ฐานข้อมูลเคมีฟรี: คู่มือเชิงปฏิบัติสำหรับนักเรียนและนักวิจัย

เผยแพร่: 6 ต.ค. 2026 · โดย Rafeeque Mavoor · หมวดหมู่: คู่มือ · ตรวจสอบข้อมูล: ตุลาคม 2026

นักศึกษาเคมีมักเจอปัญหาเดียวกันไม่ช้าก็เร็ว: คุณมีโมเลกุลหนึ่ง และต้องการสมบัติ ฤทธิ์ทางชีวภาพ โครงสร้างผลึก สเปกตรัมอ้างอิง หรือสิทธิบัตรของมัน คำถามแต่ละข้ออยู่ในฐานข้อมูลคนละแห่ง คู่มือนี้อธิบายว่าฐานข้อมูลเคมีฟรีหลักแต่ละแห่งคืออะไร เหมาะกับอะไร ใหญ่แค่ไหน ไลเซนส์อนุญาตอะไรบ้าง และจะค้นหาอย่างไร พร้อมตัวอย่าง URL จริงที่เราทดสอบก่อนเผยแพร่

ตัวเลขทั้งหมดด้านล่างตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026 กับเว็บไซต์หรือ API ทางการ ขนาดของฐานข้อมูลเปลี่ยนทุกครั้งที่ออกรุ่นใหม่ จึงควรถือเป็นภาพ ณ ขณะหนึ่ง ไม่ใช่ค่าคงที่

ฐานข้อมูลเคมีคืออะไร

ฐานข้อมูลเคมีคือชุดโครงสร้างเคมีที่ค้นหาได้ ซึ่งเชื่อมกับข้อมูลเกี่ยวกับโครงสร้างเหล่านั้น: ชื่อ ตัวระบุ สมบัติที่คำนวณได้ ผลการวัดจากการทดลอง ฤทธิ์ทางชีวภาพ พิกัด 3 มิติ สเปกตรัม หรือเอกสารที่รายงานไว้ ฐานข้อมูลสมัยใหม่ส่วนใหญ่ค้นหาได้ด้วยชื่อ ตัวระบุ (เลข CAS, InChIKey, SMILES) หรือการวาดโครงสร้าง และหลายแห่งมี REST API ฟรีสำหรับการเข้าถึงด้วยโปรแกรม

สิ่งสำคัญที่ต้องเข้าใจคือไม่มีฐานข้อมูลใดทำได้ทุกอย่าง แต่ละแห่งเน้นต่างกัน:

• สารานุกรมสารประกอบ (PubChem, ChEBI) ตอบคำถาม "โมเลกุลนี้คืออะไร"
• ฐานข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพ (ChEMBL, DrugBank) ตอบคำถาม "โมเลกุลนี้ทำอะไรกับโปรตีน"
• คลังสารสำหรับคัดกรอง (ZINC) ตอบคำถาม "มีโมเลกุลคล้ายกันใดที่ซื้อหรือทำ docking ได้"
• ฐานข้อมูลโครงสร้าง (RCSB PDB) ตอบคำถาม "โมเลกุลนี้อยู่ในเป้าหมายอย่างไร"
• ฐานข้อมูลสเปกตรัม (nmrshiftdb2, MassBank, NIST WebBook) ตอบคำถาม "สเปกตรัมของสารนี้ควรมีลักษณะอย่างไร"
• คลังเฉพาะทาง (COCONUT สำหรับผลิตภัณฑ์ธรรมชาติ SureChEMBL สำหรับสิทธิบัตร) ครอบคลุมส่วนที่ฐานข้อมูลใหญ่มองข้าม

ฐานข้อมูลเคมีฟรีเปรียบเทียบกันอย่างไร

PubChem คืออะไร ฐานข้อมูลเคมีฟรีที่ใหญ่ที่สุด

PubChem เป็นฐานข้อมูลเคมีฟรีที่ใหญ่ที่สุดในโลก ดำเนินการโดย National Center for Biotechnology Information (NCBI) ของสหรัฐฯ รวบรวมข้อมูลจากผู้ร่วมให้ข้อมูลมากกว่าหนึ่งพันรายเป็นชุดข้อมูลที่เชื่อมโยงกัน: Substance (สิ่งที่ผู้ฝากส่งมา) Compound (โครงสร้างมาตรฐานที่ไม่ซ้ำกัน) BioAssay, Protein, Gene, Pathway และ Patent

• ขนาด: ประมาณ 124 ล้านสารประกอบและ 349 ล้านสารบนหน้าแรกของ PubChem (ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) บทความที่ผ่านการพิจารณา PubChem 2025 update รายงาน 118.6 ล้านสารประกอบ ณ กันยายน 2024
• ใช้สำหรับ: ค้นหาชื่อ ชื่อพ้อง เลข CAS สูตร สมบัติที่คำนวณได้ (XLogP, TPSA) ข้อมูลความปลอดภัย ผู้จำหน่าย และเอกสารอ้างอิง
• ผู้ใช้: นักเรียน ครู นักเคมีวิเคราะห์ นักพิษวิทยา นักเคมีสารสนเทศ และทุกคนที่ต้องการตัวระบุที่เชื่อถือได้อย่างรวดเร็ว
• การเข้าถึง: ค้นหาบนเว็บพร้อมเครื่องมือวาดโครงสร้าง และ PUG-REST API ฟรี PubChem ขอให้ผู้ใช้ผ่านโปรแกรมส่งคำขอไม่เกิน 5 ครั้งต่อวินาที
• ไลเซนส์: ใช้ฟรี สิทธิ์ในการนำไปใช้ต่อเป็นไปตามแหล่งข้อมูลแต่ละแห่ง จึงควรตรวจสอบแหล่งที่มาก่อนแจกจ่ายข้อมูลต่อ

คำถามภาษาธรรมดา: "ขอสูตร มวลโมเลกุล SMILES และ InChIKey ของแอสไพริน"

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

ผลลัพธ์จริง (ตัดบางส่วน):

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

คำค้น PubChem อื่นที่ทดสอบแล้ว:

• InChIKey เป็น CID: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/inchikey/BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N/cids/JSON คืนค่า 2244
• ความคล้ายคลึงแบบ 2D (≥90%) กับเซทิริซีน: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsimilarity_2d/cid/2678/cids/JSON?Threshold=90&MaxRecords=10
• ค้นหาโครงสร้างย่อยจาก SMILES: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/fastsubstructure/smiles/c1ccc(cc1)C(c1ccc(Cl)cc1)N1CCNCC1/cids/JSON?MaxRecords=10

ChEMBL คืออะไร ฐานข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพที่ใช้กันเป็นหลัก

ChEMBL เป็นฐานข้อมูลโมเลกุลคล้ายยาที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพซึ่งคัดสรรด้วยมือ ดูแลโดย European Bioinformatics Institute ของ EMBL (EMBL-EBI) แกนหลักคือข้อมูลฤทธิ์ที่วัดได้ เช่น ค่า IC50, Ki และ EC50 ที่สกัดจากบทความวารสารและชุดข้อมูลที่ถูกฝากไว้ แต่ละค่าเชื่อมกับสารประกอบ การทดสอบ และเป้าหมายทางชีวภาพ

• ขนาด (ChEMBL 37, พ.ค. 2026): สารประกอบที่ไม่ซ้ำกัน 2,921,148 ตัว ค่าฤทธิ์ 24,527,044 ค่า เป้าหมาย 18,552 รายการ และสิ่งพิมพ์ 101,100 ฉบับ ตามที่ endpoint สถานะของ ChEMBL API รายงาน
• ใช้สำหรับ: ความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับฤทธิ์ (SAR) การหาสารที่มีฤทธิ์ต่อเป้าหมายที่รู้จัก การสร้างชุดข้อมูลฝึกสำหรับแมชชีนเลิร์นนิง และการตรวจระยะการอนุมัติยา
• ผู้ใช้: นักเคมีการแพทย์ นักเภสัชวิทยา นักเคมีคำนวณ และนักวิทยาศาสตร์ข้อมูล
• การเข้าถึง: หน้าเว็บและ REST API ฟรี (JSON หรือ XML) พร้อมดาวน์โหลดข้อมูลทั้งหมด (SQLite, PostgreSQL, SDF)
• ไลเซนส์: CC BY-SA 3.0 ChEMBL ขอให้คง ChEMBL ID และหมายเลขรุ่นไว้เมื่อนำข้อมูลไปใช้ต่อ

คำถามภาษาธรรมดา: "หาแอสไพรินใน ChEMBL"

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

ผลลัพธ์แรกคือ CHEMBL25 (ASPIRIN, max phase 4 คือได้รับอนุมัติแล้ว) พร้อม SMILES CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O

คำถามภาษาธรรมดา: "ChEMBL มีค่าความแรงของเซทิริซีน (CHEMBL1000) ต่อตัวรับฮิสตามีน H1 ของมนุษย์ (CHEMBL231) อะไรบ้าง"

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

ผลลัพธ์จริง (ตัดเหลือสองจาก 12 รายการที่ได้):

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem กับ ChEMBL: ต่างกันอย่างไร

PubChem กว้าง ChEMBL ลึก PubChem พยายามรวมสารเคมีทุกตัวที่เคยมีผู้ฝากไว้ จึงเป็นที่ที่ดีที่สุดในการระบุสารประกอบ ChEMBL มีสารประกอบน้อยกว่ามาก แต่คัดสรรฤทธิ์ทางชีวภาพในรูปแบบที่สม่ำเสมอ (หน่วยมาตรฐาน ค่า pChEMBL เป้าหมายที่จับคู่แล้ว) จึงเหมาะกว่าสำหรับคำถาม "แรงแค่ไหน และออกฤทธิ์กับอะไร" ในทางปฏิบัติคุณใช้ทั้งสอง: PubChem เพื่อยืนยันโครงสร้างและตัวระบุ ChEMBL เพื่ออ่านข้อมูลทางเภสัชวิทยา

ChEBI คืออะไร พจนานุกรมโมเลกุลขนาดเล็กที่คัดสรรแล้ว

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest) เป็นพจนานุกรมและออนโทโลยีของโมเลกุลขนาดเล็กที่คัดสรรด้วยมือ ดำเนินการโดย EMBL-EBI รายการที่คัดสรรแล้วมีคำนิยาม โครงสร้าง ชื่อพ้อง และลิงก์ออนโทโลยีที่บอกว่าโมเลกุลคืออะไร (เช่น "a member of the class of benzoic acids") และมีบทบาทอะไร (เช่น "non-steroidal anti-inflammatory drug")

• ขนาด: 201,471 รายการ ในจำนวนนี้ 61,961 รายการเป็นรายการ "3 ดาว" ที่คัดสรรครบถ้วน (รุ่น 244 รายงานในบทความ Nucleic Acids Research ปี 2026)
• ใช้สำหรับ: การตั้งชื่อและจัดประเภทที่สม่ำเสมอ การระบุข้อมูลเมแทบอโลมิกส์และชีววิทยาระบบ และการสอนหมู่ฟังก์ชันและประเภทของสารประกอบ
• การเข้าถึง: ChEBI 2.0 (เปิดตัวตุลาคม 2025) มีเว็บไซต์และ REST API ใหม่ บริการ SOAP เดิมถูกยกเลิกแล้ว
• ไลเซนส์: CC BY 4.0

คำถามภาษาธรรมดา: "CHEBI:15365 คืออะไร"

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

ผลลัพธ์คืน "name": "acetylsalicylic acid" สูตร C9H8O4 มวลโมโนไอโซโทปิก 180.04226 และข้อความคำนิยาม การค้นหาด้วยข้อความก็ใช้ได้: https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin

ZINC คืออะไร สารประกอบหลายพันล้านตัวสำหรับการคัดกรองเสมือน

ZINC เป็นฐานข้อมูลฟรีของสารประกอบที่หาซื้อได้ ("tangible") ที่เตรียมไว้สำหรับการคัดกรองเสมือน สร้างโดยห้องปฏิบัติการของ Irwin และ Shoichet ที่ UCSF ZINC-22 เน้นแคตตาล็อกแบบสั่งผลิตตามต้องการขนาดใหญ่จาก Enamine, WuXi และ Mcule ส่วนฐานข้อมูลพี่น้อง ZINC20 ครอบคลุมแคตตาล็อกที่มีสินค้าในสต็อกขนาดเล็กกว่า ZINC15 เป็นรุ่นเก่าที่บทเรียนหลายแห่งยังกล่าวถึง

• ขนาด: ประมาณ 54.9 พันล้านโมเลกุลในรูป 2D และ 5.9 พันล้านในรูป 3D ที่พร้อมทำ docking (หน้าแรก CartBlanche22 ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) บทความ ZINC-22 รายงาน 37 พันล้านโมเลกุล 2D ณ วันตีพิมพ์ ซึ่งแสดงว่าเติบโตเร็วเพียงใด
• ใช้สำหรับ: งาน docking การหาสารอนุพันธ์ที่ซื้อได้ และการดาวน์โหลดไฟล์ 3D ที่พร้อมทำ docking พร้อมประจุและคอนฟอร์เมชัน
• ผู้ใช้: นักเคมีคำนวณ นักชีววิทยาโครงสร้าง และกลุ่มคัดกรองในสถาบันการศึกษา
• การเข้าถึง: หน้าเว็บ CartBlanche (ค้นหาด้วยความคล้ายคลึง โครงสร้างย่อย และ ID) การดาวน์โหลดจำนวนมาก และสำเนาบนคลาวด์
• ไลเซนส์: "free to use and download for everyone" ห้ามแจกจ่ายส่วนสำคัญต่อโดยไม่ได้รับอนุญาตเป็นลายลักษณ์อักษร (ไลเซนส์ UCSF ZINC)

คำถามภาษาธรรมดา: "หาสารประกอบที่ซื้อได้ซึ่งคล้ายกับเซทิริซีน" วาง SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 ลงในการค้นหาความคล้ายคลึงที่ cartblanche22.docking.org

RCSB PDB คืออะไร โครงสร้าง 3 มิติของโปรตีนและลิแกนด์

Protein Data Bank (PDB) เป็นคลังข้อมูลเดียวของโลกสำหรับโครงสร้าง 3 มิติที่ได้จากการทดลองของโปรตีน กรดนิวคลีอิก และสารเชิงซ้อนของพวกมัน RCSB PDB เป็นศูนย์ข้อมูลและพอร์ทัลค้นหาของสหรัฐฯ สำหรับนักเคมี คุณค่าอยู่ที่ลิแกนด์ที่จับอยู่: คุณเห็นได้ชัดว่าโมเลกุลขนาดเล็กอยู่ในช่องจับอย่างไร

• ขนาด: 260,724 รายการปัจจุบัน (RCSB holdings API ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026)
• ใช้สำหรับ: ศึกษารูปแบบการจับ เตรียมตัวรับสำหรับ docking สอนโครงสร้างโปรตีน และหาทุกโครงสร้างที่มีลิแกนด์ที่กำหนด
• การเข้าถึง: เว็บ Data API (data.rcsb.org) และ Search API (search.rcsb.org) ซึ่งรองรับการค้นหาด้วยข้อความ ลำดับ และสารเคมี
• ไลเซนส์: ข้อมูล PDB เผยแพร่ภายใต้ CC0 1.0 (สาธารณสมบัติ)

คำถามภาษาธรรมดา: "แสดงข้อมูลลิแกนด์ของแอสไพริน (component ID AIN)"

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

ผลลัพธ์คืนชื่อ 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID และสูตร C9 H8 O4

คำถามภาษาธรรมดา: "รายการ PDB ใดมีแอสไพริน" (Search API วางลงในเบราว์เซอร์ ซึ่งจะเข้ารหัส JSON ใน URL ให้):

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

ผลลัพธ์จริง (ตัดบางส่วน): "total_count": 8 พร้อมรายการอย่าง 1OXR, 1TGM และ 3GCL การค้นหาทางเคมีที่ส่ง SMILES ของแอสไพริน (service: "chemical") ก็ได้ AIN เป็นผลที่ตรงที่สุดเช่นกัน คุณโหลดรายการใดก็ได้ด้วย PDB ID ในโปรแกรมดูโปรตีนของ MolDraw หรือเปิดที่ rcsb.org

UniChem คืออะไร การแปลง ID ระหว่างฐานข้อมูล

UniChem เป็นบริการอ้างอิงข้ามตัวระบุของ EMBL-EBI: ให้ตัวระบุโครงสร้างหนึ่งตัว แล้วจะคืน ID ที่ตรงกันในฐานข้อมูลอื่น เชื่อมโยงข้อมูลผ่าน InChI/InChIKey มาตรฐาน จึงใช้ได้ทุกครั้งที่ฐานข้อมูลสองแห่งมีโครงสร้างเดียวกัน

• ขนาด: 25 แหล่งที่ UniChem API แสดงไว้ รวมถึง ChEMBL, PubChem, ChEBI, DrugBank, RCSB PDB, PDBe, SureChEMBL, HMDB, BindingDB และ nmrshiftdb2 (ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026)
• ใช้สำหรับ: รวมชุดข้อมูล ข้ามจาก ChEMBL ID ไปยังรหัสลิแกนด์ใน PDB และตรวจว่าสารประกอบปรากฏที่ใดอีกบ้าง
• การเข้าถึง: เว็บและ REST API (/unichem/api/v1/)
• ไลเซนส์: ใช้ฟรีตามเงื่อนไขการใช้งานของ EMBL-EBI ข้อมูลเบื้องหลัง ID ที่จับคู่แต่ละตัวยังคงไลเซนส์ของแหล่งต้นทาง

คำถามภาษาธรรมดา: "InChIKey ของแอสไพรินปรากฏที่ใดอีกบ้าง"

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

ผลลัพธ์จับคู่กับ CHEMBL25, CHEBI:15365, PubChem CID 2244, DrugBank DB00945, ลิแกนด์ PDB AIN และ Guide to Pharmacology 4139 เป็นต้น

nmrshiftdb2 คืออะไร ฐานข้อมูลสเปกตรัม NMR ฟรี

nmrshiftdb2 เป็นฐานข้อมูลเว็บแบบเปิดที่ผ่านการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิ รวบรวมโครงสร้างอินทรีย์และสเปกตรัม NMR พร้อมการทำนายค่าการเลื่อนทางเคมี ¹H และ ¹³C ในตัว แกนหลักคือสเปกตรัมที่ระบุสัญญาณครบถ้วน หลายรายการมีข้อมูลดิบด้วย

• ขนาด: 271,817 โครงสร้าง สเปกตรัมที่วัดได้ 70,030 สเปกตรัม และสเปกตรัมที่คำนวณ 396,583 สเปกตรัม (ตัวนับบนหน้าแรก ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026)
• ใช้สำหรับ: ตรวจการระบุสัญญาณ หาค่าการเลื่อนทางเคมีอ้างอิงของสารแต่ละประเภท และสอนการแปลผล NMR
• การเข้าถึง: ค้นหาบนเว็บด้วยโครงสร้าง โครงสร้างย่อย สเปกตรัม และสมบัติอื่น เว็บไซต์ประกาศอินเทอร์เฟซ REST ใหม่ในเดือนมิถุนายน 2026 (เราไม่ได้ทดสอบ)
• ไลเซนส์: ซอฟต์แวร์เป็นโอเพนซอร์ส และข้อมูลเผยแพร่ภายใต้ไลเซนส์เนื้อหาแบบเปิด

คำถามภาษาธรรมดา: "หาสเปกตรัม ¹³C ที่วัดได้ของสารที่มีหมู่ 4-chlorobenzhydryl" วาดชิ้นส่วนในแท็บค้นหาของ nmrshiftdb2 แล้วค้นหาโครงสร้างย่อย หากต้องการค่าประมาณก่อนค้นหา เครื่องมือโครงสร้างเป็น NMRของ MolDraw ทำนายสเปกตรัมจากภาพวาดของคุณได้

MassBank คืออะไร สเปกตรัม MS/MS จากการทดลอง

MassBank เป็นคลังแมสสเปกตรัมจากการทดลองของโมเลกุลขนาดเล็กแบบเปิด ที่ห้องปฏิบัติการทั่วโลกร่วมให้ข้อมูล ตัวอย่างในที่นี้ใช้ MassBank Europe (massbank.eu) แต่ละรายการอธิบายสเปกตรัมหนึ่งสเปกตรัม: สารประกอบ เครื่องมือ การทำให้เป็นไอออน พลังงานการชน และรายการพีก

• ขนาด: 139,006 รายการ (จำนวนจาก MassBank API ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026)
• ใช้สำหรับ: ระบุสารที่ไม่ทราบใน LC-MS/MS และเมแทบอโลมิกส์ เปรียบเทียบรูปแบบการแตกตัว และสอนแมสสเปกโทรเมทรี
• การเข้าถึง: ค้นหาบนเว็บ (ชื่อ สูตร พีก) และ REST API
• ไลเซนส์: แต่ละรายการมีไลเซนส์ Creative Commons ของตัวเอง (ค่าเริ่มต้นคือ CC BY แต่บางรายการเป็น CC0, CC BY-SA หรือไม่ใช่เชิงพาณิชย์) จึงควรตรวจฟิลด์ license ก่อนนำไปใช้ต่อ

คำถามภาษาธรรมดา: "แสดงรายการสเปกตรัม MassBank ของคาเฟอีน"

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

ได้ accession 134 รายการ เมื่อเรียกดูหนึ่งรายการ https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088 จะได้สเปกตรัม LC-APCI Orbitrap MS2 ของ [M+H]⁺ ที่มีไอออนตั้งต้นที่ m/z 195.088 และชิ้นส่วนหลักที่ m/z 138.067 ภายใต้ไลเซนส์ CC BY

COCONUT คืออะไร ฐานข้อมูลผลิตภัณฑ์ธรรมชาติแบบเปิด

COCONUT (COlleCtion of Open NatUral producTs) เป็นคอลเลกชันโครงสร้างผลิตภัณฑ์ธรรมชาติแบบเปิดที่ใหญ่ที่สุด คัดสรรโดยกลุ่มของ Steinbeck ที่ Friedrich Schiller University Jena รุ่น 2.0 เชื่อมแต่ละโมเลกุลกับสิ่งมีชีวิตต้นกำเนิด เอกสารอ้างอิง และรูปแบบสเตอริโอเคมี

• ขนาด: 738,829 โมเลกุลที่ไม่ซ้ำกันจาก 71 คอลเลกชัน พร้อมสิ่งมีชีวิต 73,137 ชนิด (หน้าสถิติของ COCONUT ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) บทความ COCONUT 2.0 รายงาน 695,133 โมเลกุล ณ รุ่นเดือนกันยายน 2024
• ใช้สำหรับ: การระบุผลิตภัณฑ์ธรรมชาติที่รู้จักแล้ว (dereplication) แนวคิดโครงหลัก และการสร้างชุดสารสำหรับคัดกรอง
• การเข้าถึง: ค้นหาบนเว็บ (ชื่อ โครงสร้าง โครงสร้างย่อย ความคล้ายคลึง) และดาวน์โหลด SDF/SQL ทั้งหมด มี REST API แต่ต้องเข้าสู่ระบบด้วยบัญชีฟรี เราจึงไม่ได้ทดลองสำหรับคู่มือนี้
• ไลเซนส์: ข้อมูล CC0 โค้ด MIT

คำถามภาษาธรรมดา: "แสดงผลิตภัณฑ์ธรรมชาติที่คล้ายคาเฟอีน" วาง SMILES ของคาเฟอีน CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C ลงในการค้นหาโครงสร้างที่ coconut.naturalproducts.net

SureChEMBL คืออะไร เคมีจากสิทธิบัตร

SureChEMBL เป็นฐานข้อมูลเคมีจากสิทธิบัตรฟรีของ EMBL-EBI: สกัดข้อความและภาพจากเอกสารสิทธิบัตร แล้วดึงโครงสร้างเคมีที่กล่าวถึง เป็นวิธีฟรีที่ง่ายที่สุดในการถามว่า "สิทธิบัตรใดมีโครงสร้างนี้"

• ขนาด: SureChEMBL 2.0 (พ.ค. 2025) ครอบคลุมเอกสารสิทธิบัตรประมาณ 116.6 ล้านฉบับจากห้าหน่วยงาน (CNIPA, EPO, JPO, USPTO, WIPO) USPTO เพียงแห่งเดียวให้สารประกอบที่ไม่ซ้ำกันประมาณ 19.9 ล้านตัว
• ใช้สำหรับ: ตรวจงานที่มีมาก่อน สำรวจภาพรวมสิทธิบัตร และสังเกตชุดสารประกอบก่อนที่จะปรากฏในวารสาร
• การเข้าถึง: ค้นหาบนเว็บด้วยโครงสร้างหรือคำค้น REST API และไฟล์ Parquet จำนวนมากที่อัปเดตทุกสองสัปดาห์
• ไลเซนส์: CC BY 4.0

คำถามภาษาธรรมดา: "แปลงชื่อเซทิริซีนเป็นสารประกอบใน SureChEMBL"

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

ผลลัพธ์จริง (ตัดบางส่วน): "chemical_id": "4176", "inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N" จากนั้นคุณค้นหาสิทธิบัตรที่มีโครงสร้างนั้นในหน้าเว็บได้

แล้ว DrugBank และ NIST Chemistry WebBook ล่ะ

DrugBank เป็นฐานความรู้โดยละเอียดของยาที่ได้รับอนุมัติและยาที่อยู่ระหว่างวิจัย เป้าหมาย เมแทบอลิซึม และอันตรกิริยาของยา เข้าชมได้ฟรี แต่การดาวน์โหลดต้องมีบัญชี ชุดข้อมูลวิชาการใช้ไลเซนส์ CC BY-NC 4.0 สำหรับการใช้ที่ไม่ใช่เชิงพาณิชย์ และการใช้เชิงพาณิชย์ต้องซื้อไลเซนส์ ให้ถือว่า "อ่านฟรี แต่นำไปใช้ต่อไม่ฟรี"

NIST Chemistry WebBook (NIST Standard Reference Database 69) มีข้อมูลอุณหเคมี สเปกตรัม IR ในสถานะแก๊ส และแมสสเปกตรัมแบบ electron ionisation ของโมเลกุลขนาดเล็กจำนวนมาก ค้นหาออนไลน์ได้ฟรี เช่น https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI แต่ข้อมูลมีลิขสิทธิ์ และการแจกจ่ายต่อจำนวนมากต้องได้รับอนุญาตจาก NIST

ควรใช้ฐานข้อมูลเคมีใด

จะใช้ฐานข้อมูลเหล่านี้กับ MolDraw อย่างไร

ฐานข้อมูลส่วนใหญ่ค้นหาได้ดีที่สุดด้วยตัวระบุที่เครื่องอ่านได้มากกว่าชื่อ MolDraw ให้ตัวระบุเหล่านั้นได้จากภาพวาดโดยตรง:

1. วาดโครงสร้างในตัวแก้ไข MolDraw (หรือวางชื่อด้วยเครื่องมือชื่อเป็นโครงสร้าง)
2. Copy SMILES จากแถวตัวเลือกด้านบน Copy as… ในเมนูบริบทยังให้รูปแบบ InChI และ MOL (ดูบท SMILES ในคอร์ส MolDraw)
3. สร้าง InChIKey ด้วยเครื่องมือแปลง SMILES เป็น InChIKey InChIKey เป็นคีย์สำหรับจับคู่แบบตรงทุกประการที่เชื่อถือได้ที่สุดใน PubChem, ChEMBL, ChEBI และ UniChem
4. ค้นหา: วาง SMILES ในช่องค้นหาโครงสร้างของฐานข้อมูล หรือใส่ InChIKey ลงใน URL REST ด้านบน
5. นำผลลัพธ์กลับมา: แปลง PubChem CID ด้วยเครื่องมือแปลง CID เป็น SMILES หรือ InChIKey ด้วยInChIKey เป็น SMILES แล้ววางลงใน MolDraw เพื่อแก้ไข

ตัวอย่างเฉลย: จะเปรียบเทียบอนุพันธ์ของเซทิริซีนได้อย่างไร

สมมติว่าคุณศึกษายาแก้แพ้เซทิริซีนและอยากรู้ว่ามีอนุพันธ์ใกล้เคียงอะไรบ้าง แรงแค่ไหน และซื้อตัวใหม่ได้หรือไม่ นี่คือขั้นตอนที่ใช้สามฐานข้อมูล ทุกตัวเลขมาจากการค้นหาจริงที่เราทำ

ขั้นที่ 1: ระบุสารใน PubChem วาดเซทิริซีนใน MolDraw คัดลอก SMILES แล้วค้นหา:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem คืน CID 2678, C21H25ClN2O3, MW 388.9, XLogP 1.7, TPSA 53 และ InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

ขั้นที่ 2: หาอนุพันธ์ใน PubChem การค้นหาความคล้ายคลึง 2D (เกณฑ์ 90) คืนสารที่ใกล้เคียง รวมถึงไฮดรอกซีซีน (CID 3658 ยาต้นกำเนิดของเซทิริซีน) และเลโวเซทิริซีน (CID 1549000 อิแนนทิโอเมอร์เดี่ยวของมัน) พร้อมเกลือของสารเหล่านั้น การค้นหาโครงสร้างย่อยบนแกน chlorobenzhydryl-piperazine เพิ่มคลอร์ไซคลิซีน เมคลิซีน และบิวคลิซีน

ขั้นที่ 3: เปรียบเทียบฤทธิ์ใน ChEMBL ค้นหา InChIKey ใน ChEMBL:

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

ได้ CHEMBL1000 (max phase 4 อนุมัติครั้งแรกปี 1995) ข้อมูลฤทธิ์รวมถึงค่า Ki ต่อตัวรับ H1 ของมนุษย์ระหว่าง 5.89 ถึง 79 nM (pChEMBL 7.1–8.2) และ IC50 ต่อ hERG (KCNH2) ที่อ่อนกว่ามากประมาณ 30 µM (pChEMBL ประมาณ 4.5) ช่วงห่างราวสามลำดับขนาดนี้คือการเปรียบเทียบความจำเพาะแบบที่ ChEMBL ทำได้ง่าย การค้นหาความคล้ายคลึง https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json แสดงเลโวเซทิริซีนและรูปเกลือของเซทิริซีนให้เปรียบเทียบแบบเดียวกัน

ขั้นที่ 4: หาอนุพันธ์ที่ซื้อได้ใน ZINC วาง SMILES ลงในการค้นหาความคล้ายคลึงของ CartBlanche22 เพื่อดูสารแบบสั่งผลิตที่เปลี่ยนสายข้างที่เป็นกรดหรือวงแอริล แล้วตรวจสมบัติของสารที่น่าสนใจใน MolDraw เช่น ด้วยเครื่องคำนวณกฎของ Lipinski

จะค้นหาฐานข้อมูลเคมีให้ได้ผลดีได้อย่างไร

• ใช้ InChIKey สำหรับการจับคู่แบบตรงทุกประการ และ SMILES สำหรับการค้นหาความคล้ายคลึงหรือโครงสร้างย่อย ชื่อมักกำกวม ("vitamin C" เกลือ ชื่อการค้า)
• ระวังเกลือและสเตอริโอไอโซเมอร์ เซทิริซีน เซทิริซีนไดไฮโดรคลอไรด์ และเลโวเซทิริซีน เป็นคนละรายการในทุกฐานข้อมูล
• บันทึกรุ่นหรือวันที่ อ้างอิง ChEMBL พร้อมหมายเลขรุ่น และบันทึกวันที่ที่คุณค้นหาใน PubChem
• เคารพขีดจำกัดอัตราการเรียก PubChem ขอไม่เกิน 5 คำขอต่อวินาที ให้รวมงานใหญ่เป็นชุดหรือดาวน์โหลดไฟล์ทั้งหมด
• ตรวจไลเซนส์ก่อนแจกจ่ายต่อ การเข้าชมใช้ฟรีทุกแห่งในคู่มือนี้ แต่การเผยแพร่ข้อมูลซ้ำไม่ได้ฟรีเสมอไป

คำถามพบบ่อย

ฐานข้อมูลเคมีฟรีที่ใหญ่ที่สุดคืออะไร

PubChem เป็นฐานข้อมูลเคมีฟรีที่ใหญ่ที่สุด มีสารประกอบที่ไม่ซ้ำกันประมาณ 124 ล้านรายการและสารที่ถูกฝากไว้ 349 ล้านรายการ (ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) ZINC-22 มีโมเลกุลมากกว่า (ประมาณ 54.9 พันล้าน) แต่ส่วนใหญ่เป็นสารประกอบเสมือนแบบสั่งผลิตตามต้องการสำหรับการคัดกรอง ไม่ใช่สารที่ผ่านการพิสูจน์ลักษณะแล้ว

PubChem กับ ChEMBL ต่างกันอย่างไร

PubChem เป็นแหล่งรวบรวมข้อมูลขนาดใหญ่ที่พยายามครอบคลุมสารเคมีทุกตัวที่มีผู้ฝากไว้ จึงเหมาะที่สุดสำหรับการระบุสารและหาสมบัติ ChEMBL มีขนาดเล็กกว่าแต่คัดสรรด้วยมือสำหรับข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพ มีค่าความแรงที่เป็นมาตรฐานเชื่อมกับเป้าหมาย จึงเหมาะที่สุดสำหรับคำถามเรื่องความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างกับฤทธิ์และการค้นพบยา

ZINC ใช้เชิงพาณิชย์ได้ฟรีหรือไม่

ตามไลเซนส์ UCSF ZINC ทุกคนใช้และดาวน์โหลด ZINC ได้ฟรี รวมถึงบริษัท ข้อจำกัดอยู่ที่การแจกจ่ายต่อ: คุณไม่สามารถแจกจ่ายส่วนสำคัญของ ZINC ต่อได้หากไม่ได้รับอนุญาตเป็นลายลักษณ์อักษรจากทีม ZINC ส่วนตัวสารประกอบต้องซื้อจากผู้จำหน่ายที่ระบุไว้

ฐานข้อมูลฟรีใดมีสเปกตรัม NMR

nmrshiftdb2 เป็นฐานข้อมูล NMR ฟรีหลัก มีสเปกตรัมที่วัดได้ 70,030 สเปกตรัมสำหรับ 271,817 โครงสร้าง (ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) พร้อมการทำนาย ¹H และ ¹³C ในตัว หน้าสารประกอบของ PubChem ยังลิงก์ไปยังสเปกตรัมจากแหล่งอื่น ส่วน NIST Chemistry WebBook ครอบคลุมสเปกตรัม IR และแมส ไม่ใช่ NMR

ฐานข้อมูลฟรีใดมีแมสสเปกตรัม

MassBank มีข้อมูลแมสสเปกตรัมจากการทดลอง 139,006 รายการ (ตรวจสอบเมื่อตุลาคม 2026) ส่วนใหญ่เป็นสเปกตรัม MS/MS ของโมเลกุลขนาดเล็ก ภายใต้ไลเซนส์ Creative Commons รายรายการ NIST Chemistry WebBook มีแมสสเปกตรัมแบบ electron ionisation ของโมเลกุลขนาดเล็กจำนวนมากให้ดูออนไลน์

ค้นหาฐานข้อมูลเคมีด้วยโครงสร้างได้หรือไม่

ได้ PubChem, ChEMBL, ChEBI, ZINC, RCSB PDB, nmrshiftdb2, COCONUT และ SureChEMBL ล้วนรองรับการค้นหาด้วยโครงสร้าง โดยมักวาดหรือวาง SMILES คุณวาดโมเลกุลใน MolDraw คัดลอก SMILES แล้ววางในช่องค้นหาโครงสร้างของฐานข้อมูล หรือใช้การค้นหาแบบตรงทุกประการ โครงสร้างย่อย หรือความคล้ายคลึงผ่าน API ได้

ฐานข้อมูลเคมีใดดีที่สุดสำหรับนักเรียน

เริ่มจาก PubChem สำหรับชื่อ สมบัติ และข้อมูลความปลอดภัย ChEBI สำหรับคำนิยามและประเภทของสารประกอบ และ RCSB PDB สำหรับโครงสร้าง 3 มิติ ทั้งสามใช้ฟรี ไม่ต้องมีบัญชี และมีหน้าเว็บที่ใช้งานง่าย เพิ่ม ChEMBL เมื่อเรียนเภสัชวิทยา และ nmrshiftdb2 เมื่อเรียน NMR

ฐานข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพคืออะไร

ฐานข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพเก็บผลที่วัดได้ของสารประกอบต่อเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น ค่า IC50, Ki หรือ EC50 ที่เชื่อมกับการทดสอบและโปรตีน ChEMBL เป็นฐานข้อมูลฤทธิ์ทางชีวภาพฟรีชั้นนำ ส่วน PubChem BioAssay เก็บผลการคัดกรองที่ห้องปฏิบัติการและศูนย์คัดกรองฝากไว้

DrugBank ใช้ฟรีหรือไม่

DrugBank เปิดให้เข้าชมออนไลน์ฟรี และผู้ใช้ทางวิชาการดาวน์โหลดชุดข้อมูลภายใต้ไลเซนส์ CC BY-NC 4.0 ได้หลังลงทะเบียน การใช้เชิงพาณิชย์ รวมถึงการใช้ในผลิตภัณฑ์หรือบริการเชิงพาณิชย์ ต้องซื้อไลเซนส์จาก DrugBank

จะแปลง PubChem CID เป็น ChEMBL ID ได้อย่างไร

ใช้ UniChem หา InChIKey ของสารประกอบ (PubChem แสดงไว้ทุกหน้าสารประกอบ) แล้วส่งไปยัง API compounds ของ UniChem ซึ่งจะคืนตัวระบุ ChEMBL, ChEBI, DrugBank, PDB และอื่น ๆ ที่ตรงกัน สำหรับแอสไพริน InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N จับคู่ CID 2244 กับ CHEMBL25

แหล่งอ้างอิง

• PubChem: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov · เอกสาร PUG-REST · Kim S. et al. PubChem 2025 update, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1059
• ChEMBL: ebi.ac.uk/chembl · เอกสาร API · ไลเซนส์และข้อมูลเกี่ยวกับ · โพสต์ประกาศ ChEMBL 37
• ChEBI: ebi.ac.uk/chebi · การเปิดตัว ChEBI 2.0 · ChEBI: re-engineered for a sustainable future, Nucleic Acids Res. 2026, academic.oup.com/nar/article/54/D1/D1768/8349173
• ZINC: CartBlanche22 · Tingle B. I. et al. ZINC-22, J. Chem. Inf. Model. 2023, doi:10.1021/acs.jcim.2c01253 · ไลเซนส์ UCSF ZINC
• RCSB PDB: rcsb.org · Data API · Search API · นโยบายการใช้งาน
• UniChem: ebi.ac.uk/unichem · เอกสาร API
• nmrshiftdb2: nmrshiftdb.nmr.uni-koeln.de
• MassBank: massbank.eu · MassBank API · รูปแบบรายการและไลเซนส์
• COCONUT: coconut.naturalproducts.net · Chandrasekhar V. et al. COCONUT 2.0, Nucleic Acids Res. 2025, doi:10.1093/nar/gkae1063
• SureChEMBL: surechembl.org · ประกาศ SureChEMBL 2.0 · คำถามพบบ่อยและไลเซนส์
• DrugBank: go.drugbank.com · ไลเซนส์สำหรับงานวิชาการ
• NIST Chemistry WebBook: webbook.nist.gov/chemistry · ไลเซนส์ NIST SRD