免費化學資料庫：寫給學生與研究人員的實用指南

發布日期：2026 年 10 月 6 日 · 作者：Rafeeque Mavoor · 分類：指南 · 資料查證：2026 年 10 月

示意圖：一個化學資料庫連結到苯酚、咖啡因與吡啶的化合物紀錄，並附有搜尋放大鏡
免費化學資料庫儲存了數以百萬計可搜尋的化合物紀錄，每筆都有結構與識別碼。

簡短回答：最實用的免費化學資料庫有 PubChem（最大的綜合化合物資料庫）、ChEMBL（供藥物開發用、經人工整理的生物活性資料）、ChEBI（經人工整理的小分子辭典）、ZINC（供虛擬篩選、可購買的數十億化合物）與 RCSB PDB（3D 蛋白質–配體結構）。光譜方面，可使用 nmrshiftdb2（NMR）、MassBank（MS/MS）與 NIST Chemistry WebBook；天然物用 COCONUT；專利用 SureChEMBL；而 UniChem 負責串連它們之間的識別碼。

化學系學生遲早都會遇到同一個問題：手上有一個分子，需要查它的性質、生物活性、晶體結構、參考光譜或專利。每個問題都存放在不同的資料庫裡。本指南說明每個主要的免費化學資料庫是什麼、擅長什麼、規模多大、授權允許什麼，以及如何查詢，並附上我們在發布前實際測試過的範例 URL。

以下所有數據都已於 2026 年 10 月查證，依據為官方網站或 API。資料庫規模每次改版都會變動，請把它們視為當下的快照，而不是固定值。

依所含資料類型分組的免費化學資料庫示意圖 七個分組圍繞著 UniChem 排列，UniChem 在它們之間交叉連結識別碼。化合物與識別碼：PubChem 與 ChEBI。生物活性：ChEMBL，以及授權受限的 DrugBank。篩選與可購買化合物：ZINC。天然物：COCONUT。3D 結構：RCSB PDB。光譜：NMR 用 nmrshiftdb2，MS/MS 用 MassBank，IR、質譜與熱化學資料用 NIST Chemistry WebBook。專利：SureChEMBL。 免費化學資料庫全景 依各資源所含的主要資料類型分組 · MolDraw 指南 · 2026 年 10 月查證 化合物與識別碼 名稱、結構、性質 PubChemNIH · 免費 ChEBICC BY 4.0 生物活性 活性強度、標靶、藥物資料 ChEMBLCC BY-SA 3.0 DrugBank*授權受限 虛擬篩選 可購買、可對接的分子 ZINC-22 / ZINC20 / ZINC15UCSF · 數十億個實際可得的化合物 天然物 結構 + 來源生物 COCONUT 2.0耶拿大學 · CC0 資料 UniChem 跨來源連結 ID 以 InChIKey 串連來源 3D 結構 蛋白質、配體、複合體 RCSB PDBwwPDB 檔案庫 · CC0 光譜與物理資料 供鑑定用的實驗參考資料 nmrshiftdb2NMR 光譜 · 開放 MassBankMS/MS · 各筆紀錄採 CC 授權 NIST WebBookIR、EI-MS、熱化學 專利 從專利文字中擷取的化學資訊 SureChEMBLEMBL-EBI · 專利化學 * DrugBank 可免費瀏覽，但下載需要帳號，商業再利用則需付費授權。
依資料類型分組的免費化學資料庫：化合物、生物活性、篩選、天然物、3D 結構、光譜與專利，由 UniChem 串連在一起。

什麼是化學資料庫？

化學資料庫是可搜尋的化學結構集合，並連結到與這些結構相關的資料：名稱、識別碼、計算性質、實驗量測值、生物活性、3D 座標、光譜，或報導它們的文獻。多數現代資料庫都能以名稱、識別碼（CAS 號碼、InChIKey、SMILES）或繪製結構的方式搜尋，許多也提供免費的 REST API 供程式存取。

最重要的是要了解：沒有任何一個資料庫能包辦一切。它們的重點各不相同：

各個免費化學資料庫如何比較？

資料庫 重點 規模（2026 年 10 月查證） 最適用於 API 授權
PubChem 一般化合物、物質、生物試驗 約 1.24 億個化合物，約 3.49 億筆物質 識別碼、性質、廣泛查詢 PUG-REST、PUG-View 免費；再利用條款依提交者而異
ChEMBL 經人工整理的生物活性 292 萬個化合物、2,450 萬筆活性、18,552 個標靶（ChEMBL 37） 結構–活性關係、活性強度、藥物標靶 REST（JSON/XML） CC BY-SA 3.0
ChEBI 經人工整理的小分子辭典 + 本體論 201,471 筆條目，其中 61,961 筆經完整整理（第 244 版） 定義、類別、生物角色 REST（ChEBI 2.0） CC BY 4.0
ZINC-22 可購買的「依需求合成」化合物 約 549 億（2D），約 59 億（3D） 虛擬篩選、購買類似物 網頁（CartBlanche）、大量下載 可免費使用；未經許可不得重新散布主要部分
RCSB PDB 3D 巨分子結構 260,724 筆條目 蛋白質–配體複合體、對接前準備 Data API、Search API CC0 1.0
UniChem 識別碼交叉對應 25 個資料來源 在資料庫之間轉換 ID REST 免費（EMBL-EBI 條款）；適用各來源的授權
nmrshiftdb2 NMR 光譜 + 預測 271,817 個結構，70,030 張實測光譜 ¹H/¹³C NMR 參考資料與預測 網頁；新的 REST 介面 開放內容授權
MassBank（歐洲） 實驗質譜 139,006 筆紀錄 MS/MS 比對、代謝體學 REST 各筆紀錄採用創用 CC 授權
COCONUT 2.0 天然物 738,829 個不重複分子，71 個資料集 天然物探索 REST（需登入） CC0（資料）
SureChEMBL 來自專利的化學資訊 1.166 億份專利文件（2025 年 5 月） 先前技術檢索、專利布局分析 REST CC BY 4.0
DrugBank 藥物與藥物標靶 不適用（未查證） 已核准藥物的詳細資訊 付費 API 學術免費，CC BY-NC 4.0；商業使用需授權
NIST Chemistry WebBook 熱化學、IR、EI-MS 不適用（未查證） 參考 IR/MS、物理資料 僅網頁 NIST 標準參考資料（受著作權保護）

什麼是 PubChem？最大的免費化學資料庫

PubChem 是全球最大的免費化學資料庫，由美國國家生物技術資訊中心（NCBI）營運。它把一千多個提供者的資料彙整成相互連結的資料集：Substance（提交者提交的內容）、Compound（經標準化的不重複結構）、BioAssay、Protein、Gene、Pathway 與 Patent。

白話查詢：「給我阿斯匹靈的分子式、分子量、SMILES 與 InChIKey。」

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

實際回應（已節錄）：

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

注意：PubChem 已經重新命名它的 SMILES 屬性。請求舊的 CanonicalSMILES 仍然可用，但回傳結果現在標示為 ConnectivitySMILES（不含立體化學）。若需要完整、含立體資訊的字串，請改為請求 SMILES。

更多經過測試的 PubChem 查詢：

什麼是 ChEMBL？首選的生物活性資料庫

ChEMBL 是經人工整理的生物活性類藥分子資料庫，由 EMBL 歐洲生物資訊研究所（EMBL-EBI）維護。它的核心是從期刊論文與提交的資料集中擷取的實測活性資料，例如 IC50、Ki 與 EC50 值，每一筆都連結到一個化合物、一項試驗與一個生物標靶。

白話查詢：「在 ChEMBL 中找出阿斯匹靈。」

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

第一筆結果是 CHEMBL25（ASPIRIN，max phase 4，即已核准），SMILES 為 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O。

白話查詢：「ChEMBL 中有哪些西替利嗪（CHEMBL1000）對人類組織胺 H1 受體（CHEMBL231）的活性數值？」

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

實際回應（從傳回的 12 筆紀錄中節錄兩筆）：

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem 與 ChEMBL：有什麼不同？

PubChem 求廣，ChEMBL 求深。PubChem 力求收錄任何人提交過的每一種化學物質，因此是鑑定化合物的最佳去處。ChEMBL 收錄的化合物少得多，但以一致的格式（標準單位、pChEMBL 值、已對應的標靶）整理其生物活性，所以更適合回答「它的活性有多強、作用在什麼上？」實務上兩者都會用到：用 PubChem 確認結構與識別碼，用 ChEMBL 查看藥理資料。

什麼是 ChEBI？經人工整理的小分子辭典

ChEBI（Chemical Entities of Biological Interest，具生物學意義的化學實體）是由 EMBL-EBI 營運、經人工整理的小分子辭典與本體論。經整理的條目包含定義、結構、同義詞與本體論連結，說明這個分子是什麼（例如「苯甲酸類的一員」）以及具有什麼角色（例如「非類固醇消炎藥」）。

白話查詢：「CHEBI:15365 是什麼？」

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

回應會傳回 "name": "acetylsalicylic acid"、分子式 C9H8O4、單一同位素質量 180.04226 以及定義文字。也可以進行文字搜尋：https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin。

什麼是 ZINC？供虛擬篩選的數十億化合物

ZINC 是收錄市售（「實際可得」）化合物、供虛擬篩選使用的免費資料庫，由 UCSF 的 Irwin 與 Shoichet 實驗室建立。ZINC-22 著重於 Enamine、WuXi 與 Mcule 的龐大依需求合成型錄，姊妹資料庫 ZINC20 則涵蓋規模較小的現貨型錄。ZINC15 是較舊的一代，許多教學中仍會提到它。

白話查詢：「找出與西替利嗪相似、可購買的化合物。」把 SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 貼到 cartblanche22.docking.org 的相似度搜尋中。

坦白說明：撰寫本指南時，我們無法穩定地以程式查詢 ZINC。ZINC15/ZINC20 頁面設有驗證碼，而我們以程式提交的 CartBlanche22 搜尋工作都傳回空結果。對大多數使用者而言，建議使用網頁介面。

什麼是 RCSB PDB？蛋白質與配體的 3D 結構

蛋白質資料庫（PDB）是全球唯一收錄實驗測定之蛋白質、核酸及其複合體 3D 結構的檔案庫；RCSB PDB 是它在美國的資料中心與搜尋入口。對化學家來說，它的價值在於結合的配體：你可以清楚看到小分子如何坐落在結合口袋中。

白話查詢：「顯示阿斯匹靈（組分 ID AIN）的配體紀錄。」

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

會傳回名稱 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID 與分子式 C9 H8 O4。

白話查詢：「哪些 PDB 條目含有阿斯匹靈？」（Search API；貼到瀏覽器中，瀏覽器會自動將 JSON 進行 URL 編碼）：

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

實際回應（已節錄）："total_count": 8，包括 1OXR、1TGM 與 3GCL 等條目。以阿斯匹靈的 SMILES 送出化學搜尋（service: "chemical"），也會傳回 AIN 作為最佳比對。你可以在 MolDraw 蛋白質檢視器中以 PDB ID 載入其中任一條目，或在 rcsb.org 上開啟。

什麼是 UniChem？在資料庫之間轉換 ID

UniChem 是 EMBL-EBI 的識別碼交叉對照服務：給它一個結構識別碼，它就會傳回其他資料庫中對應的 ID。它透過標準 InChI/InChIKey 串連紀錄，所以只要兩個資料庫收錄相同的結構就能使用。

白話查詢：「阿斯匹靈的 InChIKey 還出現在哪些地方？」

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

回應會把它對應到 CHEMBL25、CHEBI:15365、PubChem CID 2244、DrugBank DB00945、PDB 配體 AIN 與 Guide to Pharmacology 4139 等。

UniChem 如何把一個 InChIKey 交叉對應到多個資料庫的識別碼 把阿斯匹靈的標準 InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 送到 UniChem API，會傳回其他資料庫中對應的識別碼，包括 ChEMBL CHEMBL25、ChEBI CHEBI:15365、DrugBank DB00945、RCSB PDB 配體 AIN、PubChem 化合物 2244 與 Guide to Pharmacology 配體 4139。 一個 InChIKey，多個資料庫 ID 阿斯匹靈的實際 UniChem API 結果（2026 年 10 月查證） 標準 INCHIKEY（阿斯匹靈） BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N UniChem CHEMBLCHEMBL25 CHEBICHEBI:15365 PUBCHEM CID2244 RCSB PDB 配體AIN DRUGBANKDB00945 GUIDE TO PHARMACOLOGY4139 另外也傳回：SureChEMBL、BindingDB、HMDB、FooDB、 CompTox、DrugCentral、FDA SRS、Wikipedia 等。
UniChem 把阿斯匹靈的 InChIKey 對應到它在 ChEMBL、ChEBI、PubChem、RCSB PDB、DrugBank 與 Guide to Pharmacology 中的 ID。

什麼是 nmrshiftdb2？免費的 NMR 光譜資料庫

nmrshiftdb2 是一個開放、經同儕審查的有機結構及其 NMR 光譜網路資料庫，內建 ¹H 與 ¹³C 化學位移預測。它的核心是完整指認的光譜，其中許多附有原始數據。

白話查詢：「找出含 4-氯二苯甲基之化合物的實測 ¹³C 光譜。」在 nmrshiftdb2 的搜尋分頁中畫出該片段，進行子結構搜尋。若想在搜尋前先快速估計，MolDraw 的結構式轉 NMR 工具可以根據你畫的結構預測光譜。

什麼是 MassBank？實驗 MS/MS 光譜

MassBank 是一個開放的小分子實驗質譜資料庫，由世界各地的實驗室提供。這裡的範例使用 MassBank Europe（massbank.eu）。每筆紀錄描述一張光譜：化合物、儀器、游離方式、碰撞能量與峰列表。

白話查詢：「列出 MassBank 中咖啡因的光譜。」

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

結果傳回 134 個紀錄編號。取得其中一筆 https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088，會得到一張 [M+H]⁺ 的 LC-APCI Orbitrap MS2 光譜，前驅離子位於 m/z 195.088，主要碎片位於 m/z 138.067，授權為 CC BY。

什麼是 COCONUT？開放的天然物資料庫

COCONUT（COlleCtion of Open NatUral producTs）是最大的開放天然物結構資料庫，由耶拿弗里德里希．席勒大學的 Steinbeck 研究團隊整理。2.0 版將每個分子與其來源生物、文獻與立體化學變體連結起來。

白話查詢：「顯示與咖啡因相似的天然物。」把咖啡因的 SMILES CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C 貼到 coconut.naturalproducts.net 的結構搜尋中。

什麼是 SureChEMBL？來自專利的化學資訊

SureChEMBL 是 EMBL-EBI 的免費專利化學資料庫：它對專利文件進行文字與影像探勘，擷取其中提到的化學結構。這是免費查詢「哪些專利含有這個結構？」最簡單的方法。

白話查詢：「把名稱 cetirizine（西替利嗪）解析為 SureChEMBL 化合物。」

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

實際回應（已節錄）："chemical_id": "4176"、"inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N"。接著就能在網頁介面中搜尋含有該結構的專利。

那 DrugBank 與 NIST Chemistry WebBook 呢？

DrugBank 是一個詳盡的知識庫，收錄已核准與研發中的藥物，以及它們的標靶、代謝與交互作用。它可以免費瀏覽，但下載需要帳號；學術資料集以 CC BY-NC 4.0 授權供非商業使用，商業使用則需付費授權。可以把它視為「免費閱讀，但不能免費再利用」。

NIST Chemistry WebBook（NIST 標準參考資料庫 69）提供許多小分子的熱化學資料、氣相 IR 光譜與電子撞擊游離質譜。它可以免費線上搜尋，例如 https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI，但資料受著作權保護，大量重新散布需取得 NIST 許可。

我應該使用哪個化學資料庫？

你的問題 首選 其次可試
這是什麼化合物？名稱、分子式、CAS、性質 PubChem ChEBI
它的活性有多強，作用在哪個標靶上？ ChEMBL PubChem BioAssay
它屬於哪一類，有什麼生物角色？ ChEBI PubChem
我能買到或對接哪些相似的化合物？ ZINC-22 PubChem（供應商）
配體如何與它的蛋白質結合？ RCSB PDB ChEMBL（標靶資料）
我有資料庫 A 的 ID，它在資料庫 B 中是什麼？ UniChem PubChem 交叉對照
它的 ¹H/¹³C NMR 應該長什麼樣子？ nmrshiftdb2 MolDraw NMR 預測
我的 MS/MS 光譜與已知化合物相符嗎？ MassBank NIST WebBook（EI-MS）
它是天然物嗎？來自哪種生物？ COCONUT ChEBI
這個結構出現在專利中嗎？ SureChEMBL PubChem Patent
想了解已核准藥物的詳細資訊？ DrugBank（瀏覽） ChEMBL
熱化學或參考 IR 光譜？ NIST WebBook PubChem

如何搭配 MolDraw 使用這些資料庫？

多數資料庫以機器可讀的識別碼搜尋效果最好，而不是用名稱。MolDraw 可以直接從結構圖產生這些識別碼：

  1. 在 MolDraw 編輯器中畫出結構（或用名稱轉結構式貼上名稱）。
  2. 從上方的選項列使用 Copy SMILES。右鍵選單中的 Copy as… 也提供 InChI 與 MOL 格式（請參閱 MolDraw 課程的 SMILES 章節）。
  3. 用 SMILES 轉 InChIKey 工具產生 InChIKey。在 PubChem、ChEMBL、ChEBI 與 UniChem 之間，InChIKey 是最可靠的完全比對依據。
  4. 查詢：把 SMILES 貼到資料庫的結構搜尋中，或把 InChIKey 放進上方任一個 REST URL。
  5. 把結果帶回來：用 CID 轉 SMILES 工具轉換 PubChem CID，或用 InChIKey 轉 SMILES 轉換 InChIKey，再貼到 MolDraw 中編輯。
工作流程：從 MolDraw 中畫的結構到資料庫結果 四個步驟。第一，在 MolDraw 編輯器中畫出結構。第二，從編輯器複製 SMILES，或用 MolDraw 的 SMILES 轉 InChIKey 工具轉成 InChIKey。第三，把識別碼貼到資料庫搜尋框或 REST URL 中，例如 PubChem PUG-REST、ChEMBL 或 UniChem。第四，閱讀結果，例如性質、生物活性、3D 結構、光譜或專利。 繪製 → 識別 → 查詢 → 閱讀 MolDraw 中的結構如何變成資料庫搜尋 1 繪製 繪製或貼上結構 在 MolDraw 編輯器中 2 取得識別碼 SMILES: CC(=O)Oc1cc… InChIKey: BSYNRYMU… 在 MolDraw 中複製 SMILES； 用轉換工具產生 InChIKey 3 查詢 PubChem PUG-REST ChEMBL API UniChem / RCSB / 其他 搜尋框或 REST URL 4 閱讀結果 • 性質與同義詞 • 生物活性（IC50、Ki） • 3D 複合體 • NMR / 質譜光譜 • 專利、供應商
工作流程：在 MolDraw 中繪製，複製 SMILES 或產生 InChIKey，查詢資料庫，閱讀結果。

範例解析：如何比較西替利嗪類似物？

假設你正在研究抗組織胺藥西替利嗪，想知道有哪些相近的類似物、它們的活性有多強，以及能否買到新的類似物。以下是使用三個資料庫的工作流程；每個數字都來自我們實際執行的查詢。

步驟 1：在 PubChem 中鑑定。在 MolDraw 中畫出西替利嗪，複製 SMILES 後查詢：

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem 傳回 CID 2678、C21H25ClN2O3、分子量 388.9、XLogP 1.7、TPSA 53，以及 InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N。

步驟 2：在 PubChem 中尋找類似物。2D 相似度查詢（閾值 90）會傳回相關化合物，包括羥嗪（hydroxyzine，CID 3658，西替利嗪的母藥）與左旋西替利嗪（levocetirizine，CID 1549000，其單一鏡像異構物），以及它們的鹽類。以氯二苯甲基哌嗪核心進行子結構搜尋，還會找到 chlorcyclizine、meclizine 與 buclizine。

步驟 3：在 ChEMBL 中比較活性。在 ChEMBL 中查詢該 InChIKey：

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

結果為 CHEMBL1000（max phase 4，1995 年首次核准）。它的活性紀錄包括人類 H1 受體 Ki 值 5.89 至 79 nM（pChEMBL 7.1–8.2），以及弱得多的 hERG（KCNH2）IC50 約 30 µM（pChEMBL 約 4.5）。這個大約三個數量級的差距，正是 ChEMBL 能輕鬆做出的選擇性比較。相似度搜尋 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json 會列出左旋西替利嗪與西替利嗪的各種鹽型，可用同樣方式比較。

步驟 4：在 ZINC 中尋找可購買的類似物。把 SMILES 貼到 CartBlanche22 的相似度搜尋中，查看改變了酸側鏈或芳香環的依需求合成化合物。接著在 MolDraw 中檢查感興趣的化合物性質，例如使用 Lipinski 規則計算器。

判讀提示：不同論文的活性數值是在不同試驗中測得的。請比較相同標靶與相同試驗類型的 pChEMBL 值，並審慎看待單一量測結果。

如何有效率地搜尋化學資料庫？

重點整理

  • PubChem 是最大的免費化學資料庫，也是鑑定化合物的首選。
  • ChEMBL 是最好的免費生物活性資料庫：經人工整理、與標靶相連的活性資料。
  • ChEBI 為分子分類；UniChem 在資料庫之間轉換 ID。
  • ZINC-22 用於虛擬篩選與購買類似物；RCSB PDB 用於查看 3D 結合模式。
  • nmrshiftdb2、MassBank 與 NIST WebBook 分別涵蓋 NMR、MS/MS 以及 IR／熱化學資料。
  • COCONUT 涵蓋天然物，SureChEMBL 涵蓋專利。
  • 在 MolDraw 中繪製、複製 SMILES、產生 InChIKey，就能查詢所有這些資料庫。

常見問題

最大的免費化學資料庫是哪一個？

PubChem 是最大的免費化學資料庫，收錄約 1.24 億個不重複化合物與 3.49 億筆提交物質（2026 年 10 月查證）。ZINC-22 列出的分子更多（約 549 億個），但其中大多數是供篩選用、可依需求合成的虛擬化合物，而非已鑑定的物質。

PubChem 與 ChEMBL 有什麼不同？

PubChem 是範圍廣泛的彙整型資料庫，力求收錄所有提交的化學物質，因此最適合用來鑑定與查詢性質。ChEMBL 規模較小，但針對生物活性經過人工整理，標準化的活性數值都與標靶相連，因此最適合結構–活性與藥物開發方面的問題。

ZINC 可以免費用於商業用途嗎？

依據 UCSF 的 ZINC 授權條款，ZINC 對所有人（包括企業）都可免費使用與下載。限制在於重新散布：未經 ZINC 團隊書面許可，不得重新散布 ZINC 的主要部分。化合物本身則必須向所列的供應商購買。

哪個免費資料庫有 NMR 光譜？

nmrshiftdb2 是主要的免費 NMR 資料庫，收錄 271,817 個結構的 70,030 張實測光譜（2026 年 10 月查證），並內建 ¹H 與 ¹³C 預測。PubChem 的化合物頁面也會連結其他來源的光譜，而 NIST Chemistry WebBook 收錄的是 IR 與質譜，而不是 NMR。

哪個免費資料庫有質譜？

MassBank 收錄 139,006 筆實驗質譜紀錄（2026 年 10 月查證），多為小分子的 MS/MS 光譜，每筆紀錄採用各自的創用 CC 授權。NIST Chemistry WebBook 則線上提供許多小分子的電子撞擊游離質譜。

可以用結構搜尋化學資料庫嗎？

可以。PubChem、ChEMBL、ChEBI、ZINC、RCSB PDB、nmrshiftdb2、COCONUT 與 SureChEMBL 都支援結構搜尋，通常是透過繪製結構或貼上 SMILES。你可以在 MolDraw 中畫出分子、複製它的 SMILES，再貼到資料庫的結構搜尋中；也可以透過它們的 API 進行完全比對、子結構或相似度查詢。

哪個化學資料庫最適合學生？

名稱、性質與安全資料可以先從 PubChem 查起，定義與化合物類別用 ChEBI，3D 結構用 RCSB PDB。這三個都免費、不需帳號，介面也清楚。學藥理學時再加上 ChEMBL，學 NMR 時再加上 nmrshiftdb2。

什麼是生物活性資料庫？

生物活性資料庫儲存化合物對生物標靶的實測效應，例如 IC50、Ki 或 EC50 值，並與試驗及蛋白質相連。ChEMBL 是首屈一指的免費生物活性資料庫；PubChem BioAssay 則收錄實驗室與篩選中心提交的篩選結果。

DrugBank 是免費的嗎？

DrugBank 可以免費線上瀏覽，學術使用者註冊後可依 CC BY-NC 4.0 授權下載資料集。商業用途（包括用於商業產品或服務）則需向 DrugBank 購買付費授權。

如何把 PubChem CID 轉換成 ChEMBL ID？

使用 UniChem。先查出化合物的 InChIKey（PubChem 在每個化合物頁面上都有顯示），再送到 UniChem 的 compounds API，它會傳回對應的 ChEMBL、ChEBI、DrugBank、PDB 等識別碼。以阿斯匹靈為例，InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 會把 CID 2244 對應到 CHEMBL25。

資料來源

MolDraw 編輯器 結構轉 SMILES SMILES 轉 InChIKey InChIKey 轉 SMILES CID 轉 SMILES CAS 轉 SMILES 名稱轉結構式 結構式轉 NMR 質譜預測器 Lipinski 計算器 蛋白質檢視器 阿斯匹靈分子頁面 免費化學工具指南
Rafeeque Mavoor，MolDraw 產品與開發負責人。數據已於 2026 年 10 月對照官方網站與即時 API 查證；請參閱我們的編輯準則。

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相關工具與指南

NMR 光譜檢視器開啟 1H 與 13C NMR 檔案質譜檢視器同位素、加成離子與碎片損失IR 光譜檢視器找出峰與官能基分子頁面結構與性質所有化學工具轉換工具、計算器、檢視器免費化學工具與計算器快速選對工具MolDraw 編輯器在瀏覽器中繪製結構