Crystal View: abra um arquivo CIF e veja a célula unitária em 3D
Resposta curta: abra o visualizador 3D no MolDraw, pressione + e instale o Crystal View. Na aba Crystal, clique em Open e escolha um arquivo CIF, POSCAR, PDB ou XYZ estendido, ou um dos exemplos incluídos. Você obtém a célula unitária em 3D com seus parâmetros de rede, volume, Z e densidade, e pode repetir a célula, olhar ao longo de qualquer direção [uvw], mostrar poliedros de coordenação e exportar um PNG.
Por que ver cristais em 3D?
Uma fórmula como NaCl ou SrTiO3 não diz nada sobre como os átomos estão empacotados. Números de coordenação, camadas de empacotamento compacto e a forma dos poliedros só fazem sentido quando você pode girar a célula e olhá-la de lados diferentes. As figuras dos livros mostram um único ângulo fixo; um modelo interativo permite encontrar a vista que explica a estrutura.
O Crystal View funciona no navegador, ao lado do seu desenho. Os arquivos são lidos no seu próprio computador e não são enviados para lugar nenhum.
O que o plugin mostra
| Célula unitária | As arestas da célula com eixos a, b e c coloridos e átomos em todos os pontos da rede, incluindo os compartilhados com a célula vizinha. |
|---|---|
| Parâmetros de rede | Comprimentos a, b, c, ângulos α, β, γ, grupo espacial, volume, Z e densidade. |
| Repetir | Monte um bloco de a × b × c células para ver como a estrutura continua. |
| Olhar ao longo de | Gire a vista para olhar ao longo de um eixo ou de qualquer direção personalizada [u v w]. |
| Exibição | Átomos em bola e vareta ou preenchimento espacial, poliedros de coordenação, contatos iônicos e rótulos dos átomos. |
| Projeção | Alterne entre projeção em perspectiva e paralela (ortográfica). |
| Saída | Exporte um PNG ou adicione a vista atual ao canvas como desenho editável. |
Como instalar o Crystal View
- Abra o editor MolDraw e faça login. Uma conta gratuita basta.
- Abra o visualizador 3D e pressione o + ao lado das abas (ou vá em Settings › Plugins).
- Clique em Install ao lado de Crystal View. Uma aba Crystal aparece.
Como abrir um arquivo CIF
- Na aba Crystal, clique em Open (o ícone de pasta no topo da barra de ferramentas à esquerda).
- Escolha Open a file… e selecione um arquivo
.cif, POSCAR, PDB (com registro CRYST1) ou XYZ estendido. - Arraste para girar e role para dar zoom. Use Repeat para mostrar mais células e Look along para olhar ao longo de um eixo.
Não tem um arquivo à mão? Os exemplos cobrem as estruturas ensinadas na maioria dos cursos: sal-gema, cloreto de césio, fluorita, diamante, grafite, perovskita cúbica, rutilo, wurtzita (óxido de zinco) e cobre cúbico de faces centradas.
Vendo a coordenação: a perovskita como exemplo
Abra Display e marque Coordination polyhedra para preencher os octaedros TiO6. Com algumas células repetidas, você vê que os octaedros compartilham vértices, a característica principal da família das perovskitas. Faça o mesmo com o rutilo, em que os octaedros TiO6 compartilham arestas em cadeias ao longo de c, e compare.
Cristais no canvas 2D
Você também pode abrir um arquivo CIF diretamente no canvas de desenho. O MolDraw desenha o cristal como um desenho normal e editável e mostra um painel com a célula, repetições, direção de visualização, rótulos e contatos iônicos. Você pode trocar o elemento em sítios equivalentes, por exemplo para transformar NaCl em KCl para uma lista de exercícios. O Crystal View acompanha o desenho do canvas em tempo real, então cada alteração aparece em 3D na hora.
Formas de usar em aula e no laboratório
- Ensino de química do estado sólido: compare a coordenação do NaCl (6:6) com a do CsCl (8:8), ou conte os átomos de uma célula e confira o valor de Z no cartão.
- Empacotamento compacto: olhe ao longo de [1 1 1] no cobre para ver as camadas de empacotamento compacto.
- Alótropos do carbono: coloque diamante e grafite lado a lado para discutir as ligações sp3 e sp2.
- Verificar um arquivo: abra um CIF de um artigo ou banco de dados e confira a célula, a densidade e a conectividade antes de usá-lo em outro lugar.
- Figuras: exporte um PNG ou adicione a vista ao canvas e rotule-a junto com o restante do seu esquema.
Também está estudando campos ligantes? Nosso guia de teoria do campo cristalino explica o desdobramento octaédrico e tetraédrico, que você pode ver como poliedros no Crystal View.
Perguntas e respostas
Como abrir um arquivo CIF online?
Instale o plugin gratuito Crystal View no MolDraw, abra a aba dele no visualizador 3D, clique em Open e escolha seu arquivo .cif. A célula unitária aparece em 3D no navegador; nada é enviado a um servidor.
Quais formatos de arquivo cristalino o Crystal View lê?
CIF, VASP POSCAR, arquivos PDB com registro CRYST1 e arquivos XYZ estendidos com rede cristalina.
O plugin Crystal View é gratuito?
Sim. Você só precisa de uma conta gratuita do MolDraw para instalar plugins.
Posso desenhar uma estrutura cristalina no canvas 2D?
Sim. Abra um arquivo CIF no canvas para obter um desenho de cristal editável, com painel próprio para repetições, direção de visualização e rótulos. O Crystal View acompanha esse desenho em 3D em tempo real.