找出分子的點群,並以 3D 方式觀看其對稱操作
簡答:在 Settings › Plugins 中安裝 Symmetry and point groups,畫出分子並開啟 Symmetry 分頁。點選 Analyse selection 或選擇一個範例。外掛會建立 3D 形狀,給出點群名稱,畫出每個旋轉軸與鏡面,播放每個對稱操作,並顯示特徵標表。
為什麼對稱性在化學中很重要
對稱性在紙面上很難看清。平面繪圖會隱藏使兩個原子等價的軸與面。然而對稱性決定了很多事情:分子能否有偶極矩、能否是掌性的、哪些振動會出現在IR 或拉曼光譜中,以及軌域如何標記。
幾個術語會有幫助:
- 對稱操作使分子移動後看起來與原來完全相同。
- 對稱元素是進行操作所依據的軸、面或點。
- 主要的對稱元素有恆等元素 E、旋轉軸 Cn(旋轉 360°/n)、鏡面 σ、反轉中心 i,以及非真旋轉軸 Sn(旋轉 360°/n,再對垂直於該軸的平面鏡射)。
- 點群是分子全部操作的集合。操作的數目就是群的階。
一些熟悉的例子:水是 C2v,有一個 C2 軸與兩個鏡面(階為 4)。氨是 C3v,有一個 C3 軸與三個垂直鏡面(階為 6)。苯是 D6h(階為 24),甲烷是 Td,二氧化碳是 D∞h。
兩條簡單的規則說明了它的用處。具有任何非真旋轉軸的分子——包括鏡面(S1)或反轉中心(S2)——都不可能是掌性的。具有反轉中心的分子沒有永久偶極矩。
外掛顯示的內容
| 標籤 | 點群(Schoenflies 符號)及其階。旁邊的摘要行用文字描述該點群。 |
|---|---|
| 對稱元素 | 每個旋轉軸、鏡面、反轉中心與非真旋轉軸。滑鼠停留可在 3D 中醒目標示;點選即可播放。 |
| 對稱操作 | 所有操作按類分組。點選某個操作,觀看原子移動到等價原子上。 |
| 特徵標表 | 不可約表示及其線性、轉動與二次函數,遵循 Cotton 以及 Harris 與 Bertolucci 的約定。 |
| 投影圖 | 沿 z 軸俯視的視圖,顯示各個軸與鏡面的位置。 |
如何安裝對稱性外掛
- 開啟 MolDraw 編輯器並登入。免費帳戶即可。
- 點選 Settings(齒輪圖示),然後點選 Plugins。
- 點選 Symmetry and point groups 旁邊的 Install。
如何找出點群
- 畫出一個分子。如果畫布上有多個分子,選取你需要的那個。
- 開啟 Symmetry 分頁。也可以使用 Chemistry 選單(Symmetry and point groups › Open Symmetry),或在畫布上右鍵並選擇 Find symmetry (point group)。
- 點選 Analyse selection。MolDraw 會加上氫原子,嘗試多個構形,並用 MMFF94 最佳化 3D 形狀。保持 Live 開啟,編輯繪圖時會重新分析。
- 在標籤中讀出點群。
- 開啟 Elements,把滑鼠停留在每一項上,在 3D 中檢視。點選即可播放該操作。
- 開啟 Character table,把點群與光譜與鍵結連結起來。
手頭沒有繪圖?Examples 清單中有按點群排列的現成分子,從溴氯氟甲烷(C1)到巴克明斯特富勒烯(Ih)。
課堂與實驗室中的用法
- 講解點群判斷流程圖:依次載入水、氨與苯。讓學生預測點群,然後核對標籤與對稱元素清單。
- 現場演示對稱操作:開啟 Numbers,播放 C3 旋轉或 S4 操作。每次移動後,外掛都會說明哪個原子移到了哪裡。
- 光譜課程:用特徵標表討論哪些振動可能具有IR 或拉曼活性。然後檢查真實樣品:在免費的拉曼檢視器中開啟它的拉曼光譜,並把強譜帶與其 IR 光譜進行比較。
- 檢查結構:在討論配體或產物的性質之前,確認它是否是掌性的、是否有反轉中心。
技巧與限制
- 對精確的結構使用 Tight 容差,對粗略的繪圖使用 Loose。Normal 介於兩者之間。
- 3D 形狀來自力場構形,而不是你的 2D 版面。柔性分子得到的對稱性可能比教科書中的形式低。可以與相應的範例比較,例如交錯式(D3d)與重疊式(D3h)乙烷。
- 使用圖層標籤(Axes、Planes、Centre、Sn axes、Numbers),讓對稱元素繁多的點群保持清晰。
- 對於 C2v 分子,B1 與 B2 標記取決於把哪個鏡面稱為 xz。外掛會把平面分子放在 yz 平面內,並加以說明。
想先看形狀再看對稱性?VSEPR 幾何形狀計算器可以預測分子形狀,3D 分子模型檢視器可以讓你旋轉它們。
問題與解答
什麼是點群?
點群是一個分子全部對稱操作的集合。每個操作都至少使一個點保持不動。化學中用 Schoenflies 符號命名點群,例如 C2v、D3h 或 Td。
對稱性外掛免費嗎?
免費。安裝與使用它需要免費的 MolDraw 帳戶。
為什麼我的分子得到的點群比教科書上的低?
MolDraw 根據你的 2D 繪圖建立 3D 形狀,柔性分子可能落入對稱性較低的構形。可以試試 Loose 容差,或與相應的內建範例進行比較。
它能顯示特徵標表嗎?
能,常見點群都有。表中列出不可約表示及其線性、轉動與二次函數。如果某個點群沒有儲存特徵標表,仍會顯示其對稱元素與操作。