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title: "在瀏覽器中以 3D 方式檢視 PDB 蛋白質結構：蛋白質檢視器外掛 | MolDraw 部落格"
url: https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "用四字元 ID 載入任何 PDB 條目，以卡通或表面顯示，從序列中設定殘基樣式並匯出圖片。免費 MolDraw 蛋白質檢視器實用指南。"
lang: zh-Hant
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# 用 MolDraw 蛋白質檢視器以 3D 方式檢視 PDB 中的蛋白質結構

發布：2026 年 10 月 15 日 · 作者：Scidart Academy · 閱讀時間：約 5 分鐘

![帶 α-螺旋飄帶與 β-摺疊箭頭的蛋白質卡通模型，下方是胺基酸序列條，其中一段殘基被醒目標示](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

蛋白質檢視器以卡通形式顯示 PDB 結構，並允許你從序列中選擇殘基。

**簡答：**開啟 Structure 旁邊的 **Protein** 分頁，輸入一個四字元 PDB ID（例如 1HHO），點選 **Go**。結構會以依鏈著色的卡通形式載入。用 **Display** 與 **Surface** 改變檢視，在序列條中選擇殘基並設定樣式，用 **Export** 儲存圖片或檔案。檢視器預設開啟，無需帳戶。

## 為什麼要以 3D 方式看蛋白質？

蛋白質的功能取決於它的形狀。胺基酸序列摺疊成螺旋與摺疊片，這些結構再堆積成帶有溝槽與口袋的三維結構。小分子藥物通常是嵌入其中一個口袋而發揮作用。這些在序列或 2D 繪圖中都看不到。

[蛋白質資料庫](https://www.rcsb.org/)（PDB）是實驗測定的蛋白質、DNA 與 RNA 結構的公共檔案庫。每個條目都有一個四字元 ID，例如血紅素的 1HHO。MolDraw 蛋白質檢視器把這些條目載入到你的繪圖旁邊，因此你無需開啟其他程式就能從配體轉到它的標靶。

不同的檢視回答不同的問題。**卡通**樣式描出骨架並顯示二級結構：螺旋顯示為螺旋帶，β-摺疊顯示為箭頭。**棒狀**樣式顯示單個原子，觀察側鏈與結合接觸時需要它。**表面**顯示分子的外部形狀，使口袋與溝槽一目了然。

## 檢視器提供的功能

![MolDraw 蛋白質檢視器顯示血紅素 PDB 1HHO，鏈以綠色與藍色卡通顯示，帶 Open、ID、Go、Display、Surface 與 Export 控制項，下方是胺基酸序列條](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

以卡通形式顯示的血紅素（PDB 1HHO），每條鏈顏色不同。序列條位於檢視器下方。

| 載入 | 輸入 PDB ID 並點選 **Go** 從 RCSB 取得，點選 **Open** 開啟本機 PDB 檔案，或把檔案拖到檢視器上。 |
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| 顯示方式 | 卡通、飄帶、棒狀、球棍、球狀、線狀或十字。可依鏈、胺基酸、Shapely、二級結構、疏水性、B 因子或光譜著色，或自選顏色，也可設定不透明度。 |
| 表面 | 顯示或隱藏表面，選擇 SAS、SES、VDW 或 MS，並設定其不透明度。 |
| 序列條 | 每條鏈的單字母序列。選取殘基即可為它們設定單獨的樣式。 |
| 匯出 | GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D 與 OBJ，帶 Hi-res 選項。 |

## 如何取得蛋白質檢視器

想不開啟編輯器就快速看一眼？[獨立的蛋白質結構檢視器可以單獨為每條鏈設定樣式、著色與隱藏](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-structure-viewer-guide.html)。

無需安裝任何東西。蛋白質檢視器預設開啟，無需帳戶即可使用。如果你之前關閉了它：

1. 開啟 [MolDraw 編輯器](https://www.moldraw.com/zh-hant/)。
2. 點選 **Settings**（齒輪圖示），然後點選 **Plugins**。
3. 點選 Proteins 旁邊的 **Install**。**Protein** 分頁會出現在 Structure 旁邊。

## 如何載入蛋白質並設定樣式

1. 點選 **Protein** 分頁。首先會載入一個小的範例結構 crambin（1CRN）。
2. 在 **ID** 框中輸入一個 PDB ID，例如 `1HHO`，然後點選 **Go** 或按 Enter。
3. 開啟 **Display**。保持 Cartoon，選擇 **Secondary structure** 可以用不同顏色區分螺旋與摺疊，選擇 **Chain** 可以區分各個次單元。
4. 開啟 **Surface**，點選 **Show**，並降低不透明度，使下面的卡通模型仍然可見。
5. 在序列條中，點選一個殘基、拖選一段範圍，或按 Ctrl/Cmd 並點選來新增或移除殘基。在開啟的樣式面板中，把 **Style** 設為 Stick 並選擇顏色。
6. 開啟 **Export**，如果需要大圖就勾選 **Hi-res**，然後選擇 PNG。

## 課堂與研究中的用法

- **講解蛋白質結構：**載入 1HHO，依二級結構著色並指出其中的螺旋。然後依鏈著色，展示血紅素有四個次單元。
- **疏水核心：**依疏水性著色，展示非極性殘基如何傾向於位於摺疊內部。
- **藥物標靶：**載入 SARS-CoV-2 主蛋白酶 6LU7，新增表面，討論抑制劑可能在哪裡結合。
- **製圖：**在卡通背景上把幾個關鍵殘基設為棒狀，匯出高解析度圖片用於投影片或報告。
- **後續步驟：**用[蛋白質分子量計算器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)計算某條鏈的質量，或用 [PDB 轉 PDBQT](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html) 為分子對接準備受體。

## 技巧與限制

- 適合入門的 ID：1HHO（血紅素）、1BNA（B-DNA）、6LU7（SARS-CoV-2 主蛋白酶）與 1GFL（綠色螢光蛋白）。
- 你設定樣式的每個選擇都會成為一個獨立區域，因此可以給多個位點設定不同顏色。在樣式面板中使用 **Remove style** 或 **Clear selection** 可以復原。
- B 因子著色顯示模型中原子位置的變化程度。高值通常對應柔性環區。
- 要開啟之前儲存的結構，把電腦上的 .pdb 檔案拖到檢視器上即可。

依 ID 取得需要連網，因為檔案來自 RCSB。檢視器需要 WebGL；如果你的瀏覽器不支援，它會顯示提示資訊。序列條只列出胺基酸殘基，因此配體、水與核酸不會出現在其中。PDB 條目是實驗模型，其品質取決於測定方法與解析度，你可以在該條目的 RCSB 頁面上檢視。

想以 3D 方式檢視小分子？請參閱[如何以 3D 方式檢視分子](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/)。

## 問題與解答

### 檢視蛋白質需要帳戶嗎？

不需要。蛋白質檢視器預設已安裝，無需登入即可使用。

### 結構來自哪裡？

輸入 PDB ID 並點選 Go 時，外掛會從 RCSB 蛋白質資料庫下載該條目。你也可以開啟電腦上的 PDB 檔案。

### 如何醒目標示活性位點或幾個殘基？

在檢視器下方的序列條中選擇殘基。會開啟一個小的樣式面板，你可以把它們切換為棒狀、修改顏色或新增表面。

### 有哪些匯出格式？

Export 選單提供 GLB、PNG、JPG、PDB、SDF、XYZ、X3D 與 OBJ。勾選 Hi-res 可得到更大的圖片。

## 更多 MolDraw 外掛

[蛋白質檢視器文件](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [ChEMBL 生物活性查詢](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa 與微物種](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [對稱性與點群](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [所有外掛程式](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

最後更新：2026 年 10 月 15 日