MolDrawのニューマン投影式:結合を回転させ、配座を判別し、ひずみを見る
要点:無料のMolDrawエディターで分子を描き、単結合を右クリックしてNewman Projectionを選びます(スマートフォンやタブレットでは結合を長押ししてNewmanをタップ)。Rotate the back carbonをドラッグするか、Anti 180°、Gauche 60°、Eclipsed 120°、Syn 0°をタップします。MolDrawが配座名を示し、二面角と推定ひずみエネルギーを表示し、Add to canvasやDownload PNGができます。
ニューマン投影式が示すもの
ニューマン投影式は、1本の炭素–炭素結合をまっすぐ見下ろした図です。手前の炭素は点、後ろの炭素は円で表され、各炭素の3本の結合が外側に伸びます。後ろの炭素を結合軸の周りに回転させると、どの結合も切らずに配座が変わります。手前の結合と後ろの結合がなす角が二面角(ねじれ角とも呼ばれる)です。
| ねじれ形 | 後ろの結合が手前の結合のちょうど中間、60°ずれた位置にある。ねじれひずみが最小。 |
|---|---|
| 重なり形 | 後ろの結合が手前の結合の真後ろ、0°の位置に重なる。ねじれひずみが最大。 |
| アンチ形 | ねじれ形で、最も大きな2つの基が180°離れている。通常、最も安定な形。 |
| ゴーシュ形 | ねじれ形で、最も大きな2つの基が60°離れている。わずかな立体ひずみがある。 |
| シン形(完全な重なり形) | 重なり形で、最も大きな2つの基が0°で重なっている。通常、最も不安定な形。 |
いす形配座、アキシアル位とエクアトリアル位の基、A値の理論については、いす形配座とニューマン投影式のガイドをご覧ください。この記事では、エディターのNewmanツールを使って配座を実際に操作しながら調べる方法を紹介します。
ニューマン投影式の開き方
- エディターで分子を描きます。定番の例として、ブタンを4つの炭素のジグザグで描きます。水素を描く必要はありません。
- 見下ろしたい結合(ここでは中央のC–C結合)を右クリックし、Newman Projectionを選びます。タッチスクリーンでは、結合を長押ししてクイックメニューのNewmanをタップします。
- 投影式が開きます。構造式の3Dモデルから作られるので、表示される角度は実際の値です。3Dモデルを作成中の場合はダイアログにそう表示され、少しして投影式が現れます。
ニューマン投影式ダイアログの各部
| ヘッダー | 「Looking down C2→C3」:手前の原子(点)と後ろの原子(円)を、図と同じ番号で示します。 |
|---|---|
| 投影式 | 手前の結合は中心から濃いインクで、後ろの結合は円から灰色で描かれます。基はCH₃、CH₂CH₃、OH、CH(CH₃)₂のように書かれます。 |
| 配座バッジ | Anti、Gauche、Eclipsed、Syn、Staggeredのいずれかと、最も大きな基どうしの二面角、1行の説明。 |
| 後ろの炭素を回転させる | −180°から+180°までのスライダーと、名前の付いた各配座のワンタップボタン、初期の形状に戻る3D pose。 |
| ひずみエネルギー(推定) | 現在の値と、360°回転全体の曲線。曲線をクリックするとその角度に移動します。 |
| ボタン | Swap front and back、Show rest of molecule、Add to canvas、Download PNG。Escキーまたは外側のクリックでダイアログを閉じます。 |
結合を回転させる:アンチ形、ゴーシュ形、重なり形、シン形
スライダーをドラッグすると、後ろの炭素が回転します。各配座を通過するたびにバッジの名前が変わり、ひずみ曲線上の点もついてきます。4つのボタンで、最も大きな2つの基についての教科書どおりの配座に直接移動できます。
重なり形では、後ろの結合は手前の結合のちょうど真後ろにあります。MolDrawは教科書と同じように数度横にずらして描くので、両方の基を見てラベルを付けられます。バッジの二面角は実際の値です。
ひずみエネルギー曲線
曲線は、1回転の間に結合のエネルギーがどう変わるかを示します。重なり合う、またはゴーシュの位置にある基の対ごとに、教科書の標準的な増分値から推定しています。
| 重なり形 H / H | 1.0 kcal/mol |
|---|---|
| 重なり形 H / CH₃ | 1.4 kcal/mol |
| 重なり形 CH₃ / CH₃ | 2.6 kcal/mol(基がメチルより大きい場合は3.0) |
| ゴーシュ形 CH₃ / CH₃ | 0.9 kcal/mol |
ブタンでは、これらの増分値からアンチ形0.0、ゴーシュ形0.9、重なり形(CH₃とHが重なる)3.8、シン形4.6 kcal/mol(0、3.8、16、19 kJ/mol)が得られ、有機化学の教科書の値(ゴーシュ形約0.9、重なり形約3.6、シン形約4.5〜5 kcal/mol)とよく一致します。エタンでは、重なり形のH/H対3つから、おなじみの3.0 kcal/molの回転障壁が得られます。
数値は教育用の推定値で、力場計算ではありません。分子全体の実際の配座異性体をエネルギー順に並べるには、3DパネルのConformers…を使ってください。各配座をMMFF94で最適化します。
読みやすい基のラベル
各基は、3Dモデルの水素を使って、教科書で書くのと同じ形で書かれます。
- 重原子1個:CH₃、OH、NH₂、Cl。
- 短い鎖:CH₂CH₃、CH₂OH、CH₂CH₂CH₃。
- 同じ基の枝分かれ:CH(CH₃)₂。
- それより大きいものはRで終わります(例:CH₂R)。
- 図の中で別名や略号(Ph、OTs、Boc)を持つ原子は、そのラベルのままです。
環内の結合と分子の残りの部分
Show rest of moleculeを押すと、結合した2つの炭素の先の原子も描かれます。後ろ半分はスライダーとともに回転します。これは特に環で役立ちます。いす形シクロヘキサンでは環内の結合はすべてゴーシュ形で、投影式には円の後ろで環が閉じる様子が表示されます。
Swap front and backは、同じ結合を反対側の端から見下ろします。配座は変わりませんが、手前と後ろの基が入れ替わります。これはよく出る試験問題です。
投影式をワークシートに入れる
- Add to canvasは、投影式を画像として構造式の横に配置します。他のオブジェクトと同じように移動や拡大縮小ができ、図とともに保存・エクスポートされます。
- Download PNGは、文書、スライド、LMSの小テスト用に高解像度画像(画面表示の3倍のサイズ)を保存します。
例題
1. エタン:ねじれ形と重なり形
2つの炭素を描いてニューマン投影式を開きます。水素しかないので、バッジにはStaggeredかEclipsedと表示されます。曲線には120°回転ごとに1つ、3.0 kcal/molの等しい山が3つあります。
2. C2–C3に沿ったブタン
3Dの初期配置(アンチ形)から始め、Gauche、Eclipsed、Synをタップします。エネルギーは0.0 → 0.9 → 3.8 → 4.6 kcal/molと変わります。アンチ形が全体の極小で、2つのゴーシュ形は局所的な極小です。
3. C1–C2に沿ったブタン
代わりに末端の結合を右クリックします。手前の炭素には水素が3つあるので、ねじれ形と重なり形しかありません。ブタンの中央の結合にだけアンチ形とゴーシュ形がある理由がわかります。
4. シクロヘキサン
環内の任意の結合を右クリックしてShow rest of moleculeを押します。バッジにはGaucheと二面角55〜60°付近が表示されます。これが、いす形に重なりひずみがない理由です。
概要
| 開く | 単結合を右クリック → Newman Projection(タッチ操作では長押し → Newman) |
|---|---|
| 回転 | スライダー、Anti / Gauche / Eclipsed / Synボタン、またはひずみ曲線のクリック |
| 読み取る | 配座名、二面角、kcal/mol単位の推定ひずみ |
| 表示 | Swap front and back、Show rest of molecule |
| 共有 | Add to canvas、Download PNG |
よくある間違い
- 末端の炭素への結合を選んでしまう。CH₃の端は片側が水素だけなので、アンチ形もゴーシュ形もありません。内部の結合を選んでください。
- 手前と後ろを取り違える。点が手前の炭素で、円から伸びる結合は後ろの炭素のものです。Swap front and backで確認しましょう。
- ねじれ形をすべてアンチ形と呼んでしまう。アンチ形は、最も大きな基どうしが180°離れていることを意味します。60°ならねじれ形であってもゴーシュ形です。
- ずらして描いた図を角度と読み違える。重なり形の後ろの結合は見やすさのために少し横にずらして描かれています。バッジの二面角が実際の角度です。
- ひずみを正確なエネルギーとして扱う。増分値からの推定値で、配座の比較には最適ですが、計算されたエネルギーではありません。
試験対策のヒント
- まず最も安定な配座を描きましょう:最も大きな2つの基がアンチの位置にあるねじれ形です。
- 相互作用を数えましょう:ゴーシュ形のCH₃/CH₃1つにつき約0.9 kcal/mol、重なり形の対はそれぞれの増分値を加えます。
- 120°回転すると、ねじれ形はねじれ形に、重なり形は重なり形に移ります。60°回転すると両者が入れ替わります。
- 名前とエネルギーを予想してから、ボタンを押して確かめる練習をしましょう。
質問と回答
オンラインでニューマン投影式を描くには?
無料のMolDrawエディターで分子を描き、見下ろしたい単結合を右クリックしてNewman Projectionを選びます。MolDrawは構造式の3Dモデルから投影式を作り、手前の炭素を点、後ろの炭素を円で表します。
ブタンで最も安定な配座はどれですか?
2つのメチル基が180°離れたアンチ形です。ゴーシュ形(60°)は約0.9 kcal/mol高く、メチル基が水素と重なる重なり形は約3.6〜3.8 kcal/mol高く、メチル基どうしが重なるシン形が約4.5〜5 kcal/molで最も高くなります。
ねじれ形と重なり形の違いは何ですか?
ねじれ形では、後ろの炭素の結合が手前の炭素の結合の間、60°ずれた位置にあります。重なり形では、それらが0°で前後に重なります。重なった結合どうしは反発し(ねじれひずみ)、そのためねじれ形のほうがエネルギーが低くなります。
ニューマン投影式の二面角とは何ですか?
二面角(ねじれ角)とは、C–C結合に沿って見たときの、手前の炭素の結合と後ろの炭素の結合がなす角です。MolDrawは各炭素上の最も大きな基どうしの間で測定し、配座名の横に表示します。
MolDrawのひずみエネルギーはどのように計算されますか?
教科書の増分値からの推定です。重なり形のH/H対1つにつき1.0 kcal/mol、H/CH₃対は1.4、CH₃/CH₃対は2.6、ゴーシュ形のCH₃/CH₃対は0.9を加えます。教育や配座の比較のためのもので、力場計算や量子化学計算ではありません。
環内の結合のニューマン投影式も作れますか?
はい。環内の結合を右クリックしてNewman Projectionを選びます。Show rest of moleculeを押すと、投影式の後ろに環が続く様子が見られます。いす形シクロヘキサンでは、環内の結合はすべてゴーシュ形で、二面角は約55〜60°です。
ニューマン投影式をワークシートに入れるには?
Add to canvasを押すと、投影式が画像として構造式の横に配置され、移動や拡大縮小をして図全体をエクスポートできます。またはDownload PNGを押すと、文書やスライド用の高解像度画像を保存できます。