MolScript: un linguaggio testuale per schemi di reazione e meccanismi a frecce curve

Pubblicato: 17 ott 2026 · Autore: Scidart Academy · Tempo di lettura: ~16 min
Sei righe di MolScript in un riquadro di codice scuro accanto allo stadio SN2 che disegnano: l'idrossido che attacca il bromometano con due frecce curve
Sei righe di MolScript disegnano uno stadio SN2 completo: strutture, cariche, condizioni ed entrambe le frecce curve.

Risposta breve: MolScript è un piccolo linguaggio testuale per schemi di reazione e meccanismi a spostamento di elettroni. Scrivi ogni specie come SMILES, unisci le specie con +, ->, <-> o <=>, contrassegni gli atomi toccati da una freccia con numeri di mappatura atomica e scrivi una riga move per ogni freccia curva. MolDraw disegna strutture, condizioni, doppietti liberi, cariche e ogni freccia, e verifica ogni freccia rispetto alle regole di disegno prima che tu la veda. Il risultato è normale contenuto modificabile nell'area di disegno, che puoi scaricare come immagine o come codice chemfig per LaTeX.

MolScript in breve

Che cosa scriviSpecie come SMILES, operatori tra di esse, condizioni tra parentesi quadre dopo una freccia e righe move per gli elettroni.
Cosa ottieniUno schema impaginato: strutture, segni più, frecce di reazione, di equilibrio o di risonanza, condizioni, didascalie, doppietti liberi, cariche, punti radicalici e frecce curve.
Tipi di frecciaFrecce curve a due elettroni (->) e frecce a uncino a un elettrone (~>), da doppietti liberi, cariche, radicali, atomi o legami verso atomi, legami o legami in formazione.
VerificaOgni numero di mappatura deve esistere ed essere unico; ogni freccia deve partire da dove ci sono elettroni; ogni freccia disegnata viene valutata per distanze, mira, curvatura e ingombro. I problemi tornano con i numeri di riga.
OutputOggetti modificabili nell'area di disegno di MolDraw; tutte le esportazioni di MolDraw, compreso chemfig (.tex) per documenti LaTeX.
Dove si usa oggiLa chat IA di MolDraw disegna i meccanismi scrivendo MolScript, e le figure dei meccanismi nel pannello Templates sono costruite con esso.
Che cosa viene dopoUn framework aperto per app con area di disegno e una skill IA che qualsiasi assistente può caricare. Vedi la roadmap.

Il tuo primo script: SN2

L'idrossido attacca il bromometano dal retro e il bromuro esce nello stesso stadio. In MolScript sono quattro righe:

title: SN2 of bromomethane
[OH-:1] "hydroxide" + [CH3:2][Br:3] "bromomethane" ->[SN2][acetone] CO "methanol" + [Br-]
move :1 -> 1..2
move 2-3 -> 3
SN2 del bromometano disegnata da MolScript: una freccia curva dalla carica dell'idrossido al carbonio e una seconda dal legame C–Br al bromo, con SN2 sopra e acetone sotto la freccia di reazione
Disegnato da MolDraw esattamente dalle quattro righe qui sopra.

Riga per riga:

  1. title: mette un titolo sopra lo schema.
  2. La riga dello schema elenca le specie. [OH-:1] è l'idrossido il cui ossigeno porta il numero di mappatura 1; [CH3:2][Br:3] è il bromometano con il carbonio come 2 e il bromo come 3. "hydroxide" è una didascalia disegnata sotto la struttura. ->[SN2][acetone] è una freccia di reazione con testo sopra e sotto.
  3. move :1 -> 1..2: il doppietto libero (qui la carica negativa) sull'atomo 1 va al legame in formazione tra 1 e 2.
  4. move 2-3 -> 3: gli elettroni del legame C–Br esistente vanno al bromo.

I numeri di mappatura sono etichette per te e per le frecce. Non vengono mai disegnati e non cambiano la molecola.

Il linguaggio

Specie e operatori

Qualsiasi SMILES è una specie. Gli operatori si scrivono con uno spazio da ciascun lato:

+Più tra coreagenti o coprodotti. Le specie unite da + restano sempre sulla stessa riga.
->Freccia di reazione.
<=>Freccia di equilibrio (due semifrecce).
<->Freccia di risonanza (a doppia punta). Usala tra le forme di risonanza di una stessa specie.
=>Freccia di retrosintesi.

Il testo sopra e sotto una freccia va tra parentesi quadre attaccate a essa: ->[NaBH4][MeOH, 0 °C]. Lascia vuota la prima coppia per avere solo il testo sotto: ->[][reflux]. Una didascalia tra virgolette doppie dopo una specie viene disegnata sotto quella specie: CC(=O)O "acetic acid".

Più stadi

Una riga che inizia con un operatore prosegue lo schema dall'ultima specie, così un meccanismo si legge con uno stadio per riga, con le frecce di quello stadio subito sotto:

title: SN1 of tert-butyl bromide
C[C:1](C)(C)[Br:2] ->[slow] C[C+:3](C)C + [Br-]
move 1-2 -> 2
-> C[C+:4](C)C + [OH2:5]
move :5 -> 5..4
->[fast] CC(C)(C)[OH2+]
Meccanismo SN1 in due stadi disegnato da MolScript: ionizzazione al catione terz-butilico con il legame C–Br che si rompe verso il bromo, poi l'acqua che attacca il carbocatione
Le righe vanno a capo solo in corrispondenza delle frecce di reazione. La freccia che porta lo schema alla riga successiva è uno degli aspetti che la roadmap migliora.

Frecce curve: le righe move

Ogni atomo toccato da una freccia riceve un numero di mappatura nello SMILES: [OH-:1], [CH3:2][Br:3], [O:4] per un ossigeno semplice. I numeri devono essere unici in tutto lo script. Poi:

move <from> -> <to>     two-electron curly arrow
move <from> ~> <to>     one-electron fish-hook

Entrambe le estremità si scrivono allo stesso modo:

:nIl doppietto libero sull'atomo n. Su un anione la freccia parte dal suo segno meno, come la disegnano i chimici.
nL'atomo n. La freccia di un radicale parte dal suo punto.
n-mIl legame esistente tra gli atomi n e m. Come partenza, i suoi elettroni lasciano il legame; come arrivo, lo trasformano in un doppio legame.
n..mUn legame in formazione tra n e m (solo come arrivo). La punta si ferma accanto all'atomo m, sul lato rivolto verso n.

Più frecce possono condividere una riga, separate da punti e virgola: move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5. Scrivi esplicitamente un idrogeno trasferito, [H:5][O:6]CC, così una freccia può partire dal suo legame. Scrivi un centro radicalico mappato con il suo numero di idrogeni, così conserva il punto: CC(C)(C)[OH0:1] è il radicale terz-butossile.

Le frecce vengono posizionate automaticamente. Se vuoi una curvatura particolare, aggiungi una modifica tra parentesi graffe: move 2-3 -> 3 {bow=0.3 side=left}.

Direttive e commenti

title: …Titolo sopra lo schema.
Da per-row: 2 a 8Strutture per riga prima che lo schema vada a capo (predefinito 4).
layout: row, cycle, branchForma dello schema: da sinistra a destra, un ciclo catalitico o un reagente verso più prodotti.
# …Commento fino alla fine della riga. Un # dentro uno SMILES (un triplo legame) non è un commento.

Errori

I problemi tornano con la riga in cui si trovano, in parole semplici, così una persona o un assistente IA può correggere la riga e disegnare di nuovo:

line 1: put +, -> or <-> between "[O:1]C" and "[O:1]C"
line 3: no atom is tagged :9 in the SMILES (write it as [X:9])
line 4: n..m (a bond being formed) can only be the destination
line 5: a move needs -> (curly arrow) or ~> (fish-hook) between its ends
C (map 2) has no lone pair

Meno digitazione, più disegno: nomi, evidenziazioni e numeri

I numeri di mappatura servono solo quando un atomo è ambiguo. Un elemento che compare una sola volta nei reagenti di uno stadio si identifica da solo, e in un'estremità di legame contano solo gli atomi legati all'altra estremità. Questo è l'intero meccanismo SN1 senza numeri di mappatura, con composti e stadi numerati e righe che vanno avanti e indietro a serpentina:

title: SN1 with element ends, numbered, snake rows
number: both
wrap: snake
per-row: 3
CC(C)(C)Br ->[slow] C[C+](C)C + [Br-]
move C-Br -> Br
-> C[C+](C)C + O
move :O -> O..C+
->[fast] CC(C)(C)[OH2+]

C-Br è l'unico carbonio legato al bromo, C+ sceglie il catione in base alla carica e :O è il doppietto libero dell'unico ossigeno in quello stadio. Se un elemento compare due volte, MolScript lo segnala e chiede un numero di mappatura.

h2Un idrogeno sull'atomo 2, reso esplicito per te: move :1 -> 1..h2; h2-2 -> 2-3.
let base = [OH-:1] "hydroxide"Definisci una specie una volta, poi scrivi $base.
[OH]~C([H])([H])([H])~[Br] {ts}Uno stato di transizione: ~ è un legame parziale (tratteggiato), {ts} disegna le parentesi con ‡ e raddrizza i legami che si formano e si rompono.
{δ+=2 δ-=3}Cariche parziali accanto agli atomi.
{highlight=2/3-4:blue}Evidenziazione dell'atomo 2 e del legame 3–4.
{ox=1:II}, {dative=1-2}Stati di ossidazione e legami metallo–legante per gli stadi organometallici.
[Ph] [R1] [Nu-:1]Abbreviazioni e gruppi R disegnati come etichette.
->[{CC(=O)Cl}][AlCl3]Un reagente disegnato come struttura sopra la freccia.
layout: cycleUn ciclo catalitico; terminare sulla prima specie chiude il ciclo, e si esporta in chemfig con archi veri.

Come uno script diventa un disegno

Uno script attraversa ogni volta gli stessi passaggi, quindi lo stesso script dà sempre lo stesso disegno:

  1. Lettura. Lo script viene suddiviso in righe di schema, righe move e direttive. Ogni specie, operatore, didascalia e insieme di condizioni viene registrato con il suo numero di riga.
  2. Verifica delle etichette. Ogni numero di mappatura usato in un move deve trovarsi esattamente su un atomo, ogni n-m deve essere un legame reale e ogni partenza deve avere elettroni da cedere: un doppietto libero, una carica, un radicale o un legame.
  3. Disegno delle specie. Ogni SMILES diventa una struttura 2D con angoli di legame puliti. Gli idrogeni espliciti di cui una freccia ha bisogno vengono disegnati come atomi; cariche, doppietti liberi e punti radicalici vengono aggiunti dove lo indica lo SMILES.
  4. Impaginazione dello schema. Strutture, segni più e frecce vengono disposti in base alla loro larghezza reale, le righe vanno a capo alle frecce di reazione e condizioni e didascalie vengono distanziate in modo che nessun testo si sovrapponga.
  5. Posizionamento delle frecce curve. Ogni freccia lascia la sua sorgente dove la disegnerebbe un chimico e si curva lontano da legami, etichette e altre frecce (dettagli sotto).
  6. Verifica della chimica. Ogni stadio con frecce curve viene rieseguito sugli elettroni: ogni freccia prende due elettroni (uno per una freccia a uncino) da un doppietto libero, un radicale o un legame e li mette su un atomo o in un legame. Le strutture risultanti devono coincidere con quelle scritte dopo la freccia. Un prodotto sbagliato (con la differenza di atomi e carica), un carbonio con dieci elettroni, una freccia da un atomo che non ne ha più, una freccia a uncino spaiata o una freccia di risonanza che rompe un legame σ vengono segnalati con il loro numero di riga.
  7. Valutazione di ogni freccia. Ogni freccia posizionata viene misurata rispetto alle regole. Una freccia che in un punto affollato non riesce a rispettarle viene comunque disegnata e segnalata come avviso.
  8. Consegna di oggetti modificabili. Il risultato è normale contenuto dell'area di disegno: trascina una struttura e le sue frecce la seguono, cambia lo stile di qualsiasi elemento ed esporta.

Le regole per le frecce che MolScript applica:

CodaSul doppietto libero o sul segno meno, sul punto radicalico o al centro del legame che cede gli elettroni, mai sopra l'etichetta di un atomo.
PuntaAppena prima dell'atomo che riceve gli elettroni, oppure nello spazio di un legame in formazione, sul lato rivolto verso l'atomo attaccante.
CurvaturaIncurvata verso l'esterno della struttura, con un angolo di punta costante; le frecce a uncino tengono la loro unica barba all'esterno della curva.
DistanzaTenuta lontana da legami, etichette, cariche, punti e altre frecce; le frecce che condividono un bersaglio si aprono a ventaglio invece di sovrapporsi.
LunghezzaUna freccia troppo corta per essere letta o troppo lunga per essere seguita viene segnalata.

Ogni meccanismo di riferimento del set di test di MolScript viene disegnato e valutato rispetto a queste regole a ogni modifica di MolDraw. Oggi sono 41 meccanismi con 81 frecce curve, tutti conformi sia alle regole di disegno sia al bilancio degli elettroni, più le figure dei Templates. Puoi vederli tutti nella galleria MolScript.

Esempi svolti

Eliminazione E2: tre frecce in un solo stadio

title: E2 elimination
[OH-:1] + [H:4][CH2:2][CH:3](C)[Br:5] ->[E2] C=CC + O + [Br-]
move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5
Eliminazione E2 disegnata da MolScript: l'idrossido prende l'idrogeno, il legame C–H diventa il legame π C=C e il legame C–Br si rompe verso il bromo
La base prende l'idrogeno, gli elettroni C–H diventano il nuovo legame π e il bromuro esce.

Addizione di Michael: una catena di frecce attraverso un sistema coniugato

title: Michael addition
[CH2-:1]C(C)=O + [CH2:2]=[CH:3][C:4](C)=[O:5] ->[1,4-addition] CC(=O)CCC=C(C)[O-]
move :1 -> 1..2; 2-3 -> 3-4; 4-5 -> 5
Addizione di Michael disegnata da MolScript: un carbonio dell'enolato attacca il carbonio β e gli elettroni si spostano attraverso i legami C=C e C=O fino all'ossigeno
2-3 -> 3-4 sposta gli elettroni π del C=C nel legame C–C, trasformandolo in un doppio legame.

Diels–Alder: frecce in un anello

title: Diels–Alder
[CH2:1]=[CH:2][CH:3]=[CH2:4] + [CH2:5]=[CH2:6] ->[Δ] C1CC=CCC1
move 1-2 -> 2-3; 3-4 -> 4..5; 5-6 -> 6..1
Reazione di Diels–Alder disegnata da MolScript: tre frecce curve attorno allo stato di transizione ciclico di butadiene ed etene che danno cicloesene
Due delle tre frecce terminano su legami in formazione tra le due molecole.

Addizione radicalica: frecce a uncino

title: Radical addition of Br• to propene
[Br:1] + [CH2:2]=[CH:3]C -> BrC[CH]C
move 1 ~> 1..2
move 2-3 ~> 1..2
move 2-3 ~> 3
Addizione radicalica di un atomo di bromo al propene disegnata da MolScript con tre frecce a uncino: due si incontrano nel nuovo legame C–Br e una va al carbonio che diventa il radicale
~> disegna una freccia a uncino. Le due che terminano su 1..2 si incontrano al centro del nuovo legame.

Risonanza: un enolato

[CH2-:1][C:2](C)=[O:3] <-> C=C(C)[O-]
move :1 -> 1-2
move 2-3 -> 3
Le due forme di risonanza di un enolato disegnate da MolScript con una freccia di risonanza a doppia punta e due frecce curve
<-> è la freccia di risonanza; le frecce curve mostrano come una forma diventa l'altra.

Costruito su MolScript: figure complete

Le figure dei meccanismi nel pannello Templates di MolDraw (il pulsante in fondo alla barra degli strumenti di sinistra) sono scritte in MolScript. Ogni stadio dell'esterificazione di Fischer, dell'addizione aldolica e dell'addizione di Grignard è un breve script; un modello aggiunge intorno i pannelli, le etichette degli stadi, i cerchi di evidenziazione e le note. Poiché gli stadi sono testo, ogni freccia di ogni figura viene verificata come negli esempi qui sopra.

Modello dell'esterificazione di Fischer: reazione complessiva con ossigeni tracciati, meccanismo in cinque stadi a frecce curve, punti chiave e un apparato di Dean–Stark
Il modello dell'esterificazione di Fischer: cinque stadi MolScript in una figura a quattro pannelli.

MolScript e chemfig

chemfig è il pacchetto LaTeX che la maggior parte dei chimici usa per comporre strutture e meccanismi. È eccellente nel suo campo, e MolScript non vuole sostituirlo dentro LaTeX. I due descrivono cose diverse:

chemfigMolScript
Tu descriviIl disegno: angolo e lunghezza di ogni legame, poi ancoraggio, scostamento e curvatura di ogni freccia.La chimica: le specie come SMILES e quali elettroni si spostano dove.
LayoutA mano, per ogni struttura e per ogni schema.Automatico: strutture, righe, condizioni e didascalie.
Frecce curvePercorsi TikZ tra punti con nome; le posizioni vengono fissate in una seconda compilazione LaTeX.Una riga move tra numeri di mappatura; posizionata e valutata rispetto alle regole di disegno.
ErroriSi vedono come un PDF dall'aspetto sbagliato.Segnalati con i numeri di riga: un numero di mappatura mancante, una partenza senza elettroni, un legame che non esiste.
RisultatoOutput tipografico in un documento.Oggetti modificabili nell'area di disegno, più esportazioni in immagine, vettoriale e chemfig.
Ideale perControllo tipografico fine dentro un documento LaTeX.Ottenere rapidamente un meccanismo corretto e pulito, a mano o da un assistente IA.

Funzionano insieme: disegna con MolScript, poi scegli Download → chemfig (.tex) per ottenere il codice chemfig per il tuo documento. Gli esempi di meccanismi in chemfig mostrano com'è quel codice.

Perché il testo: MolScript e gli assistenti IA

MolScript è stato progettato in modo che un modello linguistico possa disegnare un meccanismo senza mai gestire coordinate:

  • I modelli scrivono già bene gli SMILES, quindi ogni specie è in una notazione che conoscono.
  • Le mappe atomiche rendono le frecce univoche. "Dal doppietto libero dell'atomo 1 al legame che si forma tra 1 e 2" non si può posizionare male come "una freccia dall'ossigeno al carbonio".
  • Gli errori sono utilizzabili. Un modello che riceve line 3: no atom is tagged :9 può correggere la riga 3 e riprovare.
  • La geometria non è compito del modello. Curvature, distanze e ingombri sono decisi e verificati dal motore, proprio dove i modelli sono più deboli.

La chat IA di MolDraw funziona già così: chiedile "il meccanismo dell'addizione aldolica" e scrive MolScript dietro le quinte. MolScript è anche confezionato come skill IA: una cartella con il riferimento del linguaggio, le regole che intercettano la maggior parte degli errori, 41 esempi verificati e un piccolo verificatore autonomo. Il flusso di lavoro che insegna a un assistente è pianificare gli intermedi, scrivere lo script, eseguire il verificatore, correggere ogni problema segnalato e solo allora rispondere, così il meccanismo è verificato elettrone per elettrone prima che tu lo veda.

Per misurare quanto funziona, c'è un set di valutazione di 41 richieste di meccanismi ("mostra la deprotonazione E1 del catione terz-butilico", "disegna un ciclo di cross-coupling al Pd con gli stati di ossidazione"), ciascuna con uno script di riferimento. Una risposta ottiene quattro punti: si compila, i suoi elettroni sono bilanciati, termina con i prodotti giusti e ogni freccia curva rispetta le regole di disegno. Gli script di riferimento ottengono il 100%.

Roadmap: da funzione di MolDraw a framework aperto

Il piano è rilasciare MolScript, il suo compilatore e il motore per schemi e frecce come framework open source che qualsiasi app con area di disegno possa usare per disegnare reazioni e meccanismi, con l'affidabilità di un linguaggio di programmazione: una specifica scritta, un output stabile ed errori su cui agire. Ecco che cosa separa oggi da quel rilascio.

Il linguaggio

Specie, operatori, condizioni, didascalie, righe di continuazioneCompletato
Frecce a due elettroni e frecce a uncino da doppietti liberi, cariche, radicali e legamiCompletato
Una specifica con versione (MolScript 1, molscript: 1) con una grammatica formale e un set di test di conformitàCompletato
Specie con nome riutilizzabili: let A = …, poi $A negli stadi successiviCompletato
Indicazioni di orientamento: {rotate=90}, {flip}, {align=3}Completato
Stati di transizione ({ts}, legami parziali con ~), δ+ / δ−, parentesiCompletato
Evidenziazioni ({highlight=2/3-4:blue}), numeri di composti e stadi (number: both)Completato
Reagenti disegnati come strutture sopra una freccia; abbreviazioni (Ph, Ts, Boc) e gruppi RCompletato
Cicli catalitici che si chiudono su sé stessi, con etichette leggibili su ogni arcoCompletato
Frecce curve dentro i cicli, legami metallo–legante ({dative=1-2}) e stati di ossidazione ({ox=1:II})Completato

Accuratezza

Le etichette esistono, le partenze hanno elettroni, ogni freccia disegnata rispetta le regole geometricheCompletato
Bilancio degli elettroni: ricavare il prodotto implicato dalle frecce e confrontarlo con il prodotto scrittoCompletato
Bilancio di carica e di atomi per ogni stadio; controlli su ottetto, frecce a uncino spaiate e risonanza (legame σ)Completato
Meno formalità per gli idrogeni: h2 indica un idrogeno sull'atomo 2Completato
Meno numeri di mappatura: basta un elemento unico nello stadio (move C-Br -> Br)Completato

Layout

Righe disposte in base alla larghezza reale; condizioni e didascalie mai sovrapposteCompletato
Interruzioni di riga bilanciate (3 + 2, non 4 + 1) e a capo in base alla larghezza (width:)Completato
Connettori più corti tra le righe: wrap: snake fa tornare indietro la riga successiva con una breve freccia verso il bassoCompletato
Disposizione a griglia (layout: grid), colonne allineate da una riga all'altraCompletato

Il framework

Compilatore e verificatore come pacchetto autonomo, indipendente dall'app MolDrawCompletato
Un formato di schema stabile e documentato tra il compilatore e qualsiasi rendererCompletato
Output per area di disegno, SVG e PNG; esportatori per chemfig e JSONCompletato
Esportazione in chemfig dei cicli catalitici con archi veri (e importazione inversa)Completato
Uno strumento a riga di comando: in ingresso uno script, in uscita un rapporto di verifica, un'immagine o un file chemfigCompletato
Layout con versione, così uno script si disegna allo stesso modo dopo un aggiornamentoCompletato
Supporto nell'editor: evidenziazione e problemi mentre scrivi (la scheda MolScript in Templates)Completato
Completamento di numeri di mappatura, opzioni e parole chiave nell'editor (Tab prende il primo)Completato
Una galleria pubblica di meccanismi di riferimento, ciascuno verificato automaticamenteCompletato
Galleria a 41 meccanismi verificati; portarla a centinaiaProssimi passi
Pubblicare il pacchetto, la skill e la specifica come open sourceProssimi passi

La skill IA

Usata dalla chat IA di MolDraw, con gli errori numerati per riga restituiti al modelloCompletato
Una skill pronta all'uso: riferimento, regole, esempi svolti e un passaggio di verifica che un assistente può eseguire prima di rispondereCompletato
Un set di valutazione di 41 richieste di meccanismi, valutate per correttezza chimica e pulizia delle frecceCompletato
Pubblicare i punteggi dei principali modelli IA sul set di valutazioneProssimi passi

Se insegni, scrivi articoli o sviluppi software di chimica e vuoi contribuire a definire tutto questo, scrivici tramite Request feature in MolDraw.

Provalo

  1. Apri MolDraw e la chat IA e chiedi un meccanismo, per esempio "disegna il meccanismo E2 del 2-bromopropano con idrossido". La chat scrive il MolScript e lo disegna.
  2. Oppure apri Templates in fondo alla barra degli strumenti di sinistra e aggiungi la figura dell'esterificazione di Fischer, dell'aldolica o di Grignard, oppure scrivi il tuo script nella scheda MolScript: evidenzia lo script, mostra i problemi mentre scrivi e lo disegna nell'area di disegno.
  3. Trascina, cambia lo stile o amplia il risultato come qualsiasi disegno, poi scaricalo come immagine o come chemfig.

Domande e risposte

Che cos'è MolScript?

MolScript è un breve linguaggio testuale per schemi di reazione e meccanismi a frecce curve. Le specie si scrivono come SMILES, unite da +, ->, <-> o <=>, e ogni freccia curva è una riga move tra numeri di mappatura atomica. MolDraw disegna strutture, condizioni, doppietti liberi, cariche e frecce, e il risultato resta modificabile nell'area di disegno.

Come disegno una freccia curva in MolScript?

Contrassegna gli atomi toccati dalla freccia con numeri di mappatura atomica nello SMILES, per esempio [OH-:1] e [CH3:2][Br:3], poi scrivi move :1 -> 1..2 per il doppietto libero dell'atomo 1 che forma un legame con l'atomo 2, e move 2-3 -> 3 per il legame C–Br che si rompe verso il bromo.

Come disegno una freccia a uncino (a un elettrone)?

Usa ~> invece di ->: move 1-2 ~> 1 invia un elettrone del legame tra gli atomi 1 e 2 all'atomo 1. Due frecce a uncino che terminano sullo stesso legame in formazione (n..m) si incontrano al suo centro.

MolScript è meglio di chemfig?

Risolvono problemi diversi e funzionano insieme. chemfig è un pacchetto LaTeX in cui posizioni tu ogni legame e ogni freccia all'interno di un documento. MolScript descrive la chimica e lascia layout e geometria delle frecce a MolDraw, che verifica ogni freccia. Qualsiasi disegno MolScript si può scaricare come codice chemfig per un documento LaTeX.

Gli assistenti IA possono scrivere MolScript?

Sì. La chat IA di MolDraw disegna i meccanismi scrivendo MolScript, perché i modelli linguistici scrivono bene gli SMILES e le mappe atomiche rendono univoca ogni estremità delle frecce. Gli errori tornano con i numeri di riga, così il modello può correggerli. È prevista una skill IA pronta all'uso, in modo che anche altri assistenti possano usarlo.

MolScript sarà open source?

Questo è il piano: il linguaggio, il compilatore e il motore per schemi e frecce saranno rilasciati come framework aperto che altre app con area di disegno potranno usare per disegnare reazioni e meccanismi. La roadmap elenca che cosa va fatto prima.

Guide correlate

Ultimo aggiornamento: