Конвертер MOL в InChI
Кратко: преобразуйте блоки структур MOL или SDF в стандартные идентификаторы InChI для работы с химическими данными. Инструмент бесплатный, работает в браузере и не требует загрузки.
Вставьте блок MOL или SDF и преобразуйте его в стандартный идентификатор InChI.
Входной и выходной форматы
| Вход: файл MOL | Выход: InChI | |
|---|---|---|
| Полное название | Файл MOL (MDL Molfile) | InChI (Международный химический идентификатор IUPAC) |
| Что содержит | Список атомов с 2D- или 3D-координатами и таблица связей для одной молекулы. | Многослойный текстовый идентификатор, построенный по структуре. Стандартный InChI одинаков во всех программах. |
| Файл или форма | .mol | Текст, начинающийся с InChI=1S/ |
Описание форматов файлов
MOL хранит молекулу в виде таблиц атомов и связей, часто с 2D- или 3D-координатами. Он удобен для обмена редактируемыми структурами.
InChI — стандартизованный текстовый идентификатор, генерируемый по структуре. Он полезен для поиска, индексирования, регистрации и сравнения химических записей в разных базах данных.
Качество преобразования зависит от того, насколько чётко в файле MOL заданы атомы, связи, заряды и стереохимия. Проверьте полученный InChI на соли, таутомеры и стереохимические слои.
О файлах MOL
Файл MOL (MDL Molfile) хранит одну структуру в виде таблицы связности: заголовок, строка счётчиков, блок атомов с координатами x, y, z и символами элементов и блок связей, где указано, какие атомы соединены и с каким порядком связи. Большинство химических программ умеют экспортировать MOL, поэтому это распространённый формат обмена. Есть две версии: V2000 — классический формат с фиксированными столбцами — и V3000, поддерживающий более крупные молекулы и больше возможностей.
Зачем преобразовывать в InChI
InChI даёт стандартный идентификатор, не зависящий от порядка атомов и координат рисунка. Два файла MOL одной и той же молекулы, нарисованной по-разному, дают один и тот же стандартный InChI, что упрощает поиск дубликатов и поиск по базам данных.
Как пользоваться
- Откройте файл .mol в текстовом редакторе и скопируйте всё содержимое, включая строки заголовка и последнюю строку
M END. - Вставьте его в поле ввода и преобразуйте.
- Скопируйте InChI или сократите его дальше с помощью InChI в InChIKey.
Устранение проблем: файлы MOL чувствительны к позициям столбцов, поэтому файл, переформатированный текстовым процессором, может не обработаться. Копируйте из редактора простого текста.
Последнее обновление: