Dessiner des molécules cages en 3D : cubane, adamantane et cages de coordination

Publié le 30 oct. 2026 · Auteur : Scidart Academy · Temps de lecture : ~6 min

Cubane dessiné en perspective 3D avec ombrage de profondeur à côté d'une cage de coordination Pd6L4 sur le canevas de MolDraw — Cubane et cage de coordination Pd₆L₄, tous deux dessinés en perspective 3D sur le canevas de MolDraw.

Réponse courte : n'essayez pas de dessiner une cage à la main sous forme de projection plane. Dans MolDraw, placez la cage depuis la Library (les cartes marquées 3D arrivent sur le canevas en vraie 3D), ou dessinez sa connectivité en 2D et cliquez sur 3D Clean Up (Shift+Ctrl+D). Faites ensuite glisser sur le canevas pour la faire pivoter, puis cliquez sur Flatten 3D pose lorsque vous voulez une figure 2D normale pour un article ou une diapositive.

Pourquoi les molécules cages sont difficiles à dessiner

Le cubane, l'adamantane, le dodécaèdrane et les cages métallo-organiques sont tridimensionnels par nature. Sur papier, chaque liaison doit être dessinée en projection : certaines liaisons se croisent, l'arrière de la cage se cache derrière l'avant, et une petite erreur suffit à faire ressembler le cube à un hexagone plat. Les figures des manuels contournent le problème en choisissant un bon angle de vue et en éclaircissant les liaisons éloignées.

MolDraw fait la même chose pour vous. Il construit une vraie géométrie 3D, l'affiche en perspective sur le canevas avec un ombrage de profondeur et vous laisse la tourner jusqu'à ce que la vue explique la structure. Vous n'avez qu'à choisir l'angle.

Méthode 1 : placer une cage depuis la Library (la plus rapide)

Étape 1. Ouvrir la Library

Éditeur MolDraw avec le bouton Library mis en évidence en bas de la barre d'outils de gauche — ① Le bouton **Library** se trouve en bas de la barre d'outils de gauche (info-bulle « Library — R-groups, ligands, structures… »). Sur un canevas vide, vous pouvez aussi cliquer sur **Templates** dans la carte de démarrage.

Étape 2. Choisir une cage marquée 3D

Fenêtre Library, onglet Structures, catégorie Polyhedra sélectionnée, avec les cartes Cubane, Prismane, Adamantane, Dodecahedrane et Tetrahedrane portant chacune une étiquette 3D — ② Dans l'onglet **Structures**, choisissez **Polyhedra**. ③ Cliquez sur la carte **Cubane**. Les cartes portant une petite étiquette 3D sont placées en 3D.

Les cages se trouvent à plusieurs endroits :

Polyhedra : cubane, prismane, adamantane, dodécaèdrane, tétraédrane.
Bridged Polycyclics, Organic & amine cages (cages imines CC1, CC3), Strained hydrocarbons (pentaprismane, diamantane, [1.1.1]propellane) et 3D Templates.
Onglet Supramolecular : cages de coordination comme la cage de Fujita Pd₆(TPT)₄, Pd₂L₄, Fe₄L₆ et le carré Pd₄, ainsi que des caténanes et des rotaxanes.

Vous pouvez aussi taper dans Search categories or templates…, par exemple « adamantane » ou « Fujita cage ».

Étape 3. Cliquer sur le canevas pour la placer

Cubane placé sur le canevas en perspective 3D ; l'outil 3D View et les boutons 3D Clean Up, Flatten 3D pose et Exit 3D sont mis en évidence ; le visualiseur 3D à droite montre le même cube — Le cube arrive en 3D, avec les arêtes arrière estompées. ④ L'outil **3D View** est déjà sélectionné. ⑤ **3D Clean Up** apparaît comme actif. ⑥ **Flatten 3D pose** et ⑦ **Exit 3D** s'affichent tant que vous êtes en mode 3D. Le visualiseur 3D à droite montre la même pose.

Étape 4. La faire pivoter vers la meilleure vue

Cubane après rotation par glissement, avec le curseur Fade et le bouton Depth taper mis en évidence dans la barre d'outils supérieure — Faites glisser sur le canevas pour tourner la cage. ⑧ **Fade** règle l'estompage des atomes situés à l'arrière ; ⑨ **Depth taper** affine les liaisons éloignées, comme dans une figure en perspective dessinée à la main.

Chaque glissement correspond à une étape d'annulation : Ctrl+Z vous ramène donc à l'angle précédent. Appuyez sur Alt+D pour activer ou désactiver l'ombrage de profondeur.

Étape 5. L'aplatir en figure 2D

Cubane après Flatten 3D pose : un dessin 2D ordinaire qui conserve la vue en perspective choisie — Après **Flatten 3D pose**, la vue choisie devient un dessin 2D ordinaire. Vous pouvez ajouter des étiquettes, des couleurs et des flèches, et l'exporter en SVG, PNG ou PDF vectoriel.

Si vous préférez abandonner la vue 3D, cliquez sur Exit 3D : la pose est supprimée et le dessin d'origine revient. Si un stéréocentre ne peut pas être représenté correctement sous l'angle actuel, Flatten vous le signale ; tournez un peu et réessayez.

Méthode 2 : dessiner la cage vous-même, puis laisser 3D Clean Up la replier

Pour une cage absente de la bibliothèque, dessinez uniquement la connectivité. Peu importe que le croquis 2D paraisse faux ou que des liaisons se croisent.

Croquis 2D plat du cubane formé de deux carrés reliés sommet à sommet, avec le bouton 3D Clean Up et l'outil cycle carré mis en évidence — Croquis plat du cubane : ② deux carrés pris dans la barre des cycles, reliés sommet à sommet avec l'outil liaison. ① Cliquez ensuite sur **3D Clean Up**.

Choisissez un cycle dans la barre des cycles en bas (carré, pentagone, hexagone…) et cliquez sur le canevas. Pour le cubane, placez deux carrés.
Choisissez l'outil liaison simple et faites glisser de chaque atome d'un cycle vers l'atome correspondant de l'autre pour fermer la cage. Ajoutez les ponts de la même façon (pour l'adamantane, dessinez un cyclohexane et pontez les positions 1, 3 et 5 avec des groupes CH₂).
Vérifiez la formule dans le panneau Info : le cubane est C₈H₈, l'adamantane C₁₀H₁₆.
Cliquez sur 3D Clean Up dans la barre d'outils supérieure ou appuyez sur Shift+Ctrl+D. MolDraw nettoie le croquis, construit une structure 3D et passe à l'outil 3D View.

Le croquis à main levée après 3D Clean Up : un cube 3D correct sur le canevas avec l'outil 3D View mis en évidence, et le modèle 3D avec les hydrogènes à droite — Après 3D Clean Up, le croquis est devenu un vrai cube. ③ L'outil 3D View est actif : vous pouvez faire glisser pour le tourner tout de suite.

Continuez à dessiner en 3D. Vous pouvez ajouter des atomes et des substituants pendant que la pose est affichée. Cliquez à nouveau sur 3D Clean Up pour reminimiser la géométrie : l'orientation choisie est conservée et les nouveaux atomes prennent des positions 3D correctes.

Adamantane en perspective 3D sur le canevas de MolDraw après 3D Clean Up — Adamantane dessiné comme un cyclohexane avec trois ponts CH₂, après 3D Clean Up.

Grandes cages de coordination

La cage de coordination de Fujita Pd6(TPT)4 placée depuis l'onglet Supramolecular en perspective 3D, avec des panneaux triazine colorés ; le visualiseur 3D à droite montre la cage complète avec les hydrogènes — La cage de Fujita Pd₆(TPT)₄ de l'onglet Supramolecular, placée en 3D avec des panneaux colorés.

Les grandes cages métallo-organiques de plus de 100 atomes ne peuvent pas être construites de façon fiable à partir d'un croquis 2D : les versions de la bibliothèque sont donc fournies avec un modèle 3D vérifié. Placez-les depuis l'onglet Supramolecular et faites-les pivoter exactement comme le cubane. Pour dessiner votre propre cage, partez d'une cage de la bibliothèque et modifiez-la, ou construisez un sommet (métal plus ligand) et utilisez Generate pour créer des copies tournées autour d'un centre.

Conseils pour des figures de cages claires

Évitez les vues de profil. Tournez la cage jusqu'à ce qu'aucun atome n'en recouvre un autre et qu'aucune liaison ne pointe droit vers vous.
Utilisez les indices de profondeur. Un Fade modéré associé à Depth taper rend bien à l'impression ; désactivez-les pour un dessin au trait épuré.
Aplatissez en dernier. Ajoutez les étiquettes et les couleurs après l'aplatissement, pour qu'elles restent là où vous les avez placées.
Consultez le visualiseur 3D. Le panneau de droite montre la même géométrie avec les hydrogènes, pour mesurer des distances ou exporter un fichier 3D.

Questions et réponses

Quelle est la façon la plus simple de dessiner une molécule cage ?

Placez-la depuis la bibliothèque (Library) de MolDraw. Les modèles de cages comme le cubane, l'adamantane, le dodécaèdrane et les cages de coordination sont marqués 3D et arrivent sur le canevas en vraie perspective 3D, prêts à pivoter.

Faut-il dessiner les molécules cages en 2D ou en 3D ?

Dessinez la connectivité en 2D (peu importe si des liaisons se croisent), puis cliquez sur 3D Clean Up (Shift+Ctrl+D). MolDraw construit une vraie géométrie 3D, l'affiche en perspective et vous permet de la faire pivoter, ce qui est bien plus clair qu'une projection dessinée à la main.

Comment faire pivoter la molécule sur le canevas ?

Tant qu'une pose 3D est affichée, utilisez l'outil 3D View (Alt+D) et faites glisser sur le canevas. Chaque glissement correspond à une étape d'annulation.

Comment transformer la vue 3D en dessin normal pour un article ?

Cliquez sur Flatten 3D pose. La vue actuelle devient un dessin 2D ordinaire que vous pouvez annoter, exporter en SVG ou PDF, ou coller dans Word et PowerPoint.

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