MOL naar InChI omzetten
Kort gezegd: Zet MOL- of SDF-structuurblokken om in standaard-InChI-identificaties voor het werken met chemische gegevens. Gratis, werkt in je webbrowser en vereist geen download.
Plak een MOL- of SDF-blok en zet het om in een standaard-InChI-identificatie.
Invoer- en uitvoerformaten
| Invoer: MOL-bestand | Uitvoer: InChI | |
|---|---|---|
| Volledige naam | MOL-bestand (MDL Molfile) | InChI (IUPAC International Chemical Identifier) |
| Wat het bevat | Een atoomlijst met 2D- of 3D-coördinaten en een bindingstabel voor één molecuul. | Een gelaagde tekstidentificatie die uit de structuur wordt opgebouwd. De standaard-InChI is in elk programma hetzelfde. |
| Bestand of vorm | .mol | Tekst die begint met InChI=1S/ |
Bestandsformaat uitgelegd
MOL slaat een molecuul op als atoom- en bindingstabellen, vaak met 2D- of 3D-coördinaten. Handig om bewerkbare structuren uit te wisselen.
InChI is een gestandaardiseerde tekstidentificatie die uit de structuur wordt gegenereerd. Handig voor zoeken, indexeren, registreren en vergelijken van chemische records tussen databases.
De kwaliteit van de omzetting hangt af van duidelijke atomen, bindingen, ladingen en stereochemie in het MOL-bestand. Controleer de gegenereerde InChI op zouten, tautomeren en stereochemische lagen.
Over MOL-bestanden
Een MOL-bestand (MDL Molfile) slaat één structuur op als verbindingstabel: een kop, een telregel, een atoomblok met x-, y-, z-coördinaten en elementsymbolen, en een bindingsblok dat aangeeft welke atomen verbonden zijn en met welke bindingsorde. De meeste scheikundesoftware kan MOL exporteren, waardoor het een veelgebruikt uitwisselingsformaat is. Er bestaan twee versies: V2000, het klassieke formaat met vaste kolommen, en V3000, dat grotere moleculen en meer functies ondersteunt.
Waarom omzetten naar InChI
InChI geeft een standaardidentificatie die niet afhangt van de atoomvolgorde of de tekencoördinaten. Twee MOL-bestanden van hetzelfde molecuul die verschillend getekend zijn, geven dezelfde standaard-InChI, waardoor je gemakkelijk op duplicaten kunt controleren of databases kunt doorzoeken.
Zo gebruik je het
- Open het .mol-bestand in een teksteditor en kopieer alles, inclusief de kopregels en de laatste regel
M END. - Plak het in het invoervak en zet het om.
- Kopieer de InChI, of verkort hem verder met InChI naar InChIKey.
Problemen oplossen: MOL-bestanden zijn kolomgevoelig, dus een bestand dat door een tekstverwerker is opgemaakt, kan mislukken. Kopieer uit een teksteditor zonder opmaak.
Laatst bijgewerkt: