---
title: "在浏览器中以 3D 方式查看 PDB 蛋白质结构：蛋白质查看器插件 | MolDraw 博客"
url: https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "用四字符 ID 载入任意 PDB 条目，以卡通或表面显示，从序列中设置残基样式并导出图片。免费 MolDraw 蛋白质查看器实用指南。"
lang: zh-CN
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# 用 MolDraw 蛋白质查看器以 3D 方式查看 PDB 中的蛋白质结构

发布：2026年10月15日 · 作者：Scidart Academy · 阅读时间：约 5 分钟

![带 α-螺旋飘带和 β-折叠箭头的蛋白质卡通模型，下方是氨基酸序列条，其中一段残基被高亮](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

蛋白质查看器以卡通形式显示 PDB 结构，并允许你从序列中选择残基。

**简答：**打开 Structure 旁边的 **Protein** 标签页，输入一个四字符 PDB ID（例如 1HHO），点击 **Go**。结构会以按链着色的卡通形式载入。用 **Display** 和 **Surface** 改变视图，在序列条中选择残基并设置样式，用 **Export** 保存图片或文件。查看器默认开启，无需账户。

## 为什么要以 3D 方式看蛋白质？

蛋白质的功能取决于它的形状。氨基酸序列折叠成螺旋和折叠片，这些结构又堆积成带有沟槽和口袋的三维结构。小分子药物通常是通过嵌入其中一个口袋来起作用的。这些在序列或 2D 绘图中都看不到。

[蛋白质数据库](https://www.rcsb.org/)（PDB）是实验测定的蛋白质、DNA 和 RNA 结构的公共档案库。每个条目都有一个四字符 ID，例如血红蛋白的 1HHO。MolDraw 蛋白质查看器把这些条目载入到你的绘图旁边，因此你无需打开其他程序就能从配体转到它的靶标。

不同的视图回答不同的问题。**卡通**样式描出骨架并显示二级结构：螺旋显示为螺旋带，β-折叠显示为箭头。**棍状**样式显示单个原子，观察侧链和结合接触时需要它。**表面**显示分子的外部形状，使口袋和沟槽一目了然。

## 查看器提供的功能

![MolDraw 蛋白质查看器显示血红蛋白 PDB 1HHO，链以绿色和蓝色卡通显示，带 Open、ID、Go、Display、Surface 和 Export 控件，下方是氨基酸序列条](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

以卡通形式显示的血红蛋白（PDB 1HHO），每条链颜色不同。序列条位于查看器下方。

| 载入 | 输入 PDB ID 并点击 **Go** 从 RCSB 获取，点击 **Open** 打开本地 PDB 文件，或把文件拖到查看器上。 |
| --- | --- |
| 显示方式 | 卡通、飘带、棍状、球棍、球体、线或十字。可按链、氨基酸、Shapely、二级结构、疏水性、B 因子或光谱着色，或自选颜色。可设置不透明度。 |
| 表面 | 显示或隐藏表面，选择 SAS、SES、VDW 或 MS，并设置其不透明度。 |
| 序列条 | 每条链的单字母序列。选中残基即可为它们设置单独的样式。 |
| 导出 | GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D 和 OBJ，带 Hi-res 选项。 |

## 如何获取蛋白质查看器

想不打开编辑器就快速看一眼？[独立的蛋白质结构查看器可以单独为每条链设置样式、着色和隐藏](https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-structure-viewer-guide.html)。

无需安装任何东西。蛋白质查看器默认开启，无需账户即可使用。如果你之前关闭了它：

1. 打开 [MolDraw 编辑器](https://www.moldraw.com/zh/)。
2. 点击 **Settings**（齿轮图标），然后点击 **Plugins**。
3. 点击 Proteins 旁边的 **Install**。**Protein** 标签页会出现在 Structure 旁边。

## 如何载入蛋白质并设置样式

1. 点击 **Protein** 标签页。首先会载入一个小的示例结构 crambin（1CRN）。
2. 在 **ID** 框中输入一个 PDB ID，例如 `1HHO`，然后点击 **Go** 或按 Enter。
3. 打开 **Display**。保持 Cartoon，选择 **Secondary structure** 可以用不同颜色区分螺旋和折叠，选择 **Chain** 可以区分各个亚基。
4. 打开 **Surface**，点击 **Show**，并降低不透明度，使下面的卡通模型仍然可见。
5. 在序列条中，点击一个残基、拖选一段范围，或按 Ctrl/Cmd 并点击来添加或移除残基。在打开的样式面板中，把 **Style** 设为 Stick 并选择颜色。
6. 打开 **Export**，如果需要大图就勾选 **Hi-res**，然后选择 PNG。

## 课堂和科研中的用法

- **讲解蛋白质结构：**载入 1HHO，按二级结构着色并指出其中的螺旋。然后按链着色，展示血红蛋白有四个亚基。
- **疏水核心：**按疏水性着色，展示非极性残基如何倾向于位于折叠内部。
- **药物靶点：**载入 SARS-CoV-2 主蛋白酶 6LU7，添加表面，讨论抑制剂可能在哪里结合。
- **作图：**在卡通背景上把几个关键残基设为棍状，导出高分辨率图片用于幻灯片或报告。
- **后续步骤：**用[蛋白质分子量计算器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)计算某条链的质量，或用 [PDB 转 PDBQT](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html) 为分子对接准备受体。

## 技巧与局限

- 适合入门的 ID：1HHO（血红蛋白）、1BNA（B-DNA）、6LU7（SARS-CoV-2 主蛋白酶）和 1GFL（绿色荧光蛋白）。
- 你设置样式的每个选择都会成为一个独立区域，因此可以给多个位点设置不同颜色。在样式面板中使用 **Remove style** 或 **Clear selection** 可以撤销。
- B 因子着色显示模型中原子位置的变化程度。高值通常对应柔性环区。
- 要打开之前保存的结构，把电脑上的 .pdb 文件拖到查看器上即可。

按 ID 获取需要联网，因为文件来自 RCSB。查看器需要 WebGL；如果你的浏览器不支持，它会显示提示信息。序列条只列出氨基酸残基，因此配体、水和核酸不会出现在其中。PDB 条目是实验模型，其质量取决于测定方法和分辨率，你可以在该条目的 RCSB 页面上查看。

想以 3D 方式查看小分子？请参阅[如何以 3D 方式查看分子](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/)。

## 问题与解答

### 查看蛋白质需要账户吗？

不需要。蛋白质查看器默认已安装，无需登录即可使用。

### 结构来自哪里？

输入 PDB ID 并点击 Go 时，插件会从 RCSB 蛋白质数据库下载该条目。你也可以打开电脑上的 PDB 文件。

### 如何高亮活性位点或几个残基？

在查看器下方的序列条中选择残基。会打开一个小的样式面板，你可以把它们切换为棍状、修改颜色或添加表面。

### 有哪些导出格式？

Export 菜单提供 GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D 和 OBJ。勾选 Hi-res 可得到更大的图片。

## 更多 MolDraw 插件

[蛋白质查看器文档](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [ChEMBL 生物活性查询](https://www.moldraw.com/zh/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa 与微观物种](https://www.moldraw.com/zh/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [对称性与点群](https://www.moldraw.com/zh/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [全部插件](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

最后更新：2026年10月15日