Crystal View: Buka File CIF dan Lihat Sel Satuan dalam 3D
Jawaban singkat: Buka penampil 3D di MolDraw, tekan +, lalu pasang Crystal View. Di tab Crystal, klik Open dan pilih file CIF, POSCAR, PDB, atau XYZ extended, atau salah satu contoh bawaan. Anda mendapatkan sel satuan dalam 3D beserta parameter sel, volume, Z, dan densitasnya, dan Anda dapat mengulang sel, melihat sepanjang arah [uvw] mana pun, menampilkan polihedra koordinasi, serta mengekspor PNG.
Mengapa melihat kristal dalam 3D?
Rumus seperti NaCl atau SrTiO3 tidak memberi tahu apa pun tentang cara atom-atom tersusun. Bilangan koordinasi, lapisan tumpukan rapat, dan bentuk polihedra baru masuk akal ketika Anda dapat memutar sel dan melihatnya dari berbagai sisi. Gambar di buku teks hanya menunjukkan satu sudut tetap; model interaktif memungkinkan Anda menemukan sudut pandang yang menjelaskan strukturnya.
Crystal View berjalan di peramban, di samping gambar Anda. File dibaca di komputer Anda sendiri dan tidak diunggah ke mana pun.
Apa yang ditampilkan plugin ini
| Sel satuan | Rusuk sel dengan sumbu a, b, dan c berwarna, serta atom di setiap titik kisi, termasuk yang dipakai bersama dengan sel berikutnya. |
|---|---|
| Parameter sel | Panjang a, b, c, sudut α, β, γ, grup ruang, volume, Z, dan densitas. |
| Pengulangan | Bangun blok berisi a × b × c sel untuk melihat bagaimana struktur berlanjut. |
| Lihat sepanjang | Putar tampilan untuk melihat sepanjang sumbu atau arah khusus mana pun [u v w]. |
| Tampilan | Atom bola-dan-tongkat atau pengisi ruang, polihedra koordinasi, kontak ionik, dan label atom. |
| Proyeksi | Beralih antara proyeksi perspektif dan paralel (ortografik). |
| Keluaran | Ekspor PNG, atau tambahkan tampilan saat ini ke kanvas sebagai gambar yang dapat diedit. |
Cara memasang Crystal View
- Buka editor MolDraw dan masuk. Akun gratis sudah cukup.
- Buka penampil 3D dan tekan + di samping tab (atau buka Settings › Plugins).
- Klik Install di samping Crystal View. Tab Crystal akan muncul.
Cara membuka file CIF
- Di tab Crystal, klik Open (ikon folder di bagian atas bilah alat sebelah kiri).
- Pilih Open a file… lalu pilih file
.cif, POSCAR, PDB (dengan rekaman CRYST1), atau XYZ extended. - Seret untuk memutar, gulir untuk memperbesar. Gunakan Repeat untuk menampilkan lebih banyak sel dan Look along untuk melihat sepanjang sumbu.
Tidak punya file? Contoh-contohnya mencakup struktur yang diajarkan di sebagian besar mata kuliah: garam batu, sesium klorida, fluorit, intan, grafit, perovskit kubik, rutil, wurtzit (seng oksida), dan tembaga kubik berpusat muka.
Melihat koordinasi: perovskit sebagai contoh
Buka Display dan centang Coordination polyhedra untuk mengisi oktahedra TiO6. Dengan beberapa sel yang diulang, Anda dapat melihat bahwa oktahedra berbagi sudut, ciri utama keluarga perovskit. Coba hal yang sama dengan rutil, tempat oktahedra TiO6 berbagi rusuk dalam rantai sepanjang c, lalu bandingkan.
Kristal di kanvas 2D
Anda juga dapat membuka file CIF langsung di kanvas gambar. MolDraw menggambar kristal sebagai gambar biasa yang dapat diedit dan menampilkan panel berisi sel, pengulangan, arah pandang, label, dan kontak ionik. Anda dapat menukar unsur pada situs yang ekuivalen, misalnya untuk mengubah NaCl menjadi KCl untuk lembar kerja. Crystal View lalu mengikuti gambar di kanvas secara langsung, sehingga setiap perubahan langsung terlihat dalam 3D.
Cara memakainya di kelas dan di laboratorium
- Mengajar kimia zat padat: bandingkan koordinasi NaCl (6:6) dengan CsCl (8:8), atau hitung atom dalam satu sel dan periksa nilai Z di kartu.
- Tumpukan rapat: lihat sepanjang [1 1 1] pada tembaga untuk melihat lapisan tumpukan rapat.
- Alotrop karbon: letakkan intan dan grafit berdampingan untuk membahas ikatan sp3 dan sp2.
- Memeriksa file: buka CIF dari makalah atau basis data dan periksa sel, densitas, serta konektivitasnya sebelum Anda memakainya di tempat lain.
- Gambar: ekspor PNG, atau tambahkan tampilan ke kanvas dan beri label bersama bagian lain dari skema Anda.
Sedang belajar medan ligan juga? Panduan teori medan kristal kami menjelaskan pembelahan oktahedral dan tetrahedral, yang dapat Anda lihat sebagai polihedra di Crystal View.
Tanya jawab
Bagaimana cara membuka file CIF secara online?
Pasang plugin gratis Crystal View di MolDraw, buka tabnya di penampil 3D, klik Open, lalu pilih file .cif Anda. Sel satuan muncul dalam 3D di peramban; tidak ada yang diunggah ke server.
Format file kristal apa saja yang dapat dibaca Crystal View?
CIF, VASP POSCAR, file PDB dengan rekaman CRYST1, dan file XYZ extended dengan kisi.
Apakah plugin Crystal View gratis?
Ya. Anda hanya memerlukan akun MolDraw gratis untuk memasang plugin.
Bisakah saya menggambar struktur kristal di kanvas 2D?
Bisa. Buka file CIF di kanvas untuk mendapatkan gambar kristal yang dapat diedit, dengan panel tersendiri untuk pengulangan, arah pandang, dan label. Crystal View lalu mengikuti gambar itu secara langsung dalam 3D.