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title: "線上檢視蛋白質結構：PDB ID、鏈與序列 | MolDraw 部落格"
url: https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-structure-viewer-guide.html
description: "免費 MolDraw 蛋白質檢視器頁面實用指南：依 ID 或檔案載入 PDB 條目，為每條鏈設定樣式，從序列中醒目標示殘基，並匯出圖片或座標。"
lang: zh-Hant
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
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# 如何用免費的 MolDraw 蛋白質檢視器探索蛋白質結構

發布：2026 年 10 月 15 日 · 作者：Scidart Academy · 閱讀時間：約 5 分鐘

![帶 α-螺旋飄帶與 β-摺疊箭頭的蛋白質卡通模型，PDB ID 1CRN，下方是醒目標示了部分殘基的序列條](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-guide.webp)

載入 1CRN 等 PDB 條目，探索其中的鏈與殘基。

**簡答：**開啟[蛋白質檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/protein-viewer/)，輸入四個字元的 PDB ID 並點選**載入 PDB ID**，或點選**上傳 PDB 檔案**。選擇**預設鏈樣式**，再在**鏈**清單中為每條鏈設定樣式。在**胺基酸序列**上拖選，然後右鍵即可重設該片段的樣式或隱藏它。可以把檢視儲存為 PNG 或 JPG，或把座標儲存為 PDB、XYZ、OBJ 或 X3D。

## 在此試用蛋白質檢視器

下面的即時檢視器與完整頁面是同一個工具。開啟時會載入 crambin（1CRN）。

點選即可在本頁載入即時檢視器，或[開啟完整的蛋白質檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/protein-viewer/)。依 PDB ID 載入時，會從 RCSB 蛋白質資料庫取得結構。

## 為什麼要在瀏覽器中使用蛋白質檢視器？

蛋白質的功能取決於它的三維形狀。PyMOL 或 ChimeraX 等桌面程式功能強大，但需要安裝並學習它們的命令。如果只是快速看一眼、做課堂演示或畫一張簡單的圖，一個網頁往往就夠了。

本頁是獨立的網頁工具。MolDraw 編輯器中還有一個[蛋白質檢視器外掛](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)。外掛位於你的繪圖旁邊，提供更多配色方案、分子表面與額外的匯出格式。獨立頁面更輕量，無需開啟編輯器。

## 蛋白質結構簡介

**蛋白質資料庫（PDB）**是實驗測定的蛋白質、核酸及其複合物結構的公共檔案庫。大多數結構來自 X 射線晶體學、NMR 或冷凍電子顯微鏡。每個**條目**都有一個四字元 ID，例如 crambin 是 1CRN，人類去氧血紅素是 4HHB。

一個條目列出原子座標。原子屬於**殘基**，即胺基酸，它們沿每條**鏈**編號。鏈用字母標識（A、B、C 等）。例如，血紅素有兩條 α 鏈與兩條 β 鏈。配體、離子與水作為單獨的雜原子儲存。實驗中未解析出的鏈段在模型中直接缺失。

每種顯示樣式回答不同的問題。**卡通**樣式描出骨架，顯示螺旋與 β-摺疊，讓你看到整體摺疊。**棒狀**樣式顯示原子之間的化學鍵，觀察側鏈與結合接觸時需要它。**球狀**樣式填充空間，顯示堆積情況。**表面**顯示外部形狀與口袋；本頁不繪製表面，但編輯器內的外掛可以。

## 輸入與匯出格式

| 載入 | PDB ID（從 RCSB 以 PDB 格式下載），或你電腦上的 .pdb 檔案。 |
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| PNG 與 JPG | 目前檢視的圖片。JPG 使用白色背景。 |
| PDB | 按讀取時原樣儲存的載入檔案。 |
| XYZ | 每個原子（包括雜原子）的元素與座標。 |
| OBJ 與 X3D | 以原子位置為基礎的簡單點模型，不會複製螢幕上的卡通模型或樣式。 |

## 如何逐步探索一個結構

1. 開啟檢視器。首先載入的是 crambin（1CRN），你可以立即試用各項控制項。
2. 在 **PDB ID** 中輸入一個 ID，例如 4HHB，然後點選**載入 PDB ID**。狀態行會列出找到的鏈。要開啟自己的檔案，點選**上傳 PDB 檔案**。
3. 在 **預設鏈樣式** 中選擇 **卡通**、**棒狀**、**球狀** 或 **線狀**，這會一次設定所有鏈。
4. 在 3D 檢視中拖曳可旋轉分子，滾動滑鼠可縮放。
5. 在**鏈**中，每條鏈都顯示其殘基數、樣式選單、顏色選擇器與 **Hide** 核取方塊。點選 **Focus** 可把該鏈醒目標示為橙色棒狀。
6. 在**胺基酸序列**中，在同一條鏈內拖選殘基。右鍵點選所選內容，開啟**選取片段樣式**，設定**樣式**、**顏色**或**隱藏片段**，然後點選**套用**。
7. 用下載按鈕儲存結果。**清除**會清除檢視器中的內容。

## 檢視器的功能

- **按鏈設定樣式：**為每條鏈設定各自的樣式與顏色，或隱藏某條鏈，觀察次單元如何堆積。
- **序列檢視：**每條鏈的單字母代碼，與 3D 模型相關聯。
- **片段樣式：**對選取的一段殘基重設樣式、重新著色或隱藏。每個已應用的片段都保留各自的樣式，因此你可以標記多個位點。
- **下載：**PNG、JPG、PDB、XYZ、OBJ 與 X3D。

## 課堂與實驗室中的用法

- **講解四級結構：**載入 4HHB，給每條鏈設定不同顏色，並隱藏一兩條鏈，展示次單元如何組裝在一起。
- **醒目標示位點：**保持蛋白質為卡通樣式，把結合環或突變位點顯示為彩色棒狀。
- **快速作圖：**調好檢視，下載 PNG 用於投影片或報告。
- **後續步驟：**用 [PDB 轉 SMILES](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/pdb-to-smiles-converter.html) 把結合的配體轉換為 SMILES，用[蛋白質分子量計算器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html)計算某條鏈的質量，或用 [PDB 轉 PDBQT](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html) 準備受體。

## 技巧與限制

- 卡通樣式只畫出鏈的骨架走向，不顯示配體、離子或水。要看到它們，請把該鏈切換為棒狀、球狀或線狀。
- 對於大型結構，線狀是最輕量的樣式。
- 序列來自模型中的殘基。未解析的殘基不會出現，檢視器無法識別的殘基（例如核苷酸）顯示為 X。
- 一次選擇只能在一條鏈內。序列選擇使用拖曳與右鍵，所以用滑鼠最方便。
- 依 ID 載入需要連網。

需要分子表面、更多配色方案或 GLB 匯出？請使用 MolDraw 編輯器中的[蛋白質檢視器外掛](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html)。

## 問題與解答

### 這個頁面與 MolDraw 編輯器中的蛋白質外掛有什麼不同？

這個頁面是一個輕量的獨立檢視器，無需開啟編輯器。蛋白質外掛則位於編輯器中你的繪圖旁邊，提供更多配色方案、分子表面以及 GLB 與 SDF 等額外的匯出格式。

### 結構來自哪裡？

點選「載入 PDB ID」時，頁面會從 RCSB 蛋白質資料庫下載該條目，因此需要連網。使用「上傳 PDB 檔案」時，頁面在你的瀏覽器中讀取檔案。

### 為什麼看不到配體或水分子？

卡通樣式只畫出鏈的骨架走向。在「鏈」清單中把該鏈設為棒狀、球狀或線狀，就能以原子形式看到配體、離子與水。

### 可以開啟 mmCIF 檔案嗎？

不可以。該頁面只讀取 PDB 格式。大多數條目都可以從 RCSB 下載為 .pdb 檔案，但一些非常大的結構只提供 mmCIF 格式，這些無法在這裡載入。

## 更多 MolDraw 檢視器與指南

[蛋白質檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/protein-viewer/) [蛋白質檢視器外掛](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [NMR 檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/nmr-viewer/) [IR 檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/ir-viewer/) [質譜檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/mass-spec-viewer/) [UV-Vis 檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/uv-vis-viewer/) [拉曼檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/raman-viewer/) [XPS 檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/xps-viewer/) [循環伏安法檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/cv-viewer/) [TGA 與 DSC 檢視器](https://www.moldraw.com/zh-hant/tools/tga-dsc-viewer/) [NMR 指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/nmr-spectrum-viewer-guide.html) [IR 指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/ir-spectrum-viewer-guide.html) [質譜指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [UV-Vis 指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/uv-vis-spectrum-viewer-guide.html) [拉曼指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/raman-spectrum-viewer-guide.html) [XPS 峰擬合指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/xps-viewer-peak-fitting-guide.html) [循環伏安指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/cyclic-voltammetry-viewer-guide.html) [TGA 與 DSC 指南](https://www.moldraw.com/zh-hant/blog/tga-dsc-viewer-guide.html)

最後更新：2026 年 10 月 15 日