Crystal View: abre un archivo CIF y ve la celda unidad en 3D
Respuesta corta: abre el visor 3D en MolDraw, pulsa + e instala Crystal View. En la pestaña Crystal, haz clic en Open y elige un archivo CIF, POSCAR, PDB o XYZ extendido, o uno de los ejemplos incluidos. Obtendrás la celda unidad en 3D con sus parámetros de red, volumen, Z y densidad, y podrás repetir la celda, mirar a lo largo de cualquier dirección [uvw], mostrar poliedros de coordinación y exportar un PNG.
¿Por qué ver los cristales en 3D?
Una fórmula como NaCl o SrTiO3 no dice nada sobre cómo se empaquetan los átomos. Los números de coordinación, las capas de empaquetamiento compacto y la forma de los poliedros solo cobran sentido cuando puedes girar la celda y mirarla desde distintos lados. Las imágenes de los libros muestran un ángulo fijo; un modelo interactivo te permite encontrar la vista que explica la estructura.
Crystal View funciona en tu navegador, junto a tu dibujo. Los archivos se leen en tu propio ordenador y no se suben a ningún sitio.
Qué muestra el plugin
| Celda unidad | Las aristas de la celda con ejes a, b y c de colores, y átomos en todas las posiciones de la red, incluidas las compartidas con la celda vecina. |
|---|---|
| Parámetros de red | Longitudes a, b, c, ángulos α, β, γ, grupo espacial, volumen, Z y densidad. |
| Repetir | Construye un bloque de a × b × c celdas para ver cómo continúa la estructura. |
| Mirar a lo largo de | Gira la vista para mirar a lo largo de un eje o de cualquier dirección personalizada [u v w]. |
| Visualización | Átomos en modelo de bolas y varillas o compacto, poliedros de coordinación, contactos iónicos y etiquetas de átomos. |
| Proyección | Cambia entre proyección en perspectiva y paralela (ortográfica). |
| Salida | Exporta un PNG o añade la vista actual al lienzo como dibujo editable. |
Cómo instalar Crystal View
- Abre el editor MolDraw e inicia sesión. Basta con una cuenta gratuita.
- Abre el visor 3D y pulsa el + junto a las pestañas (o ve a Settings › Plugins).
- Haz clic en Install junto a Crystal View. Aparece una pestaña Crystal.
Cómo abrir un archivo CIF
- En la pestaña Crystal, haz clic en Open (el icono de carpeta en la parte superior de la barra de herramientas de la izquierda).
- Elige Open a file… y selecciona un archivo
.cif, POSCAR, PDB (con registro CRYST1) o XYZ extendido. - Arrastra para girar y usa la rueda para hacer zoom. Usa Repeat para mostrar más celdas y Look along para mirar a lo largo de un eje.
¿No tienes un archivo a mano? Los ejemplos cubren las estructuras que se enseñan en la mayoría de los cursos: sal gema, cloruro de cesio, fluorita, diamante, grafito, perovskita cúbica, rutilo, wurtzita (óxido de zinc) y cobre cúbico centrado en las caras.
Ver la coordinación: la perovskita como ejemplo
Abre Display y marca Coordination polyhedra para rellenar los octaedros TiO6. Con unas cuantas celdas repetidas verás que los octaedros comparten vértices, el rasgo clave de la familia de las perovskitas. Prueba lo mismo con el rutilo, donde los octaedros TiO6 comparten aristas formando cadenas a lo largo de c, y compara.
Cristales en el lienzo 2D
También puedes abrir un archivo CIF directamente en el lienzo de dibujo. MolDraw dibuja el cristal como un dibujo normal y editable y muestra un panel con la celda, las repeticiones, la dirección de vista, las etiquetas y los contactos iónicos. Puedes cambiar el elemento en posiciones equivalentes, por ejemplo para convertir NaCl en KCl para una hoja de ejercicios. Crystal View sigue el dibujo del lienzo en vivo, así que cada cambio aparece en 3D al instante.
Cómo usarlo en clase y en el laboratorio
- Enseñar química del estado sólido: compara la coordinación de NaCl (6:6) con la de CsCl (8:8), o cuenta los átomos de una celda y comprueba el valor de Z en la tarjeta.
- Empaquetamiento compacto: mira a lo largo de [1 1 1] en el cobre para ver las capas de empaquetamiento compacto.
- Alótropos del carbono: pon el diamante y el grafito uno al lado del otro para hablar de los enlaces sp3 y sp2.
- Revisar un archivo: abre un CIF de un artículo o una base de datos y comprueba la celda, la densidad y la conectividad antes de usarlo en otro sitio.
- Figuras: exporta un PNG o añade la vista al lienzo y etiquétala junto con el resto de tu esquema.
¿También estudias campos de ligandos? Nuestra guía de la teoría del campo cristalino explica el desdoblamiento octaédrico y tetraédrico, que puedes ver como poliedros en Crystal View.
Preguntas y respuestas
¿Cómo abro un archivo CIF en línea?
Instala el plugin gratuito Crystal View en MolDraw, abre su pestaña en el visor 3D, haz clic en Open y elige tu archivo .cif. La celda unidad aparece en 3D en tu navegador; no se sube nada a ningún servidor.
¿Qué formatos de archivos cristalográficos lee Crystal View?
CIF, POSCAR de VASP, archivos PDB con registro CRYST1 y archivos XYZ extendidos con red.
¿El plugin Crystal View es gratuito?
Sí. Solo necesitas una cuenta gratuita de MolDraw para instalar plugins.
¿Puedo dibujar una estructura cristalina en el lienzo 2D?
Sí. Abre un archivo CIF en el lienzo para obtener un dibujo cristalino editable con su propio panel de repeticiones, dirección de vista y etiquetas. Crystal View sigue ese dibujo en vivo en 3D.