Crystal View : ouvrir un fichier CIF et voir la maille en 3D
Réponse courte : ouvrez le visualiseur 3D dans MolDraw, cliquez sur + et installez Crystal View. Dans l'onglet Crystal, cliquez sur Open et choisissez un fichier CIF, POSCAR, PDB ou XYZ étendu, ou l'un des exemples intégrés. Vous obtenez la maille en 3D avec ses paramètres, son volume, Z et sa densité, et vous pouvez répéter la maille, regarder selon n'importe quelle direction [uvw], afficher les polyèdres de coordination et exporter un PNG.
Pourquoi observer les cristaux en 3D ?
Une formule comme NaCl ou SrTiO3 ne dit rien de la façon dont les atomes sont empilés. Les nombres de coordination, les plans compacts et la forme des polyèdres ne prennent sens que si l'on peut faire tourner la maille et l'observer sous différents angles. Les figures des manuels montrent un seul angle fixe ; un modèle interactif vous permet de trouver la vue qui explique la structure.
Crystal View fonctionne dans votre navigateur, à côté de votre dessin. Les fichiers sont lus sur votre propre ordinateur et ne sont envoyés nulle part.
Ce que montre le plugin
| Maille élémentaire | Les arêtes de la maille avec des axes a, b et c colorés, et des atomes sur chaque nœud du réseau, y compris ceux partagés avec la maille voisine. |
|---|---|
| Paramètres de maille | Longueurs a, b, c, angles α, β, γ, groupe d'espace, volume, Z et densité. |
| Répéter | Construisez un bloc de a × b × c mailles pour voir comment la structure se prolonge. |
| Regarder selon | Faites pivoter la vue pour regarder selon un axe ou toute direction personnalisée [u v w]. |
| Affichage | Atomes en boules et bâtonnets ou en modèle compact, polyèdres de coordination, contacts ioniques et étiquettes d'atomes. |
| Projection | Passez de la projection en perspective à la projection parallèle (orthographique). |
| Export | Exportez un PNG ou ajoutez la vue actuelle au canevas sous forme de dessin modifiable. |
Comment installer Crystal View
- Ouvrez l'éditeur MolDraw et connectez-vous. Un compte gratuit suffit.
- Ouvrez le visualiseur 3D et cliquez sur le + à côté des onglets (ou allez dans Settings › Plugins).
- Cliquez sur Install à côté de Crystal View. Un onglet Crystal apparaît.
Comment ouvrir un fichier CIF
- Dans l'onglet Crystal, cliquez sur Open (l'icône de dossier en haut de la barre d'outils à gauche).
- Choisissez Open a file… et sélectionnez un fichier
.cif, POSCAR, PDB (avec un enregistrement CRYST1) ou XYZ étendu. - Faites glisser pour tourner, utilisez la molette pour zoomer. Utilisez Repeat pour afficher plus de mailles et Look along pour regarder selon un axe.
Pas de fichier sous la main ? Les exemples couvrent les structures enseignées dans la plupart des cours : sel gemme, chlorure de césium, fluorine, diamant, graphite, pérovskite cubique, rutile, wurtzite (oxyde de zinc) et cuivre cubique à faces centrées.
Visualiser la coordination : l'exemple de la pérovskite
Ouvrez Display et cochez Coordination polyhedra pour remplir les octaèdres TiO6. Avec quelques mailles répétées, vous voyez que les octaèdres partagent leurs sommets, la caractéristique clé de la famille des pérovskites. Essayez la même chose avec le rutile, où les octaèdres TiO6 partagent des arêtes en chaînes le long de c, et comparez.
Les cristaux sur le canevas 2D
Vous pouvez aussi ouvrir un fichier CIF directement sur le canevas de dessin. MolDraw dessine le cristal comme un dessin normal et modifiable et affiche un panneau avec la maille, les répétitions, la direction d'observation, les étiquettes et les contacts ioniques. Vous pouvez changer l'élément sur des sites équivalents, par exemple pour transformer NaCl en KCl pour une fiche d'exercices. Crystal View suit alors le dessin du canevas en direct, et chaque modification apparaît aussitôt en 3D.
Utilisations en cours et au laboratoire
- Enseigner la chimie du solide : comparez la coordination de NaCl (6:6) et de CsCl (8:8), ou comptez les atomes d'une maille et vérifiez la valeur de Z sur la carte.
- Empilements compacts : regardez selon [1 1 1] dans le cuivre pour voir les plans compacts.
- Allotropes du carbone : placez le diamant et le graphite côte à côte pour aborder les liaisons sp3 et sp2.
- Vérifier un fichier : ouvrez un CIF issu d'un article ou d'une base de données et vérifiez la maille, la densité et la connectivité avant de l'utiliser ailleurs.
- Figures : exportez un PNG, ou ajoutez la vue au canevas et annotez-la avec le reste de votre schéma.
Vous étudiez aussi le champ des ligands ? Notre guide de la théorie du champ cristallin explique l'éclatement octaédrique et tétraédrique, que vous pouvez voir sous forme de polyèdres dans Crystal View.
Questions et réponses
Comment ouvrir un fichier CIF en ligne ?
Installez le plugin gratuit Crystal View dans MolDraw, ouvrez son onglet dans le visualiseur 3D, cliquez sur Open et choisissez votre fichier .cif. La maille s'affiche en 3D dans votre navigateur ; rien n'est envoyé sur un serveur.
Quels formats de fichiers cristallographiques Crystal View lit-il ?
CIF, POSCAR de VASP, fichiers PDB avec un enregistrement CRYST1 et fichiers XYZ étendus avec un réseau.
Le plugin Crystal View est-il gratuit ?
Oui. Il suffit d'un compte MolDraw gratuit pour installer des plugins.
Puis-je dessiner une structure cristalline sur le canevas 2D ?
Oui. Ouvrez un fichier CIF sur le canevas pour obtenir un dessin de cristal modifiable, avec son propre panneau pour les répétitions, la direction d'observation et les étiquettes. Crystal View suit alors ce dessin en direct en 3D.