วิธีวาดโมเลกุลแบบกรงในรูป 3D: คิวเบน อะดาแมนเทน และกรงโคออร์ดิเนชัน
คำตอบสั้น ๆ: อย่าพยายามวาดกรงเป็นภาพฉายแบนด้วยมือ ใน MolDraw ให้วางกรงจาก Library (การ์ดที่มีป้าย 3D จะปรากฏบนแคนวาสในแบบ 3D จริง) หรือวาดการเชื่อมต่อของอะตอมแบบ 2D แล้วกด 3D Clean Up (Shift+Ctrl+D) จากนั้นลากบนแคนวาสเพื่อหมุน และคลิก Flatten 3D pose เมื่อต้องการภาพ 2D ปกติสำหรับบทความหรือสไลด์
ทำไมโมเลกุลแบบกรงจึงวาดยาก
คิวเบน อะดาแมนเทน โดเดคะฮีเดรน และกรงโลหะ–อินทรีย์ มีลักษณะสามมิติโดยธรรมชาติ บนกระดาษ พันธะทุกพันธะต้องวาดเป็นภาพฉาย: บางพันธะตัดกัน ด้านหลังของกรงถูกด้านหน้าบัง และความผิดพลาดเล็กน้อยก็ทำให้ลูกบาศก์ดูเหมือนรูปหกเหลี่ยมแบน ๆ ภาพในตำราแก้ปัญหานี้ด้วยการเลือกมุมมองที่ดีและวาดพันธะที่อยู่ไกลให้จางลง
MolDraw ทำสิ่งเดียวกันนี้ให้คุณ โปรแกรมจะสร้างรูปทรงเรขาคณิต 3D จริง แสดงในมุมมองทัศนมิติบนแคนวาสพร้อมการแรเงาตามความลึก และให้คุณหมุนจนกว่ามุมมองจะอธิบายโครงสร้างได้ชัดเจน คุณเพียงเลือกมุมเท่านั้น
วิธีที่ 1: วางกรงจาก Library (เร็วที่สุด)
ขั้นตอนที่ 1. เปิด Library
ขั้นตอนที่ 2. เลือกกรงที่มีป้าย 3D
กรงมีอยู่หลายที่:
- Polyhedra: คิวเบน ปริซเมน อะดาแมนเทน โดเดคะฮีเดรน เตตระฮีเดรน
- Bridged Polycyclics, Organic & amine cages (กรงอิมีน CC1, CC3), Strained hydrocarbons (เพนตะปริซเมน ไดอะแมนเทน [1.1.1]โพรเพลเลน) และ 3D Templates
- แท็บ Supramolecular: กรงโคออร์ดิเนชัน เช่น กรง Pd₆(TPT)₄ ของ Fujita, Pd₂L₄, Fe₄L₆ และสี่เหลี่ยม Pd₄ รวมถึงคาทีเนนและโรแทกเซน
คุณยังพิมพ์ใน Search categories or templates… ได้ เช่น "adamantane" หรือ "Fujita cage"
ขั้นตอนที่ 3. คลิกบนแคนวาสเพื่อวาง
ขั้นตอนที่ 4. หมุนไปยังมุมมองที่ดีที่สุด
การลากแต่ละครั้งนับเป็นการเลิกทำหนึ่งขั้น ดังนั้น Ctrl+Z จะพาคุณกลับไปยังมุมก่อนหน้า กด Alt+D เพื่อเปิดหรือปิดการแรเงาตามความลึก
ขั้นตอนที่ 5. ทำให้แบนเป็นภาพ 2D
หากต้องการทิ้งมุมมอง 3D ให้คลิก Exit 3D: ท่าทางจะถูกยกเลิกและภาพวาดเดิมจะกลับมา หากศูนย์สเตอริโอไม่สามารถแสดงได้ถูกต้องจากมุมปัจจุบัน Flatten จะแจ้งให้ทราบ ให้หมุนเล็กน้อยแล้วลองอีกครั้ง
วิธีที่ 2: วาดกรงเอง แล้วให้ 3D Clean Up พับขึ้นรูป
สำหรับกรงที่ไม่มีในคลัง ให้วาดเพียงการเชื่อมต่อของอะตอม ไม่สำคัญว่าภาพร่าง 2D จะดูผิดหรือพันธะตัดกัน
- เลือกวงแหวนจากแถบวงแหวนด้านล่าง (สี่เหลี่ยม ห้าเหลี่ยม หกเหลี่ยม…) แล้วคลิกบนแคนวาส สำหรับคิวเบน ให้วางสี่เหลี่ยมสองรูป
- เลือกเครื่องมือพันธะเดี่ยว แล้วลากจากแต่ละอะตอมของวงแหวนหนึ่งไปยังอะตอมที่ตรงกันของอีกวงหนึ่งเพื่อปิดกรง เพิ่มสะพานด้วยวิธีเดียวกัน (สำหรับอะดาแมนเทน ให้วาดไซโคลเฮกเซนแล้วเชื่อมสะพานที่ตำแหน่ง 1,3,5 ด้วยหมู่ CH₂)
- ตรวจสอบสูตรในแผง Info: คิวเบนคือ C₈H₈ อะดาแมนเทนคือ C₁₀H₁₆
- กด 3D Clean Up ในแถบเครื่องมือด้านบน หรือ Shift+Ctrl+D MolDraw จะจัดภาพร่างให้เรียบร้อย สร้างโครงสร้าง 3D และสลับไปที่เครื่องมือ 3D View
วาดต่อในแบบ 3D คุณเพิ่มอะตอมและหมู่แทนที่ได้ขณะที่แสดงท่าทางอยู่ กด 3D Clean Up อีกครั้งเพื่อลดพลังงานรูปทรงเรขาคณิตใหม่: การวางแนวที่คุณเลือกจะคงไว้ และอะตอมใหม่จะเข้าตำแหน่ง 3D ที่เหมาะสม
กรงโคออร์ดิเนชันขนาดใหญ่
กรงโลหะ–อินทรีย์ขนาดใหญ่ที่มีอะตอมมากกว่า 100 อะตอมไม่สามารถสร้างจากภาพร่าง 2D ได้อย่างน่าเชื่อถือ เวอร์ชันในคลังจึงมาพร้อมแบบจำลอง 3D ที่ตรวจสอบแล้ว วางจากแท็บ Supramolecular และหมุนได้เหมือนคิวเบนทุกประการ หากต้องการวาดกรงของคุณเอง ให้เริ่มจากกรงในคลังแล้วแก้ไข หรือสร้างมุมหนึ่ง (โลหะกับลิแกนด์) แล้วใช้ Generate เพื่อสร้างสำเนาที่หมุนรอบจุดศูนย์กลาง
เคล็ดลับสำหรับภาพกรงที่ชัดเจน
- หลีกเลี่ยงมุมมองด้านข้างตรง ๆ หมุนกรงจนไม่มีอะตอมสองอะตอมซ้อนทับกันและไม่มีพันธะชี้ตรงมาที่คุณ
- ใช้ตัวช่วยบอกความลึก Fade ระดับปานกลางร่วมกับ Depth taper ดูดีเมื่อพิมพ์ ปิดทั้งสองอย่างหากต้องการภาพลายเส้นที่สะอาด
- ทำให้แบนเป็นขั้นตอนสุดท้าย เพิ่มป้ายกำกับและสีหลังจากทำให้แบนแล้ว เพื่อให้อยู่ในตำแหน่งที่คุณวางไว้
- ตรวจสอบตัวแสดงผล 3D แผงด้านขวาแสดงรูปทรงเรขาคณิตเดียวกันพร้อมไฮโดรเจน สำหรับวัดระยะทางหรือส่งออกไฟล์ 3D
คำถามและคำตอบ
วิธีที่ง่ายที่สุดในการวาดโมเลกุลแบบกรงคืออะไร?
วางจาก Library ของ MolDraw เทมเพลตกรง เช่น คิวเบน อะดาแมนเทน โดเดคะฮีเดรน และกรงโคออร์ดิเนชัน มีป้าย 3D และจะปรากฏบนแคนวาสในมุมมองทัศนมิติ 3D จริง พร้อมให้หมุนได้ทันที
ควรวาดโมเลกุลแบบกรงแบบ 2D หรือ 3D?
วาดการเชื่อมต่อของอะตอมแบบ 2D (พันธะตัดกันก็ไม่เป็นไร) แล้วกด 3D Clean Up (Shift+Ctrl+D) MolDraw จะสร้างรูปทรงเรขาคณิต 3D จริง แสดงในมุมมองทัศนมิติ และให้คุณหมุนได้ ซึ่งชัดเจนกว่าภาพฉายที่วาดด้วยมือมาก
จะหมุนโมเลกุลบนแคนวาสได้อย่างไร?
ขณะที่แสดงท่าทาง 3D อยู่ ให้ใช้เครื่องมือ 3D View (Alt+D) แล้วลากบนแคนวาส การลากแต่ละครั้งนับเป็นการเลิกทำหนึ่งขั้น
จะเปลี่ยนมุมมอง 3D เป็นภาพวาดปกติสำหรับบทความได้อย่างไร?
คลิก Flatten 3D pose มุมมองปัจจุบันจะกลายเป็นภาพวาด 2D ปกติที่คุณใส่ป้ายกำกับ ส่งออกเป็น SVG หรือ PDF หรือวางลงใน Word และ PowerPoint ได้