如何用免费的 MolDraw 蛋白质查看器探索蛋白质结构
简答：打开蛋白质查看器，输入四个字符的 PDB ID 并点击载入 PDB ID，或点击上传 PDB 文件。选择默认链样式，再在链列表中为每条链设置样式。在氨基酸序列上拖选，然后右键即可重设该片段的样式或隐藏它。可以把视图保存为 PNG 或 JPG，或把坐标保存为 PDB、XYZ、OBJ 或 X3D。
在此试用蛋白质查看器
下面的实时查看器与完整页面是同一个工具。打开时会载入 crambin（1CRN）。
为什么要在浏览器中使用蛋白质查看器？
蛋白质的功能取决于它的三维形状。PyMOL 或 ChimeraX 等桌面程序功能强大，但需要安装并学习它们的命令。如果只是快速看一眼、做课堂演示或画一张简单的图，一个网页往往就够了。
本页是独立的网页工具。MolDraw 编辑器中还有一个蛋白质查看器插件。插件位于你的绘图旁边，提供更多配色方案、分子表面和额外的导出格式。独立页面更轻量，无需打开编辑器。
蛋白质结构简介
蛋白质数据库（PDB）是实验测定的蛋白质、核酸及其复合物结构的公共档案库。大多数结构来自 X 射线晶体学、NMR 或冷冻电镜。每个条目都有一个四字符 ID，例如 crambin 是 1CRN，人脱氧血红蛋白是 4HHB。
一个条目列出原子坐标。原子属于残基，即氨基酸，它们沿每条链编号。链用字母标识（A、B、C 等）。例如，血红蛋白有两条 α 链和两条 β 链。配体、离子和水作为单独的杂原子存储。实验中未解析出的链段在模型中直接缺失。
每种显示样式回答不同的问题。卡通样式描出骨架，显示螺旋和 β-折叠，让你看到整体折叠。棍状样式显示原子之间的化学键，观察侧链和结合接触时需要它。球体样式填充空间，显示堆积情况。表面显示外部形状和口袋；本页不绘制表面，但编辑器内的插件可以。
输入和导出格式
| 载入 | PDB ID（从 RCSB 以 PDB 格式下载），或你电脑上的 .pdb 文件。 |
|---|---|
| PNG 和 JPG | 当前视图的图片。JPG 使用白色背景。 |
| PDB | 按读取时原样保存的载入文件。 |
| XYZ | 每个原子（包括杂原子）的元素和坐标。 |
| OBJ 和 X3D | 基于原子位置的简单点模型。不会复制屏幕上的卡通模型或样式。 |
如何分步探索一个结构
- 打开查看器。首先载入的是 crambin（1CRN），你可以立即试用各项控件。
- 在 PDB ID 中输入一个 ID，例如 4HHB，然后点击载入 PDB ID。状态行会列出找到的链。要打开自己的文件，点击上传 PDB 文件。
- 在默认链样式中选择卡通、棍状、球体或线。这会一次性设置所有链。
- 在 3D 视图中拖动可旋转分子，滚动鼠标可缩放。
- 在链中，每条链都显示其残基数、样式菜单、颜色选择器和 Hide 复选框。点击 Focus 可把该链高亮为橙色棍状。
- 在氨基酸序列中，在同一条链内拖选残基。右键点击所选内容，打开选定片段样式，设置样式、颜色或隐藏片段，然后点击应用。
- 用下载按钮保存结果。清空会清除查看器中的内容。
查看器的功能
- 按链设置样式：为每条链设置各自的样式和颜色，或隐藏某条链，观察亚基如何堆积。
- 序列视图：每条链的单字母代码，与 3D 模型相关联。
- 片段样式：对选中的一段残基重设样式、重新着色或隐藏。每个已应用的片段都保留各自的样式，因此你可以标记多个位点。
- 下载：PNG、JPG、PDB、XYZ、OBJ 和 X3D。
课堂和实验室中的用法
- 讲解四级结构：载入 4HHB，给每条链设置不同颜色，并隐藏一两条链，展示亚基如何组装在一起。
- 高亮位点：保持蛋白质为卡通样式，把结合环或突变位点显示为彩色棍状。
- 快速作图：调好视图，下载 PNG 用于幻灯片或报告。
- 后续步骤：用 PDB 转 SMILES 把结合的配体转换为 SMILES，用蛋白质分子量计算器计算某条链的质量，或用 PDB 转 PDBQT 准备受体。
技巧与局限
- 卡通样式只画出链的骨架走向，不显示配体、离子或水。要看到它们，请把该链切换为棍状、球体或线。
- 对于大型结构，线是最轻量的样式。
- 序列来自模型中的残基。未解析的残基不会出现，查看器无法识别的残基（例如核苷酸）显示为 X。
- 一次选择只能在一条链内。序列选择使用拖动和右键，所以用鼠标最方便。
- 按 ID 载入需要联网。
需要分子表面、更多配色方案或 GLB 导出？请使用 MolDraw 编辑器中的蛋白质查看器插件。
问题与解答
这个页面与 MolDraw 编辑器中的蛋白质插件有什么不同？
这个页面是一个轻量的独立查看器，无需打开编辑器。蛋白质插件则位于编辑器中你的绘图旁边，提供更多配色方案、分子表面以及 GLB 和 SDF 等额外的导出格式。
结构来自哪里？
点击“载入 PDB ID”时，页面会从 RCSB 蛋白质数据库下载该条目，因此需要联网。使用“上传 PDB 文件”时，页面在你的浏览器中读取文件。
为什么看不到配体或水分子？
卡通样式只画出链的骨架走向。在“链”列表中把该链设为棍状、球体或线，就能以原子形式看到配体、离子和水。
可以打开 mmCIF 文件吗？
不可以。该页面只读取 PDB 格式。大多数条目都可以从 RCSB 下载为 .pdb 文件，但一些非常大的结构只提供 mmCIF 格式，这些无法在这里载入。