Porównuj analogi obok siebie za pomocą podobieństwa Tanimoto w MolDraw
Krótka odpowiedź: Zainstaluj Compare molecules w Settings › Plugins, narysuj cząsteczkę referencyjną, otwórz kartę Compare i naciśnij Add canvas. Wklej inne struktury jako SMILES, po jednej w wierszu, i naciśnij Add SMILES. Każdy wiersz pokazuje wynik podobieństwa strukturalnego (Tanimoto), wynik podobieństwa funkcjonalnego i krótką listę zmian. Naciśnij CSV, aby wyeksportować tabelę.
Po co wyrażać „podobieństwo” liczbą?
Chemicy ciągle mówią, że dwie cząsteczki są „podobne”. Zapytaj trzy osoby, jak podobne są paracetamol i aspiryna, a dostaniesz trzy odpowiedzi. Wynik podobieństwa daje wszystkim tę samą miarę.
Ma to znaczenie, gdy pracujesz nad serią analogów, wybierasz związki do testów lub uczysz zależności struktura–aktywność. Wynik pozwala uszeregować listę, zamiast oceniać ją na oko. Lista zmian mówi, co rzeczywiście różni się od referencji.
Co oznacza podobieństwo Tanimoto
Program najpierw zamienia każdą cząsteczkę w fingerprint (odcisk molekularny): długi ciąg bitów włączonych lub wyłączonych. Każdy bit zapisuje, czy obecna jest dana cecha strukturalna, np. pierścień lub mały fragment.
Współczynnik Tanimoto porównuje dwa fingerprinty. Policz bity ustawione w obu cząsteczkach i podziel przez liczbę bitów ustawionych w którejkolwiek z nich. Jeśli cząsteczka A ma włączonych a bitów, B ma b bitów, a wspólnych jest c, to T = c / (a + b − c). Wynik 1 (100%) oznacza identyczne fingerprinty. Wynik 0 oznacza brak wspólnych cech.
Pamiętaj o trzech rzeczach:
- Wynik zależy od fingerprintu. Ta sama para może mieć różne wyniki w różnych programach, więc porównuj liczby tylko w obrębie jednego narzędzia.
- Takie fingerprinty pomijają stereochemię. Dwa enancjomery dostają ten sam fingerprint.
- Podobne struktury często, ale nie zawsze, mają podobną aktywność. Mała zmiana może wyłączyć aktywność.
Co pokazuje wtyczka
| Podobieństwo strukturalne | Wynik Tanimoto na fingerprincie strukturalnym (te same atomy i wiązania). |
|---|---|
| Podobieństwo funkcjonalne | Podobieństwo cech farmakoforowych: donorów i akceptorów wiązań wodorowych, pierścieni aromatycznych, ładunków, halogenów i grup hydrofobowych. |
| Zmiany | Różnice względem referencji opisane prostym językiem, np. Cl → H, oraz uwagi, np. o różnicy w centrum stereogenicznym lub protonowaniu. |
| 2D, 3D, Properties | Rysunki obok siebie z pokolorowanymi różnicami, nałożenie 3D z RMSD oraz tabela właściwości fizykochemicznych i lekopodobieństwa. |
| CSV | Eksportuje tabelę porównania z wynikami, zmianami i wartościami właściwości. |
Jak zainstalować Compare molecules
- Otwórz edytor MolDraw i zaloguj się. Wystarczy darmowe konto.
- Kliknij Settings (koło zębate), a potem Plugins.
- Kliknij Install obok Compare Molecules. W panelu analiz pojawi się karta Compare.
Jak porównać serię krok po kroku
- Narysuj cząsteczkę referencyjną na płótnie.
- Otwórz kartę Compare i naciśnij Add canvas. Pierwsza cząsteczka na liście jest referencją. Jeśli na płótnie jest kilka cząsteczek, dodawana jest każda z nich.
- Wklej kolejne struktury w polu SMILES, po jednej w wierszu. Po spacji możesz dodać nazwę, np.
CC(=O)Nc1ccc(O)cc1 paracetamol. - Naciśnij Add SMILES. Każdy wiersz pokazuje teraz swoje wyniki względem referencji.
- Kliknij wiersz, aby zobaczyć Reference i Selected obok siebie. Kolorowe atomy oznaczają różnice typu Stereo, Charge i Not shared. Gdy obie cząsteczki mają wspólny rdzeń, zaznacz Overlay, aby narysować jedną na drugiej.
- Przełącz na 3D i naciśnij Run 3D comparison, aby nałożyć konformery, albo na Properties, aby zobaczyć tabelę właściwości obok siebie.
- Kliknij gwiazdkę w dowolnym wierszu, aby uczynić go nową referencją. Naciśnij CSV, aby zapisać tabelę, lub Clear, aby zacząć od nowa.
Jak używać jej na zajęciach i w laboratorium
- Nauczanie stereoizomerii: porównaj cząsteczkę z jej enancjomerem. Wynik Tanimoto wynosi 100%, a mimo to uwaga mówi, że struktury różnią się w centrum stereogenicznym. To pokazuje uczniom, dlaczego fingerprint nie mówi wszystkiego.
- Kwasy i ich sole: porównaj kwas karboksylowy z jego anionem karboksylanowym. Wtyczka zgłasza, że szkielet jest ten sam, a różni się ładunek lub protonowanie.
- Serie analogów: wklej listę analogów i przeczytaj kolumnę zmian. Od razu widać, którą pozycję pierścienia lub który podstawnik zmienia każdy z nich.
- Zmiany szkieletu (scaffold hopping): niski wynik strukturalny przy wyższym wyniku funkcjonalnym może sugerować, że nowy szkielet zachowuje podobne cechy, takie jak donory, akceptory i pierścienie aromatyczne.
- Trafienia z baz danych: we wtyczce ChEMBL użyj Send to Compare, aby dodać związek prosto do tabeli.
Wskazówki i uczciwe ograniczenia
- Czytaj kolumnę uwag, nie tylko wynik. Wynik Tanimoto 100% może nadal ukrywać różnice stereochemii lub ładunku.
- Rysuj kliny tam, gdzie stereochemia ma znaczenie, aby wtyczka porównywała zamierzone konfiguracje.
- Wyniki podobieństwa nie przewidują aktywności. Używaj ich do uporządkowania serii, a potem sprawdzaj dane.
- Wartości na karcie Properties są szacunkowe. Wiersze oznaczone gwiazdką używają zastępczego deskryptora.
- Potrzebujesz SMILES z nazw? Użyj konwertera nazw na SMILES, a potem wklej wyniki.
Sprawdzasz lekopodobieństwo serii? Połącz tabelę z kalkulatorem reguły pięciu Lipinskiego.
Pytania i odpowiedzi
Co oznacza wynik Tanimoto równy 100%?
Dwa odciski (fingerprinty) są identyczne. Nie zawsze oznacza to, że cząsteczki są identyczne, bo fingerprint pomija stereochemię. Wtyczka podaje różnice w centrach stereogenicznych i ładunkach osobno, w uwagach.
Czym różni się podobieństwo strukturalne od funkcjonalnego?
Podobieństwo strukturalne to wynik Tanimoto obliczony na fingerprincie strukturalnym, więc nagradza te same atomy i wiązania. Podobieństwo funkcjonalne porównuje cechy farmakoforowe: donory i akceptory wiązań wodorowych, pierścienie aromatyczne, ładunki, halogeny i grupy hydrofobowe.
Czy mogę zmienić cząsteczkę referencyjną?
Tak. Pierwsza dodana cząsteczka jest referencyjna. Kliknij gwiazdkę w dowolnym wierszu, aby ta cząsteczka stała się referencją, a wyniki zostaną przeliczone względem niej.
Czy wtyczka Compare molecules jest darmowa?
Tak. Instalujesz ją z darmowym kontem MolDraw. Porównanie jest obliczane w Twojej przeglądarce za pomocą OpenChemLib.