chemfig y MolDraw: pega chemfig, edítalo visualmente y exporta a LaTeX

Para quién es

chemfig es la forma estándar de dibujar moléculas dentro de LaTeX. El resultado es precioso y vive en el mismo archivo que tu texto, pero escribirlo es lento. Escribes -[:30] y =[::-60], compilas, miras y ajustas un ángulo. Corregir el chemfig de otra persona es aún más difícil, y una flecha curva en \chemmove puede requerir muchos intentos.

Ahora MolDraw lee y escribe chemfig. Mantienes chemfig como formato y usas un lienzo para el dibujo:

• Ve lo que dibuja un fragmento de chemfig sin compilar.
• Corrígelo con el ratón: mueve un átomo, cambia de lado un doble enlace, añade una carga o una flecha curva.
• Recupera chemfig que compila con pdflatex, con los mismos ángulos que ves en pantalla.
• Parte de otros formatos (SMILES, MOL, archivos de ChemDraw, un nombre de compuesto) y obtén chemfig.

Todo funciona en tu navegador. Tu código no se envía a ningún servidor para convertirlo.

Pega chemfig en el lienzo

1. Copia el código de tu editor o de Overleaf. Funciona con un solo \chemfig{…}, con varios, con un bloque \schemestart … \schemestop o con un documento completo.
2. Abre el editor de MolDraw, haz clic en una parte vacía del lienzo y pulsa Ctrl+V (Cmd+V en Mac). También puedes usar el botón Paste o clic derecho → Paste.
3. El dibujo aparece seleccionado, junto a lo que ya haya en el lienzo. Arrástralo adonde quieras.

Pruébalo con este esquema:

\schemestart
  \chemname{\chemfig{*6(=-=-=-)}}{benzene}
  \+
  \chemfig{Br-Br}
  \arrow{->[FeBr$_3$][CH$_2$Cl$_2$]}
  \chemname{\chemfig{*6(=-=(-Br)-=-)}}{bromobenzene}
\schemestop

MolDraw conserva los ángulos y las longitudes de enlace que escribiste, así que el dibujo tiene la misma forma que en tu PDF. Se conservan las etiquetas como H_3C, NH_2 o {CO_2Me}, las cargas, los pares solitarios de \lewis o \charge y los nodos @{name}.

Edítalo como cualquier dibujo

El dibujo pegado es una estructura normal de MolDraw, así que todas las herramientas funcionan sobre él:

• arrastra átomos, o selecciona un grupo y gíralo;
• sitúa el puntero sobre un enlace y pulsa 1, 2 o 3 para hacerlo sencillo, doble o triple, y haz clic en un doble enlace con la herramienta de doble enlace para pasar su segunda línea al otro lado;
• añade cargas, pares solitarios y radicales desde la barra de herramientas o el menú contextual;
• dibuja flechas curvas y flechas de anzuelo con la herramienta de flechas. Se unen a pares solitarios, enlaces y cargas y siguen unidas cuando mueves átomos;
• edita el texto encima y debajo de una flecha de reacción haciendo doble clic en él.

Además obtienes las comprobaciones químicas que chemfig no puede darte: avisos de valencia, la fórmula y la masa, el SMILES y una vista 3D de cada estructura.

Exporta chemfig de nuevo a LaTeX

Hay dos formas de exportar:

• Download → chemfig (.tex) guarda un archivo LaTeX completo e independiente. Compílalo por separado para obtener un PDF del dibujo, o incluye ese PDF en tu documento con \includegraphics.
• Copy as chemfig (LaTeX) (en el menú Copy y en el menú contextual Copy as) copia solo el código del dibujo, sin \documentclass. Pégalo directamente en tu tesis o artículo.

Para el código copiado, añade una vez estas dos líneas a tu preámbulo:

\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing}

Si un dibujo tiene flechas curvas o corchetes de polímero, compila dos veces. chemfig los dibuja a partir de posiciones que guarda en la primera compilación. Si seleccionas antes parte del lienzo, solo se exporta la selección.

Cómo es el código exportado

Este es el archivo que escribe MolDraw para el esquema SN2 de la primera captura:

% Exported from MolDraw — compile with pdflatex / lualatex (twice: arrows and brackets use positions from the first run)
\documentclass[border=22pt,varwidth=60cm]{standalone}
\usepackage{chemfig}
\usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing}
\begin{document}
\setchemfig{+ sep left=2em, + sep right=2em, arrow offset=6pt}
{\centering \textbf{SN2 of bromomethane}\par}
\par\bigskip
\schemestart
  \chemname[2em]{\chemfig{@{a1}HO^{-}}}{hydroxide}
  \+
  \chemname[2em]{\chemfig{@{a2}-[@{b1}:90]@{a3}Br}}{bromomethane}
  \arrow{->[SN2][acetone]}
  \chemname[2em]{\chemfig{-[:90,,,1]OH}}{methanol}
  \+
  \chemfig{Br^{-}}
\schemestop
\chemmove{
  \draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(1.07em,0.77em)}]a1) to[bend right=47] ([shift={(-0.39em,-0.23em)}]a2);
  \draw[-{Stealth[length=4pt,inset=1.5pt]}]([shift={(0.21em,-0.36em)}]b1) to[bend right=77] ([shift={(0.64em,-0.23em)}]a3);
}
\end{document}

Algunas cosas en las que fijarse:

• Los enlaces usan ángulos absolutos (-[:90]), así que cada enlace apunta en la misma dirección que en el lienzo. Un enlace que no tiene la longitud estándar recibe un factor de longitud como -[:30,1.2].
• Los átomos y enlaces que toca una flecha curva reciben nombres de nodo (@{a1}, @{b1}). \chemmove dibuja cada flecha entre ellos, con un ángulo bend que coincide con la curva del lienzo.
• Los nombres de los compuestos quedan bajo las estructuras, dejando sitio para las flechas curvas que se arquean por debajo.
• Los enlaces de los anillos se cierran con ganchos (?[a]), y cada doble enlace recibe =^ o =_ para que su segunda línea quede del mismo lado que en MolDraw, hacia dentro en los anillos.

Obtén chemfig a partir de SMILES, MOL o archivos de ChemDraw

Como MolDraw lee muchos formatos, también funciona como conversor a chemfig:

1. Introduce la estructura: pega un SMILES o un InChI, busca el nombre de un compuesto en el cuadro de PubChem o abre un archivo MOL, SDF, RXN, CDXML o CDX (ChemDraw).
2. Ordénala si hace falta. La limpieza y la rotación están en la barra de herramientas.
3. Elige Download → chemfig (.tex).

Es la forma más rápida de pasar un conjunto de figuras de ChemDraw a una tesis en LaTeX: abre cada archivo y descárgalo como chemfig.

Mecanismos de reacción y flechas curvas

Las flechas curvas son lo más difícil de escribir a mano en chemfig. En MolDraw las dibujas con el ratón, o pides al asistente de IA que dibuje un mecanismo, y la exportación escribe por ti los nombres @{…} y el bloque \chemmove.

Cuando pegas chemfig que ya tiene flechas \chemmove, MolDraw lee qué átomos o enlaces une cada flecha y hacia qué lado se curva su bend. Después coloca la flecha según sus propias reglas de dibujo: la cola empieza en el par solitario, la carga o el enlace, y la punta se detiene justo antes de su destino. No tienes que copiar la curva exacta de TikZ.

Para ejemplos completos, consulta los ejemplos de mecanismos con chemfig: reacciones radicalarias en cadena con flechas de anzuelo y mecanismos polares de varios pasos, cada uno como un archivo .tex que puedes descargar.

Pregunta al asistente de IA

El asistente de chat del editor conoce chemfig. Por ejemplo, puedes pedirle:

• “Exporta esto como chemfig.” Devuelve el código de lo que hay en el lienzo.
• “Dibuja esto: \chemfig{H_3C-C(=[:60]O)-[:-60]OH}.” Coloca la estructura en el lienzo.
• “Dibuja el mecanismo de la hidrólisis de ésteres catalizada por ácido y dame el chemfig.”

Qué se conserva en ambas direcciones

Cada elemento de la lista se exporta, se compila con pdflatex, se vuelve a leer en MolDraw y se compara con el dibujo original.

Al pegar, MolDraw también entiende \definesubmol con !{name}, un ángulo inicial como \chemfig{[:30]…}, enlaces invisibles (draw=none), flechas en ángulo como \arrow{->}[-90] (el siguiente compuesto va debajo), \subscheme y nombres de colores como red y blue.

Lo que chemfig no puede contener

Algunos elementos de un lienzo de MolDraw no tienen equivalente en chemfig: imágenes pegadas, formas y material de vidrio de laboratorio, trazos a mano alzada, orbitales, rellenos de anillos y resaltados. Se omiten en la exportación, y la barra de avisos te dice qué se ha omitido tras cada descarga o copia, para que nada desaparezca sin aviso.

Las flechas de esquema curvas o en forma de S se convierten en flechas rectas de chemfig. El texto colocado al lado del dibujo (no encima ni debajo) se conserva como comentario % en el archivo.

Referencia rápida de chemfig

Las piezas de la sintaxis de chemfig que encontrarás más a menudo, y lo que dibuja MolDraw para cada una:

Solución de problemas

• No pasa nada al pegar. El texto debe contener \chemfig o \schemestart. Haz clic antes en el lienzo, para que lo pegado vaya al dibujo y no a un cuadro de texto.
• Las flechas curvas quedan en el lugar equivocado en el PDF. Compila una segunda vez.
• “I do not know the key /tikz/Stealth”. Añade \usetikzlibrary{arrows.meta,decorations.pathmorphing} a tu preámbulo.
• Una estructura se ve aplastada tras pegarla. Si el chemfig coloca dos átomos en el mismo punto, MolDraw vuelve a distribuir la estructura y lo indica en la barra de avisos. Usa el botón de limpieza para ordenarla.
• “B” o “D” se convirtieron en boro o deuterio. MolDraw lee las etiquetas de los átomos como química. Las letras de ejemplo del manual de chemfig se leen como elementos cuando existe uno con ese símbolo.

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