케이지 분자를 3D로 그리는 방법: 큐베인, 아다만테인, 배위 케이지
짧은 답: 케이지를 손으로 평면 투영도처럼 그리려고 하지 마세요. MolDraw에서는 Library에서 케이지를 배치하거나(3D 표시가 있는 카드는 실제 3D로 캔버스에 놓입니다), 연결 관계를 2D로 그린 뒤 3D Clean Up(Shift+Ctrl+D)을 누르세요. 그런 다음 캔버스에서 드래그하여 회전하고, 논문이나 슬라이드용 일반 2D 그림이 필요하면 Flatten 3D pose를 클릭합니다.
케이지 분자를 그리기 어려운 이유
큐베인, 아다만테인, 도데카헤드레인, 금속–유기 케이지는 본질적으로 3차원입니다. 종이 위에서는 모든 결합을 투영으로 그려야 하므로 일부 결합이 교차하고, 케이지의 뒤쪽이 앞쪽에 가려지며, 작은 실수 하나로 정육면체가 납작한 육각형처럼 보입니다. 교과서 그림은 좋은 시점을 고르고 먼 쪽 결합을 연하게 그려 이 문제를 해결합니다.
MolDraw는 이 작업을 대신해 줍니다. 실제 3D 구조를 만들고, 깊이 음영과 함께 원근으로 캔버스에 보여 주며, 구조가 잘 드러날 때까지 돌릴 수 있게 해 줍니다. 여러분은 각도만 정하면 됩니다.
방법 1: Library에서 케이지 배치하기 (가장 빠름)
1단계. Library 열기
2단계. 3D 표시가 있는 케이지 고르기
케이지는 여러 곳에 있습니다:
- Polyhedra: 큐베인, 프리즈메인, 아다만테인, 도데카헤드레인, 테트라헤드레인.
- Bridged Polycyclics, Organic & amine cages(CC1, CC3 이민 케이지), Strained hydrocarbons(펜타프리즈메인, 다이아만테인, [1.1.1]프로펠레인), 3D Templates.
- Supramolecular 탭: Fujita Pd₆(TPT)₄ 케이지, Pd₂L₄, Fe₄L₆, Pd₄ 사각형 같은 배위 케이지와 카테네인, 로택세인.
Search categories or templates…에 "adamantane"이나 "Fujita cage"처럼 입력해 검색할 수도 있습니다.
3단계. 캔버스를 클릭해 배치하기
4단계. 가장 잘 보이는 방향으로 회전하기
드래그 한 번이 실행 취소 한 단계이므로 Ctrl+Z로 이전 각도로 돌아갈 수 있습니다. Alt+D를 누르면 깊이 음영을 켜고 끌 수 있습니다.
5단계. 2D 그림으로 평면화하기
3D 보기를 버리고 싶다면 Exit 3D를 클릭하세요. 포즈가 삭제되고 원래 그림이 돌아옵니다. 현재 각도에서 입체 중심을 올바르게 표시할 수 없으면 Flatten이 알려 주니, 조금 돌린 뒤 다시 시도하세요.
방법 2: 케이지를 직접 그리고 3D Clean Up으로 접기
라이브러리에 없는 케이지는 연결 관계만 그리세요. 2D 스케치가 이상해 보이거나 결합이 교차해도 상관없습니다.
- 아래쪽 고리 막대에서 고리(사각형, 오각형, 육각형…)를 골라 캔버스를 클릭합니다. 큐베인이라면 사각형 두 개를 놓습니다.
- 단일 결합 도구를 선택하고 한 고리의 각 원자에서 다른 고리의 대응 원자로 드래그해 케이지를 닫습니다. 다리도 같은 방법으로 추가합니다(아다만테인은 사이클로헥세인을 그리고 1,3,5 위치를 CH₂ 기로 연결합니다).
- Info 패널에서 분자식을 확인하세요: 큐베인은 C₈H₈, 아다만테인은 C₁₀H₁₆입니다.
- 위쪽 도구 막대의 3D Clean Up을 누르거나 Shift+Ctrl+D를 누릅니다. MolDraw가 스케치를 정리하고 3D 구조를 만든 뒤 3D View 도구로 전환합니다.
3D 상태에서 계속 그리세요. 포즈가 표시된 상태에서도 원자와 치환기를 추가할 수 있습니다. 3D Clean Up을 다시 누르면 구조가 다시 최소화됩니다. 선택한 방향은 유지되고 새 원자는 올바른 3D 위치에 자리 잡습니다.
큰 배위 케이지
원자가 100개 이상인 큰 금속–유기 케이지는 2D 스케치로 안정적으로 만들 수 없으므로, 라이브러리 버전에는 검증된 3D 모델이 함께 제공됩니다. Supramolecular 탭에서 배치하고 큐베인과 똑같이 회전하세요. 나만의 케이지를 그리려면 라이브러리 케이지에서 시작해 편집하거나, 꼭짓점 하나(금속과 리간드)를 만든 뒤 Generate로 중심 주위에 회전된 복사본을 만드세요.
깔끔한 케이지 그림을 위한 팁
- 원자가 겹쳐 보이는 각도를 피하세요. 두 원자가 겹치지 않고 어떤 결합도 정면을 향하지 않을 때까지 케이지를 돌리세요.
- 깊이 단서를 활용하세요. 적당한 Fade와 Depth taper는 인쇄물에서도 잘 읽힙니다. 깔끔한 선 그림이 필요하면 끄세요.
- 평면화는 마지막에. 레이블과 색은 평면화한 뒤에 추가해야 놓은 자리에 그대로 남습니다.
- 3D 뷰어를 확인하세요. 오른쪽 패널은 같은 구조를 수소와 함께 보여 주므로 거리 측정이나 3D 파일 내보내기에 쓸 수 있습니다.
질문과 답변
케이지 분자를 가장 쉽게 그리는 방법은 무엇인가요?
MolDraw Library에서 배치하는 것입니다. 큐베인, 아다만테인, 도데카헤드레인, 배위 케이지 같은 케이지 템플릿에는 3D 표시가 있으며, 실제 3D 원근으로 캔버스에 놓여 바로 회전할 수 있습니다.
케이지 분자는 2D로 그려야 하나요, 3D로 그려야 하나요?
연결 관계를 2D로 그린 뒤(결합이 교차해도 상관없습니다) 3D Clean Up(Shift+Ctrl+D)을 누르세요. MolDraw가 실제 3D 구조를 만들어 원근으로 보여 주고 회전할 수 있게 해 주므로, 손으로 그린 투영도보다 훨씬 명확합니다.
캔버스에서 분자를 회전하려면 어떻게 하나요?
3D 포즈가 표시된 상태에서 3D View 도구(Alt+D)를 사용해 캔버스에서 드래그합니다. 드래그 한 번이 실행 취소 한 단계입니다.
3D 보기를 논문용 일반 그림으로 바꾸려면 어떻게 하나요?
Flatten 3D pose를 클릭하세요. 현재 보기가 일반 2D 그림이 되어 레이블을 붙이거나, SVG 또는 PDF로 내보내거나, Word와 PowerPoint에 붙여 넣을 수 있습니다.