Chuyển MOL sang InChI

Tóm tắt: Chuyển khối cấu trúc MOL hoặc SDF sang định danh InChI chuẩn cho các quy trình dữ liệu hóa học. Miễn phí, chạy ngay trên trình duyệt và không cần tải về.

Dán khối MOL hoặc SDF và chuyển thành định danh InChI chuẩn.

Giải thích định dạng tệp

MOL lưu một phân tử dưới dạng bảng nguyên tử và bảng liên kết, thường kèm tọa độ 2D hoặc 3D. Nó hữu ích để trao đổi cấu trúc có thể chỉnh sửa.

InChI là định danh văn bản chuẩn hóa được tạo từ cấu trúc. Nó hữu ích cho tìm kiếm, lập chỉ mục, đăng ký và so sánh bản ghi hóa học giữa các cơ sở dữ liệu.

Chất lượng chuyển đổi phụ thuộc vào việc tệp MOL có nguyên tử, liên kết, điện tích và hóa học lập thể rõ ràng. Hãy kiểm tra InChI tạo ra đối với muối, hỗ biến và các lớp lập thể.

Về tệp MOL

Tệp MOL (MDL Molfile) lưu một cấu trúc dưới dạng bảng kết nối: phần tiêu đề, dòng đếm, khối nguyên tử với tọa độ x, y, z và ký hiệu nguyên tố, và khối liên kết liệt kê các nguyên tử nào nối với nhau và theo bậc liên kết nào. Hầu hết phần mềm hóa học đều xuất được MOL nên đây là định dạng trao đổi phổ biến. Có hai phiên bản: V2000, định dạng cột cố định cổ điển, và V3000, hỗ trợ phân tử lớn hơn và nhiều tính năng hơn.

Vì sao nên chuyển sang InChI

InChI cho một định danh chuẩn không phụ thuộc vào thứ tự nguyên tử hay tọa độ vẽ. Hai tệp MOL của cùng một phân tử được vẽ khác nhau sẽ cho cùng một InChI chuẩn, giúp dễ kiểm tra trùng lặp hoặc tìm kiếm trong cơ sở dữ liệu.

Cách sử dụng

1. Mở tệp .mol bằng trình soạn thảo văn bản và sao chép toàn bộ, kể cả các dòng tiêu đề và dòng M END cuối cùng.
2. Dán vào ô nhập và chuyển đổi.
3. Sao chép InChI, hoặc rút gọn thêm bằng InChI sang InChIKey.

Khắc phục sự cố: tệp MOL phụ thuộc vào vị trí cột, nên tệp bị trình soạn thảo văn bản định dạng lại có thể bị lỗi. Hãy sao chép từ trình soạn thảo văn bản thuần.