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title: "在线查看蛋白质结构：PDB ID、链与序列 | MolDraw 博客"
url: https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-structure-viewer-guide.html
description: "免费 MolDraw 蛋白质查看器页面实用指南：按 ID 或文件载入 PDB 条目，为每条链设置样式，从序列中高亮残基，并导出图片或坐标。"
lang: zh-CN
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# 如何用免费的 MolDraw 蛋白质查看器探索蛋白质结构

发布：2026年10月15日 · 作者：Scidart Academy · 阅读时间：约 5 分钟

![带 α-螺旋飘带和 β-折叠箭头的蛋白质卡通模型，PDB ID 1CRN，下方是高亮了部分残基的序列条](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-guide.webp)

载入 1CRN 等 PDB 条目，探索其中的链和残基。

**简答：**打开[蛋白质查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/protein-viewer/)，输入四个字符的 PDB ID 并点击**载入 PDB ID**，或点击**上传 PDB 文件**。选择**默认链样式**，再在**链**列表中为每条链设置样式。在**氨基酸序列**上拖选，然后右键即可重设该片段的样式或隐藏它。可以把视图保存为 PNG 或 JPG，或把坐标保存为 PDB、XYZ、OBJ 或 X3D。

## 在此试用蛋白质查看器

下面的实时查看器与完整页面是同一个工具。打开时会载入 crambin（1CRN）。

点击即可在本页加载实时查看器，或[打开完整的蛋白质查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/protein-viewer/)。按 PDB ID 载入时，会从 RCSB 蛋白质数据库获取结构。

## 为什么要在浏览器中使用蛋白质查看器？

蛋白质的功能取决于它的三维形状。PyMOL 或 ChimeraX 等桌面程序功能强大，但需要安装并学习它们的命令。如果只是快速看一眼、做课堂演示或画一张简单的图，一个网页往往就够了。

本页是独立的网页工具。MolDraw 编辑器中还有一个[蛋白质查看器插件](https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)。插件位于你的绘图旁边，提供更多配色方案、分子表面和额外的导出格式。独立页面更轻量，无需打开编辑器。

## 蛋白质结构简介

**蛋白质数据库（PDB）**是实验测定的蛋白质、核酸及其复合物结构的公共档案库。大多数结构来自 X 射线晶体学、NMR 或冷冻电镜。每个**条目**都有一个四字符 ID，例如 crambin 是 1CRN，人脱氧血红蛋白是 4HHB。

一个条目列出原子坐标。原子属于**残基**，即氨基酸，它们沿每条**链**编号。链用字母标识（A、B、C 等）。例如，血红蛋白有两条 α 链和两条 β 链。配体、离子和水作为单独的杂原子存储。实验中未解析出的链段在模型中直接缺失。

每种显示样式回答不同的问题。**卡通**样式描出骨架，显示螺旋和 β-折叠，让你看到整体折叠。**棍状**样式显示原子之间的化学键，观察侧链和结合接触时需要它。**球体**样式填充空间，显示堆积情况。**表面**显示外部形状和口袋；本页不绘制表面，但编辑器内的插件可以。

## 输入和导出格式

| 载入 | PDB ID（从 RCSB 以 PDB 格式下载），或你电脑上的 .pdb 文件。 |
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| PNG 和 JPG | 当前视图的图片。JPG 使用白色背景。 |
| PDB | 按读取时原样保存的载入文件。 |
| XYZ | 每个原子（包括杂原子）的元素和坐标。 |
| OBJ 和 X3D | 基于原子位置的简单点模型。不会复制屏幕上的卡通模型或样式。 |

## 如何分步探索一个结构

1. 打开查看器。首先载入的是 crambin（1CRN），你可以立即试用各项控件。
2. 在 **PDB ID** 中输入一个 ID，例如 4HHB，然后点击**载入 PDB ID**。状态行会列出找到的链。要打开自己的文件，点击**上传 PDB 文件**。
3. 在**默认链样式**中选择**卡通**、**棍状**、**球体**或**线**。这会一次性设置所有链。
4. 在 3D 视图中拖动可旋转分子，滚动鼠标可缩放。
5. 在**链**中，每条链都显示其残基数、样式菜单、颜色选择器和 **Hide** 复选框。点击 **Focus** 可把该链高亮为橙色棍状。
6. 在**氨基酸序列**中，在同一条链内拖选残基。右键点击所选内容，打开**选定片段样式**，设置**样式**、**颜色**或**隐藏片段**，然后点击**应用**。
7. 用下载按钮保存结果。**清空**会清除查看器中的内容。

## 查看器的功能

- **按链设置样式：**为每条链设置各自的样式和颜色，或隐藏某条链，观察亚基如何堆积。
- **序列视图：**每条链的单字母代码，与 3D 模型相关联。
- **片段样式：**对选中的一段残基重设样式、重新着色或隐藏。每个已应用的片段都保留各自的样式，因此你可以标记多个位点。
- **下载：**PNG、JPG、PDB、XYZ、OBJ 和 X3D。

## 课堂和实验室中的用法

- **讲解四级结构：**载入 4HHB，给每条链设置不同颜色，并隐藏一两条链，展示亚基如何组装在一起。
- **高亮位点：**保持蛋白质为卡通样式，把结合环或突变位点显示为彩色棍状。
- **快速作图：**调好视图，下载 PNG 用于幻灯片或报告。
- **后续步骤：**用 [PDB 转 SMILES](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/pdb-to-smiles-converter.html) 把结合的配体转换为 SMILES，用[蛋白质分子量计算器](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)计算某条链的质量，或用 [PDB 转 PDBQT](https://www.moldraw.com/zh/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html) 准备受体。

## 技巧与局限

- 卡通样式只画出链的骨架走向，不显示配体、离子或水。要看到它们，请把该链切换为棍状、球体或线。
- 对于大型结构，线是最轻量的样式。
- 序列来自模型中的残基。未解析的残基不会出现，查看器无法识别的残基（例如核苷酸）显示为 X。
- 一次选择只能在一条链内。序列选择使用拖动和右键，所以用鼠标最方便。
- 按 ID 载入需要联网。

需要分子表面、更多配色方案或 GLB 导出？请使用 MolDraw 编辑器中的[蛋白质查看器插件](https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)。

## 问题与解答

### 这个页面与 MolDraw 编辑器中的蛋白质插件有什么不同？

这个页面是一个轻量的独立查看器，无需打开编辑器。蛋白质插件则位于编辑器中你的绘图旁边，提供更多配色方案、分子表面以及 GLB 和 SDF 等额外的导出格式。

### 结构来自哪里？

点击“载入 PDB ID”时，页面会从 RCSB 蛋白质数据库下载该条目，因此需要联网。使用“上传 PDB 文件”时，页面在你的浏览器中读取文件。

### 为什么看不到配体或水分子？

卡通样式只画出链的骨架走向。在“链”列表中把该链设为棍状、球体或线，就能以原子形式看到配体、离子和水。

### 可以打开 mmCIF 文件吗？

不可以。该页面只读取 PDB 格式。大多数条目都可以从 RCSB 下载为 .pdb 文件，但一些非常大的结构只提供 mmCIF 格式，这些无法在这里载入。

## 更多 MolDraw 查看器与指南

[蛋白质查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/protein-viewer/) [蛋白质查看器插件](https://www.moldraw.com/zh/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [NMR 查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/nmr-viewer/) [红外查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/ir-viewer/) [质谱查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/mass-spec-viewer/) [紫外-可见光谱查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/uv-vis-viewer/) [拉曼查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/raman-viewer/) [XPS 查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/xps-viewer/) [循环伏安查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/cv-viewer/) [TGA 和 DSC 查看器](https://www.moldraw.com/zh/tools/tga-dsc-viewer/) [NMR 指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/nmr-spectrum-viewer-guide.html) [红外指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/ir-spectrum-viewer-guide.html) [质谱指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [UV-Vis 指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/uv-vis-spectrum-viewer-guide.html) [拉曼指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/raman-spectrum-viewer-guide.html) [XPS 峰拟合指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/xps-viewer-peak-fitting-guide.html) [循环伏安指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/cyclic-voltammetry-viewer-guide.html) [TGA 与 DSC 指南](https://www.moldraw.com/zh/blog/tga-dsc-viewer-guide.html)

最后更新：2026年10月15日