chemfig dan MolDraw: Tempel chemfig, Sunting Secara Visual, Ekspor LaTeX

Untuk siapa panduan ini

chemfig adalah cara standar menggambar molekul di dalam LaTeX. Hasilnya indah dan berada dalam file yang sama dengan teks Anda, tetapi menulisnya lambat. Anda mengetik -[:30] dan =[::-60], mengompilasi, melihat, lalu menyesuaikan sudut. Memperbaiki chemfig buatan orang lain lebih sulit lagi, dan satu panah lengkung di \chemmove bisa memerlukan banyak percobaan.

MolDraw kini dapat membaca dan menulis chemfig. Anda tetap memakai chemfig sebagai format dan memakai kanvas untuk menggambar:

• Lihat apa yang digambar sebuah potongan chemfig tanpa mengompilasi.
• Perbaiki dengan mouse: pindahkan atom, balik ikatan rangkap, tambahkan muatan atau panah lengkung.
• Dapatkan kembali chemfig yang dapat dikompilasi dengan pdflatex, dengan sudut yang sama seperti di layar.
• Mulai dari format lain (SMILES, MOL, file ChemDraw, nama senyawa) dan dapatkan chemfig sebagai hasilnya.

Semuanya berjalan di peramban Anda. Kode Anda tidak dikirim ke server untuk dikonversi.

Tempel chemfig ke kanvas

1. Salin kode dari editor Anda atau Overleaf. Satu \chemfig{…}, beberapa sekaligus, blok \schemestart … \schemestop, atau dokumen lengkap semuanya dapat dipakai.
2. Buka editor MolDraw, klik bagian kanvas yang kosong, lalu tekan Ctrl+V (Cmd+V di Mac). Anda juga dapat memakai tombol Paste atau klik kanan → Paste.
3. Gambar muncul dalam keadaan terpilih, di samping apa pun yang sudah ada di kanvas. Seret ke tempat yang Anda inginkan.

Coba dengan skema ini:

\schemestart
  \chemname{\chemfig{*6(=-=-=-)}}{benzene}
  \+
  \chemfig{Br-Br}
  \arrow{->[FeBr$_3$][CH$_2$Cl$_2$]}
  \chemname{\chemfig{*6(=-=(-Br)-=-)}}{bromobenzene}
\schemestop

MolDraw mempertahankan sudut dan panjang ikatan yang Anda tulis, sehingga gambarnya memiliki bentuk yang sama dengan PDF Anda. Label seperti H_3C, NH_2, atau {CO_2Me}, muatan, pasangan elektron bebas dari \lewis atau \charge, dan node @{name} semuanya ikut terbawa.

Sunting seperti gambar lainnya

Gambar yang ditempel adalah struktur MolDraw biasa, sehingga semua alat dapat dipakai:

• seret atom, atau pilih sebuah gugus lalu putar;
• arahkan kursor ke ikatan dan tekan 1, 2, atau 3 untuk menjadikannya tunggal, rangkap dua, atau rangkap tiga, dan klik ikatan rangkap dengan alat ikatan rangkap untuk memindahkan garis keduanya ke sisi lain;
• tambahkan muatan, pasangan elektron bebas, dan radikal dari bilah alat atau menu klik kanan;
• gambar panah lengkung dan panah kail dengan alat panah. Panah menempel pada pasangan elektron bebas, ikatan, dan muatan, dan tetap menempel saat Anda memindahkan atom;
• sunting teks di atas dan di bawah panah reaksi dengan mengklik dua kali.

Anda juga mendapatkan pemeriksaan kimia yang tidak dapat diberikan chemfig: peringatan valensi, rumus dan massa, SMILES, serta tampilan 3D setiap struktur.

Ekspor chemfig kembali ke LaTeX

Ada dua cara mengekspor:

• Download → chemfig (.tex) menyimpan file LaTeX mandiri yang lengkap. Kompilasi tersendiri untuk mendapatkan PDF gambarnya, atau sisipkan PDF itu ke dokumen Anda dengan \includegraphics.
• Copy as chemfig (LaTeX) (di menu Copy dan di menu klik kanan Copy as) hanya menyalin kode gambar, tanpa \documentclass. Tempel langsung ke skripsi, tesis, atau makalah Anda.

Untuk kode yang disalin, tambahkan dua baris ini ke preambul Anda sekali saja:

\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing}

Jika gambar memiliki panah lengkung atau kurung polimer, kompilasi dua kali. chemfig menggambarnya dari posisi yang disimpan pada proses pertama. Jika Anda memilih sebagian kanvas terlebih dahulu, hanya bagian yang dipilih yang diekspor.

Seperti apa kode hasil ekspor

Inilah file yang ditulis MolDraw untuk skema SN2 pada tangkapan layar pertama:

% Exported from MolDraw — compile with pdflatex / lualatex (twice: arrows and brackets use positions from the first run)
\documentclass[border=22pt,varwidth=60cm]{standalone}
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing}
\begin{document}
\setchemfig{+ sep left=2em, + sep right=2em, arrow offset=6pt}
{\centering \textbf{SN2 of bromomethane}\par}
\par\bigskip
\schemestart
  \chemname[2em]{\chemfig{@{a1}HO^{-}}}{hydroxide}
  \+
  \chemname[2em]{\chemfig{@{a2}-[@{b1}:90]@{a3}Br}}{bromomethane}
  \arrow{->[SN2][acetone]}
  \chemname[2em]{\chemfig{-[:90,,,1]OH}}{methanol}
  \+
  \chemfig{Br^{-}}
\schemestop
\chemmove{
  \draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(1.07em,0.77em)}]a1) to[bend right=47] ([shift={(-0.39em,-0.23em)}]a2);
  \draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.21em,-0.36em)}]b1) to[bend right=77] ([shift={(0.64em,-0.23em)}]a3);
}
\end{document}

Beberapa hal yang perlu diperhatikan:

• Ikatan memakai sudut absolut (-[:90]), sehingga setiap ikatan mengarah sama seperti di kanvas. Ikatan yang panjangnya tidak standar mendapat faktor panjang seperti -[:30,1.2].
• Atom dan ikatan yang disentuh panah lengkung mendapat nama node (@{a1}, @{b1}). \chemmove menggambar setiap panah di antaranya, dengan sudut bend yang sesuai dengan lengkungan di kanvas.
• Nama senyawa berada di bawah struktur, dengan ruang tersisa untuk panah lengkung yang melengkung di bawahnya.
• Ikatan cincin ditutup dengan hook (?[a]), dan setiap ikatan rangkap mendapat =^ atau =_ sehingga garis keduanya berada di sisi yang sama seperti di MolDraw, di bagian dalam cincin untuk cincin.

Dapatkan chemfig dari file SMILES, MOL, atau ChemDraw

Karena MolDraw membaca banyak format, MolDraw juga berfungsi sebagai konverter ke chemfig:

1. Masukkan strukturnya: tempel SMILES atau InChI, cari nama senyawa di kotak PubChem, atau buka file MOL, SDF, RXN, CDXML, atau CDX (ChemDraw).
2. Rapikan bila perlu. Clean-up dan rotasi ada di bilah alat.
3. Pilih Download → chemfig (.tex).

Ini cara tercepat memindahkan sekumpulan gambar ChemDraw ke skripsi atau tesis LaTeX: buka setiap file dan unduh sebagai chemfig.

Mekanisme reaksi dan panah lengkung

Panah lengkung adalah bagian chemfig yang paling sulit ditulis secara manual. Di MolDraw Anda menggambarnya dengan mouse, atau meminta asisten AI menggambar mekanisme, dan ekspornya menuliskan nama @{…} serta blok \chemmove untuk Anda.

Saat Anda menempelkan chemfig yang sudah memiliki panah \chemmove, MolDraw membaca atom atau ikatan mana yang dihubungkan setiap panah dan ke sisi mana bend-nya melengkung. MolDraw kemudian menempatkan panah sesuai aturan gambarnya sendiri: ekor berawal pada pasangan elektron bebas, muatan, atau ikatan, dan kepala berhenti sedikit sebelum targetnya. Anda tidak perlu menyalin kurva TikZ yang persis.

Untuk contoh lengkap, lihat contoh mekanisme chemfig: reaksi rantai radikal dengan panah kail dan mekanisme polar bertahap, masing-masing sebagai file .tex yang dapat Anda unduh.

Tanyakan asisten AI

Asisten chat di editor memahami chemfig. Misalnya, Anda dapat bertanya:

• “Ekspor ini sebagai chemfig.” Asisten mengembalikan kode untuk apa yang ada di kanvas.
• “Gambar ini: \chemfig{H_3C-C(=[:60]O)-[:-60]OH}.” Asisten menaruh strukturnya di kanvas.
• “Gambar mekanisme hidrolisis ester dengan katalis asam, lalu berikan chemfig-nya.”

Yang terbawa ke dua arah

Setiap item di bawah ini diekspor, dikompilasi dengan pdflatex, dibaca kembali ke MolDraw, dan diperiksa terhadap gambar aslinya.

Saat Anda menempel, MolDraw juga memahami \definesubmol dengan !{name}, sudut awal seperti \chemfig{[:30]…}, ikatan tak terlihat (draw=none), panah bersudut seperti \arrow{->}[-90] (senyawa berikutnya ditaruh di bawah), \subscheme, dan nama warna seperti red dan blue.

Yang tidak dapat ditampung chemfig

Beberapa hal di kanvas MolDraw tidak memiliki bentuk chemfig: gambar yang ditempel, bentuk dan alat gelas laboratorium, goresan tangan bebas, orbital, isian cincin, dan sorotan. Semua itu tidak disertakan dalam ekspor, dan bilah petunjuk memberi tahu apa yang tidak disertakan setelah setiap unduhan atau salinan, sehingga tidak ada yang hilang tanpa pemberitahuan.

Panah skema yang melengkung atau berbentuk S menjadi panah chemfig lurus. Teks yang ditempatkan di samping gambar (bukan di atas atau di bawahnya) disimpan sebagai komentar % dalam file.

Referensi cepat chemfig

Bagian-bagian sintaks chemfig yang paling sering Anda jumpai, dan apa yang digambar MolDraw untuk masing-masing:

Pemecahan masalah

• Tidak terjadi apa-apa saat saya menempel. Teks harus memuat \chemfig atau \schemestart. Klik kanvas terlebih dahulu, agar tempelan masuk ke gambar, bukan ke kotak teks.
• Panah lengkung berada di tempat yang salah dalam PDF. Kompilasi untuk kedua kalinya.
• “I do not know the key /tikz/Stealth”. Tambahkan \usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing} ke preambul Anda.
• Struktur tampak gepeng setelah ditempel. Jika chemfig menempatkan dua atom di titik yang sama, MolDraw menata ulang struktur dan memberitahukannya di bilah petunjuk. Gunakan tombol clean-up untuk merapikannya.
• “B” atau “D” berubah menjadi boron atau deuterium. MolDraw membaca label atom sebagai kimia. Huruf pengganti dari manual chemfig dibaca sebagai unsur jika unsur itu ada.

Panduan terkait