找出分子的点群,并以 3D 方式观看其对称操作
简答:在 Settings › Plugins 中安装 Symmetry and point groups,画出分子并打开 Symmetry 标签页。点击 Analyse selection 或选择一个示例。插件会构建 3D 形状,给出点群名称,画出每个旋转轴和镜面,播放每个对称操作,并显示特征标表。
为什么对称性在化学中很重要
对称性在纸面上很难看清。平面绘图会隐藏使两个原子等价的轴和面。然而对称性决定了很多事情:分子能否有偶极矩、能否是手性的、哪些振动会出现在红外或拉曼光谱中,以及轨道如何标记。
几个术语会有帮助:
- 对称操作使分子移动后看起来与原来完全相同。
- 对称元素是进行操作所依据的轴、面或点。
- 主要的对称元素有恒等元素 E、旋转轴 Cn(旋转 360°/n)、镜面 σ、对称中心 i,以及非真旋转轴 Sn(旋转 360°/n,再通过与该轴垂直的平面反映)。
- 点群是分子全部操作的集合。操作的数目就是群的阶。
一些熟悉的例子:水是 C2v,有一个 C2 轴和两个镜面(阶为 4)。氨是 C3v,有一个 C3 轴和三个竖直镜面(阶为 6)。苯是 D6h(阶为 24),甲烷是 Td,二氧化碳是 D∞h。
两条简单的规则说明了它的用处。具有任何非真旋转轴的分子——包括镜面(S1)或对称中心(S2)——都不可能是手性的。具有对称中心的分子没有永久偶极矩。
插件显示的内容
| 标签 | 点群(Schoenflies 符号)及其阶。旁边的摘要行用文字描述该点群。 |
|---|---|
| 对称元素 | 每个旋转轴、镜面、对称中心和非真旋转轴。鼠标悬停可在 3D 中高亮;点击即可播放。 |
| 对称操作 | 所有操作按类分组。点击某个操作,观看原子移动到等价原子上。 |
| 特征标表 | 不可约表示及其线性、转动和二次函数,遵循 Cotton 以及 Harris 和 Bertolucci 的约定。 |
| 投影图 | 沿 z 轴俯视的视图,显示各个轴和镜面的位置。 |
如何安装对称性插件
- 打开 MolDraw 编辑器并登录。免费账户即可。
- 点击 Settings(齿轮图标),然后点击 Plugins。
- 点击 Symmetry and point groups 旁边的 Install。
如何找出点群
- 画出一个分子。如果画布上有多个分子,选中你需要的那个。
- 打开 Symmetry 标签页。也可以使用 Chemistry 菜单(Symmetry and point groups › Open Symmetry),或在画布上右键并选择 Find symmetry (point group)。
- 点击 Analyse selection。MolDraw 会加上氢原子,尝试多个构象,并用 MMFF94 优化 3D 形状。保持 Live 开启,编辑绘图时会重新分析。
- 在标签中读出点群。
- 打开 Elements,把鼠标悬停在每一项上,在 3D 中查看。点击即可播放该操作。
- 打开 Character table,把点群与波谱和成键联系起来。
手头没有绘图?Examples 列表中有按点群排列的现成分子,从溴氯氟甲烷(C1)到巴克敏斯特富勒烯(Ih)。
课堂和实验室中的用法
- 讲解点群判断流程图:依次载入水、氨和苯。让学生预测点群,然后核对标签和对称元素列表。
- 现场演示对称操作:打开 Numbers,播放 C3 旋转或 S4 操作。每次移动后,插件都会说明哪个原子移到了哪里。
- 波谱课程:用特征标表讨论哪些振动可能具有红外或拉曼活性。然后检查真实样品:在免费的拉曼查看器中打开它的拉曼光谱,并把强谱带与其红外光谱进行比较。
- 检查结构:在讨论配体或产物的性质之前,确认它是否是手性的、是否有对称中心。
技巧与局限
- 对精确的结构使用 Tight 容差,对粗略的绘图使用 Loose。Normal 介于两者之间。
- 3D 形状来自力场构象,而不是你的 2D 布局。柔性分子得到的对称性可能比教科书中的形式低。可以与相应的示例比较,例如交叉式(D3d)和重叠式(D3h)乙烷。
- 使用图层标签(Axes、Planes、Centre、Sn axes、Numbers),让对称元素繁多的点群保持清晰。
- 对于 C2v 分子,B1 和 B2 标记取决于把哪个镜面称为 xz。插件会把平面分子放在 yz 平面内,并加以说明。
想先看形状再看对称性?VSEPR 几何构型计算器可以预测分子形状,3D 分子模型查看器可以让你旋转它们。
问题与解答
什么是点群?
点群是一个分子全部对称操作的集合。每个操作都至少使一个点保持不动。化学中用 Schoenflies 符号命名点群,例如 C2v、D3h 或 Td。
对称性插件免费吗?
免费。安装和使用它需要一个免费的 MolDraw 账户。
为什么我的分子得到的点群比教科书上的低?
MolDraw 根据你的 2D 绘图构建 3D 形状,柔性分子可能落入对称性较低的构象。可以试试 Loose 容差,或与相应的内置示例进行比较。
它能显示特征标表吗?
能,常见点群都有。表中列出不可约表示及其线性、转动和二次函数。如果某个点群没有存储特征标表,仍会显示其对称元素和操作。