Cómo explorar una estructura de proteína con el visor de proteínas gratuito de MolDraw
Respuesta corta: abre el visor de proteínas, escribe un ID de PDB de cuatro caracteres y pulsa Cargar ID de PDB, o pulsa Subir archivo PDB. Elige un Estilo predeterminado de las cadenas y luego aplica un estilo a cada cadena en la lista Cadenas. Arrastra sobre la Secuencia de aminoácidos y haz clic derecho para cambiar el estilo de ese tramo u ocultarlo. Guarda la vista como PNG o JPG, o las coordenadas como PDB, XYZ, OBJ o X3D.
Prueba aquí el visor de proteínas
El visor de abajo es la misma herramienta que la página completa. Carga la crambina (1CRN) al abrirse.
¿Por qué usar un visor de proteínas en el navegador?
La función de una proteína depende de su forma 3D. Los programas de escritorio como PyMOL o ChimeraX son potentes, pero hay que instalarlos y aprender sus comandos. Para un vistazo rápido, una demostración en clase o una figura sencilla, una página web suele bastar.
Esta página es la herramienta web independiente. MolDraw también tiene un plugin de visor de proteínas dentro del editor. El plugin está junto a tu dibujo y añade más esquemas de color, superficies moleculares y formatos de exportación adicionales. La página independiente es más ligera y se abre sin el editor.
Las estructuras de proteínas en pocas palabras
El Protein Data Bank (PDB) es el archivo público de estructuras determinadas experimentalmente de proteínas, ácidos nucleicos y sus complejos. La mayoría proceden de cristalografía de rayos X, RMN o criomicroscopía electrónica. Cada entrada tiene un ID de cuatro caracteres, como 1CRN para la crambina o 4HHB para la desoxihemoglobina humana.
Una entrada contiene coordenadas atómicas. Los átomos pertenecen a residuos, los aminoácidos, que se numeran a lo largo de cada cadena. Las cadenas tienen identificadores de letra (A, B, C, etc.). La hemoglobina, por ejemplo, tiene dos cadenas α y dos β. Los ligandos, los iones y el agua se guardan como heteroátomos aparte. Las partes de una cadena que no se resolvieron en el experimento simplemente faltan en el modelo.
Cada estilo de representación responde a una pregunta distinta. Las cintas trazan el esqueleto y muestran hélices y hebras β, así que ves el plegamiento global. Las varillas muestran los enlaces entre átomos, necesarios para ver cadenas laterales y contactos de unión. Las esferas ocupan el espacio y muestran el empaquetamiento. Una superficie muestra la forma exterior y los bolsillos; esta página no dibuja superficies, pero el plugin del editor sí.
Formatos de entrada y exportación
| Carga | Un ID de PDB, descargado del RCSB en formato PDB, o un archivo .pdb de tu ordenador. |
|---|---|
| PNG y JPG | Una imagen de la vista actual. El JPG lleva fondo blanco. |
| PDB | El archivo cargado tal como se leyó. |
| XYZ | El elemento y las coordenadas de cada átomo, incluidos los heteroátomos. |
| OBJ y X3D | Modelos sencillos basados en puntos de las posiciones atómicas. No copian las cintas ni los estilos de la pantalla. |
Cómo explorar una estructura paso a paso
- Abre el visor. Primero se carga la crambina (1CRN), así que puedes probar los controles de inmediato.
- Escribe un ID en ID de PDB, por ejemplo 4HHB, y pulsa Cargar ID de PDB. La línea de estado indica las cadenas encontradas. Para abrir tu propio archivo, pulsa Subir archivo PDB.
- Elige Cintas, Varillas, Esferas o Líneas en Estilo predeterminado de las cadenas. Esto ajusta todas las cadenas a la vez.
- Arrastra en la vista 3D para girar la molécula y usa la rueda para ampliar.
- En Cadenas, cada cadena muestra su número de residuos, un menú de estilo, un selector de color y una casilla Ocultar. Pulsa Enfocar para resaltar esa cadena en varillas naranjas.
- En Secuencia de aminoácidos, arrastra sobre los residuos de una cadena. Haz clic derecho en la selección para abrir Estilo del segmento seleccionado, ajusta Estilo, Color u Ocultar segmento y pulsa Aplicar.
- Usa los botones de descarga para guardar el resultado. Borrar vacía el visor.
Qué hace el visor
- Estilos por cadena: da a cada cadena su propio estilo y color, u ocúltala, para ver cómo se empaquetan las subunidades.
- Vista de secuencia: códigos de una letra para cada cadena, vinculados al modelo 3D.
- Estilos de segmento: cambia el estilo o el color de un tramo de residuos seleccionado, u ocúltalo. Cada segmento aplicado conserva su propio estilo, así que puedes marcar varios sitios.
- Descargas: PNG, JPG, PDB, XYZ, OBJ y X3D.
Usos en clase y en el laboratorio
- Enseñar la estructura cuaternaria: carga 4HHB, da a cada cadena un color distinto y oculta una o dos cadenas para mostrar cómo encajan las subunidades.
- Resaltar un sitio: deja la proteína en cintas y muestra un bucle de unión o un sitio de mutación como varillas de color.
- Figuras rápidas: prepara una vista y descarga un PNG para una diapositiva o un informe.
- Siguientes pasos: convierte un ligando unido en SMILES con PDB a SMILES, calcula la masa de una cadena con la calculadora de peso molecular de proteínas o prepara un receptor con PDB a PDBQT.
Consejos y límites
- Las cintas solo dibujan la traza del esqueleto de las cadenas, no los ligandos, los iones ni el agua. Para verlos, cambia la cadena a Varillas, Esferas o Líneas.
- Para estructuras grandes, Líneas es el estilo más ligero.
- La secuencia procede de los residuos del modelo. Los residuos no resueltos no aparecen, y los que el visor no reconoce, como los nucleótidos, se muestran como X.
- Una selección se limita a una cadena. La selección en la secuencia usa arrastrar y clic derecho, así que lo más cómodo es un ratón.
- Cargar por ID requiere conexión a internet.
¿Quieres superficies, más esquemas de color o exportación a GLB? Usa el plugin de visor de proteínas del editor MolDraw.
Preguntas y respuestas
¿En qué se diferencia esta página del plugin Protein del editor MolDraw?
Esta página es un visor ligero e independiente que se abre sin el editor. El plugin Protein está junto a tu dibujo en el editor y añade más esquemas de color, superficies moleculares y formatos de exportación adicionales como GLB y SDF.
¿De dónde proceden las estructuras?
Cuando pulsas Cargar ID de PDB, la página descarga la entrada del RCSB Protein Data Bank, así que necesitas conexión a internet. Con Subir archivo PDB, la página lee el archivo en tu navegador.
¿Por qué no veo el ligando ni las moléculas de agua?
La representación de cintas solo dibuja la traza del esqueleto de las cadenas. Cambia la cadena a Varillas, Esferas o Líneas en la lista Cadenas para ver ligandos, iones y agua como átomos.
¿Puedo abrir archivos mmCIF?
No. La página solo lee el formato PDB. La mayoría de las entradas se pueden descargar como archivo .pdb desde el RCSB, pero algunas estructuras muy grandes solo se ofrecen en mmCIF. Esas no se cargarán aquí.