免费化学数据库：写给学生和研究人员的实用指南

发布：2026年10月6日 · 作者：Rafeeque Mavoor · 分类：指南 · 数据核实：2026 年 10 月

示意图：一个化学数据库链接到苯酚、咖啡因和吡啶的化合物记录，并带有搜索放大镜
免费化学数据库存储着数以百万计可检索的化合物记录，每条记录都有结构和标识符。

简短回答：最有用的免费化学数据库有 PubChem（最大的综合化合物数据库）、ChEMBL（人工整理的药物发现生物活性数据）、ChEBI（人工整理的小分子词典）、ZINC（用于虚拟筛选的数十亿可购买化合物）和 RCSB PDB（3D 蛋白–配体结构）。谱图方面，可使用 nmrshiftdb2（NMR）、MassBank（MS/MS）和 NIST Chemistry WebBook；天然产物用 COCONUT；专利用 SureChEMBL；而 UniChem 把它们之间的标识符关联起来。

化学专业的学生迟早会遇到同一个问题：手里有一个分子，需要查它的性质、生物活性、晶体结构、参考谱图或专利。每个问题都在不同的数据库里。本指南介绍每个主要免费化学数据库是什么、擅长什么、规模多大、许可协议允许什么以及如何查询，并附上我们在发布前测试过的真实示例 URL。

以下所有数据都已于 2026 年 10 月核实，依据为官方网站或 API。数据库规模每次发布都会变化，请把它们看作快照，而不是常数。

按所含数据类型分组的免费化学数据库示意图 七个分组围绕 UniChem 排列，UniChem 在它们之间交叉链接标识符。化合物与标识符：PubChem 和 ChEBI。生物活性：ChEMBL，以及许可受限的 DrugBank。筛选与可购买化合物：ZINC。天然产物：COCONUT。3D 结构：RCSB PDB。谱图：NMR 用 nmrshiftdb2，MS/MS 用 MassBank，红外、质谱和热化学数据用 NIST Chemistry WebBook。专利：SureChEMBL。 免费化学数据库全景 按各资源所含的主要数据类型分组 · MolDraw 指南 · 核实于 2026 年 10 月 化合物与标识符 名称、结构、性质 PubChemNIH · 免费 ChEBICC BY 4.0 生物活性 活性强度、靶点、药物数据 ChEMBLCC BY-SA 3.0 DrugBank*许可受限 虚拟筛选 可购买、可对接的分子 ZINC-22 / ZINC20 / ZINC15UCSF · 数十亿实际可得的化合物 天然产物 结构 + 来源生物 COCONUT 2.0耶拿大学 · CC0 数据 UniChem 跨数据源链接 ID 按 InChIKey 关联来源 3D 结构 蛋白质、配体、复合物 RCSB PDBwwPDB 档案库 · CC0 谱图与物理数据 用于鉴定的实验参考数据 nmrshiftdb2NMR 谱图 · 开放 MassBankMS/MS · 按记录 CC 许可 NIST WebBook红外、EI-MS、热化学 专利 从专利文本中挖掘的化学信息 SureChEMBLEMBL-EBI · 专利化学 * DrugBank 可免费浏览，但下载需要账户，商业再利用需要付费许可。
按数据类型分组的免费化学数据库：化合物、生物活性、筛选、天然产物、3D 结构、谱图和专利，由 UniChem 相互关联。

什么是化学数据库？

化学数据库是可检索的化学结构集合，并关联着有关这些结构的数据：名称、标识符、计算性质、实验测量值、生物活性、3D 坐标、谱图或报道它们的文献。大多数现代数据库可以按名称、按标识符（CAS 号、InChIKey、SMILES）或通过绘制结构来检索，许多还提供免费的 REST API 供程序访问。

关键是要明白，没有一个数据库能包揽一切。它们的侧重点各不相同：

各免费化学数据库如何比较？

数据库 侧重点 规模（核实于 2026 年 10 月） 最适合 API 许可协议
PubChem 通用化合物、物质、生物实验 约 1.24 亿个化合物，约 3.49 亿个物质 标识符、性质、广泛查询 PUG-REST、PUG-View 免费；再利用条款因提交者而异
ChEMBL 人工整理的生物活性 292 万个化合物，2450 万条活性数据，18,552 个靶点（ChEMBL 37） 构效关系、活性强度、药物靶点 REST（JSON/XML） CC BY-SA 3.0
ChEBI 人工整理的小分子词典 + 本体 201,471 个条目，其中 61,961 个完全整理（第 244 版） 定义、类别、生物学作用 REST（ChEBI 2.0） CC BY 4.0
ZINC-22 可购买的“按需合成”化合物 约 549 亿（2D），约 59 亿（3D） 虚拟筛选、购买类似物 网页（CartBlanche）、批量下载 免费使用；未经许可不得再分发主要部分
RCSB PDB 3D 大分子结构 260,724 个条目 蛋白–配体复合物、对接准备 Data API、Search API CC0 1.0
UniChem 标识符交叉映射 25 个数据源 在数据库之间转换 ID REST 免费（EMBL-EBI 条款）；适用各数据源的许可
nmrshiftdb2 NMR 谱图 + 预测 271,817 个结构，70,030 张实测谱图 ¹H/¹³C NMR 参考数据与预测 网页；新的 REST 接口 开放内容许可
MassBank（欧洲） 实验质谱 139,006 条记录 MS/MS 匹配、代谢组学 REST 按记录采用知识共享许可
COCONUT 2.0 天然产物 738,829 个独特分子，71 个数据集 天然产物发现 REST（需要登录） CC0（数据）
SureChEMBL 来自专利的化学信息 1.166 亿份专利文献（2025 年 5 月） 现有技术检索、专利布局分析 REST CC BY 4.0
DrugBank 药物与药物靶点 不适用（未核实） 已批准药物的详细信息 付费 API 学术免费，CC BY-NC 4.0；商业使用需许可
NIST Chemistry WebBook 热化学、红外、EI-MS 不适用（未核实） 参考红外/质谱、物理数据 仅网页 NIST 标准参考数据（受版权保护）

什么是 PubChem？最大的免费化学数据库

PubChem 是世界上最大的免费化学数据库，由美国国家生物技术信息中心（NCBI）运营。它把一千多个贡献者的数据汇集到相互链接的数据集中：Substance（提交者提交的内容）、Compound（标准化后的独特结构）、BioAssay、Protein、Gene、Pathway 和 Patent。

通俗查询：“给我阿司匹林的分子式、分子量、SMILES 和 InChIKey。”

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/aspirin/property/MolecularFormula,MolecularWeight,SMILES,InChIKey/JSON

真实响应（已截取）：

{"PropertyTable": {"Properties": [{
  "CID": 2244,
  "MolecularFormula": "C9H8O4",
  "MolecularWeight": "180.16",
  "SMILES": "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
  "InChIKey": "BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}]}}

注意：PubChem 已经重命名了它的 SMILES 属性。请求旧的 CanonicalSMILES 仍然有效，但返回结果现在标为 ConnectivitySMILES（不含立体化学）。如果需要完整、含立体信息的字符串，请请求 SMILES。

更多经过测试的 PubChem 查询：

什么是 ChEMBL？首选的生物活性数据库

ChEMBL 是人工整理的生物活性类药分子数据库，由 EMBL 欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）维护。其核心是从期刊论文和提交的数据集中提取的实测活性数据，例如 IC50、Ki 和 EC50 值，每条都与一个化合物、一个实验和一个生物靶点相关联。

通俗查询：“在 ChEMBL 中查找阿司匹林。”

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule/search.json?q=aspirin

第一个命中结果是 CHEMBL25（ASPIRIN，max phase 4，即已批准），SMILES 为 CC(=O)Oc1ccccc1C(=O)O。

通俗查询：“ChEMBL 中有哪些西替利嗪（CHEMBL1000）对人组胺 H1 受体（CHEMBL231）的活性数值？”

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/activity.json?molecule_chembl_id=CHEMBL1000&target_chembl_id=CHEMBL231&pchembl_value__isnull=false

真实响应（从返回的 12 条记录中截取两条）：

{"activities": [
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "14.0", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "7.85", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"},
  {"standard_type": "Ki", "standard_value": "5.89", "standard_units": "nM",
   "pchembl_value": "8.23", "target_pref_name": "Histamine H1 receptor"}]}

PubChem 与 ChEMBL：有什么区别？

PubChem 求广，ChEMBL 求深。PubChem 力求收录任何人提交过的每种化学品，因此是鉴定化合物的最佳去处。ChEMBL 收录的化合物少得多，但以统一的格式（标准单位、pChEMBL 值、映射的靶点）整理其生物活性，因此更适合回答“它的活性有多强、作用于什么？”实际上两者都要用：用 PubChem 确认结构和标识符，用 ChEMBL 查看药理数据。

什么是 ChEBI？人工整理的小分子词典

ChEBI（Chemical Entities of Biological Interest，具有生物学意义的化学实体）是由 EMBL-EBI 运营的人工整理小分子词典和本体。经过整理的条目包含定义、结构、同义词和本体链接，说明该分子是什么（例如“苯甲酸类的一员”）以及具有什么作用（例如“非甾体抗炎药”）。

通俗查询：“CHEBI:15365 是什么？”

https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/compound/CHEBI:15365/

响应返回 "name": "acetylsalicylic acid"、分子式 C9H8O4、单一同位素质量 180.04226 以及定义文本。也可以进行文本检索：https://www.ebi.ac.uk/chebi/backend/api/public/es_search/?term=aspirin。

什么是 ZINC？用于虚拟筛选的数十亿化合物

ZINC 是一个免费的数据库，收录为虚拟筛选准备的市售（“实际可得”）化合物，由 UCSF 的 Irwin 和 Shoichet 实验室建立。ZINC-22 侧重于 Enamine、WuXi 和 Mcule 的庞大按需合成目录，其姊妹数据库 ZINC20 则涵盖规模较小的现货目录。ZINC15 是较早的一代，许多教程中仍会提到它。

通俗查询：“查找与西替利嗪相似的可购买化合物。”把 SMILES OC(=O)COCCN1CCN(CC1)C(c1ccccc1)c1ccc(Cl)cc1 粘贴到 cartblanche22.docking.org 的相似性检索中。

坦白说明：在撰写本指南时，我们无法可靠地用脚本查询 ZINC。ZINC15/ZINC20 页面有验证码保护，而我们以程序方式提交的 CartBlanche22 检索任务返回为空。对大多数用户而言，推荐使用网页界面。

什么是 RCSB PDB？蛋白质和配体的 3D 结构

蛋白质数据库（PDB）是全球唯一的实验测定的蛋白质、核酸及其复合物 3D 结构档案库；RCSB PDB 是其美国数据中心和检索门户。对化学家而言，它的价值在于结合的配体：你可以清楚地看到小分子如何结合在结合口袋中。

通俗查询：“显示阿司匹林（组分 ID AIN）的配体记录。”

https://data.rcsb.org/rest/v1/core/chemcomp/AIN

返回名称 2-(ACETYLOXY)BENZOIC ACID 和分子式 C9 H8 O4。

通俗查询：“哪些 PDB 条目含有阿司匹林？”（Search API；粘贴到浏览器中，浏览器会自动对 JSON 进行 URL 编码）：

https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query?json={"query":{"type":"terminal","service":"text","parameters":{"attribute":"rcsb_nonpolymer_instance_annotation.comp_id","operator":"exact_match","value":"AIN"}},"return_type":"entry"}

真实响应（已截取）："total_count": 8，包括 1OXR、1TGM 和 3GCL 等条目。用阿司匹林的 SMILES 提交化学检索（service: "chemical"）同样返回 AIN 作为最佳匹配。你可以在 MolDraw 蛋白质查看器中按 PDB ID 加载其中任意条目，或在 rcsb.org 上打开。

什么是 UniChem？在数据库之间转换 ID

UniChem 是 EMBL-EBI 的标识符交叉引用服务：给它一个结构标识符，它会返回其他数据库中对应的 ID。它通过标准 InChI/InChIKey 关联记录，因此只要两个数据库收录了相同的结构就能使用。

通俗查询：“阿司匹林的 InChIKey 还出现在哪些地方？”

curl -X POST https://www.ebi.ac.uk/unichem/api/v1/compounds \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"type":"inchikey","compound":"BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N"}'

响应将其映射到 CHEMBL25、CHEBI:15365、PubChem CID 2244、DrugBank DB00945、PDB 配体 AIN 和 Guide to Pharmacology 4139 等。

UniChem 如何把一个 InChIKey 交叉映射到多个数据库的标识符 把阿司匹林的标准 InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 发送到 UniChem API，会返回其他数据库中对应的标识符，包括 ChEMBL CHEMBL25、ChEBI CHEBI:15365、DrugBank DB00945、RCSB PDB 配体 AIN、PubChem 化合物 2244 和 Guide to Pharmacology 配体 4139。 一个 InChIKey，多个数据库 ID 阿司匹林的真实 UniChem API 结果（核实于 2026 年 10 月） 标准 INCHIKEY（阿司匹林） BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N UniChem CHEMBLCHEMBL25 CHEBICHEBI:15365 PUBCHEM CID2244 RCSB PDB 配体AIN DRUGBANKDB00945 GUIDE TO PHARMACOLOGY4139 还返回：SureChEMBL、BindingDB、HMDB、FooDB、 CompTox、DrugCentral、FDA SRS、Wikipedia 等。
UniChem 把阿司匹林的 InChIKey 映射到它在 ChEMBL、ChEBI、PubChem、RCSB PDB、DrugBank 和 Guide to Pharmacology 中的 ID。

什么是 nmrshiftdb2？免费的 NMR 谱图数据库

nmrshiftdb2 是一个开放、经同行评审的有机结构及其 NMR 谱图网络数据库，内置 ¹H 和 ¹³C 化学位移预测。其核心是完全归属的谱图，许多附有原始数据。

通俗查询：“查找含 4-氯二苯甲基的化合物的实测 ¹³C 谱。”在 nmrshiftdb2 的检索选项卡中画出该片段，进行子结构检索。如果想在检索前快速估算一下，MolDraw 的结构转 NMR 工具可以根据你画的结构预测谱图。

什么是 MassBank？实验 MS/MS 谱图

MassBank 是一个开放的小分子实验质谱库，由世界各地的实验室贡献。这里的示例使用 MassBank Europe（massbank.eu）。每条记录描述一张谱图：化合物、仪器、电离方式、碰撞能量和峰列表。

通俗查询：“列出 MassBank 中咖啡因的谱图。”

https://massbank.eu/MassBank-api/records/search?compound_name=caffeine

返回了 134 个记录编号。获取其中一条 https://massbank.eu/MassBank-api/records/MSBNK-ACES_SU-AS000088，得到一张 [M+H]⁺ 的 LC-APCI Orbitrap MS2 谱图，前体离子在 m/z 195.088，主要碎片在 m/z 138.067，许可为 CC BY。

什么是 COCONUT？开放的天然产物数据库

COCONUT（COlleCtion of Open NatUral producTs）是最大的开放天然产物结构库，由耶拿弗里德里希·席勒大学的 Steinbeck 课题组整理。2.0 版把每个分子与其来源生物、文献和立体化学变体关联起来。

通俗查询：“显示与咖啡因相似的天然产物。”把咖啡因的 SMILES CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C 粘贴到 coconut.naturalproducts.net 的结构检索中。

什么是 SureChEMBL？来自专利的化学信息

SureChEMBL 是 EMBL-EBI 的免费专利化学数据库：它对专利文献进行文本和图像挖掘，提取其中提到的化学结构。这是免费查询“哪些专利包含这个结构？”最简单的方法。

通俗查询：“把名称 cetirizine（西替利嗪）解析为 SureChEMBL 化合物。”

https://www.surechembl.org/api/chemical/name/cetirizine

真实响应（已截取）："chemical_id": "4176"、"inchi_key": "ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N"。然后可以在网页界面中检索包含该结构的专利。

DrugBank 和 NIST Chemistry WebBook 呢？

DrugBank 是一个详尽的知识库，收录已批准和在研药物及其靶点、代谢和相互作用。它可以免费浏览，但下载需要账户；学术数据集以 CC BY-NC 4.0 许可供非商业使用，商业使用需要付费许可。可以把它看作“免费阅读，但不能免费再利用”。

NIST Chemistry WebBook（NIST 标准参考数据库 69）提供许多小分子的热化学数据、气相红外光谱和电子轰击电离质谱。它可以免费在线检索，例如 https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?Name=caffeine&Units=SI，但数据受版权保护，批量再分发需获得 NIST 许可。

我应该使用哪个化学数据库？

你的问题 首选 其次可试
这是什么化合物？名称、分子式、CAS 号、性质 PubChem ChEBI
它的活性有多强，作用于哪个靶点？ ChEMBL PubChem BioAssay
它属于哪一类，有什么生物学作用？ ChEBI PubChem
我能买到或对接哪些相似化合物？ ZINC-22 PubChem（供应商）
配体如何与蛋白质结合？ RCSB PDB ChEMBL（靶点数据）
我有数据库 A 中的 ID，它在数据库 B 中是什么？ UniChem PubChem 交叉引用
它的 ¹H/¹³C NMR 应该是什么样？ nmrshiftdb2 MolDraw NMR 预测
我的 MS/MS 谱图与已知化合物匹配吗？ MassBank NIST WebBook（EI-MS）
它是天然产物吗？来自哪种生物？ COCONUT ChEBI
这个结构出现在专利中吗？ SureChEMBL PubChem Patent
想了解某个已批准药物的详细信息？ DrugBank（浏览） ChEMBL
热化学或参考红外光谱？ NIST WebBook PubChem

如何将这些数据库与 MolDraw 结合使用？

大多数数据库用机器可读的标识符检索效果最好，而不是用名称。MolDraw 可以直接从结构图给出这些标识符：

  1. 在 MolDraw 编辑器中画出结构（或用名称转结构粘贴名称）。
  2. 从顶部选项栏中复制 SMILES（Copy SMILES）。右键菜单中的 Copy as… 还提供 InChI 和 MOL 格式（参见 MolDraw 课程的 SMILES 章节）。
  3. 用 SMILES 转 InChIKey 转换器生成 InChIKey。在 PubChem、ChEMBL、ChEBI 和 UniChem 之间，InChIKey 是最可靠的精确匹配键。
  4. 查询：把 SMILES 粘贴到数据库的结构检索中，或把 InChIKey 放进上面某个 REST URL 中。
  5. 把结果带回来：用 CID 转 SMILES 转换器转换 PubChem CID，或用 InChIKey 转 SMILES 转换 InChIKey，然后粘贴到 MolDraw 中编辑。
工作流程：从 MolDraw 中绘制的结构到数据库结果 四个步骤。第一，在 MolDraw 编辑器中画出结构。第二，从编辑器复制 SMILES，或用 MolDraw 的 SMILES 转 InChIKey 转换器将其转换为 InChIKey。第三，把标识符粘贴到数据库检索框或 REST URL 中，例如 PubChem PUG-REST、ChEMBL 或 UniChem。第四，阅读结果，例如性质、生物活性、3D 结构、谱图或专利。 绘制 → 标识 → 查询 → 阅读 MolDraw 中的结构如何变成数据库检索 1 绘制 绘制或粘贴结构 在 MolDraw 编辑器中 2 获取标识符 SMILES: CC(=O)Oc1cc… InChIKey: BSYNRYMU… 在 MolDraw 中复制 SMILES； 用转换器生成 InChIKey 3 查询 PubChem PUG-REST ChEMBL API UniChem / RCSB / 其他 检索框或 REST URL 4 阅读结果 • 性质与同义词 • 生物活性（IC50、Ki） • 3D 复合物 • NMR / 质谱谱图 • 专利、供应商
工作流程：在 MolDraw 中绘制，复制 SMILES 或生成 InChIKey，查询数据库，阅读结果。

例题：如何比较西替利嗪类似物？

假设你在研究抗组胺药西替利嗪，想知道有哪些相近的类似物、它们的活性有多强，以及能否买到新的类似物。下面是一个使用三个数据库的工作流程；每个数字都来自我们实际运行的查询。

第 1 步：在 PubChem 中鉴定。在 MolDraw 中画出西替利嗪，复制 SMILES，然后查询：

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rest/pug/compound/name/cetirizine/property/MolecularFormula,MolecularWeight,InChIKey,XLogP,TPSA/JSON

PubChem 返回 CID 2678、C21H25ClN2O3、分子量 388.9、XLogP 1.7、TPSA 53 和 InChIKey ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N。

第 2 步：在 PubChem 中查找类似物。2D 相似性查询（阈值 90）返回的相关化合物包括羟嗪（CID 3658，西替利嗪的母体药物）和左西替利嗪（CID 1549000，其单一对映体），以及它们的盐。对氯二苯甲基哌嗪核心进行子结构检索，还能找到氯环嗪、美克洛嗪和布克利嗪。

第 3 步：在 ChEMBL 中比较活性。在 ChEMBL 中查询该 InChIKey：

https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/molecule.json?molecule_structures__standard_inchi_key=ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N

结果为 CHEMBL1000（max phase 4，1995 年首次获批）。其活性记录包括人 H1 受体 Ki 值 5.89 至 79 nM（pChEMBL 7.1–8.2），以及弱得多的 hERG（KCNH2）IC50，约 30 µM（pChEMBL 约 4.5）。这大约三个数量级的窗口，正是 ChEMBL 让选择性比较变得容易的那类数据。相似性检索 https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/similarity/ZKLPARSLTMPFCP-UHFFFAOYSA-N/80.json 会列出左西替利嗪和西替利嗪的各种盐型，可用同样的方法比较。

第 4 步：在 ZINC 中查找可购买的类似物。把 SMILES 粘贴到 CartBlanche22 的相似性检索中，查看改变了酸侧链或芳环的按需合成化合物。然后在 MolDraw 中检查感兴趣的命中化合物的性质，例如使用 Lipinski 规则计算器。

解读提示：不同论文中的活性数值是在不同实验中测得的。请比较同一靶点、同类实验的 pChEMBL 值，对单次测量结果要谨慎。

如何高效检索化学数据库？

要点总结

  • PubChem 是最大的免费化学数据库，是鉴定化合物的首选。
  • ChEMBL 是最好的免费生物活性数据库：人工整理并与靶点关联的活性数据。
  • ChEBI 对分子进行分类；UniChem 在数据库之间转换 ID。
  • ZINC-22 用于虚拟筛选和购买类似物；RCSB PDB 用于查看 3D 结合模式。
  • nmrshiftdb2、MassBank 和 NIST WebBook 分别覆盖 NMR、MS/MS 以及红外/热化学数据。
  • COCONUT 覆盖天然产物，SureChEMBL 覆盖专利。
  • 在 MolDraw 中绘制，复制 SMILES，生成 InChIKey，就能查询所有这些数据库。

常见问题

最大的免费化学数据库是哪个？

PubChem 是最大的免费化学数据库，收录约 1.24 亿个独特化合物和 3.49 亿个提交物质（核实于 2026 年 10 月）。ZINC-22 列出的分子更多（约 549 亿个），但其中大多数是用于筛选的按需合成虚拟化合物，而不是已表征的物质。

PubChem 和 ChEMBL 有什么区别？

PubChem 是一个范围广泛的聚合数据库，力求收录所有提交的化学品，因此最适合用于鉴定和查询性质。ChEMBL 规模较小，但针对生物活性进行了人工整理，标准化的活性数值与靶点相关联，因此最适合构效关系和药物发现方面的问题。

ZINC 可以免费用于商业用途吗？

根据 UCSF 的 ZINC 许可协议，ZINC 对所有人（包括公司）免费使用和下载。限制在于再分发：未经 ZINC 团队书面许可，不得再分发 ZINC 的主要部分。化合物本身需要从所列供应商处购买。

哪个免费数据库有 NMR 谱图？

nmrshiftdb2 是主要的免费 NMR 数据库，收录 271,817 个结构的 70,030 张实测谱图（核实于 2026 年 10 月），并内置 ¹H 和 ¹³C 预测。PubChem 化合物页面也链接了其他来源的谱图，而 NIST Chemistry WebBook 收录的是红外和质谱，而不是 NMR。

哪个免费数据库有质谱？

MassBank 收录 139,006 条实验质谱记录（核实于 2026 年 10 月），大多是小分子的 MS/MS 谱，每条记录采用各自的知识共享许可。NIST Chemistry WebBook 在线提供许多小分子的电子轰击电离质谱。

可以按结构检索化学数据库吗？

可以。PubChem、ChEMBL、ChEBI、ZINC、RCSB PDB、nmrshiftdb2、COCONUT 和 SureChEMBL 都支持结构检索，通常通过绘制结构或粘贴 SMILES 进行。你可以在 MolDraw 中画出分子，复制其 SMILES，粘贴到数据库的结构检索中；也可以通过它们的 API 进行精确、子结构或相似性查询。

哪个化学数据库最适合学生？

名称、性质和安全数据从 PubChem 开始，定义和化合物类别用 ChEBI，3D 结构用 RCSB PDB。这三个都免费、无需账户，界面也清晰。学习药理学时再加上 ChEMBL，学习 NMR 时再加上 nmrshiftdb2。

什么是生物活性数据库？

生物活性数据库存储化合物对生物靶点的实测效应，例如 IC50、Ki 或 EC50 值，并与实验和蛋白质相关联。ChEMBL 是领先的免费生物活性数据库；PubChem BioAssay 收录了实验室和筛选中心提交的筛选结果。

DrugBank 免费吗？

DrugBank 可以免费在线浏览，学术用户注册后可在 CC BY-NC 4.0 许可下下载数据集。商业用途（包括用于商业产品或服务）需要向 DrugBank 购买付费许可。

如何把 PubChem CID 转换为 ChEMBL ID？

使用 UniChem。查到化合物的 InChIKey（PubChem 在每个化合物页面上都会显示），然后发送到 UniChem 化合物 API，它会返回对应的 ChEMBL、ChEBI、DrugBank、PDB 等标识符。以阿司匹林为例，InChIKey BSYNRYMUTXBXSQ-UHFFFAOYSA-N 把 CID 2244 对应到 CHEMBL25。

资料来源

MolDraw 编辑器 结构转 SMILES SMILES 转 InChIKey InChIKey 转 SMILES CID 转 SMILES CAS 转 SMILES 名称转结构式 结构转 NMR 质谱预测器 Lipinski 计算器 蛋白质查看器 阿司匹林分子页面 免费化学工具指南
Rafeeque Mavoor，MolDraw 产品与开发负责人。数据已于 2026 年 10 月对照官方网站和实时 API 核实；请参阅我们的编辑准则。

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