Convertisseur MOL en InChI
En bref : convertissez des blocs de structure MOL ou SDF en identifiants InChI standard pour vos flux de données chimiques. C'est gratuit, cela fonctionne dans votre navigateur et ne nécessite aucun téléchargement.
Collez un bloc MOL ou SDF et convertissez-le en identifiant InChI standard.
Formats d'entrée et de sortie
| Entrée : fichier MOL | Sortie : InChI | |
|---|---|---|
| Nom complet | Fichier MOL (MDL Molfile) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Contenu | Une liste d'atomes avec coordonnées 2D ou 3D et une table de liaisons pour une molécule. | Un identifiant textuel en couches construit à partir de la structure. L'InChI standard est le même dans tous les logiciels. |
| Fichier ou forme | .mol | Texte commençant par InChI=1S/ |
Les formats de fichier expliqués
MOL enregistre une molécule sous forme de tables d'atomes et de liaisons, souvent avec des coordonnées 2D ou 3D. Il est utile pour échanger des structures modifiables.
InChI est un identifiant textuel normalisé généré à partir de la structure. Il est utile pour la recherche, l'indexation, l'enregistrement et la comparaison de fiches chimiques entre bases de données.
La qualité de la conversion dépend de la clarté des atomes, liaisons, charges et de la stéréochimie dans le fichier MOL. Vérifiez l'InChI généré pour les sels, les tautomères et les couches stéréochimiques.
À propos des fichiers MOL
Un fichier MOL (MDL Molfile) enregistre une seule structure sous forme de table de connexion : un en-tête, une ligne de comptage, un bloc d'atomes avec les coordonnées x, y, z et les symboles des éléments, et un bloc de liaisons indiquant quels atomes sont reliés et avec quel ordre de liaison. La plupart des logiciels de chimie savent exporter en MOL, ce qui en fait un format d'échange courant. Il existe deux versions : V2000, le format classique à colonnes fixes, et V3000, qui prend en charge des molécules plus grandes et davantage de fonctionnalités.
Pourquoi convertir en InChI
L'InChI fournit un identifiant standard qui ne dépend ni de l'ordre des atomes ni des coordonnées du dessin. Deux fichiers MOL de la même molécule dessinée différemment donnent le même InChI standard, ce qui facilite la détection de doublons et la recherche dans les bases de données.
Mode d'emploi
- Ouvrez le fichier .mol dans un éditeur de texte et copiez tout, y compris les lignes d'en-tête et la ligne finale
M END. - Collez-le dans la zone de saisie et lancez la conversion.
- Copiez l'InChI, ou raccourcissez-le encore avec le convertisseur InChI en InChIKey.
Dépannage : les fichiers MOL sont sensibles aux colonnes ; un fichier reformaté par un traitement de texte peut donc échouer. Copiez-le depuis un éditeur de texte brut.
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