Crystal View: CIF Dosyasını Açın, Birim Hücreyi 3B Görün
Kısa yanıt: MolDraw'da 3B görüntüleyiciyi açın, + düğmesine basın ve Crystal View'u yükleyin. Crystal sekmesinde Open'a tıklayın ve bir CIF, POSCAR, PDB veya genişletilmiş XYZ dosyası ya da yerleşik örneklerden birini seçin. Birim hücreyi hücre parametreleri, hacim, Z ve yoğunlukla birlikte 3B olarak görürsünüz; hücreyi tekrarlayabilir, herhangi bir [uvw] yönü boyunca bakabilir, koordinasyon çokyüzlülerini gösterebilir ve PNG dışa aktarabilirsiniz.
Kristallere neden 3B bakmalı?
NaCl veya SrTiO3 gibi bir formül, atomların nasıl istiflendiği hakkında hiçbir şey söylemez. Koordinasyon sayıları, sıkı istiflenmiş katmanlar ve çokyüzlülerin şekli ancak hücreyi döndürüp farklı yönlerden bakabildiğinizde anlam kazanır. Ders kitabı görselleri tek bir sabit açı gösterir; canlı bir model ise yapıyı açıklayan görünümü bulmanızı sağlar.
Crystal View tarayıcınızda, çiziminizin yanında çalışır. Dosyalar kendi bilgisayarınızda okunur ve hiçbir yere yüklenmez.
Eklentinin gösterdikleri
| Birim hücre | Renkli a, b ve c eksenleriyle hücre kenarları ve bir sonraki hücreyle paylaşılanlar dahil her örgü noktasındaki atomlar. |
|---|---|
| Hücre parametreleri | a, b, c uzunlukları, α, β, γ açıları, uzay grubu, hacim, Z ve yoğunluk. |
| Tekrar | Yapının nasıl devam ettiğini görmek için a × b × c hücrelik bir blok oluşturun. |
| Boyunca bak | Görünümü bir eksen ya da herhangi bir özel [u v w] yönü boyunca bakacak şekilde çevirin. |
| Görünüm | Top-çubuk veya boşluk dolduran atomlar, koordinasyon çokyüzlüleri, iyonik temaslar ve atom etiketleri. |
| İzdüşüm | Perspektif ve paralel (ortografik) izdüşüm arasında geçiş yapın. |
| Çıktı | PNG dışa aktarın veya mevcut görünümü tuvale düzenlenebilir bir çizim olarak ekleyin. |
Crystal View nasıl yüklenir
- MolDraw editörünü açın ve oturum açın. Ücretsiz bir hesap yeterlidir.
- 3B görüntüleyiciyi açın ve sekmelerin yanındaki + düğmesine basın (veya Settings › Plugins bölümüne gidin).
- Crystal View'un yanındaki Install'a tıklayın. Bir Crystal sekmesi belirir.
CIF dosyası nasıl açılır
- Crystal sekmesinde Open'a tıklayın (soldaki araç çubuğunun üstündeki klasör simgesi).
- Open a file… seçeneğini seçin ve bir
.cif, POSCAR, PDB (CRYST1 kaydıyla) veya genişletilmiş XYZ dosyası seçin. - Döndürmek için sürükleyin, yakınlaştırmak için kaydırın. Daha fazla hücre göstermek için Repeat'i, bir eksen boyunca bakmak için Look along'u kullanın.
Elinizde dosya yok mu? Örnekler, çoğu dersin öğrettiği yapıları kapsar: kaya tuzu, sezyum klorür, florit, elmas, grafit, kübik perovskit, rutil, vürtzit (çinko oksit) ve yüzey merkezli kübik bakır.
Koordinasyonu görmek: örnek olarak perovskit
Display'i açın ve TiO6 oktahedronlarını doldurmak için Coordination polyhedra'yı işaretleyin. Birkaç tekrarlanan hücreyle oktahedronların köşe paylaştığını görebilirsiniz; bu, perovskit ailesinin temel özelliğidir. Aynısını TiO6 oktahedronlarının c boyunca zincirler halinde kenar paylaştığı rutil ile deneyin ve karşılaştırın.
2B tuvalde kristaller
Bir CIF dosyasını doğrudan çizim tuvaline de açabilirsiniz. MolDraw kristali normal, düzenlenebilir bir çizim olarak çizer ve hücre, tekrarlar, bakış yönü, etiketler ve iyonik temaslarla bir panel gösterir. Eşdeğer konumlardaki elementi değiştirebilirsiniz; örneğin bir çalışma kâğıdı için NaCl'yi KCl'ye dönüştürebilirsiniz. Crystal View tuval çizimini canlı izler, böylece her değişiklik anında 3B olarak görünür.
Sınıfta ve laboratuvarda kullanım yolları
- Katı hal kimyası öğretimi: NaCl (6:6) ile CsCl (8:8) koordinasyonunu karşılaştırın veya bir hücredeki atomları sayıp karttaki Z değerini kontrol edin.
- Sıkı istiflenme: sıkı istiflenmiş katmanları görmek için bakırda [1 1 1] boyunca bakın.
- Karbon allotropları: sp3 ve sp2 bağlanmasını tartışmak için elmas ve grafiti yan yana koyun.
- Dosya kontrolü: bir makaleden veya veritabanından alınan bir CIF'i açın ve başka bir yerde kullanmadan önce hücreyi, yoğunluğu ve bağlantıları kontrol edin.
- Şekiller: PNG dışa aktarın veya görünümü tuvale ekleyip şemanızın geri kalanıyla birlikte etiketleyin.
Ligand alanlarını da mı öğreniyorsunuz? Kristal alan kuramı rehberimiz, Crystal View'da çokyüzlüler olarak görebileceğiniz oktahedral ve tetrahedral yarılmayı açıklar.
Sorular ve yanıtlar
CIF dosyasını çevrimiçi nasıl açarım?
MolDraw'da ücretsiz Crystal View eklentisini yükleyin, 3B görüntüleyicide sekmesini açın, Open'a tıklayın ve .cif dosyanızı seçin. Birim hücre tarayıcınızda 3B olarak görünür; hiçbir şey sunucuya yüklenmez.
Crystal View hangi kristal dosya biçimlerini okur?
CIF, VASP POSCAR, CRYST1 kaydı içeren PDB dosyaları ve örgü bilgisi içeren genişletilmiş XYZ dosyaları.
Crystal View eklentisi ücretsiz mi?
Evet. Eklenti yüklemek için yalnızca ücretsiz bir MolDraw hesabına ihtiyacınız var.
2B tuvalde kristal yapı çizebilir miyim?
Evet. Tekrarlar, bakış yönü ve etiketler için kendi paneli olan düzenlenebilir bir kristal çizimi elde etmek üzere tuvalde bir CIF dosyası açın. Crystal View bu çizimi 3B olarak canlı izler.