Esempi di meccanismi in chemfig: meccanismi in più stadi, frecce curve e frecce ad amo radicaliche
Risposta breve: qui sotto trovi cinque meccanismi completi scritti in chemfig: due reazioni radicaliche a catena disegnate con frecce ad amo a un elettrone e tre meccanismi polari disegnati con frecce curve a due elettroni. Ognuno è un file .tex che puoi scaricare e compilare con pdflatex (eseguilo due volte). Per modificarne uno, incolla il file nell'area di disegno di MolDraw, modificalo con il mouse e scegli Download → chemfig (.tex).
I cinque esempi
| Clorurazione radicalica del metano | Iniziazione, due stadi di propagazione e terminazione, sotto titoli per ogni stadio. Omolisi, frecce ad amo che si incontrano in un nuovo legame. radical-chlorination-of-methane.tex |
|---|---|
| Addizione anti-Markovnikov di HBr | L'effetto perossido in quattro stadi: omolisi del perossido, formazione dell'atomo di bromo, addizione al propene ed estrazione di H. Puntini radicalici su carboni di una formula a scheletro. anti-markovnikov-hbr-addition.tex |
| Addizione aldolica catalizzata da basi | Formazione dell'enolato (equilibrio), formazione del legame C–C e protonazione. Frecce da cariche e legami π. base-catalysed-aldol-addition.tex |
| Disidratazione E1 del terz-butanolo | Un unico schema distribuito su quattro righe, con le condizioni sopra ogni freccia e un carbocatione. e1-dehydration-of-tert-butanol.tex |
| Bromurazione del benzene | Sostituzione elettrofila aromatica attraverso il complesso σ, con un catalizzatore sopra la freccia. bromination-of-benzene.tex |
Ogni stadio qui sotto ha tre parti: il suo codice chemfig (usa il pulsante Copia), il PDF che pdflatex genera da quel codice e il disegno che MolDraw produce quando incolli lo stesso codice. Entrambe le immagini sono generate esattamente dal codice mostrato, così puoi verificare che incollandolo ottieni la disposizione, la spaziatura e le frecce curve del PDF.
Per descrivere la chimica invece del disegno, scrivi il meccanismo in MolScript: le specie come SMILES e una riga per ogni freccia curva. MolDraw lo impagina e può darti lo stesso codice chemfig.
Come si scrivono le frecce curve in chemfig
chemfig disegna le frecce tra atomi con TikZ, in tre parti:
- Dai un nome alle estremità. Metti
@{a1}davanti a un atomo, o dentro le opzioni di un legame (-[@{b1}:0]), per dargli un nome. - Disegna in
\chemmove. Dopo lo schema,\chemmove{ \draw[…] (a1) to[bend left=50] (a2); }disegna la freccia da un nome all'altro. - Compila due volte. chemfig salva le posizioni degli atomi con nome nella prima esecuzione e le usa nella seconda.
Gli esempi usano queste regole, che corrispondono all'aspetto delle frecce nell'area di disegno di MolDraw:
| Due elettroni | Una punta di freccia completa: -{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}. |
|---|---|
| Un elettrone | Una freccia ad amo, cioè mezza punta di freccia: -{Straight Barb[left,length=4pt]}. [left] o [right] tiene solo la barba sul lato esterno della curva. |
| Dove parte la coda | Sul doppietto libero, sulla carica negativa, sul puntino radicalico o al centro del legame che cede gli elettroni. [shift={(…em,…em)}] sposta la coda dal centro dell'atomo a quel punto. |
| Dove si ferma la punta | Poco prima dell'atomo che riceve gli elettroni, oppure tra due atomi quando si forma un nuovo legame. |
| Scala | \setchemfig{atom sep=2.5em, …} imposta la lunghezza di legame. Ogni shift in em è misurato rispetto a essa, quindi conserva la riga quando copi il codice. |
| Curvatura | bend left / bend right con un angolo, più looseness per le curve profonde. L'angolo è relativo alla linea tra le estremità, quindi la curva mantiene la sua forma anche se chemfig distanzia lo schema in modo diverso dall'area di disegno. |
Tutti e cinque i file caricano le stesse due righe, che servono anche a te se copi il codice nel tuo documento:
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing}
1. Clorurazione radicalica del metano
Il primo esempio classico di reazione radicalica a catena, in quattro stadi:
- Iniziazione: la luce rompe il legame Cl–Cl in modo omolitico (omolisi). Due frecce ad amo partono dal legame, una verso ciascun cloro.
- Propagazione 1: un atomo di cloro sottrae un idrogeno al metano. Un elettrone di Cl• e uno del legame C–H formano il nuovo legame H–Cl; l'altro elettrone del C–H resta sul carbonio come radicale metile.
- Propagazione 2: il radicale metile sottrae un atomo di cloro a Cl2 e restituisce Cl•, che riavvia il ciclo.
- Terminazione: due radicali si accoppiano, qui CH3• e Cl•.
Ogni stadio è un proprio \schemestart … \schemestop. Lo stadio di terminazione mostra la parte più difficile da scrivere a mano: due frecce ad amo che si incontrano a metà del legame che formano.
Iniziazione
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}Cl-[@{b1}:0]@{a2}Cl}
\arrow{->[h$\nu$]}
\chemfig{\charge{90=\.}{Cl}}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{Cl}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0.25em,-0.27em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(0.23em,-0.63em)}]a1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.25em,0.27em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.23em,0.63em)}]a2);
}
Propagazione 1: estrazione di idrogeno
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}\charge{90=\.}{Cl}}
\+
\chemfig{@{a2}H-[@{b1}:0]@{a3}CH_3}
\arrow{->}
\chemfig{HCl}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{C}H_3}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,1.71em)}]a1) to[bend left=65,looseness=1.2] ([shift={(0em,1.64em)}]m1);
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,-0.33em)}]b1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,-1.64em)}]m2);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.45em,0.33em)}]b1) to[bend left=65,looseness=1.2] ([shift={(-0.83em,0.78em)}]a3);
}
Propagazione 2: trasferimento di cloro
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}\charge{90=\.}{C}H_3}
\+
\chemfig{@{a2}Cl-[@{b1}:0]@{a3}Cl}
\arrow{->}
\chemfig{H_3C-[:0]Cl}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{Cl}}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.55em,1.36em)}]a1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,0.87em)}]m1);
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,-0.27em)}]b1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,-0.87em)}]m2);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.45em,0.27em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.23em,0.63em)}]a3);
}
Terminazione
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}\charge{90=\.}{C}H_3}
\+
\chemfig{@{a2}\charge{90=\.}{Cl}}
\arrow{->}
\chemfig{H_3C-[:0]Cl}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.58] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.55em,1.36em)}]a1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,0em)}]m1);
\path (a1) -- (a2) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(0em,1.37em)}]a2) to[bend right=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,1.31em)}]m2);
}
Nel codice della terminazione, le righe \path … coordinate creano un punto tra i due radicali. Poiché è una frazione della distanza tra loro, le frecce ad amo si incontrano comunque nello spazio intermedio se cambi + sep left o la lunghezza di legame. Uno scostamento fisso da un atomo mancherebbe lo spazio non appena la spaziatura cambia.
I puntini radicalici si scrivono con \charge{90=\.}{Cl}: un singolo elettrone a 90°, sopra l'atomo. Per CH3• il puntino va sul carbonio, \charge{90=\.}{C}H_3, non sull'intero gruppo.
2. Addizione anti-Markovnikov di HBr (effetto perossido)
In presenza di un perossido, HBr si addiziona al propene "al contrario": il bromo finisce sul carbonio terminale. Il motivo è che la catena è portata avanti da Br•, che si addiziona dove lascia il radicale secondario più stabile.
- Iniziazione 1: il di-terz-butil perossido si scinde al debole legame O–O.
- Iniziazione 2: il radicale terz-butossile sottrae H a HBr e libera Br•.
- Propagazione 1: Br• si addiziona all'estremità CH2 del C=C. Un elettrone π va al nuovo legame C–Br e l'altro resta sul carbonio centrale.
- Propagazione 2: quel radicale secondario sottrae H a HBr, dà 1-bromopropano e rigenera Br•.
Iniziazione: omolisi del perossido
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{-[:23](-[:-69]@{a2}O-[@{b1}:-3]@{a1}O-[:-52](-[:43])(-[:-75])-[:-161])(-[:47])-[:133]}
\arrow{->[h$\nu$ or $\Delta$]}[,1.3]
\chemfig{\charge{90=\.}{O}-[:-12](-[:-36])(-[:82])-[:-122]}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{O}-[:-12](-[:-36])(-[:82])-[:-122]}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(-0.24em,0.28em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.23em,0.62em)}]a1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0.24em,-0.28em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(0.23em,-0.62em)}]a2);
}
Iniziazione: formazione dell'atomo di bromo
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}\charge{90=\.}{O}-[:-12](-[:-36])(-[:82]@{a3})-[:-122]}
\+
\chemfig{@{a2}H-[@{b1}:0,0.8]@{a4}Br}
\arrow{->}
\chemfig{HO-[:-12](-[:-36])(-[:82])-[:-122]}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{Br}}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a3) coordinate[pos=0.7] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,1.36em)}]a1) to[bend left=65,looseness=1.2] ([shift={(-0.08em,-0.19em)}]m1);
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(0em,0.27em)}]b1) to[bend right=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,0em)}]m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(-0.36em,-0.27em)}]b1) to[bend right=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.11em,-0.63em)}]a4);
}
Propagazione 1: Br• si addiziona al carbonio meno sostituito
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}\charge{90=\.}{Br}}
\+
\chemfig{@{a2}=[@{b1}:0]@{a3}-[:-60]}
\arrow{->}
\chemfig{-[:0]\charge{90=\.}{}-[:-60]-[:0]Br}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,1.37em)}]a1) to[bend left=65,looseness=1.2] ([shift={(-0.12em,0.87em)}]m1);
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(0em,0.48em)}]b1) to[bend right=57,looseness=1.1] ([shift={(-0.12em,0.87em)}]m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(-0.45em,-0.48em)}]b1) to[bend right=65,looseness=1.2] ([shift={(-0.44em,-0.53em)}]a3);
}
Propagazione 2: estrazione di idrogeno da HBr
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{-[:0]@{a1}\charge{90=\.}{}-[:-60]-[:0]Br}
\+
\chemfig{@{a2}H-[@{b1}:0,0.8]@{a3}Br}
\arrow{->}
\chemfig{-[:0]-[:-60]-[:0]Br}
\+
\chemfig{\charge{90=\.}{Br}}
\schemestop
\chemmove{
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.58] (m1);
\draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}]([shift={(0em,1.36em)}]a1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(0em,0em)}]m1);
\path (a2) -- (a1) coordinate[pos=0.5] (m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(0em,0.27em)}]b1) to[bend right=57,looseness=1.1] ([shift={(0.05em,0.43em)}]m2);
\draw[-{Straight Barb[right,length=4pt]}]([shift={(-0.36em,-0.27em)}]b1) to[bend right=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.11em,-0.63em)}]a3);
}
Il radicale della propagazione 2 si trova su un carbonio della formula a scheletro, che non ha una lettera a cui appendere un puntino. chemfig lo gestisce con \charge{90=\.}{}: \charge su un atomo vuoto, così i legami si incontrano comunque nel vertice.
Una freccia ad amo può partire da un legame oltre che da un puntino. Nella propagazione 1 le frecce partono dal legame C=C, che ha il nome =[@{b3}:0].
3. Addizione aldolica catalizzata da basi
Un meccanismo polare con frecce a due elettroni, in tre stadi:
- L'idrossido rimuove un idrogeno in α dall'acetone dando l'enolato. Questo stadio è un equilibrio (
\arrow{<=>}). - Il carbonio dell'enolato attacca il carbonio carbonilico dell'acetaldeide e gli elettroni π del C=O si spostano sull'ossigeno.
- L'alcossido prende un protone dall'acqua, dando il β-idrossichetone e rigenerando l'idrossido.
1. Formazione dell'enolato
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{@{a1}HO^{-}}
\+
\chemfig{-[:0](-[:-60]@{a3}-[@{b1}:0,0.8]@{a2}H)=[:60]O}
\arrow{<=>}
\chemfig{-[:0](-[:-60]\charge{300:4pt=$\scriptstyle-$}{})=[:60]O}
\+
\chemfig{H_2O}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(1.88em,0em)}]a1) to[bend right=47] ([shift={(-0.69em,-0.4em)}]a2);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.2em,0.27em)}]b1) to[bend right=65,looseness=1.2] ([shift={(0.17em,0.47em)}]a3);
}
2. Addizione nucleofila all'aldeide
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{-[:0](-[:-60]@{a1}\charge{300:4pt=$\scriptstyle-$}{})=[:60]O}
\+
\chemfig{@{a3}O=[@{b1}:60]@{a2}-[:0]}
\arrow{->}
\chemfig{O=[:0](-[:-60])-[:60]-[:0](-[:60])-[:-60]O^{-}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.39em,1.07em)}]a1) to[bend left=57,looseness=1.1] ([shift={(-0.65em,0.38em)}]a2);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.64em,0.15em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(0.64em,0em)}]a3);
}
3. Protonazione dell'alcossido
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{O=[:0](-[:-60])-[:60]-[:0](-[:60])-[:-60]@{a1}O^{-}}
\+
\chemfig{@{a3}HO-[@{b1}:90,0.8,2]@{a2}H}
\arrow{->}
\chemfig{O=[:0](-[:-60])-[:60]-[:0](-[:60])-[:-60]OH}
\+
\chemfig{HO^{-}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.62em,1.07em)}]a1) to[bend left=40] ([shift={(-0.72em,0.26em)}]a2);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.27em,0.36em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(1.01em,0.11em)}]a3);
}
Qui ogni freccia ha una punta completa. Ogni stadio ha due frecce: una forma un legame e l'altra rompe un legame portandone gli elettroni su un atomo. Il secondo tipo parte dal legame (b1) e termina sull'atomo.
La carica negativa dell'enolato si trova su un carbonio della formula a scheletro. Si scrive come il radicale dell'esempio 2, con \charge su un atomo vuoto, così il legame non viene accorciato attorno a un'etichetta "−".
4. Disidratazione E1 del terz-butanolo: un unico schema su più righe
I primi tre esempi mettono ogni stadio sotto un proprio titolo. Puoi anche disegnare l'intero meccanismo come un unico schema continuo che va a capo su nuove righe, come in molti libri di testo:
- Il gruppo OH prende un protone da H3O+.
- L'acqua si allontana e dà il catione terz-butile. Questo è lo stadio lento.
- L'acqua rimuove un protone dal carbonio adiacente a C+, e gli elettroni del C–H formano il legame C=C del 2-metilpropene.
In chemfig ogni riga è uno schema separato che inizia con la sua freccia, così le condizioni restano con la freccia a cui appartengono:
Lo schema completo
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
{\centering \textbf{Acid-catalysed dehydration of tert-butanol (E1)}\par}
\par\bigskip
\vspace{0.9em}
\schemestart
\chemfig{@{a1}H\charge{90=\:,-90=\:}{O}-[:-12](-[:-36])(-[:82])-[:-122]}
\+
\chemfig{@{a3}H_2O^{+}-[@{b1}:90,0.8,2]@{a2}H}
\schemestop
\par\bigskip
\schemestart
\arrow{->[protonation]}[,1.6]
\chemfig{@{a4}H_2O^{+}-[@{b2}:-12](-[:-36])(-[:82])-[:-122]}
\+
\chemfig{H_2O}
\schemestop
\par\bigskip
\schemestart
\arrow{->[$-$H$_{2}$O][slow]}
\chemfig{-[:0]\charge{120:4pt=$\scriptstyle+$}{}(-[@{b4}:-60]-[@{b3}:0,0.8]@{a6}H)-[:60]}
\+
\chemfig{@{a5}H_2\charge{90=\:,-90=\:}{O}}
\schemestop
\par\vspace{1.2em}
\par\bigskip
\schemestart
\arrow{->[$-$H$^{+}$]}
\chemfig{-[:0](=[:-60])-[:60]}
\+
\chemfig{H_3O^{+}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.37em,1.21em)}]a1) to[bend left=40] ([shift={(-0.67em,0.56em)}]a2);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.27em,0.36em)}]b1) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(1.19em,0.11em)}]a3);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.19em,-0.31em)}]b2) to[bend left=77,looseness=1.4] ([shift={(0.66em,-0.63em)}]a4);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.55em,-1.21em)}]a5) to[bend left=47] ([shift={(0.69em,-0.4em)}]a6);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0em,0.27em)}]b3) to[bend right=77,looseness=1.4] ([shift={(0.08em,0.33em)}]b4);
}
Due dettagli da copiare:
[,1.6]rende la freccia lunga 1,6 volte la lunghezza normale, così la parola protonation ci sta sopra invece di finire sulla struttura successiva.- Il carbocatione è
\charge{120:4pt=$\scriptstyle+$}{}: un piccolo "+" a 4 pt dal vertice, nello spazio più ampio tra i legami.
5. Bromurazione elettrofila del benzene
Gli elettroni π del benzene attaccano il bromo (attivato da FeBr3) dando il complesso σ. Il bromuro rimuove poi il protone dal carbonio sp3 e gli elettroni del C–H ripristinano l'anello aromatico.
Scarica bromination-of-benzene.tex1. Attacco al bromo (complesso σ)
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{?[a]-[:90]=_[@{b1}:30]-[:-30]=_[:-90]-[:-150]?[a,{=_}]}
\+
\chemfig{@{a1}Br-[@{b2}:0]@{a2}Br}
\arrow{->[FeBr$_{3}$]}[,1.1]
\chemfig{?[a]=_[:90]-[:30](-[:90]Br)-[:-30]\charge{30:4pt=$\scriptstyle+$}{}-[:-90]=_[:-150]?[a]}
\+
\chemfig{Br^{-}}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(-0.13em,0.23em)}]b1) to[bend left=74,looseness=1.34] ([shift={(-0.13em,0.73em)}]a1);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(-0.25em,-0.27em)}]b2) to[bend right=77,looseness=1.4] ([shift={(-0.23em,-0.63em)}]a2);
}
2. La perdita di H⁺ ripristina l'anello
\setchemfig{atom sep=2.5em, + sep left=0.7em, + sep right=0.7em, compound sep=4em, arrow offset=6pt}
\schemestart
\chemfig{?[a]=_[:90]-[:30](-[:90]Br)(-[@{b2}:-30]\charge{30:4pt=$\scriptstyle+$}{}-[:-90]=_[:-150]?[a])-[@{b1}:30,0.8]@{a2}H}
\+
\chemfig{@{a1}Br^{-}}
\arrow{->}
\chemfig{?[a]-[:90]=_[:30](-[:90]Br)-[:-30]=_[:-90]-[:-150]?[a,{=_}]}
\+
\chemfig{HBr}
\schemestop
\chemmove{
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(-1.55em,0em)}]a1) to[bend right=51] ([shift={(0.73em,0.13em)}]a2);
\draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(-0.04em,-0.33em)}]b1) to[bend left=51] ([shift={(0.51em,-0.02em)}]b2);
}
Gli anelli sono scritti con angoli di legame assoluti e hook (?[a]) invece di *6(…), così ogni anello ha esattamente l'orientamento che ha nell'area di disegno e ogni legame dell'anello può portare un nome @{…} per una freccia. Il pedice di FeBr3 si digita come FeBr₃ in MolDraw e viene esportato come FeBr$_{3}$.
Crea il tuo meccanismo
- Disegna le specie e le frecce di reazione nell'editor MolDraw, oppure parti da uno di questi file: aprilo, copia tutto e incollalo nell'area di disegno con Ctrl+V.
- Scegli lo strumento freccia curva. Trascina da un doppietto libero, una carica, un puntino radicalico o un legame fino all'atomo o al legame che riceve gli elettroni. Per gli stadi a un elettrone scegli Fishhook (1e⁻) nelle opzioni della freccia.
- Aggiungi i titoli degli stadi con lo strumento testo, sopra ogni riga.
- Scegli Download → chemfig (.tex), oppure Copy as chemfig (LaTeX) per incollare il codice nel tuo documento.
- Compila due volte.
Puoi anche chiedere all'assistente IA dell'editor, per esempio: “Disegna la bromurazione radicalica del toluene in posizione benzilica con frecce ad amo, con iniziazione, propagazione e terminazione sotto dei titoli.” Disegna gli stadi nell'area di disegno e puoi esportarli nello stesso modo.
Quando reincolli chemfig, MolDraw legge su quale atomo o legame inizia e finisce ogni freccia \chemmove, se ha una punta completa o è una freccia ad amo, verso quale lato curva il suo bend e quanto è profonda la curva. Una punta che termina su un punto \path … coordinate tra due atomi diventa una freccia che forma un legame, così le frecce ad amo si incontrano di nuovo nello spazio intermedio. La spaziatura deriva da \setchemfig (atom sep, compound sep, + sep left/right, arrow offset), e testo e linee sono disegnati con un carattere serif simile a LaTeX e con lo spessore di linea sottile di chemfig. MolDraw adatta comunque ogni freccia alle proprie regole, quindi un \draw scritto a mano non deve essere perfetto.
Ritoccare a mano il codice esportato
- Curva più piatta o più profonda: cambia l'angolo di bend (
bend left=40invece di57), oppure rimuovilooseness. - Curva dall'altro lato: scambia
bend leftebend right. Per una freccia ad amo, scambia anche[left]e[right]nella punta, così la barba resta all'esterno. - Spostare una coda o una punta: modifica lo
shiftin em.(0em,1em)è 1 em sopra il centro dell'atomo. - Dove si incontrano le frecce ad amo: cambia
pos=0.58.0.5è esattamente a metà tra i due atomi. - Spazio sopra una riga: il
\vspace{…em}prima di ogni schema lascia spazio alle frecce che si incurvano verso l'alto. Aumentalo se una freccia tocca il titolo.
Domande e risposte
Come si disegna una freccia ad amo in chemfig?
Dai un nome alle due estremità con @{…} e disegna la freccia in \chemmove con una punta a mezza freccia: \draw[-{Straight Barb[left,length=4pt]}] (a1) to[bend left=50] (a2); Usa [left] o [right] perché la barba stia sul lato esterno della curva. Carica la libreria TikZ arrows.meta.
Come faccio a far incontrare due frecce ad amo a metà di un nuovo legame?
Crea un punto tra i due atomi con \path (a1) -- (a2) coordinate[pos=0.5] (m1); dentro \chemmove, poi fai terminare entrambe le frecce ad amo in (m1). Il punto si sposta con gli atomi comunque chemfig distanzi lo schema.
Come metto un puntino radicalico su un carbonio di una formula a scheletro in chemfig?
Usa \charge su un atomo vuoto: \charge{90=\.}{}. I legami si incontrano comunque nel vertice e il puntino sta sopra. Per un atomo con etichetta scrivi \charge{90=\.}{Cl}.
Perché le frecce curve sono nel posto sbagliato nel mio PDF?
\chemmove usa posizioni salvate nella prima esecuzione di LaTeX. Compila il file una seconda volta.
Posso modificare questi esempi?
Sì. Apri il file .tex, copiane il contenuto e incollalo nell'area di disegno di MolDraw. Cambia strutture o frecce con il mouse, poi scarica di nuovo chemfig (.tex).
Gli esempi sono liberi da usare?
Sì. Usali in appunti, esercizi, tesi e articoli.