MolDraw 中的纽曼投影式:旋转化学键、判断构象名称并查看张力
简答:在免费的 MolDraw 编辑器中画出分子,右键点击一个单键并选择 Newman Projection(在手机或平板上长按该键并点按 Newman)。拖动 Rotate the back carbon,或点按 Anti 180°、Gauche 60°、Eclipsed 120° 或 Syn 0°。MolDraw 会给出构象名称,显示二面角和估算的张力能,并允许你 Add to canvas 或 Download PNG。
纽曼投影式显示什么
纽曼投影式是沿一个碳–碳键直视的视图。前方碳原子是一个圆点,后方碳原子是一个圆圈,每个碳上的三个键向外伸出。绕该键转动后方碳原子会改变构象,但不会断开任何键。前方键与后方键之间的夹角就是二面角(也称扭转角)。
| 交叉式 | 后方的键位于前方的键正中间,相隔 60°。扭转张力最低。 |
|---|---|
| 重叠式 | 后方的键与前方的键前后对齐,夹角 0°。扭转张力最高。 |
| 对位交叉(anti) | 交叉式,两个最大基团相隔 180°。通常是最稳定的构象。 |
| 邻位交叉(gauche) | 交叉式,两个最大基团相隔 60°。有少量空间张力。 |
| 全重叠(syn) | 重叠式,两个最大基团前后重叠,夹角 0°。通常是最不稳定的构象。 |
关于椅式构象、直立键与平伏键基团以及 A 值的原理,请参阅椅式构象与纽曼投影式指南。本文介绍如何用编辑器中的纽曼工具亲手探索构象。
如何打开纽曼投影式
- 在编辑器中画出分子。经典例子是把丁烷画成四个碳的锯齿链。不需要画出氢原子。
- 右键点击要沿其观察的键(这里是中间的 C–C 键),选择 Newman Projection。在触摸屏上,长按该键并在快捷菜单中点按 Newman。
- 投影式随即打开。它是根据结构的 3D 模型生成的,所以你看到的角度是真实的角度。如果 3D 模型仍在生成,对话框会提示,稍后投影式就会出现。
纽曼投影式对话框导览
| 标题栏 | “Looking down C2→C3”:前方原子(圆点)和后方原子(圆圈),编号与你的绘图一致。 |
|---|---|
| 投影式 | 前方的键用深色从中心画出,后方的键用灰色从圆圈画出。基团写成 CH₃、CH₂CH₃、OH 或 CH(CH₃)₂。 |
| 构象标签 | Anti、Gauche、Eclipsed、Syn 或 Staggered,附最大基团之间的二面角和一行说明。 |
| 旋转后方碳原子 | 从 −180° 到 +180° 的滑块,加上每种命名构象的一键按钮,以及返回初始几何构型的 3D pose。 |
| 张力能(估算值) | 当前数值以及整个 360° 旋转的曲线。点击曲线可跳到该角度。 |
| 按钮 | Swap front and back、Show rest of molecule、Add to canvas 和 Download PNG。按 Esc 或点击对话框外部即可关闭。 |
旋转化学键:对位交叉、邻位交叉、重叠和全重叠
拖动滑块,观察后方碳原子转动。经过每种构象时标签名称都会变化,张力曲线上的圆点也会跟着移动。四个按钮可以直接跳到两个最大基团的教科书构象。
在重叠构象中,后方的键恰好位于前方的键后面。MolDraw 像教科书一样把它画得偏开几度,这样你仍能看到并标注两个基团。标签中的二面角是真实值。
张力能曲线
该曲线显示化学键旋转一整圈时能量的变化。它是根据每对重叠或邻位交叉基团的标准教科书增量估算的:
| 重叠 H / H | 1.0 kcal/mol |
|---|---|
| 重叠 H / CH₃ | 1.4 kcal/mol |
| 重叠 CH₃ / CH₃ | 2.6 kcal/mol(基团大于甲基时为 3.0) |
| 邻位交叉 CH₃ / CH₃ | 0.9 kcal/mol |
对丁烷而言,这些增量给出:对位交叉 0.0、邻位交叉 0.9、重叠(CH₃ 对 H)3.8、全重叠 4.6 kcal/mol(0、3.8、16 和 19 kJ/mol),与有机化学教科书中的数值一致(邻位交叉约 0.9、重叠约 3.6、全重叠约 4.5–5 kcal/mol)。对乙烷而言,三对重叠的 H/H 给出熟悉的 3.0 kcal/mol 能垒。
这些数值是教学用的估算,不是力场计算。要按能量对整个分子的真实构象异构体排序,请使用 3D 面板中的 Conformers…,它会用 MMFF94 优化每一个构象。
易读的基团标签
每个基团都按教科书的写法书写,所用的氢来自 3D 模型:
- 一个重原子:CH₃、OH、NH₂、Cl。
- 短链:CH₂CH₃、CH₂OH、CH₂CH₂CH₃。
- 由相同基团构成的支链:CH(CH₃)₂。
- 更大的基团以 R 结尾,例如 CH₂R。
- 绘图中带有别名或缩写的原子(Ph、OTs、Boc)保留该标签。
环上的键与分子的其余部分
点击 Show rest of molecule,还会画出两个成键碳原子以外的原子。后半部分会随滑块转动。这对环最有用。在椅式环己烷中,每个环键都是邻位交叉,投影式会显示环在圆圈后方闭合。
Swap front and back 从另一端沿同一个键观察。构象不变,但前后基团互换位置,这是常见的考题。
把投影式放进练习题
- Add to canvas 把投影式作为图片放到结构旁边。可以像其他对象一样移动和缩放,它会随绘图一起保存和导出。
- Download PNG 保存一张高分辨率图片(屏幕尺寸的三倍),用于文档、幻灯片和在线学习平台测验。
例题
1. 乙烷:交叉式和重叠式
画出两个碳原子并打开纽曼投影式。只有氢时,标签显示 Staggered 或 Eclipsed。曲线有三个相等的峰,均为 3.0 kcal/mol,每转 120° 出现一个。
2. 沿 C2–C3 观察丁烷
从 3D 姿态(对位交叉)开始,然后依次点按 Gauche、Eclipsed 和 Syn。能量依次为 0.0 → 0.9 → 3.8 → 4.6 kcal/mol。对位交叉是全局极小值,两个邻位交叉构象是局部极小值。
3. 沿 C1–C2 观察丁烷
改为右键点击末端的键。前方碳上有三个氢,所以只有交叉式和重叠式。这说明了为什么只有丁烷的中间键才有对位交叉和邻位交叉构象。
4. 环己烷
右键点击任意环键,点击 Show rest of molecule。标签显示 Gauche,二面角接近 55–60°,这就是椅式构象没有重叠张力的原因。
概述
| 打开 | 右键点击单键 → Newman Projection(触摸屏上长按 → Newman) |
|---|---|
| 旋转 | 滑块、Anti / Gauche / Eclipsed / Syn 按钮,或点击张力曲线 |
| 读取 | 构象名称、二面角、以 kcal/mol 表示的估算张力 |
| 视图 | Swap front and back、Show rest of molecule |
| 分享 | Add to canvas、Download PNG |
常见错误
- 选择了连接端基碳的键。CH₃ 端的一侧只有氢,所以不存在对位交叉或邻位交叉。请选择内部的键。
- 混淆前后。圆点是前方碳原子;从圆圈出发的键属于后方碳原子。可以用 Swap front and back 检查。
- 把所有交叉式都叫作对位交叉。对位交叉指最大基团相隔 180°。在 60° 时是邻位交叉,尽管它仍然是交叉式。
- 把错开的画法当成实际角度。为了清晰,重叠的后方键画得略微偏开;标签中的二面角才是真实角度。
- 把张力当作精确能量。它是根据增量得到的估算值,非常适合比较构象,但不是计算得到的能量。
考试技巧
- 先画出最稳定的构象:交叉式,两个最大基团处于对位。
- 数相互作用:每个邻位交叉的 CH₃/CH₃ 增加约 0.9 kcal/mol,每对重叠基团增加相应的增量。
- 旋转 120° 时,交叉式仍为交叉式,重叠式仍为重叠式;旋转 60° 则在两者之间切换。
- 练习方法:先预测名称和能量,再点按钮核对。
问题与解答
如何在线画纽曼投影式?
在免费的 MolDraw 编辑器中画出分子,右键点击要沿其观察的单键,选择 Newman Projection。MolDraw 会根据结构的 3D 模型生成投影式,前方碳原子画成圆点,后方碳原子画成圆圈。
丁烷的哪种构象最稳定?
对位交叉构象,两个甲基相隔 180°。邻位交叉(60°)约高 0.9 kcal/mol,甲基与氢重叠的重叠构象约高 3.6–3.8 kcal/mol,甲基与甲基重叠的全重叠构象能量最高,约为 4.5–5 kcal/mol。
交叉式和重叠式有什么区别?
在交叉式构象中,后方碳原子上的键位于前方碳原子上的键之间,相隔 60°。在重叠式构象中,它们前后对齐,夹角为 0°。重叠的键之间相互排斥,称为扭转张力,因此交叉式能量较低。
纽曼投影式中的二面角是什么?
二面角(扭转角)是沿 C–C 键观察时,前方碳上的一个键与后方碳上的一个键之间的夹角。MolDraw 测量的是每个碳上最大基团之间的夹角,并显示在构象名称旁边。
MolDraw 中的张力能是如何计算的?
它是根据教科书中的增量估算的:每对重叠的 H/H 增加 1.0 kcal/mol,每对 H/CH₃ 增加 1.4,每对 CH₃/CH₃ 增加 2.6,每对邻位交叉的 CH₃/CH₃ 增加 0.9。它用于教学和比较构象,而不是力场或量子计算。
可以为环上的键画纽曼投影式吗?
可以。右键点击环上的键并选择 Newman Projection。点击 Show rest of molecule,可以看到环在投影式后方延续。在椅式环己烷中,每个环键都是邻位交叉,二面角约为 55–60°。
如何把纽曼投影式放进我的练习题?
点击 Add to canvas,把投影式作为图片放到结构旁边,你可以移动和缩放它,并导出整个绘图。或者点击 Download PNG,保存一张高分辨率图片,用于文档和幻灯片。