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title: "SMILES 轉 PDBQT 工具 | MolDraw"
url: https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-to-pdbqt-converter.html
description: "MolDraw 的 SMILES 轉 PDBQT 工具。將 SMILES 字串轉換成 PDBQT 格式，適用於分子對接與 AutoDock 類型的流程。"
lang: zh-Hant
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# SMILES 轉 PDBQT 工具

**簡而言之：**將 SMILES 字串轉換成 PDBQT 格式，適用於分子對接與 AutoDock 類型的流程。完全免費，在網頁瀏覽器中執行，不需下載。

分兩步將 SMILES 轉換成 PDBQT：先由 SMILES 產生 3D PDB，再將結構轉成可直接用於對接流程的 PDBQT 文字。

就緒。

## 輸入與輸出格式

|  | 輸入：SMILES | 輸出：PDBQT |
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| 全名 | SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System) | PDBQT（AutoDock 格式） |
| 內容 | 以一行文字表示原子、鍵、環、電荷與立體化學，不含座標。 | PDB 座標加上部分電荷（Q）與 AutoDock 原子類型（T），配體還包含扭轉角資料。 |
| 檔案或形式 | .smi 或純文字 | .pdbqt |

## 技術流程

- 步驟 1：本工具向公開的 SMILES 轉換端點請求 3D PDB 座標。
- 步驟 2：將 PDB 原子行改寫成含原子類型與電荷欄位的 PDBQT 格式紀錄。
- 這個快速轉換工具適合製作草稿；必要時請在對接軟體中微調質子化與扭轉角設定。

## 檔案格式說明

**SMILES** 是精簡的連接關係字串，適合快速描述配體，但不含對接所需的原子類型、電荷、扭轉角或 3D 座標。

**PDBQT** 是 AutoDock 類型的對接格式，儲存類似 PDB 的座標，再加上部分電荷與 AutoDock 原子類型欄位；配體檔還可能包含 ROOT、BRANCH、ENDBRANCH 與 TORSDOF 等扭轉樹紀錄。

本工具會在瀏覽器端產生 PDBQT 草稿。正式進行 AutoDock Vina 對接前，請檢查氫原子、質子化狀態、電荷模型、原子類型與可旋轉鍵。

## 相關化學工具

[線上 PDB 轉 PDBQT 工具](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html)[SMILES 轉 3D 結構工具](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-to-3d-structure-converter.html)[SMILES 轉 InChI 工具](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchi-converter.html)[SMILES 轉 InChIKey 工具](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-to-inchikey-converter.html)[SMILES 表示法指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-notation-guide.html)[線上 SMILES 轉結構式工具](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/smiles-to-structure.html)

最後更新：2026 年 10 月 11 日