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title: "SMILES 转 PDBQT 转换器 | MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-to-pdbqt-converter.html
description: "MolDraw 的 SMILES 转 PDBQT 转换器。把 SMILES 字符串转换为 PDBQT 格式，用于分子对接和 AutoDock 类流程。"
lang: zh-CN
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# SMILES 转 PDBQT 转换器

**简而言之：**把 SMILES 字符串转换为 PDBQT 格式，用于分子对接和 AutoDock 类流程。免费，在网页浏览器中运行，无需下载。

分两步把 SMILES 转换为 PDBQT：先由 SMILES 生成 3D PDB，再把结构转换为可用于对接的 PDBQT 文本。

就绪。

## 输入和输出格式

|  | 输入：SMILES | 输出：PDBQT |
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| 全称 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 包含内容 | 以一行文本表示原子、键、环、电荷和立体信息，不含坐标。 | PDB 坐标加上部分电荷（Q）和 AutoDock 原子类型（T），配体还包含扭转数据。 |
| 文件或形式 | .smi 或纯文本 | .pdbqt |

## 技术流程

- 第 1 步：工具从公共 SMILES 转换接口请求 3D PDB 坐标。
- 第 2 步：把 PDB 原子行改写为带原子类型和电荷列的 PDBQT 风格记录。
- 这个快速转换器适合生成草稿；必要时请在对接软件中微调质子化和扭转设置。

## 文件格式说明

**SMILES** 是简洁的连接关系字符串，适合快速描述配体，但不包含对接所需的原子类型、电荷、扭转或 3D 坐标。

**PDBQT** 是 AutoDock 类对接格式。它存储类似 PDB 的坐标以及部分电荷和 AutoDock 原子类型字段，配体文件还可能包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 和 TORSDOF 等扭转树记录。

本转换器在浏览器端生成 PDBQT 草稿。用于正式的 AutoDock Vina 对接前，请检查氢原子、质子化、电荷模型、原子类型和可旋转键。

## 相关化学工具

[在线 PDB 转 PDBQT 转换器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html)[SMILES 转 3D 结构转换器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-to-3d-structure-converter.html)[SMILES 转 InChI 转换器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchi-converter.html)[SMILES 转 InChIKey 转换器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html)[SMILES 表示法指南](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-notation-guide.html)[在线 SMILES 转结构式工具](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/smiles-to-structure.html)

最后更新：2026年10月11日