Themesプラグインでスライドやポスター用のわかりやすい球棒モデルの図を作る
要点：Themesは初期状態でインストールされています。構造式を描き、ツールバーのColor & styleをクリックして、LookをBall and stickに設定します。すべての原子が色付きの球に、すべての結合が棒になります。DownloadでPNGやSVGとしてエクスポートします。通常の骨格構造式に戻すには、LookをDefaultに戻します。
なぜ2Dで球棒スタイルを使うのか？
骨格構造式は有機化学の標準的な言語です。コンパクトで正確ですが、炭素は角にあり、ほとんどの水素は描かれない、というルールを読み手が知っていることが前提です。初心者は、省略されているだけの原子を見落としがちです。
球棒モデルの図では、描いた各原子が球で示されます。色で元素が一目でわかるので、酸素、窒素、ハロゲンの原子が目立ちます。二重結合や三重結合は2本または3本の平行な棒で表されます。このスタイルは多くの分子模型や3Dビューアと同じ色分けなので、学生はページと手元の模型を結び付けられます。
遠くから見る場面や、ヘテロ原子をすばやく見つける必要がある場面で特に効果的です。講義のスライド、ポスター、ワークシート、入門用の配布資料などです。学術誌の図や試験の解答には、引き続き骨格構造式が適しています。
プラグインが変えるもの
| 原子 | CPKカラーの陰影付きの球。球の大きさは元素の共有結合半径に従うので、塩素は酸素より大きく見えます。 |
|---|---|
| 結合 | 棒：単結合は1本、二重結合や芳香族結合は2本、三重結合は3本。 |
| 適用範囲 | このデザインだけ、またはApply to allで開いているすべてのデザイン。 |
| エクスポート | PNGとSVGのダウンロードでも見た目が保たれます。 |
Themesプラグインのインストール方法
インストールの必要はありません。Themesは初期状態で有効になっており、アカウントなしで使えます。削除してしまった場合は、Settings（歯車）、Pluginsの順に開き、一覧からThemesを追加し直してください。
球棒モデルの図を作る方法
- 構造式を描くか読み込みます。SMILESを貼り付けたり、名前で分子を検索したりできます。
- ツールバーのColor & styleをクリックします。
- ThemeでLookをBall and stickに設定します。
- 開いているすべてのデザインで同じ見た目にしたい場合はApply to allをオンにします。このデザインだけにする場合はオフにします。
- 必要に応じて色を調整します。同じパネルの環の塗り、不透明度、色の上書きもそのまま使えます。
- Downloadをクリックし、PNGまたはSVGを選びます。
授業などでの活用法
- 講義のスライド：細い骨格構造式の線は教室の後ろでは見えにくくなりますが、色付きの球なら読み取れます。
- 骨格構造式の導入：同じ分子を両方の見た目で並べて表示します。骨格構造式のほうで各炭素を見つけるよう学生に問いかけましょう。
- ポスターと配布資料：SVGでエクスポートすれば、どんな印刷サイズでも図がくっきりしたままです。
- 官能基を見つける：赤い酸素と青い窒素の球で、アルコール、カルボニル、アミンを指し示しやすくなります。
ヒントと限界
- 球になるのは描いた原子だけです。水素を白い球で表示するには、明示的なH原子として描いてください。
- この見た目では、原子ラベル、非共有電子対、暗黙の水素、R/Sラベルは表示されません。形式電荷は表示されます。
- くさび結合や破線結合は普通の棒として描かれます。立体化学が重要な場合は、Defaultの見た目を使ってください。
- 図は平面的で、2Dの配置と角度を保ちます。回転できるモデルには3D分子モデルビューアを開いてください。
- 学術誌スタイルの骨格構造式には、Defaultに戻してください。
スタイルを試す分子が必要ですか？分子ライブラリを見るか、図の位置を揃えるためにグリッドをオンにする方法のガイドをお読みください。
質問と回答
球棒テーマは3Dモデルですか？
いいえ。陰影付きの球を使った2Dの描画スタイルで、配置は描いた図とまったく同じです。回転できるモデルが必要なときは3Dビューアを使ってください。
Themesプラグインを使うにはアカウントが必要ですか？
いいえ。Themesは初期状態でインストールされており、アカウントなしで使えます。
どの色が使われますか？
標準のCPKカラーです：炭素は灰色、水素は白、酸素は赤、窒素は青、硫黄は黄、塩素は緑、臭素は暗赤色です。
スタイルを変えると構造式やSMILESも変わりますか？
いいえ。テーマが変えるのは構造式の描き方だけです。原子、結合、化学的な内容はそのままで、いつでもDefaultに戻せます。