MolScript: Bahasa Teks untuk Skema Reaksi dan Mekanisme Panah Lengkung
Jawaban singkat: MolScript adalah bahasa teks kecil untuk skema reaksi dan mekanisme dorongan elektron. Anda menulis setiap spesi sebagai SMILES, menghubungkan spesi dengan +, ->, <->, atau <=>, menandai atom yang disentuh panah dengan nomor peta atom, dan menulis satu baris move per panah lengkung. MolDraw menggambar struktur, kondisi, pasangan elektron bebas, muatan, dan setiap panah, serta memeriksa setiap panah terhadap aturan menggambar sebelum Anda melihatnya. Hasilnya adalah konten kanvas biasa yang dapat disunting dan dapat Anda unduh sebagai gambar atau sebagai kode chemfig untuk LaTeX.
Sekilas tentang MolScript
| Yang Anda tulis | Spesi sebagai SMILES, operator di antaranya, kondisi dalam kurung setelah panah, dan baris move untuk elektron. |
|---|---|
| Yang Anda dapatkan | Skema yang tertata: struktur, tanda plus, panah reaksi, kesetimbangan, atau resonansi, kondisi, keterangan, pasangan elektron bebas, muatan, titik radikal, dan panah lengkung. |
| Jenis panah | Panah lengkung dua elektron (->) dan panah kail satu elektron (~>), dari pasangan elektron bebas, muatan, radikal, atom, atau ikatan, menuju atom, ikatan, atau ikatan yang sedang terbentuk. |
| Pemeriksaan | Setiap nomor peta harus ada dan unik; setiap panah harus berawal di tempat yang memiliki elektron; setiap panah yang digambar dinilai dari celah, arah, kelengkungan, dan jarak bebasnya. Masalah dikembalikan beserta nomor baris. |
| Hasil | Objek kanvas MolDraw yang dapat disunting; setiap ekspor MolDraw, termasuk chemfig (.tex) untuk dokumen LaTeX. |
| Tempat dipakai saat ini | Obrolan AI MolDraw menggambar mekanisme dengan menulis MolScript, dan gambar mekanisme di panel Templates dibangun darinya. |
| Selanjutnya | Kerangka kerja terbuka untuk aplikasi kanvas dan skill AI yang dapat dimuat asisten mana pun. Lihat peta jalan. |
Skrip pertama Anda: SN2
Hidroksida menyerang bromometana dari belakang dan bromida lepas pada tahap yang sama. Dalam MolScript itu adalah empat baris:
title: SN2 of bromomethane [OH-:1] "hydroxide" + [CH3:2][Br:3] "bromomethane" ->[SN2][acetone] CO "methanol" + [Br-] move :1 -> 1..2 move 2-3 -> 3
Baris demi baris:
title:menempatkan judul di atas skema.- Baris skema mencantumkan spesinya.
[OH-:1]adalah hidroksida yang oksigennya membawa nomor peta 1;[CH3:2][Br:3]adalah bromometana dengan karbon sebagai 2 dan bromin sebagai 3."hydroxide"adalah keterangan yang digambar di bawah struktur.->[SN2][acetone]adalah panah reaksi dengan teks di atas dan di bawahnya. move :1 -> 1..2: pasangan elektron bebas (di sini muatan negatif) pada atom 1 menuju ikatan yang sedang terbentuk antara 1 dan 2.move 2-3 -> 3: elektron dari ikatan C–Br yang sudah ada menuju bromin.
Nomor peta adalah label untuk Anda dan panah. Nomor ini tidak pernah digambar, dan tidak mengubah molekul.
Bahasanya
Spesi dan operator
SMILES apa pun adalah spesi. Operator ditulis dengan spasi di kedua sisinya:
+ | Plus di antara sesama reaktan atau sesama produk. Spesi yang dihubungkan dengan + selalu berada di satu baris. |
|---|---|
-> | Panah reaksi. |
<=> | Panah kesetimbangan (dua panah berkepala setengah). |
<-> | Panah resonansi (berkepala dua). Gunakan di antara bentuk-bentuk resonansi satu spesi. |
=> | Panah retrosintesis. |
Teks di atas dan di bawah panah ditulis dalam kurung siku yang menempel padanya: ->[NaBH4][MeOH, 0 °C]. Kosongkan pasangan pertama untuk teks di bawah saja: ->[][reflux]. Keterangan dalam tanda kutip ganda setelah spesi digambar di bawah spesi itu: CC(=O)O "acetic acid".
Beberapa tahap
Baris yang diawali operator melanjutkan skema dari spesi terakhir, sehingga mekanisme terbaca satu tahap per baris, dengan panah tahap itu tepat di bawahnya:
title: SN1 of tert-butyl bromide C[C:1](C)(C)[Br:2] ->[slow] C[C+:3](C)C + [Br-] move 1-2 -> 2 -> C[C+:4](C)C + [OH2:5] move :5 -> 5..4 ->[fast] CC(C)(C)[OH2+]
Panah lengkung: baris move
Setiap atom yang disentuh panah mendapat nomor peta di SMILES: [OH-:1], [CH3:2][Br:3], [O:4] untuk oksigen biasa. Nomor harus unik di seluruh skrip. Lalu:
move <from> -> <to> two-electron curly arrow move <from> ~> <to> one-electron fish-hook
Kedua ujung ditulis dengan cara yang sama:
:n | Pasangan elektron bebas pada atom n. Pada anion, panah berawal dari tanda minusnya, seperti yang digambar kimiawan. |
|---|---|
n | Atom n. Panah radikal berawal dari titiknya. |
n-m | Ikatan yang sudah ada antara atom n dan m. Sebagai awal, elektronnya meninggalkan ikatan; sebagai akhir, elektronnya menjadikan ikatan itu ikatan rangkap dua. |
n..m | Ikatan yang sedang terbentuk antara n dan m (hanya sebagai akhir). Kepala panah berhenti di samping atom m, pada sisi yang menghadap n. |
Beberapa panah dapat berbagi satu baris, dipisahkan titik koma: move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5. Tulis hidrogen yang berpindah secara eksplisit, [H:5][O:6]CC, agar panah dapat berawal dari ikatannya. Tulis pusat radikal yang diberi nomor peta beserta jumlah hidrogennya agar titiknya tetap ada: CC(C)(C)[OH0:1] adalah radikal tert-butoksil.
Panah ditempatkan secara otomatis. Jika Anda menginginkan lengkungan tertentu, tambahkan penggantian dalam kurung kurawal: move 2-3 -> 3 {bow=0.3 side=left}.
Direktif dan komentar
title: … | Judul di atas skema. |
|---|---|
per-row: 2 hingga 8 | Jumlah struktur per baris sebelum skema terpotong (bawaan 4). |
layout: row, cycle, branch | Bentuk skema: kiri ke kanan, siklus katalitik, atau satu reaktan ke beberapa produk. |
# … | Komentar hingga akhir baris. # di dalam SMILES (ikatan rangkap tiga) bukan komentar. |
Galat
Masalah dikembalikan beserta baris tempatnya, dengan kata-kata sederhana, sehingga orang atau asisten AI dapat memperbaiki baris itu dan menggambar lagi:
line 1: put +, -> or <-> between "[O:1]C" and "[O:1]C" line 3: no atom is tagged :9 in the SMILES (write it as [X:9]) line 4: n..m (a bond being formed) can only be the destination line 5: a move needs -> (curly arrow) or ~> (fish-hook) between its ends C (map 2) has no lone pair
Lebih sedikit mengetik, lebih banyak menggambar: nama, sorotan, dan nomor
Nomor peta hanya diperlukan jika suatu atom ambigu. Unsur yang muncul sekali di reaktan suatu tahap menamai dirinya sendiri, dan pada ujung ikatan hanya atom yang terikat pada ujung lainnya yang dihitung. Berikut seluruh mekanisme SN1 tanpa nomor peta, dengan senyawa dan tahap bernomor, serta baris yang berkelok bolak-balik:
title: SN1 with element ends, numbered, snake rows number: both wrap: snake per-row: 3 CC(C)(C)Br ->[slow] C[C+](C)C + [Br-] move C-Br -> Br -> C[C+](C)C + O move :O -> O..C+ ->[fast] CC(C)(C)[OH2+]
C-Br adalah satu-satunya karbon yang terikat pada bromin, C+ memilih kation berdasarkan muatannya, dan :O adalah pasangan elektron bebas dari satu-satunya oksigen pada tahap itu. Jika suatu unsur muncul dua kali, MolScript memberitahukannya dan meminta nomor peta.
h2 | Hidrogen pada atom 2, dijadikan eksplisit untuk Anda: move :1 -> 1..h2; h2-2 -> 2-3. |
|---|---|
let base = [OH-:1] "hydroxide" | Definisikan spesi sekali, lalu tulis $base. |
[OH]~C([H])([H])([H])~[Br] {ts} | Keadaan transisi: ~ adalah ikatan parsial (bertitik), {ts} menggambar kurung dengan ‡ dan meluruskan ikatan yang terbentuk dan yang putus. |
{δ+=2 δ-=3} | Muatan parsial di samping atom. |
{highlight=2/3-4:blue} | Isian penyorot pada atom 2 dan ikatan 3–4. |
{ox=1:II}, {dative=1-2} | Bilangan oksidasi dan ikatan logam–ligan untuk tahap organologam. |
[Ph] [R1] [Nu-:1] | Singkatan dan gugus R yang digambar sebagai label. |
->[{CC(=O)Cl}][AlCl3] | Reagen yang digambar sebagai struktur di atas panah. |
layout: cycle | Siklus katalitik; berakhir pada spesi pertama menutup putarannya, dan dapat diekspor ke chemfig dengan busur yang sebenarnya. |
Bagaimana skrip menjadi gambar
Skrip selalu melalui langkah-langkah yang sama, sehingga skrip yang sama selalu memberi gambar yang sama:
- Baca. Skrip dipecah menjadi baris skema, baris move, dan direktif. Setiap spesi, operator, keterangan, dan kumpulan kondisi dicatat beserta nomor barisnya.
- Periksa label. Setiap nomor peta yang dipakai dalam move harus berada pada tepat satu atom, setiap
n-mharus berupa ikatan sungguhan, dan setiap awal harus memiliki elektron untuk diberikan: pasangan elektron bebas, muatan, radikal, atau ikatan. - Gambar spesinya. Setiap SMILES menjadi struktur 2D dengan sudut ikatan yang rapi. Hidrogen eksplisit yang diperlukan panah digambar sebagai atom; muatan, pasangan elektron bebas, dan titik radikal ditambahkan sesuai SMILES.
- Tata skemanya. Struktur, tanda plus, dan panah disusun menurut lebar sebenarnya, baris terpotong pada panah reaksi, dan kondisi serta keterangan diberi jarak agar tidak ada teks yang bertumpuk.
- Tempatkan panah lengkung. Setiap panah meninggalkan sumbernya di tempat yang akan digambar seorang kimiawan dan melengkung menjauhi ikatan, label, dan panah lain (rincian di bawah).
- Periksa kimianya. Setiap tahap dengan panah lengkung diputar ulang pada elektronnya: setiap panah mengambil dua elektron (satu untuk panah kail) dari pasangan elektron bebas, radikal, atau ikatan dan meletakkannya pada atom atau ke dalam ikatan. Struktur yang dihasilkan harus sesuai dengan yang ditulis setelah panah. Produk yang salah (dengan selisih atom dan muatannya), karbon dengan sepuluh elektron, panah dari atom yang sudah tidak memiliki elektron, panah kail tanpa pasangan, atau panah resonansi yang memutus ikatan σ dilaporkan beserta nomor barisnya.
- Nilai setiap panah. Setiap panah yang ditempatkan diukur terhadap aturan. Panah yang tidak dapat memenuhinya di tempat yang padat tetap digambar dan dilaporkan sebagai peringatan.
- Serahkan objek yang dapat disunting. Hasilnya adalah konten kanvas biasa: seret struktur dan panahnya ikut, ubah gaya apa pun, lalu ekspor.
Aturan panah yang diterapkan MolScript:
| Ekor | Pada pasangan elektron bebas atau tanda minus, titik radikal, atau bagian tengah ikatan yang memberikan elektron, tidak pernah di atas label atom. |
|---|---|
| Kepala | Sedikit sebelum atom yang menerima elektron, atau di celah ikatan yang sedang terbentuk, pada sisi yang menghadap atom penyerang. |
| Lengkungan | Melengkung ke sisi luar struktur, dengan satu sudut kepala yang konstan; panah kail mempertahankan satu kaitnya di sisi luar lengkungan. |
| Jarak bebas | Dijauhkan dari ikatan, label, muatan, titik, dan panah lain; panah yang berbagi sasaran menyebar alih-alih bertumpuk. |
| Panjang | Panah yang terlalu pendek untuk dibaca atau terlalu panjang untuk diikuti akan ditandai. |
Setiap mekanisme referensi dalam set uji MolScript digambar dan dinilai terhadap aturan ini setiap kali MolDraw berubah. Saat ini ada 41 mekanisme dengan 81 panah lengkung, semuanya lulus aturan menggambar maupun pembukuan elektron, ditambah gambar-gambar Templates. Anda dapat melihat semuanya di galeri MolScript.
Contoh soal
Eliminasi E2: tiga panah dalam satu tahap
title: E2 elimination [OH-:1] + [H:4][CH2:2][CH:3](C)[Br:5] ->[E2] C=CC + O + [Br-] move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5
Adisi Michael: rangkaian panah melalui sistem terkonjugasi
title: Michael addition [CH2-:1]C(C)=O + [CH2:2]=[CH:3][C:4](C)=[O:5] ->[1,4-addition] CC(=O)CCC=C(C)[O-] move :1 -> 1..2; 2-3 -> 3-4; 4-5 -> 5
2-3 -> 3-4 memindahkan elektron π C=C ke dalam ikatan C–C, menjadikannya ikatan rangkap dua.Diels–Alder: panah dalam cincin
title: Diels–Alder [CH2:1]=[CH:2][CH:3]=[CH2:4] + [CH2:5]=[CH2:6] ->[Δ] C1CC=CCC1 move 1-2 -> 2-3; 3-4 -> 4..5; 5-6 -> 6..1
Adisi radikal: panah kail
title: Radical addition of Br• to propene [Br:1] + [CH2:2]=[CH:3]C -> BrC[CH]C move 1 ~> 1..2 move 2-3 ~> 1..2 move 2-3 ~> 3
~> menggambar panah kail. Dua yang berakhir pada 1..2 bertemu di tengah ikatan yang baru.Resonansi: sebuah enolat
[CH2-:1][C:2](C)=[O:3] <-> C=C(C)[O-] move :1 -> 1-2 move 2-3 -> 3
<-> adalah panah resonansi; panah lengkung menunjukkan bagaimana satu bentuk menjadi bentuk lainnya.Dibangun di atas MolScript: gambar utuh
Gambar mekanisme di panel Templates MolDraw (tombol di bagian bawah bilah alat kiri) ditulis dalam MolScript. Setiap tahap esterifikasi Fischer, adisi aldol, dan adisi Grignard adalah skrip pendek; templat menambahkan panel, label tahap, lingkaran sorotan, dan catatan di sekitarnya. Karena tahap-tahapnya berupa teks, setiap panah di setiap gambar diperiksa dengan cara yang sama seperti pada contoh di atas.
MolScript dan chemfig
chemfig adalah paket LaTeX yang dipakai sebagian besar kimiawan untuk mengeset struktur dan mekanisme. Paket ini sangat baik untuk tujuannya, dan MolScript tidak dimaksudkan untuk menggantikannya di dalam LaTeX. Keduanya menggambarkan hal yang berbeda:
| chemfig | MolScript | |
| Yang Anda gambarkan | Gambarnya: sudut dan panjang setiap ikatan, lalu jangkar, pergeseran, dan lengkungan setiap panah. | Kimianya: spesi sebagai SMILES dan elektron mana berpindah ke mana. |
| Tata letak | Manual, per struktur dan per skema. | Otomatis: struktur, baris, kondisi, dan keterangan. |
| Panah lengkung | Jalur TikZ di antara titik-titik bernama; posisi ditetapkan pada proses LaTeX kedua. | Satu baris move di antara nomor peta; ditempatkan dan dinilai terhadap aturan menggambar. |
| Kesalahan | Terlihat sebagai PDF yang tampak salah. | Dilaporkan beserta nomor baris: nomor peta yang hilang, awal tanpa elektron, ikatan yang tidak ada. |
| Hasil | Keluaran hasil set huruf dalam dokumen. | Objek kanvas yang dapat disunting, ditambah ekspor gambar, vektor, dan chemfig. |
| Paling cocok untuk | Kontrol tipografi yang halus di dalam dokumen LaTeX. | Mendapatkan mekanisme yang benar dan rapi dengan cepat, secara manual atau dari asisten AI. |
Keduanya bekerja sama: gambar dengan MolScript, lalu pilih Download → chemfig (.tex) untuk mendapatkan kode chemfig bagi dokumen Anda. Contoh mekanisme chemfig menunjukkan seperti apa kode itu.
Mengapa teks: MolScript dan asisten AI
MolScript dirancang agar model bahasa dapat menggambar mekanisme tanpa pernah menangani koordinat:
- Model sudah menulis SMILES dengan baik, sehingga setiap spesi berada dalam notasi yang mereka kenal.
- Peta atom membuat panah tidak ambigu. "Dari pasangan elektron bebas pada atom 1 ke ikatan yang terbentuk antara 1 dan 2" tidak dapat salah tempat seperti "panah dari oksigen ke karbon".
- Galatnya dapat ditindaklanjuti. Model yang mendapat
line 3: no atom is tagged :9dapat memperbaiki baris 3 dan mencoba lagi. - Geometri bukan tugas model. Lengkungan, celah, dan jarak bebas ditentukan dan diperiksa oleh mesin, karena di situlah model paling lemah.
Obrolan AI MolDraw sudah bekerja dengan cara ini: mintalah "mekanisme adisi aldol" dan ia menulis MolScript di balik layar. MolScript juga dikemas sebagai skill AI: satu folder berisi referensi bahasa, aturan yang menangkap sebagian besar kesalahan, 41 contoh yang telah diperiksa, dan pemeriksa mandiri kecil. Alur kerja yang diajarkannya kepada asisten adalah merencanakan zat antara, menulis skrip, menjalankan pemeriksa, memperbaiki setiap masalah yang dilaporkan, dan baru kemudian menjawab, sehingga mekanisme diperiksa elektron demi elektron sebelum Anda melihatnya.
Untuk mengukur seberapa baik hal itu bekerja, ada set evaluasi berisi 41 permintaan mekanisme ("tunjukkan deprotonasi E1 kation tert-butil", "gambar siklus kopling silang Pd dengan bilangan oksidasi"), masing-masing dengan skrip referensi. Sebuah jawaban mendapat empat poin: dapat dikompilasi, elektronnya seimbang, berakhir pada produk yang benar, dan setiap panah lengkung lulus aturan menggambar. Skrip referensi mendapat skor 100%.
Peta jalan: dari fitur MolDraw menuju kerangka kerja terbuka
Rencananya adalah merilis MolScript, kompilernya, serta mesin skema dan panahnya sebagai kerangka kerja sumber terbuka yang dapat dipakai aplikasi kanvas mana pun untuk menggambar reaksi dan mekanisme, dengan keandalan sebuah bahasa pemrograman: spesifikasi tertulis, keluaran yang stabil, dan galat yang dapat ditindaklanjuti. Inilah yang masih memisahkan hari ini dari rilis tersebut.
Bahasanya
| Spesi, operator, kondisi, keterangan, baris lanjutan | Selesai |
|---|---|
| Panah dua elektron dan panah kail dari pasangan elektron bebas, muatan, radikal, dan ikatan | Selesai |
Spesifikasi berversi (MolScript 1, molscript: 1) dengan tata bahasa formal dan set uji kesesuaian | Selesai |
Spesi bernama yang dapat dipakai ulang: let A = …, lalu $A pada tahap berikutnya | Selesai |
Petunjuk orientasi: {rotate=90}, {flip}, {align=3} | Selesai |
Keadaan transisi ({ts}, ikatan parsial dengan ~), δ+ / δ−, kurung | Selesai |
Sorotan ({highlight=2/3-4:blue}), nomor senyawa dan tahap (number: both) | Selesai |
| Reagen yang digambar sebagai struktur di atas panah; singkatan (Ph, Ts, Boc) dan gugus R | Selesai |
| Siklus katalitik yang menutup sendiri, dengan label yang mudah dibaca di setiap busur | Selesai |
Panah lengkung di dalam siklus, ikatan logam–ligan ({dative=1-2}), dan bilangan oksidasi ({ox=1:II}) | Selesai |
Akurasi
| Label ada, awal memiliki elektron, setiap panah yang digambar lulus aturan geometri | Selesai |
|---|---|
| Pembukuan elektron: menentukan produk yang tersirat dari panah dan membandingkannya dengan produk yang ditulis | Selesai |
| Keseimbangan muatan dan atom untuk setiap tahap; pemeriksaan oktet, panah kail tanpa pasangan, dan resonansi (ikatan σ) | Selesai |
Lebih ringkas untuk hidrogen: h2 menamai hidrogen pada atom 2 | Selesai |
Lebih sedikit nomor peta: unsur yang unik dalam tahap itu sudah cukup (move C-Br -> Br) | Selesai |
Tata letak
| Baris disusun menurut lebar sebenarnya; kondisi dan keterangan tidak pernah bertumpuk | Selesai |
|---|---|
Pemotongan baris yang seimbang (3 + 2, bukan 4 + 1) dan pemotongan berdasarkan lebar (width:) | Selesai |
Penghubung antarbaris yang lebih pendek: wrap: snake menjalankan baris berikutnya ke arah balik dengan panah pendek ke bawah | Selesai |
Penempatan grid (layout: grid), kolom yang sejajar dari baris ke baris | Selesai |
Kerangka kerjanya
| Kompiler dan pemeriksa sebagai paket mandiri, terlepas dari aplikasi MolDraw | Selesai |
|---|---|
| Format skema yang stabil dan terdokumentasi antara kompiler dan perender mana pun | Selesai |
| Keluaran untuk kanvas, SVG, dan PNG; pengekspor untuk chemfig dan JSON | Selesai |
| Ekspor chemfig untuk siklus katalitik dengan busur sebenarnya (dan impor balik) | Selesai |
| Alat baris perintah: skrip masuk, laporan pemeriksaan, gambar, atau file chemfig keluar | Selesai |
| Tata letak berversi, sehingga skrip tergambar sama setelah pembaruan | Selesai |
| Dukungan editor: penyorotan dan masalah saat Anda mengetik (tab MolScript di Templates) | Selesai |
| Pelengkapan nomor peta, opsi, dan kata kunci di editor (Tab mengambil yang pertama) | Selesai |
| Galeri mekanisme referensi publik, masing-masing diperiksa secara otomatis | Selesai |
| Galeri berisi 41 mekanisme yang telah diperiksa; kembangkan hingga ratusan | Berikutnya |
| Menerbitkan paket, skill, dan spesifikasi sebagai sumber terbuka | Berikutnya |
Skill AI
| Dipakai oleh obrolan AI MolDraw, dengan galat bernomor baris yang diumpankan kembali ke model | Selesai |
|---|---|
| Skill dalam bentuk paket: referensi, aturan, contoh pengerjaan, dan langkah pemeriksaan yang dapat dijalankan asisten sebelum menjawab | Selesai |
| Set evaluasi berisi 41 prompt mekanisme, dinilai untuk kimia yang benar dan panah yang rapi | Selesai |
| Menerbitkan skor model AI utama pada set evaluasi | Berikutnya |
Jika Anda mengajar, menulis makalah, atau membangun perangkat lunak kimia dan ingin ikut membentuknya, beri tahu kami melalui Request feature di MolDraw.
Coba sekarang
- Buka MolDraw dan obrolan AI, lalu minta sebuah mekanisme, misalnya "gambar mekanisme E2 2-bromopropana dengan hidroksida". Obrolan menulis MolScript dan menggambarnya.
- Atau buka Templates di bagian bawah bilah alat kiri dan tambahkan gambar esterifikasi Fischer, aldol, atau Grignard, atau tulis skrip Anda sendiri di tab MolScript: tab ini menyorot skrip, menampilkan masalah saat Anda mengetik, dan menggambarnya di kanvas.
- Seret, ubah gaya, atau kembangkan hasilnya seperti gambar lainnya, lalu unduh sebagai gambar atau sebagai chemfig.
Tanya jawab
Apa itu MolScript?
MolScript adalah bahasa teks singkat untuk skema reaksi dan mekanisme panah lengkung. Spesi ditulis sebagai SMILES, dihubungkan dengan +, ->, <->, atau <=>, dan setiap panah lengkung adalah satu baris move di antara nomor peta atom. MolDraw menggambar struktur, kondisi, pasangan elektron bebas, muatan, dan panah, dan hasilnya tetap dapat disunting di kanvas.
Bagaimana cara menggambar panah lengkung di MolScript?
Tandai atom yang disentuh panah dengan nomor peta atom di SMILES, misalnya [OH-:1] dan [CH3:2][Br:3], lalu tulis move :1 -> 1..2 untuk pasangan elektron bebas atom 1 yang membentuk ikatan ke atom 2, dan move 2-3 -> 3 untuk ikatan C–Br yang putus ke arah bromin.
Bagaimana cara menggambar panah kail (satu elektron)?
Gunakan ~> sebagai pengganti ->: move 1-2 ~> 1 mengirim satu elektron dari ikatan antara atom 1 dan 2 ke atom 1. Dua panah kail yang berakhir pada ikatan yang sama yang sedang terbentuk (n..m) bertemu di tengahnya.
Apakah MolScript lebih baik daripada chemfig?
Keduanya menyelesaikan masalah yang berbeda dan bekerja sama. chemfig adalah paket LaTeX tempat Anda meletakkan sendiri setiap ikatan dan panah di dalam dokumen. MolScript menggambarkan kimianya dan menyerahkan tata letak dan geometri panah kepada MolDraw, yang memeriksa setiap panah. Gambar MolScript apa pun dapat diunduh sebagai kode chemfig untuk dokumen LaTeX.
Bisakah asisten AI menulis MolScript?
Bisa. Obrolan AI MolDraw menggambar mekanisme dengan menulis MolScript, karena model bahasa menulis SMILES dengan baik dan peta atom membuat setiap ujung panah tidak ambigu. Galat dikembalikan beserta nomor baris sehingga model dapat memperbaikinya. Skill AI dalam bentuk paket sedang direncanakan agar asisten lain juga dapat memakainya.
Apakah MolScript akan menjadi sumber terbuka?
Itulah rencananya: bahasa, kompiler, serta mesin skema dan panahnya akan dirilis sebagai kerangka kerja terbuka yang dapat dipakai aplikasi kanvas lain untuk menggambar reaksi dan mekanisme. Peta jalan mencantumkan apa yang harus diselesaikan lebih dulu.