Réaliser des figures boules et bâtonnets claires pour diapositives et posters avec le plugin Themes
Réponse courte : Themes est installé par défaut. Dessinez une structure, cliquez sur Color & style dans la barre d'outils et réglez Look sur Ball and stick. Chaque atome devient une sphère colorée et chaque liaison un bâtonnet. Exportez avec Download en PNG ou SVG. Remettez Look sur Default pour retrouver une formule topologique normale.
Pourquoi utiliser un style boules et bâtonnets en 2D ?
Les formules topologiques sont le langage standard de la chimie organique. Elles sont compactes et précises, mais supposent que le lecteur connaît les règles : les carbones sont aux angles et la plupart des hydrogènes ne sont pas dessinés. Les débutants passent souvent à côté des atomes seulement implicites.
Une représentation boules et bâtonnets montre chaque atome dessiné sous forme de sphère. La couleur indique l'élément d'un coup d'œil, ce qui fait ressortir les atomes d'oxygène, d'azote et d'halogène. Les liaisons doubles et triples apparaissent sous forme de deux ou trois bâtonnets parallèles. Ce style reprend le code couleur de nombreuses boîtes de modèles moléculaires et visualiseurs 3D, ce qui aide les étudiants à relier la page au modèle qu'ils ont en main.
Il est particulièrement adapté quand on regarde de loin ou qu'il faut repérer vite les hétéroatomes : diapositives de cours, posters, fiches d'exercices et polycopiés d'introduction. Pour les figures de revues et les copies d'examen, les formules topologiques restent le bon choix.
Ce que le plugin modifie
| Atomes | Sphères ombrées aux couleurs CPK. La taille des sphères suit le rayon covalent de l'élément : le chlore paraît donc plus gros que l'oxygène. |
|---|---|
| Liaisons | Bâtonnets : un pour une liaison simple, deux pour une liaison double ou aromatique, trois pour une liaison triple. |
| Portée | Ce design uniquement, ou tous les designs ouverts avec Apply to all. |
| Exporter | Les téléchargements PNG et SVG conservent le style. |
Comment installer le plugin Themes
Inutile. Themes est activé par défaut et fonctionne sans compte. Si vous l'avez retiré, ouvrez Settings (la roue dentée), puis Plugins, et rajoutez Themes depuis la liste.
Comment réaliser une figure boules et bâtonnets
- Dessinez ou chargez une structure. Vous pouvez coller un SMILES ou rechercher une molécule par son nom.
- Cliquez sur Color & style dans la barre d'outils.
- Sous Theme, réglez Look sur Ball and stick.
- Activez Apply to all si tous les designs ouverts doivent utiliser le même style. Désactivez-le pour ne styliser que ce design.
- Ajustez les couleurs si vous le souhaitez. Le remplissage des cycles, l'opacité et les couleurs personnalisées du même panneau fonctionnent toujours.
- Cliquez sur Download et choisissez PNG ou SVG.
Utilisations en cours et au-delà
- Diapositives de cours : les sphères colorées restent lisibles du fond de la salle, là où les fins traits topologiques peuvent s'effacer.
- Introduire les formules topologiques : montrez la même molécule dans les deux styles côte à côte. Demandez aux étudiants de retrouver chaque carbone dans la version topologique.
- Posters et polycopiés : exportez un SVG pour que la figure reste nette à toutes les tailles d'impression.
- Repérer les groupes fonctionnels : les sphères d'oxygène rouges et d'azote bleues permettent de montrer facilement alcools, carbonyles et amines.
Conseils et limites
- Seuls les atomes que vous dessinez deviennent des sphères. Pour afficher les hydrogènes en boules blanches, dessinez-les comme atomes H explicites.
- Ce style omet les symboles d'atomes, les doublets non liants, les hydrogènes implicites et les descripteurs R/S. Les charges formelles restent affichées.
- Les liaisons en coin plein et hachurées sont dessinées comme de simples bâtonnets. Si la stéréochimie compte, utilisez le style Default.
- L'image est plane et conserve la disposition et les angles de votre dessin 2D. Pour un modèle que l'on peut faire tourner, ouvrez le visualiseur de modèles moléculaires 3D.
- Revenez à Default pour des formules topologiques de style revue scientifique.
Besoin de molécules toutes prêtes à styliser ? Parcourez la bibliothèque de molécules, ou lisez notre guide pour activer la grille afin d'aligner vos figures.
Questions et réponses
Le thème boules et bâtonnets est-il un modèle 3D ?
Non. C'est un style de dessin 2D avec des sphères ombrées, disposé exactement comme votre dessin. Utilisez le visualiseur 3D si vous avez besoin d'un modèle à faire tourner.
Ai-je besoin d'un compte pour utiliser le plugin Themes ?
Non. Themes est installé par défaut et fonctionne sans compte.
Quelles couleurs utilise-t-il ?
Les couleurs CPK standard : carbone gris, hydrogène blanc, oxygène rouge, azote bleu, soufre jaune, chlore vert et brome rouge foncé.
Le style modifie-t-il ma structure ou son SMILES ?
Non. Un thème ne change que la façon dont la structure est dessinée. Les atomes, les liaisons et la chimie restent les mêmes, et vous pouvez revenir à Default à tout moment.