Cara Menjelajahi Struktur Protein dengan Penampil Protein MolDraw Gratis
Jawaban singkat: Buka Penampil Protein, ketik ID PDB empat karakter dan tekan Muat ID PDB, atau tekan Unggah file PDB. Pilih Gaya Rantai Default, lalu atur gaya setiap rantai di daftar Rantai. Seret melintasi Urutan Asam Amino dan klik kanan untuk mengubah gaya atau menyembunyikan potongan itu. Simpan tampilan sebagai PNG atau JPG, atau koordinatnya sebagai PDB, XYZ, OBJ, atau X3D.
Coba penampil protein di sini
Penampil langsung di bawah ini adalah alat yang sama dengan halaman lengkapnya. Penampil memuat crambin (1CRN) saat dibuka.
Mengapa memakai penampil protein di peramban?
Fungsi protein bergantung pada bentuk 3D-nya. Program desktop seperti PyMOL atau ChimeraX memang andal, tetapi Anda perlu memasangnya dan mempelajari perintahnya. Untuk melihat sekilas, demonstrasi di kelas, atau gambar sederhana, halaman web sering sudah cukup.
Halaman ini adalah alat web mandiri. MolDraw juga memiliki plugin Protein viewer di dalam editor. Plugin itu berada di samping gambar Anda dan menambahkan lebih banyak skema warna, permukaan molekul, dan format ekspor tambahan. Halaman mandiri ini lebih ringan dan terbuka tanpa editor.
Ringkasan struktur protein
Protein Data Bank (PDB) adalah arsip publik struktur protein, asam nukleat, dan kompleksnya yang ditentukan secara eksperimen. Sebagian besar berasal dari kristalografi sinar-X, NMR, atau mikroskopi krio-elektron. Setiap entri memiliki ID empat karakter, seperti 1CRN untuk crambin atau 4HHB untuk deoksihemoglobin manusia.
Sebuah entri mencantumkan koordinat atom. Atom termasuk dalam residu, yaitu asam amino, yang diberi nomor di sepanjang setiap rantai. Rantai memiliki ID huruf (A, B, C, dan seterusnya). Hemoglobin, misalnya, memiliki dua rantai α dan dua rantai β. Ligan, ion, dan air disimpan sebagai hetero atom terpisah. Bagian rantai yang tidak teresolusi dalam eksperimen tidak ada dalam model.
Setiap gaya tampilan menjawab pertanyaan yang berbeda. Kartun menelusuri tulang punggung dan menampilkan heliks serta untai β, sehingga Anda melihat lipatan keseluruhan. Tongkat menampilkan ikatan antaratom, yang Anda perlukan untuk rantai samping dan kontak pengikatan. Bola mengisi ruang dan menunjukkan kerapatan susunan. Permukaan menunjukkan bentuk luar dan kantong; halaman ini tidak menggambar permukaan, tetapi plugin di editor bisa.
Format masukan dan ekspor
| Muat | ID PDB, diunduh dari RCSB dalam format PDB, atau file .pdb dari komputer Anda. |
|---|---|
| PNG dan JPG | Gambar tampilan saat ini. JPG mendapat latar putih. |
| PDB | File yang dimuat apa adanya seperti saat dibaca. |
| XYZ | Unsur dan koordinat setiap atom, termasuk hetero atom. |
| OBJ dan X3D | Model berbasis titik sederhana dari posisi atom. Model ini tidak menyalin kartun atau gaya di layar. |
Cara menjelajahi struktur langkah demi langkah
- Buka penampil. Crambin (1CRN) dimuat lebih dulu, sehingga Anda dapat langsung mencoba kontrolnya.
- Ketik ID di PDB ID, misalnya 4HHB, dan tekan Muat ID PDB. Baris status mencantumkan rantai yang ditemukan. Untuk membuka file Anda sendiri, tekan Unggah file PDB.
- Pilih Kartun, Tongkat, Bola, atau Garis di Gaya Rantai Default. Ini mengatur semua rantai sekaligus.
- Seret di tampilan 3D untuk memutar molekul, dan gulir untuk zoom.
- Di Rantai, setiap rantai menampilkan jumlah residunya, menu gaya, pemilih warna, dan kotak Sembunyikan. Tekan Focus untuk menyorot rantai itu sebagai tongkat oranye.
- Di Urutan Asam Amino, seret melintasi residu dalam satu rantai. Klik kanan pilihan untuk membuka Gaya Segmen Terpilih, atur Gaya, Warna, atau Sembunyikan segmen, lalu tekan Terapkan.
- Gunakan tombol unduh untuk menyimpan hasil Anda. Hapus mengosongkan penampil.
Yang dilakukan penampil
- Gaya per rantai: beri setiap rantai gaya dan warnanya sendiri, atau sembunyikan, untuk melihat bagaimana subunit tersusun.
- Tampilan urutan: kode satu huruf untuk setiap rantai, terhubung dengan model 3D.
- Gaya segmen: ubah gaya, warnai ulang, atau sembunyikan potongan residu yang dipilih. Setiap segmen yang diterapkan menyimpan gayanya sendiri, sehingga Anda dapat menandai beberapa situs.
- Unduhan: PNG, JPG, PDB, XYZ, OBJ, dan X3D.
Cara memakainya di kelas dan di laboratorium
- Mengajarkan struktur kuaterner: muat 4HHB, beri setiap rantai warna berbeda, dan sembunyikan satu atau dua rantai untuk menunjukkan bagaimana subunit saling menyatu.
- Menyorot situs: biarkan protein sebagai kartun dan tampilkan loop pengikatan atau situs mutasi sebagai tongkat berwarna.
- Gambar cepat: atur tampilan dan unduh PNG untuk slide atau laporan.
- Langkah berikutnya: ubah ligan terikat menjadi SMILES dengan PDB ke SMILES, hitung massa suatu rantai dengan kalkulator berat molekul protein, atau siapkan reseptor dengan PDB ke PDBQT.
Tips dan batasan
- Kartun hanya menggambar jejak tulang punggung rantai, bukan ligan, ion, atau air. Untuk melihatnya, ubah rantai ke Tongkat, Bola, atau Garis.
- Untuk struktur besar, Garis adalah gaya yang paling ringan.
- Urutan berasal dari residu dalam model. Residu yang tidak teresolusi tidak muncul, dan residu yang tidak dikenali penampil, seperti nukleotida, ditampilkan sebagai X.
- Pilihan hanya berlaku dalam satu rantai. Pemilihan urutan memakai seret dan klik kanan, jadi paling mudah dengan mouse.
- Memuat lewat ID memerlukan koneksi internet.
Ingin permukaan, lebih banyak skema warna, atau ekspor GLB? Gunakan plugin Protein viewer di editor MolDraw.
Tanya jawab
Apa bedanya halaman ini dengan plugin Protein di editor MolDraw?
Halaman ini adalah penampil mandiri yang ringan dan terbuka tanpa editor. Plugin Protein berada di samping gambar Anda di editor dan menambahkan lebih banyak skema warna, permukaan molekul, dan format ekspor tambahan seperti GLB dan SDF.
Dari mana struktur-strukturnya berasal?
Saat Anda menekan Muat ID PDB, halaman mengunduh entri dari RCSB Protein Data Bank, sehingga Anda memerlukan koneksi internet. Dengan Unggah file PDB, halaman membaca file di peramban Anda.
Mengapa saya tidak bisa melihat ligan atau molekul air?
Kartun hanya menggambar jejak tulang punggung rantai. Atur rantai ke Tongkat, Bola, atau Garis di daftar Rantai untuk melihat ligan, ion, dan air sebagai atom.
Bisakah saya membuka file mmCIF?
Tidak. Halaman ini hanya membaca format PDB. Sebagian besar entri dapat diunduh sebagai file .pdb dari RCSB, tetapi beberapa struktur yang sangat besar hanya tersedia sebagai mmCIF. Struktur seperti itu tidak akan termuat di sini.