MOL-in-InChI-Konverter
Kurz gesagt: Wandle MOL- oder SDF-Strukturblöcke in Standard-InChI-Kennungen für Chemie-Datenworkflows um. Das Tool ist kostenlos, läuft im Webbrowser und braucht keinen Download.
Füge einen MOL- oder SDF-Block ein und wandle ihn in eine Standard-InChI-Kennung um.
Eingabe- und Ausgabeformate
| Eingabe: MOL-Datei | Ausgabe: InChI | |
|---|---|---|
| Vollständiger Name | MOL-Datei (MDL Molfile) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Inhalt | Eine Atomliste mit 2D- oder 3D-Koordinaten und eine Bindungstabelle für ein Molekül. | Eine schichtweise aufgebaute Textkennung, die aus der Struktur erzeugt wird. Der Standard-InChI ist in jedem Programm gleich. |
| Datei oder Form | .mol | Text, der mit InChI=1S/ beginnt |
Dateiformate erklärt
MOL speichert ein Molekül als Atom- und Bindungstabellen, oft mit 2D- oder 3D-Koordinaten. Das Format eignet sich für den Austausch bearbeitbarer Strukturen.
InChI ist eine standardisierte Textkennung, die aus der Struktur erzeugt wird. Sie eignet sich für Suche, Indexierung, Registrierung und den Vergleich chemischer Datensätze über Datenbanken hinweg.
Die Qualität der Umwandlung hängt davon ab, dass Atome, Bindungen, Ladungen und Stereochemie in der MOL-Datei eindeutig sind. Prüfe den erzeugten InChI auf Salze, Tautomere und Stereo-Schichten.
Über MOL-Dateien
Eine MOL-Datei (MDL Molfile) speichert eine einzelne Struktur als Verknüpfungstabelle: einen Kopf, eine Zählzeile, einen Atomblock mit x-, y-, z-Koordinaten und Elementsymbolen sowie einen Bindungsblock, der angibt, welche Atome mit welcher Bindungsordnung verbunden sind. Die meisten Chemieprogramme können MOL exportieren, daher ist es ein verbreitetes Austauschformat. Es gibt zwei Versionen: V2000, das klassische Format mit festen Spalten, und V3000, das größere Moleküle und mehr Funktionen unterstützt.
Warum in InChI umwandeln?
InChI liefert eine Standardkennung, die weder von der Atomreihenfolge noch von den Zeichenkoordinaten abhängt. Zwei unterschiedlich gezeichnete MOL-Dateien desselben Moleküls ergeben denselben Standard-InChI. So lassen sich Duplikate leicht finden und Datenbanken durchsuchen.
So funktioniert es
- Öffne die .mol-Datei in einem Texteditor und kopiere alles, einschließlich der Kopfzeilen und der letzten Zeile
M END. - Füge sie in das Eingabefeld ein und wandle sie um.
- Kopiere den InChI oder kürze ihn mit InChI in InChIKey weiter.
Fehlerbehebung: MOL-Dateien sind spaltengenau formatiert, daher kann eine von einem Textverarbeitungsprogramm umformatierte Datei fehlschlagen. Kopiere aus einem reinen Texteditor.
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