MolScript: لغة نصية لمخططات التفاعل وآليات الأسهم المنحنية
الإجابة المختصرة: MolScript لغة نصية صغيرة لمخططات التفاعل وآليات دفع الإلكترونات. تكتب كل نوع كيميائي بصيغة SMILES، وتربط الأنواع بـ + أو -> أو <-> أو <=>، وتعلّم الذرات التي يلمسها السهم بـأرقام تعيين الذرات، وتكتب سطر move واحدًا لكل سهم منحنٍ. يرسم MolDraw البنى والظروف والأزواج الحرة والشحنات وكل سهم، ويفحص كل سهم وفق قواعد الرسم قبل أن تراه. والنتيجة محتوى عادي قابل للتحرير على لوحة الرسم، يمكنك تنزيله صورةً أو شيفرة chemfig لـ LaTeX.
MolScript في لمحة
| ما تكتبه | الأنواع بصيغة SMILES، وعوامل الربط بينها، والظروف بين أقواس بعد السهم، وأسطر move للإلكترونات. |
|---|---|
| ما الذي تحصل عليه | مخطط مرتّب: البنى، وعلامات الجمع، وأسهم التفاعل أو الاتزان أو الرنين، والظروف، والتعليقات، والأزواج الحرة، والشحنات، ونقاط الجذور، والأسهم المنحنية. |
| أنواع الأسهم | أسهم منحنية ثنائية الإلكترون (->) وأسهم خطافية أحادية الإلكترون (~>)، من الأزواج الحرة أو الشحنات أو الجذور أو الذرات أو الروابط، إلى الذرات أو الروابط أو الروابط المتكوّنة. |
| الفحص | يجب أن يكون كل رقم تعيين موجودًا وفريدًا؛ وأن يبدأ كل سهم حيث توجد إلكترونات؛ ويُقيَّم كل سهم مرسوم من حيث الفجوات والتصويب والانحناء والخلوص. وتعود المشكلات بأرقام الأسطر. |
| الإخراج | كائنات قابلة للتحرير على لوحة MolDraw؛ وكل صيغ تصدير MolDraw، بما فيها chemfig (.tex) لمستندات LaTeX. |
| أين تُستخدم اليوم | ترسم دردشة MolDraw الذكية الآليات بكتابة MolScript، وأشكال الآليات في لوحة Templates مبنية بها. |
| ما التالي | إطار مفتوح لتطبيقات لوحات الرسم ومهارة ذكاء اصطناعي يمكن لأي مساعد تحميلها. انظر خارطة الطريق. |
أول برنامج نصي لك: SN2
يهاجم الهيدروكسيد بروموميثان من الخلف ويخرج البروميد في الخطوة نفسها. وفي MolScript يكون ذلك أربعة أسطر:
title: SN2 of bromomethane [OH-:1] "hydroxide" + [CH3:2][Br:3] "bromomethane" ->[SN2][acetone] CO "methanol" + [Br-] move :1 -> 1..2 move 2-3 -> 3
سطرًا سطرًا:
- يضع
title:عنوانًا فوق المخطط. - يسرد سطر المخطط الأنواع.
[OH-:1]هيدروكسيد تحمل ذرة أكسجينه رقم التعيين 1؛ و[CH3:2][Br:3]بروموميثان فيه الكربون 2 والبروم 3. و"hydroxide"تعليق يُرسم تحت البنية. و->[SN2][acetone]سهم تفاعل مع نص فوقه وتحته. move :1 -> 1..2: ينتقل الزوج الحر (هنا الشحنة السالبة) على الذرة 1 إلى الرابطة المتكوّنة بين 1 و2.move 2-3 -> 3: تنتقل إلكترونات رابطة C–Br القائمة إلى البروم.
أرقام التعيين علامات لك وللأسهم. لا تُرسم أبدًا، ولا تغيّر الجزيء.
اللغة
الأنواع وعوامل الربط
أي سلسلة SMILES نوع كيميائي. وتُكتب عوامل الربط مع مسافة على كل جانب:
+ | علامة جمع بين المتفاعلات المشتركة أو النواتج المشتركة. الأنواع المربوطة بـ + تبقى دائمًا في صف واحد. |
|---|---|
-> | سهم التفاعل. |
<=> | سهم الاتزان (سهمان نصف رأسيين). |
<-> | سهم الرنين (برأسين). استخدمه بين الصيغ الرنينية لنوع واحد. |
=> | سهم التخليق العكسي. |
النص فوق السهم وتحته يوضع بين أقواس مربعة ملتصقة به: ->[NaBH4][MeOH, 0 °C]. واترك الزوج الأول فارغًا للنص السفلي فقط: ->[][reflux]. والتعليق بين علامتي تنصيص مزدوجتين بعد نوع ما يُرسم تحته: CC(=O)O "acetic acid".
خطوات متعددة
السطر الذي يبدأ بعامل ربط يكمل المخطط من آخر نوع، فتُقرأ الآلية خطوةً في كل سطر، وأسهم تلك الخطوة تحتها مباشرة:
title: SN1 of tert-butyl bromide C[C:1](C)(C)[Br:2] ->[slow] C[C+:3](C)C + [Br-] move 1-2 -> 2 -> C[C+:4](C)C + [OH2:5] move :5 -> 5..4 ->[fast] CC(C)(C)[OH2+]
الأسهم المنحنية: أسطر move
كل ذرة يلمسها سهم تأخذ رقم تعيين في SMILES: [OH-:1]، [CH3:2][Br:3]، [O:4] لأكسجين عادي. ويجب أن تكون الأرقام فريدة في البرنامج النصي كله. ثم:
move <from> -> <to> two-electron curly arrow move <from> ~> <to> one-electron fish-hook
يُكتب الطرفان بالطريقة نفسها:
:n | الزوج الحر على الذرة n. وعلى الأنيون يبدأ السهم من علامة السالب، كما يرسمه الكيميائيون. |
|---|---|
n | الذرة n. ويبدأ سهم الجذر من نقطته. |
n-m | الرابطة القائمة بين الذرتين n وm. كبداية، تغادر إلكتروناتها الرابطة؛ وكنهاية، تجعل الرابطة ثنائية. |
n..m | رابطة تتكوّن بين n وm (نهاية فقط). يتوقف الرأس بجانب الذرة m، على الجهة المقابلة لـ n. |
يمكن أن تشترك عدة أسهم في سطر واحد، تفصل بينها فواصل منقوطة: move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5. اكتب ذرة الهيدروجين المنتقلة صراحةً، [H:5][O:6]CC، ليبدأ سهم من رابطتها. واكتب مركز الجذر المعيَّن مع عدد ذرات هيدروجينه ليحتفظ بنقطته: CC(C)(C)[OH0:1] هو جذر ثالثي البيوتوكسيل.
توضع الأسهم تلقائيًا. وحين تريد انحناءً معينًا، أضف تجاوزًا بين معقوفين: move 2-3 -> 3 {bow=0.3 side=left}.
التوجيهات والتعليقات
title: … | عنوان فوق المخطط. |
|---|---|
per-row: 2 إلى 8 | عدد البنى في كل صف قبل أن يلتف المخطط (الافتراضي 4). |
layout: row، cycle، branch | شكل المخطط: من اليسار إلى اليمين، أو دورة حفزية، أو متفاعل واحد إلى عدة نواتج. |
# … | تعليق حتى نهاية السطر. وعلامة # داخل SMILES (رابطة ثلاثية) ليست تعليقًا. |
الأخطاء
تعود المشكلات مع السطر الذي وقعت فيه، بكلمات واضحة، ليصلح الشخص أو المساعد الذكي السطر ويرسم من جديد:
line 1: put +, -> or <-> between "[O:1]C" and "[O:1]C" line 3: no atom is tagged :9 in the SMILES (write it as [X:9]) line 4: n..m (a bond being formed) can only be the destination line 5: a move needs -> (curly arrow) or ~> (fish-hook) between its ends C (map 2) has no lone pair
كتابة أقل ورسم أكثر: الأسماء والإبراز والأرقام
لا تلزم أرقام التعيين إلا حين تكون الذرة ملتبسة. العنصر الذي يرد مرة واحدة في متفاعلات خطوة ما يسمّي نفسه، وفي طرف رابطة لا تُحسب إلا الذرات المرتبطة بالطرف الآخر. هذه آلية SN1 كاملة دون أرقام تعيين، مع مركبات وخطوات مرقّمة، وصفوف تتعرج ذهابًا وإيابًا:
title: SN1 with element ends, numbered, snake rows number: both wrap: snake per-row: 3 CC(C)(C)Br ->[slow] C[C+](C)C + [Br-] move C-Br -> Br -> C[C+](C)C + O move :O -> O..C+ ->[fast] CC(C)(C)[OH2+]
C-Br هو الكربون الوحيد المرتبط بالبروم، وC+ يختار الكاتيون بشحنته، و:O هو الزوج الحر لذرة الأكسجين الوحيدة في تلك الخطوة. وإذا ظهر عنصر مرتين، تنبّهك MolScript وتطلب رقم تعيين.
h2 | ذرة هيدروجين على الذرة 2، تُجعل صريحة نيابة عنك: move :1 -> 1..h2; h2-2 -> 2-3. |
|---|---|
let base = [OH-:1] "hydroxide" | عرّف النوع مرة واحدة، ثم اكتب $base. |
[OH]~C([H])([H])([H])~[Br] {ts} | حالة انتقالية: ~ رابطة جزئية (منقطة)، و{ts} يرسم الأقواس مع ‡ ويقوّم الروابط المتكوّنة والمنكسرة. |
{δ+=2 δ-=3} | شحنات جزئية بجانب الذرات. |
{highlight=2/3-4:blue} | تظليل إبراز على الذرة 2 والرابطة 3–4. |
{ox=1:II}، {dative=1-2} | حالات الأكسدة وروابط الفلز–الربيطة لخطوات الكيمياء العضوية الفلزية. |
[Ph] [R1] [Nu-:1] | اختصارات ومجموعات R مرسومة كتسميات. |
->[{CC(=O)Cl}][AlCl3] | كاشف مرسوم بنيةً فوق السهم. |
layout: cycle | دورة حفزية؛ والانتهاء عند النوع الأول يغلق الحلقة، وتُصدَّر إلى chemfig بأقواس حقيقية. |
كيف يصبح البرنامج النصي رسمًا
يمر البرنامج النصي بالخطوات نفسها في كل مرة، فيعطي البرنامج نفسه الرسم نفسه دائمًا:
- القراءة. يُقسَّم البرنامج إلى أسطر مخطط وأسطر move وتوجيهات. ويُسجَّل كل نوع وعامل ربط وتعليق ومجموعة ظروف مع رقم سطره.
- فحص العلامات. يجب أن يكون كل رقم تعيين مستخدم في move على ذرة واحدة تمامًا، وكل
n-mرابطة حقيقية، وكل بداية لديها إلكترونات تعطيها: زوج حر أو شحنة أو جذر أو رابطة. - رسم الأنواع. تصبح كل سلسلة SMILES بنية ثنائية الأبعاد بزوايا روابط نظيفة. وتُرسم ذرات الهيدروجين الصريحة التي يحتاجها سهم ذراتٍ؛ وتُضاف الشحنات والأزواج الحرة ونقاط الجذور حيث تنص SMILES.
- تخطيط المخطط. تُرصّ البنى وعلامات الجمع والأسهم بحسب عروضها الحقيقية، وتلتف الصفوف عند أسهم التفاعل، وتُباعد الظروف والتعليقات فلا يتداخل أي نص.
- وضع الأسهم المنحنية. يغادر كل سهم مصدره حيث يرسمه الكيميائي، وينحني بعيدًا عن الروابط والتسميات والأسهم الأخرى (التفاصيل أدناه).
- فحص الكيمياء. تُعاد كل خطوة فيها أسهم منحنية على مستوى الإلكترونات: يأخذ كل سهم إلكترونين (واحدًا للسهم الخطافي) من زوج حر أو جذر أو رابطة ويضعهما على ذرة أو في رابطة. ويجب أن تطابق البنى الناتجة البنى المكتوبة بعد السهم. ويُبلَّغ مع رقم السطر عن الناتج الخاطئ (مع فرق الذرات والشحنة)، والكربون ذي العشرة إلكترونات، والسهم من ذرة لم يتبقَّ لديها إلكترونات، والسهم الخطافي غير المزدوج، وسهم الرنين الذي يكسر رابطة σ.
- تقييم كل سهم. يُقاس كل سهم موضوع وفق القواعد. والسهم الذي تعذّر عليه استيفاؤها في موضع مزدحم يُرسم مع ذلك ويُبلَّغ عنه تحذيرًا.
- تسليم كائنات قابلة للتحرير. النتيجة محتوى عادي على لوحة الرسم: اسحب بنية فتتبعها أسهمها، وأعد تنسيق أي شيء، وصدّر.
قواعد الأسهم التي تطبّقها MolScript:
| الذيل | على الزوج الحر أو علامة السالب، أو نقطة الجذر، أو منتصف الرابطة التي تعطي الإلكترونات، ولا يكون أبدًا فوق تسمية ذرة. |
|---|---|
| الرأس | قبيل الذرة التي تستقبل الإلكترونات بقليل، أو في فجوة الرابطة المتكوّنة، على الجهة المقابلة للذرة المهاجِمة. |
| الانحناء | مقوّس نحو خارج البنية، بزاوية رأس ثابتة واحدة؛ وتحتفظ الأسهم الخطافية بشوكتها المفردة على الجهة الخارجية من المنحنى. |
| الخلوص | بعيد عن الروابط والتسميات والشحنات والنقاط والأسهم الأخرى؛ والأسهم المشتركة في هدف واحد تتفرّع مروحيًا بدل أن تتكدّس. |
| الطول | يُنبَّه إلى السهم الأقصر من أن يُقرأ أو الأطول من أن يُتتبَّع. |
كل آلية مرجعية في مجموعة اختبارات MolScript تُرسم وتُقيَّم وفق هذه القواعد كلما تغيّر MolDraw. وهي اليوم 41 آلية بـ 81 سهمًا منحنيًا، كلها تجتاز قواعد الرسم وحساب الإلكترونات، إضافة إلى أشكال Templates. يمكنك رؤيتها كلها في معرض MolScript.
أمثلة محلولة
حذف E2: ثلاثة أسهم في خطوة واحدة
title: E2 elimination [OH-:1] + [H:4][CH2:2][CH:3](C)[Br:5] ->[E2] C=CC + O + [Br-] move :1 -> 1..4; 4-2 -> 2-3; 3-5 -> 5
إضافة مايكل: سلسلة أسهم عبر نظام مترافق
title: Michael addition [CH2-:1]C(C)=O + [CH2:2]=[CH:3][C:4](C)=[O:5] ->[1,4-addition] CC(=O)CCC=C(C)[O-] move :1 -> 1..2; 2-3 -> 3-4; 4-5 -> 5
2-3 -> 3-4 إلكترونات π في C=C إلى رابطة C–C، فيجعلها ثنائية.ديلز–ألدر: أسهم في حلقة
title: Diels–Alder [CH2:1]=[CH:2][CH:3]=[CH2:4] + [CH2:5]=[CH2:6] ->[Δ] C1CC=CCC1 move 1-2 -> 2-3; 3-4 -> 4..5; 5-6 -> 6..1
الإضافة الجذرية: الأسهم الخطافية
title: Radical addition of Br• to propene [Br:1] + [CH2:2]=[CH:3]C -> BrC[CH]C move 1 ~> 1..2 move 2-3 ~> 1..2 move 2-3 ~> 3
~> سهمًا خطافيًا. والسهمان اللذان ينتهيان على 1..2 يلتقيان في منتصف الرابطة الجديدة.الرنين: الإينولات
[CH2-:1][C:2](C)=[O:3] <-> C=C(C)[O-] move :1 -> 1-2 move 2-3 -> 3
<-> هو سهم الرنين؛ وتُظهر الأسهم المنحنية كيف تتحول صيغة إلى الأخرى.مبني على MolScript: أشكال كاملة
أشكال الآليات في لوحة Templates في MolDraw (الزر أسفل شريط الأدوات الأيسر) مكتوبة بـ MolScript. كل خطوة في أسترة فيشر وإضافة الألدول وإضافة غرينيار برنامج نصي قصير؛ ويضيف القالب حولها اللوحات وتسميات الخطوات ودوائر الإبراز والملاحظات. ولأن الخطوات نص، يُفحص كل سهم في كل شكل بالطريقة نفسها كما في الأمثلة أعلاه.
MolScript وchemfig
chemfig هي حزمة LaTeX التي يستخدمها معظم الكيميائيين لتنضيد البنى والآليات. وهي ممتازة فيما صُممت له، وليس الهدف من MolScript أن تحل محلها داخل LaTeX. فهما تصفان أشياء مختلفة:
| chemfig | MolScript | |
| ما تصفه | الرسم: زاوية كل رابطة وطولها، ثم مرساة كل سهم وإزاحته وانحناؤه. | الكيمياء: الأنواع بصيغة SMILES وأي الإلكترونات تنتقل وإلى أين. |
| التخطيط | يدويًا، لكل بنية ولكل مخطط. | تلقائي: البنى والصفوف والظروف والتعليقات. |
| الأسهم المنحنية | مسارات TikZ بين نقاط مسمّاة؛ وتُثبَّت المواضع في تشغيل LaTeX ثانٍ. | سطر move واحد بين أرقام التعيين؛ يوضع ويُقيَّم وفق قواعد الرسم. |
| الأخطاء | تظهر في ملف PDF يبدو خاطئًا. | يُبلَّغ عنها بأرقام الأسطر: رقم تعيين مفقود، أو بداية بلا إلكترونات، أو رابطة غير موجودة. |
| النتيجة | مُخرَج منضَّد داخل مستند. | كائنات قابلة للتحرير على لوحة الرسم، إضافة إلى تصدير الصور والرسوم المتجهية وchemfig. |
| الأنسب لـ | تحكم طباعي دقيق داخل مستند LaTeX. | الحصول على آلية صحيحة ونظيفة بسرعة، يدويًا أو من مساعد ذكي. |
تعملان معًا: ارسم بـ MolScript، ثم اختر Download → chemfig (.tex) للحصول على شيفرة chemfig لمستندك. وتُظهر نماذج آليات chemfig شكل تلك الشيفرة.
لماذا النص: MolScript والمساعدون الأذكياء
صُممت MolScript بحيث يستطيع النموذج اللغوي رسم آلية دون أن يتعامل مع الإحداثيات أبدًا:
- النماذج تكتب SMILES جيدًا أصلًا، فكل نوع مكتوب بترميز تعرفه.
- أرقام التعيين تجعل الأسهم واضحة لا لبس فيها. فعبارة "من الزوج الحر على الذرة 1 إلى الرابطة المتكوّنة بين 1 و2" لا يمكن أن توضع في غير مكانها كما قد يحدث مع "سهم من الأكسجين إلى الكربون".
- الأخطاء قابلة للمعالجة. النموذج الذي يتلقى
line 3: no atom is tagged :9يستطيع إصلاح السطر 3 والمحاولة مجددًا. - الهندسة ليست مهمة النموذج. فالانحناءات والفجوات والخلوص يقررها المحرك ويفحصها، وهنا تكون النماذج في أضعف حالاتها.
تعمل دردشة MolDraw الذكية بهذه الطريقة بالفعل: اطلب منها "آلية إضافة الألدول" فتكتب MolScript خلف الكواليس. وMolScript مُعدّة أيضًا مهارةَ ذكاء اصطناعي: مجلد واحد يضم مرجع اللغة، والقواعد التي تلتقط معظم الأخطاء، و41 مثالًا مفحوصًا، ومدقّقًا صغيرًا مستقلًا. وسير العمل الذي تعلّمه للمساعد هو: خطّط للوسائط، واكتب البرنامج النصي، وشغّل المدقّق، وأصلح كل مشكلة يبلّغ عنها، ثم أجب، فتُفحص الآلية إلكترونًا بإلكترون قبل أن تراها.
ولقياس مدى نجاح ذلك، توجد مجموعة تقييم من 41 طلب آلية ("اعرض نزع البروتون في E1 لكاتيون ثالثي البيوتيل"، "ارسم دورة اقتران متقاطع بالبلاديوم مع حالات الأكسدة")، لكل منها برنامج نصي مرجعي. وتنال الإجابة أربع نقاط: أن تُترجم، وأن تتوازن إلكتروناتها، وأن تنتهي بالنواتج الصحيحة، وأن يجتاز كل سهم منحنٍ قواعد الرسم. وتحرز البرامج النصية المرجعية 100%.
خارطة الطريق: من ميزة في MolDraw إلى إطار مفتوح
الخطة إصدار MolScript ومترجمها ومحرك المخططات والأسهم إطارًا مفتوح المصدر يمكن لأي تطبيق لوحة رسم استخدامه لرسم التفاعلات والآليات، بموثوقية لغة برمجة: مواصفات مكتوبة، ومُخرجات مستقرة، وأخطاء يمكن معالجتها. وهذا ما يفصل بين اليوم وذلك الإصدار.
اللغة
| الأنواع، وعوامل الربط، والظروف، والتعليقات، وأسطر الاستمرار | مُنجَز |
|---|---|
| أسهم ثنائية الإلكترون وأسهم خطافية من الأزواج الحرة والشحنات والجذور والروابط | مُنجَز |
مواصفات ذات إصدار (MolScript 1، molscript: 1) مع قواعد نحوية رسمية ومجموعة اختبارات مطابقة | مُنجَز |
أنواع مسمّاة قابلة لإعادة الاستخدام: let A = …، ثم $A في الخطوات اللاحقة | مُنجَز |
تلميحات الاتجاه: {rotate=90}، {flip}، {align=3} | مُنجَز |
الحالات الانتقالية ({ts}، والروابط الجزئية بـ ~)، وδ+ / δ−، والأقواس | مُنجَز |
الإبراز ({highlight=2/3-4:blue})، وأرقام المركبات والخطوات (number: both) | مُنجَز |
| كواشف مرسومة بنىً فوق السهم؛ واختصارات (Ph وTs وBoc) ومجموعات R | مُنجَز |
| دورات حفزية تنغلق على نفسها، مع تسميات مقروءة على كل قوس | مُنجَز |
أسهم منحنية داخل الدورات، وروابط فلز–ربيطة ({dative=1-2})، وحالات أكسدة ({ox=1:II}) | مُنجَز |
الدقة
| العلامات موجودة، والبدايات لديها إلكترونات، وكل سهم مرسوم يجتاز قواعد الهندسة | مُنجَز |
|---|---|
| حساب الإلكترونات: استنتاج الناتج الذي تقتضيه الأسهم ومقارنته بالناتج المكتوب | مُنجَز |
| توازن الشحنة والذرات في كل خطوة؛ وفحوص الثمانية، والسهم الخطافي غير المزدوج، والرنين (رابطة σ) | مُنجَز |
تكلّف أقل مع ذرات الهيدروجين: h2 يسمّي ذرة هيدروجين على الذرة 2 | مُنجَز |
أرقام تعيين أقل: يكفي عنصر فريد في الخطوة (move C-Br -> Br) | مُنجَز |
التخطيط
| صفوف مرصوصة بحسب العروض الحقيقية؛ والظروف والتعليقات لا تتداخل أبدًا | مُنجَز |
|---|---|
فواصل صفوف متوازنة (3 + 2 لا 4 + 1) والتفاف بحسب العرض (width:) | مُنجَز |
موصلات أقصر بين الصفوف: wrap: snake يعيد الصف التالي بالاتجاه المعاكس مع سهم قصير نحو الأسفل | مُنجَز |
وضع شبكي (layout: grid)، وأعمدة متحاذية من صف إلى آخر | مُنجَز |
الإطار
| المترجم والمدقّق حزمةً مستقلة، بمعزل عن تطبيق MolDraw | مُنجَز |
|---|---|
| صيغة مخططات مستقرة وموثقة بين المترجم وأي أداة عرض | مُنجَز |
| مُخرجات للوحة الرسم وSVG وPNG؛ ومُصدِّرات لـ chemfig وJSON | مُنجَز |
| تصدير chemfig للدورات الحفزية بأقواس حقيقية (والاستيراد عكسيًا) | مُنجَز |
| أداة سطر أوامر: برنامج نصي يدخل، وتقرير فحص أو صورة أو ملف chemfig يخرج | مُنجَز |
| تخطيط ذو إصدار، فيُرسم البرنامج النصي بالطريقة نفسها بعد الترقية | مُنجَز |
| دعم المحرر: التلوين وإظهار المشكلات أثناء الكتابة (تبويب MolScript في Templates) | مُنجَز |
| إكمال أرقام التعيين والخيارات والكلمات المفتاحية في المحرر (Tab يأخذ الأول) | مُنجَز |
| معرض عام للآليات المرجعية، يُفحص كل منها آليًا | مُنجَز |
| المعرض عند 41 آلية مفحوصة؛ وتنميته إلى المئات | التالي |
| نشر الحزمة والمهارة والمواصفات مفتوحة المصدر | التالي |
مهارة الذكاء الاصطناعي
| تستخدمها دردشة MolDraw الذكية، مع إعادة الأخطاء مرقّمة الأسطر إلى النموذج | مُنجَز |
|---|---|
| مهارة جاهزة: مرجع، وقواعد، وأمثلة محلولة، وخطوة فحص يمكن للمساعد تشغيلها قبل أن يجيب | مُنجَز |
| مجموعة تقييم من 41 طلب آلية، تُقيَّم على صحة الكيمياء ونظافة الأسهم | مُنجَز |
| نشر نتائج نماذج الذكاء الاصطناعي الكبرى على مجموعة التقييم | التالي |
إن كنت تدرّس أو تكتب أبحاثًا أو تبني برامج كيمياء وتريد المساهمة في تشكيل هذا، فأخبرنا عبر Request feature في MolDraw.
جرّبها
- افتح MolDraw والدردشة الذكية، واطلب آلية، مثلًا "ارسم آلية E2 لـ 2-بروموبروبان مع الهيدروكسيد". تكتب الدردشة شيفرة MolScript وترسمها.
- أو افتح Templates أسفل شريط الأدوات الأيسر وأضف شكل أسترة فيشر أو الألدول أو غرينيار، أو اكتب برنامجك النصي في تبويب MolScript: يلوّن البرنامج، ويُظهر المشكلات أثناء الكتابة، ويرسمه على لوحة الرسم.
- اسحب النتيجة أو أعد تنسيقها أو وسّعها كأي رسم، ثم نزّلها صورةً أو بصيغة chemfig.
أسئلة وأجوبة
ما هي MolScript؟
MolScript لغة نصية قصيرة لمخططات التفاعل وآليات الأسهم المنحنية. تُكتب الأنواع بصيغة SMILES، وتُربط بـ + أو -> أو <-> أو <=>، وكل سهم منحنٍ سطر move واحد بين أرقام تعيين الذرات. يرسم MolDraw البنى والظروف والأزواج الحرة والشحنات والأسهم، وتبقى النتيجة قابلة للتحرير على لوحة الرسم.
كيف أرسم سهمًا منحنيًا في MolScript؟
علّم الذرات التي يلمسها السهم بأرقام تعيين في SMILES، مثل [OH-:1] و[CH3:2][Br:3]، ثم اكتب move :1 -> 1..2 للزوج الحر على الذرة 1 الذي يكوّن رابطة مع الذرة 2، وmove 2-3 -> 3 لانكسار رابطة C–Br نحو البروم.
كيف أرسم سهمًا خطافيًا (أحادي الإلكترون)؟
استخدم ~> بدل ->: يرسل move 1-2 ~> 1 إلكترونًا واحدًا من الرابطة بين الذرتين 1 و2 إلى الذرة 1. والسهمان الخطافيان اللذان ينتهيان على الرابطة المتكوّنة نفسها (n..m) يلتقيان في منتصفها.
هل MolScript أفضل من chemfig؟
إنهما تحلّان مشكلتين مختلفتين وتعملان معًا. chemfig حزمة LaTeX تضع فيها كل رابطة وكل سهم بنفسك داخل المستند. أما MolScript فتصف الكيمياء وتترك التخطيط وهندسة الأسهم لـ MolDraw، الذي يفحص كل سهم. ويمكن تنزيل أي رسم MolScript بصيغة شيفرة chemfig لمستند LaTeX.
هل يستطيع المساعدون الأذكياء كتابة MolScript؟
نعم. ترسم دردشة MolDraw الذكية الآليات بكتابة MolScript، لأن النماذج اللغوية تكتب SMILES جيدًا وأرقام التعيين تجعل كل طرف سهم واضحًا لا لبس فيه. وتعود الأخطاء بأرقام الأسطر ليصلحها النموذج. ومن المخطط إصدار مهارة ذكاء اصطناعي جاهزة ليستخدمها مساعدون آخرون أيضًا.
هل ستكون MolScript مفتوحة المصدر؟
هذه هي الخطة: ستُصدر اللغة والمترجم ومحرك المخططات والأسهم إطارًا مفتوحًا يمكن لتطبيقات لوحات الرسم الأخرى استخدامه لرسم التفاعلات والآليات. وتسرد خارطة الطريق ما يجب إنجازه أولًا.