
Ostatnia aktualizacja: