Crystal View: open een CIF-bestand en bekijk de eenheidscel in 3D
Kort antwoord: open de 3D-viewer in MolDraw, druk op + en installeer Crystal View. Klik in het tabblad Crystal op Open en kies een CIF-, POSCAR-, PDB- of extended XYZ-bestand, of een van de ingebouwde voorbeelden. Je krijgt de eenheidscel in 3D met celparameters, volume, Z en dichtheid, en je kunt de cel herhalen, langs elke [uvw]-richting kijken, coördinatiepolyeders tonen en een PNG exporteren.
Waarom kristallen in 3D bekijken?
Een formule als NaCl of SrTiO3 zegt niets over hoe de atomen gestapeld zijn. Coördinatiegetallen, dichtst gestapelde lagen en de vorm van polyeders worden pas duidelijk als je de cel kunt draaien en van verschillende kanten kunt bekijken. Afbeeldingen in het leerboek tonen één vaste hoek; met een live model vind je het aanzicht dat de structuur verklaart.
Crystal View draait in je browser, naast je tekening. Bestanden worden op je eigen computer gelezen en nergens naartoe geüpload.
Wat de plug-in laat zien
| Eenheidscel | De celranden met gekleurde a-, b- en c-assen en atomen op elke roosterplaats, ook die gedeeld worden met de volgende cel. |
|---|---|
| Celparameters | Lengtes a, b, c, hoeken α, β, γ, ruimtegroep, volume, Z en dichtheid. |
| Herhalen | Bouw een blok van a × b × c cellen om te zien hoe de structuur doorloopt. |
| Kijken langs | Draai het aanzicht om langs een as of een zelfgekozen richting [u v w] te kijken. |
| Weergave | Atomen als bol-staafmodel of ruimtevullend, coördinatiepolyeders, ionische contacten en atoomlabels. |
| Projectie | Wissel tussen perspectivische en parallelle (orthografische) projectie. |
| Uitvoer | Exporteer een PNG of voeg het huidige aanzicht als bewerkbare tekening toe aan het canvas. |
Crystal View installeren
- Open de MolDraw-editor en meld je aan. Een gratis account is genoeg.
- Open de 3D-viewer en druk op de + naast de tabbladen (of ga naar Settings › Plugins).
- Klik op Install naast Crystal View. Er verschijnt een tabblad Crystal.
Een CIF-bestand openen
- Klik in het tabblad Crystal op Open (het mappictogram bovenaan de werkbalk links).
- Kies Open a file… en selecteer een
.cif-, POSCAR-, PDB- (met een CRYST1-record) of extended XYZ-bestand. - Sleep om te draaien, scrol om te zoomen. Gebruik Repeat om meer cellen te tonen en Look along om langs een as te kijken.
Geen bestand bij de hand? De voorbeelden omvatten de structuren die in de meeste cursussen aan bod komen: steenzout, cesiumchloride, fluoriet, diamant, grafiet, kubisch perovskiet, rutiel, wurtziet (zinkoxide) en vlakgecentreerd kubisch koper.
Coördinatie zien: perovskiet als voorbeeld
Open Display en vink Coordination polyhedra aan om de TiO6-octaëders in te vullen. Met een paar herhaalde cellen zie je dat de octaëders hoekpunten delen, het belangrijkste kenmerk van de perovskietfamilie. Probeer hetzelfde met rutiel, waar TiO6-octaëders ribben delen in ketens langs c, en vergelijk.
Kristallen op het 2D-canvas
Je kunt een CIF-bestand ook direct op het tekencanvas openen. MolDraw tekent het kristal als een gewone, bewerkbare tekening en toont een paneel met de cel, herhalingen, kijkrichting, labels en ionische contacten. Je kunt het element op equivalente posities vervangen, bijvoorbeeld om van NaCl KCl te maken voor een werkblad. Crystal View volgt de canvastekening live, dus elke wijziging verschijnt meteen in 3D.
Toepassingen in de les en in het lab
- Vastestofchemie onderwijzen: vergelijk de coördinatie van NaCl (6:6) met CsCl (8:8), of tel de atomen in een cel en controleer de Z-waarde op de kaart.
- Dichtste stapeling: kijk langs [1 1 1] in koper om de dichtst gestapelde lagen te zien.
- Allotropen van koolstof: zet diamant en grafiet naast elkaar om sp3- en sp2-binding te bespreken.
- Een bestand controleren: open een CIF uit een artikel of database en controleer de cel, dichtheid en connectiviteit voordat je het elders gebruikt.
- Figuren: exporteer een PNG, of voeg het aanzicht toe aan het canvas en label het samen met de rest van je schema.
Leer je ook over ligandvelden? Onze gids over kristalveldtheorie legt octaëdrische en tetraëdrische splitsing uit, die je in Crystal View als polyeders ziet.
Vragen en antwoorden
Hoe open ik een CIF-bestand online?
Installeer de gratis plug-in Crystal View in MolDraw, open het tabblad in de 3D-viewer, klik op Open en kies je .cif-bestand. De eenheidscel verschijnt in 3D in je browser; er wordt niets naar een server geüpload.
Welke kristalbestandsformaten leest Crystal View?
CIF, VASP POSCAR, PDB-bestanden met een CRYST1-record en extended XYZ-bestanden met een rooster.
Is de plug-in Crystal View gratis?
Ja. Je hebt alleen een gratis MolDraw-account nodig om plug-ins te installeren.
Kan ik een kristalstructuur op het 2D-canvas tekenen?
Ja. Open een CIF-bestand op het canvas en je krijgt een bewerkbare kristaltekening met een eigen paneel voor herhalingen, kijkrichting en labels. Crystal View volgt die tekening dan live in 3D.