Ücretsiz MolDraw Protein Görüntüleyici ile Bir Protein Yapısı Nasıl İncelenir?
Kısa yanıt: Protein Görüntüleyici'yi açın, dört karakterli bir PDB kimliği yazın ve PDB ID yükle düğmesine basın ya da PDB dosyası yükle düğmesine basın. Bir Varsayılan Zincir Stili seçin, ardından Zincirler listesinde her zinciri biçimlendirin. Amino Asit Dizisi üzerinde sürükleyin ve o parçanın stilini değiştirmek veya gizlemek için sağ tıklayın. Görünümü PNG veya JPG olarak, koordinatları ise PDB, XYZ, OBJ veya X3D olarak kaydedin.
Protein görüntüleyicisini burada deneyin
Aşağıdaki canlı görüntüleyici tam sayfadakiyle aynı araçtır. Açıldığında krambini (1CRN) yükler.
Neden tarayıcıda bir protein görüntüleyici?
Bir proteinin işlevi 3B şekline bağlıdır. PyMOL veya ChimeraX gibi masaüstü programları güçlüdür, ancak kurmanız ve komutlarını öğrenmeniz gerekir. Hızlı bir bakış, bir ders gösterimi veya basit bir şekil için çoğu zaman bir web sayfası yeterlidir.
Bu sayfa bağımsız web aracıdır. MolDraw'un editör içinde bir Protein görüntüleyici eklentisi de vardır. Eklenti çiziminizin yanında yer alır ve daha fazla renk şeması, molekül yüzeyleri ve ek dışa aktarma biçimleri ekler. Bağımsız sayfa daha hafiftir ve editör olmadan açılır.
Kısaca protein yapıları
Protein Veri Bankası (PDB), proteinlerin, nükleik asitlerin ve komplekslerinin deneysel olarak belirlenmiş yapılarının herkese açık arşividir. Çoğu X-ışını kristalografisi, NMR veya kriyo-elektron mikroskobundan gelir. Her girdinin krambin için 1CRN veya insan deoksihemoglobini için 4HHB gibi dört karakterli bir kimliği vardır.
Bir girdi atom koordinatlarını listeler. Atomlar, her zincir boyunca numaralandırılan amino asitlere, yani kalıntılara aittir. Zincirlerin harf kimlikleri vardır (A, B, C vb.). Örneğin hemoglobinde iki α ve iki β zinciri bulunur. Ligandlar, iyonlar ve su ayrı heteroatomlar olarak saklanır. Bir zincirin deneyde çözümlenemeyen kısımları modelde basitçe yer almaz.
Her görüntüleme stili farklı bir soruyu yanıtlar. Şerit görünümü omurgayı izler ve sarmalları ve β-zincirlerini gösterir; böylece genel katlanmayı görürsünüz. Çubuklar atomlar arasındaki bağları gösterir; yan zincirler ve bağlanma temasları için buna ihtiyacınız vardır. Küreler boşluğu doldurur ve paketlenmeyi gösterir. Bir yüzey dış şekli ve cepleri gösterir; bu sayfa yüzey çizmez, ancak editör içi eklenti çizer.
Girdi ve dışa aktarma biçimleri
| Yükleme | RCSB'den PDB biçiminde indirilen bir PDB kimliği veya bilgisayarınızdaki bir .pdb dosyası. |
|---|---|
| PNG ve JPG | Geçerli görünümün bir görüntüsü. JPG beyaz arka plan alır. |
| PDB | Yüklenen dosya, okunduğu hâliyle. |
| XYZ | Heteroatomlar dahil her atomun elementi ve koordinatları. |
| OBJ ve X3D | Atom konumlarının basit nokta tabanlı modelleri. Ekrandaki şerit görünümünü veya stilleri kopyalamazlar. |
Bir yapı adım adım nasıl incelenir?
- Görüntüleyiciyi açın. Önce krambin (1CRN) yüklenir; böylece kontrolleri hemen deneyebilirsiniz.
- PDB ID alanına örneğin 4HHB gibi bir kimlik yazın ve PDB ID yükle düğmesine basın. Durum satırı bulduğu zincirleri listeler. Kendi dosyanızı açmak için PDB dosyası yükle düğmesine basın.
- Varsayılan Zincir Stili menüsünde Şerit (Cartoon), Çubuk, Küre veya Çizgi seçin. Bu, tüm zincirleri aynı anda ayarlar.
- Molekülü döndürmek için 3B görünümde sürükleyin, yakınlaştırmak için kaydırın.
- Zincirler bölümünde her zincir kalıntı sayısını, bir stil menüsünü, bir renk seçiciyi ve bir Gizle kutusunu gösterir. O zinciri turuncu çubuklarla vurgulamak için Odakla düğmesine basın.
- Amino Asit Dizisi bölümünde bir zincirdeki kalıntıların üzerinde sürükleyin. Seçili Segment Stili penceresini açmak için seçime sağ tıklayın, Stil, Renk veya Segmenti gizle ayarını yapın ve Uygula düğmesine basın.
- Sonucunuzu kaydetmek için indirme düğmelerini kullanın. Temizle görüntüleyiciyi boşaltır.
Görüntüleyici neler yapar?
- Zincir başına stiller: alt birimlerin nasıl paketlendiğini görmek için her zincire kendi stilini ve rengini verin ya da onu gizleyin.
- Dizi görünümü: her zincir için 3B modele bağlı tek harfli kodlar.
- Segment stilleri: seçili bir kalıntı parçasının stilini veya rengini değiştirin ya da gizleyin. Uygulanan her segment kendi stilini korur; böylece birkaç bölgeyi işaretleyebilirsiniz.
- İndirmeler: PNG, JPG, PDB, XYZ, OBJ ve X3D.
Derste ve laboratuvarda kullanım yolları
- Kuaterner yapıyı öğretmek: 4HHB'yi yükleyin, her zincire farklı bir renk verin ve alt birimlerin birbirine nasıl oturduğunu göstermek için bir veya iki zinciri gizleyin.
- Bir bölgeyi vurgulamak: proteini şerit olarak tutun ve bir bağlanma ilmeğini veya mutasyon bölgesini renkli çubuklar olarak gösterin.
- Hızlı şekiller: bir görünüm hazırlayın ve bir slayt veya rapor için PNG indirin.
- Sonraki adımlar: bağlı bir ligandı PDB'den SMILES'a ile SMILES'a dönüştürün, bir zincirin kütlesini protein molekül ağırlığı hesaplayıcı ile hesaplayın veya PDB'den PDBQT'ye ile bir reseptör hazırlayın.
İpuçları ve sınırlar
- Şerit görünümü yalnızca zincirlerin omurga izini çizer; ligandları, iyonları veya suyu çizmez. Bunları görmek için zinciri Çubuk, Küre veya Çizgi olarak değiştirin.
- Büyük yapılar için en hafif stil Çizgi'dir.
- Dizi, modeldeki kalıntılardan gelir. Çözümlenmemiş kalıntılar görünmez; görüntüleyicinin tanımadığı nükleotitler gibi kalıntılar X olarak gösterilir.
- Bir seçim tek bir zincir içinde kalır. Dizi seçimi sürükleme ve sağ tıklama kullanır; bu yüzden fare en kolayıdır.
- Kimlikle yükleme internet bağlantısı gerektirir.
Yüzeyler, daha fazla renk şeması veya GLB dışa aktarma mı istiyorsunuz? MolDraw editöründeki Protein görüntüleyici eklentisini kullanın.
Sorular ve yanıtlar
Bu sayfanın MolDraw editöründeki Protein eklentisinden farkı nedir?
Bu sayfa, editör olmadan açılan hafif, bağımsız bir görüntüleyicidir. Protein eklentisi ise editörde çiziminizin yanında yer alır ve daha fazla renk şeması, molekül yüzeyleri ve GLB ile SDF gibi ek dışa aktarma biçimleri ekler.
Yapılar nereden geliyor?
PDB ID yükle düğmesine bastığınızda sayfa girdiyi RCSB Protein Veri Bankası'ndan indirir; bu yüzden internet bağlantısı gerekir. PDB dosyası yükle ile sayfa dosyayı tarayıcınızda okur.
Ligandı veya su moleküllerini neden göremiyorum?
Şerit görünümü yalnızca zincirlerin omurga izini çizer. Ligandları, iyonları ve suyu atom olarak görmek için Zincirler listesinde zinciri Çubuk, Küre veya Çizgi olarak ayarlayın.
mmCIF dosyalarını açabilir miyim?
Hayır. Sayfa yalnızca PDB biçimini okur. Çoğu girdi RCSB'den .pdb dosyası olarak indirilebilir, ancak bazı çok büyük yapılar yalnızca mmCIF olarak sunulur. Bunlar burada yüklenmez.