---
title: "Từ trình tự peptide và DNA đến cấu trúc: SMILES, công thức và khối lượng | MolDraw Blog"
url: https://www.moldraw.com/vi/blog/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.html
description: "Liên kết peptide và khung phosphodiester của DNA, RNA biến một trình tự thành cấu trúc thế nào, kèm tính công thức, khối lượng chính xác, pI, hàm lượng GC và Tm, cùng một công cụ miễn phí."
lang: vi
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# Từ trình tự đến cấu trúc: SMILES, công thức và khối lượng của peptide và DNA, kèm công cụ miễn phí

Đăng: 19/10/2026 · Tác giả: Scidart Academy · Thời gian đọc: ~8 phút

![Công thức khung của tetrapeptide Tyr-Gly-Gly-Phe với các liên kết peptide và công thức phân tử](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/peptide-dna-sequence-to-structure-guide.webp)

Tyr-Gly-Gly-Phe, bốn gốc đầu tiên của các enkephalin, được dựng từ trình tự của nó.

**Trả lời ngắn:** Cấu trúc peptide là các amino acid nối với nhau bằng liên kết peptide, viết từ đầu N đến đầu C. Cấu trúc DNA hay RNA là các nucleotide nối với nhau bằng liên kết phosphodiester 3′-5′, viết từ 5′ đến 3′. Dán trình tự vào công cụ [trình tự peptide và DNA sang cấu trúc](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) để có SMILES đồng phân đầy đủ, hình vẽ, công thức và khối lượng. GGG là C6H11N3O4 (189,0750 Da), và 5′-ATGC-3′ là C39H50N15O22P3 (1173,82 g/mol).

## Thuật ngữ chính, mỗi thuật ngữ một dòng

| Liên kết peptide | Liên kết amide C(=O)–NH giữa carbon carboxyl của một amino acid và nitrogen amino của amino acid tiếp theo. |
| --- | --- |
| Gốc | Một amino acid trong mạch: amino acid tự do trừ đi một H2O. |
| Đầu N, đầu C | Đầu amino tự do và đầu carboxyl tự do. Trình tự được viết từ N đến C. |
| Nucleotide | Một base gắn ở carbon 1′ của đường, kèm một phosphate. DNA dùng 2-deoxyribose, RNA dùng ribose. |
| Liên kết phosphodiester | Liên kết O–P–O từ oxygen 3′ của một đường đến oxygen 5′ của đường tiếp theo. |
| Khối lượng đơn đồng vị | Khối lượng dùng đồng vị phổ biến nhất của mỗi nguyên tố. Khớp với pic đầu tiên trong MS độ phân giải cao. |
| Khối lượng trung bình | Khối lượng dùng độ phổ biến đồng vị tự nhiên. Dùng khi cân và tính nồng độ mol. |

## Từ trình tự peptide đến cấu trúc

Mỗi liên kết peptide giải phóng một phân tử nước. Vì vậy công thức của peptide mạch thẳng là tổng công thức các gốc cộng một H2O cho hai đầu tự do.

**Ví dụ tính, GGG:** glycine là C2H5NO2. Ba glycine cho C6H15N3O6. Hai liên kết peptide loại 2 H2O. Kết quả: **C6H11N3O4**, đơn đồng vị 189,0750 Da.

Thứ tự rất quan trọng. Asp-Phe (DF) có NH2 tự do trên aspartic acid, còn Phe-Asp (FD) có trên phenylalanine. Đó là hai phân tử khác nhau có cùng công thức.

Mọi carbon alpha đều là L. Theo quy tắc CIP, đó là S với mọi gốc chuẩn trừ cysteine, là R vì lưu huỳnh được ưu tiên hơn nhóm carboxyl. Glycine không có trung tâm lập thể. Isoleucine là (2S,3S) và threonine là (2S,3R).

Nhóm đầu mạch thay đổi công thức:

- **Acetyl đầu N:** + C2H2O, +42,0106 Da.
- **Amide đầu C:** −OH thành −NH2, −0,9840 Da.
- **Vòng hóa đầu-đuôi:** thêm một liên kết peptide, −H2O, −18,0106 Da.
- **Cầu disulfide:** −2 H cho mỗi liên kết S–S, −2,0157 Da.

## pI, điện tích và hệ số tắt

Điện tích tổng của peptide là tổng trên mọi nhóm ion hóa được. Nhóm base đóng góp +1 / (1 + 10pH − pKa). Nhóm acid đóng góp −1 / (1 + 10pKa − pH). **Điểm đẳng điện (pI)** là pH tại đó điện tích tổng bằng không.

Công cụ dùng bộ pKa EMBOSS: đầu N 8,6, đầu C 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8, Arg 12,5. Với GGG chỉ có hai nhóm đầu mạch, nên pI = (3,6 + 8,6) / 2 = 6,10.

Hệ số tắt mol ở 280 nm đến từ Trp, Tyr và cystine: ε280 = 5500 × n(Trp) + 1490 × n(Tyr) + 125 × n(cystine) M−1 cm−1 (Pace và cộng sự, 1995). Peptide không có Trp, Tyr hay Cys không hấp thụ ở 280 nm.

## Từ trình tự DNA hoặc RNA đến cấu trúc

Mỗi nucleotide có một base gắn ở carbon 1′ của đường: adenine và guanine qua N9, cytosine, thymine và uracil qua N1. Mọi đường đều là β-D. Một phosphate nối oxygen 3′ của một nucleotide với oxygen 5′ của nucleotide tiếp theo, nên mỗi mạch có một đầu 5′ và một đầu 3′.

**Ví dụ tính, 5′-ATGC-3′:** bốn deoxynucleoside là dA C10H13N5O3, dT C10H14N2O5, dG C10H13N5O4 và dC C9H13N3O4, tổng cộng C39H53N15O16. Mỗi liên kết trong 3 liên kết phosphodiester thêm H3PO4 và loại 2 H2O, tức thực tế thêm PO2 trừ một H. Kết quả: **C39H50N15O22P3**, 1173,82 g/mol. Một nhóm 5′-phosphate thêm HPO3 (+79,9663 Da).

RNA có nhóm 2′-OH trên mỗi ribose, thêm một oxygen cho mỗi nucleotide, và U thay cho T.

- **Hàm lượng GC:** (G + C) / N × 100 %.
- **Trình tự bổ sung:** A bắt cặp với T (U trong RNA), G với C, đọc từ 3′ đến 5′.
- **Trình tự bổ sung ngược:** trình tự bổ sung viết từ 5′ đến 3′.
- **Tm, quy tắc Wallace (dưới 14 nt):** 2 × (A + T) + 4 × (G + C) °C.
- **Tm, công thức GC cơ bản (từ 14 nt trở lên):** 64,9 + 41 × (G + C − 16,4) / N °C.

## Cách dùng công cụ trình tự sang cấu trúc MolDraw

1. Mở trang [trình tự peptide và DNA sang cấu trúc](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) và chọn **Peptide** hoặc **DNA hoặc RNA**.
2. Nhập hoặc dán trình tự. Khoảng trắng, chữ số, gạch nối và dòng tiêu đề FASTA được bỏ qua. **Định dạng đầu vào** tự nhận ra mã một hoặc ba chữ cái.
3. Với peptide, đánh dấu **Acetyl đầu N (Ac-)**, **Amide đầu C (-NH₂)**, **Vòng hóa đầu-đuôi** hoặc **Cầu disulfide (Cys 1–2, 3–4…)** khi cần. Với DNA hoặc RNA, đánh dấu **5′-phosphate** nếu đầu 5′ được phosphoryl hóa.
4. Nhấn **Dựng cấu trúc**. Kết quả cập nhật khi bạn gõ.
5. Dùng **Sao chép SMILES**, **Tải MOL**, **Tải SDF** hoặc **Mở trong trình soạn thảo MolDraw**. Tối đa 30 gốc hoặc nucleotide được vẽ. Trình tự dài hơn, đến 2000, vẫn cho công thức, khối lượng và SMILES.

## Ví dụ có lời giải

### Ví dụ 1: angiotensin II cho phổ khối lượng

DRVYIHPF cho C50H71N13O12. Khối lượng đơn đồng vị 1045,5345 Da, [M+H]+ 1046,5418, [M+2H]2+ 523,7745. pI 7,54, điện tích +0,22 ở pH 7. Một Tyr cho ε280 = 1490 M−1 cm−1.

### Ví dụ 2: oxytocin với cầu disulfide và amide

Nhập CYIQNPCLG và đánh dấu **Amide đầu C** và **Cầu disulfide**. Cys1 và Cys6 được nối, khép một vòng 20 cạnh. Kết quả: C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol, đơn đồng vị 1006,4365 Da.

### Ví dụ 3: mồi giải trình tự xuôi M13

5′-GTAAAACGACGGCCAGT-3′ có 17 nt với 9 G hoặc C, nên GC = 52,9 %. Với từ 14 nt trở lên, áp dụng công thức GC cơ bản: Tm = 64,9 + 41 × (9 − 16,4) / 17 = **47,1 °C**. Trình tự bổ sung ngược là 5′-ACTGGCCGTCGTTTTAC-3′.

### Ví dụ 4: vị trí cắt EcoRI

5′-GAATTC-3′ là trình tự bổ sung ngược của chính nó, như các vị trí cắt giới hạn thường vậy. GC = 33,3 %, Tm Wallace = 2 × 4 + 4 × 2 = 16 °C. Ở dạng mạch đơn với đầu tự do, nó là C59H75N22O34P5, 1791,22 g/mol.

## Bảng tóm tắt

| GGG | C6H11N3O4, 189,0750 Da, pI 6,10 |
| --- | --- |
| Asp-Phe (DF) | C13H16N2O5, 280,1059 Da, pI 3,75 |
| Angiotensin II | C50H71N13O12, 1045,5345 Da, pI 7,54 |
| Oxytocin | C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol |
| DNA ATGC | C39H50N15O22P3, 1173,82 g/mol, GC 50 %, Tm 12 °C |
| Mồi xuôi M13 | 17 nt, GC 52,9 %, Tm 47,1 °C |

## Lỗi thường gặp

- **Viết peptide từ đầu sai.** YGGFL là Leu-enkephalin. LFGGY là một peptide khác.
- **Cộng một phân tử nước cho mỗi gốc.** Mạch thẳng chỉ có tổng cộng một H2O, không phải mỗi gốc một. Peptide vòng không có.
- **Dùng khối lượng trung bình cho pic MS.** Pic độ phân giải cao khớp với khối lượng đơn đồng vị.
- **Quên cầu disulfide.** Mỗi liên kết S–S là −2,016 Da.
- **Nhầm T và U.** T thuộc DNA, U thuộc RNA.
- **Đặt mồi theo trình tự bổ sung thường.** Oligo được tổng hợp từ 5′ đến 3′, nên bạn thường cần trình tự bổ sung ngược.
- **Dùng quy tắc Wallace cho mồi dài.** Nó ước tính Tm quá cao khi trên khoảng 14 nt.

## Hỏi và đáp

### Làm sao chuyển trình tự peptide thành cấu trúc hóa học?

Nối các amino acid bằng liên kết peptide từ đầu N đến đầu C, mỗi liên kết mất một phân tử nước. Công cụ MolDraw làm việc này cho bạn: nhập DRVYIHPF hoặc Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe và nó trả về SMILES đồng phân, hình vẽ, công thức và khối lượng.

### Công thức phân tử và khối lượng của GGG là gì?

Triglycine (GGG) là C6H11N3O4. Khối lượng đơn đồng vị là 189,0750 Da và khối lượng mol trung bình là 189,17 g/mol.

### Khối lượng chính xác của angiotensin II là bao nhiêu?

Angiotensin II, DRVYIHPF, là C50H71N13O12. Khối lượng đơn đồng vị là 1045,5345 Da, ion [M+H]+ ở m/z 1046,5418 và khối lượng trung bình là 1046,18 g/mol.

### Vì sao trình tự DNA được viết từ 5' đến 3'?

Mỗi nucleotide được nối từ oxygen 3' của một đường đến phía carbon 5' của đường tiếp theo qua một nhóm phosphate. Vì vậy mạch có một đầu 5' và một đầu 3', và theo quy ước được viết bắt đầu từ đầu 5'.

### Tính Tm của một mồi thế nào?

Với ít hơn 14 nucleotide, dùng quy tắc Wallace, Tm = 2(A+T) + 4(G+C) theo °C. Với 14 trở lên, dùng Tm = 64,9 + 41(G+C − 16,4)/N. Mồi xuôi M13 GTAAAACGACGGCCAGT (17 nt, 9 G hoặc C) cho 47,1 °C.

### Trình tự bổ sung ngược của DNA là gì?

Thay mỗi base bằng base bắt cặp (A với T, G với C) rồi đảo ngược thứ tự để kết quả đọc từ 5' đến 3'. Trình tự bổ sung ngược của 5'-ATGC-3' là 5'-GCAT-3'. GAATTC, vị trí cắt EcoRI, là trình tự bổ sung ngược của chính nó.

### Những giá trị pKa nào được dùng để tính pI của peptide?

Bộ EMBOSS: đầu N 8,6, đầu C 3,6, Asp 3,9, Glu 4,1, His 6,5, Cys 8,5, Tyr 10,1, Lys 10,8 và Arg 12,5. Các bộ pKa khác cho giá trị pI chênh nhau vài phần mười đơn vị.

### Cầu disulfide có làm thay đổi khối lượng peptide không?

Có. Mỗi liên kết S–S loại bỏ hai nguyên tử hydrogen, nên khối lượng đơn đồng vị giảm 2,0157 Da. Oxytocin với một cầu disulfide và amide đầu C là C43H66N12O12S2, 1007,19 g/mol.

## Công cụ liên quan

[Chuỗi peptide và DNA sang cấu trúc](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/peptide-dna-sequence-to-structure.html) [Tìm kiếm tương đồng và cấu trúc con](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/molecular-similarity-substructure-search.html) [Tính khối lượng phân tử protein](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) [Máy tính khối lượng chính xác](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/exact-mass-calculator.html) [Chuyển SMILES sang SDF](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/smiles-to-sdf-converter.html) [Máy tính định luật Beer–Lambert](https://www.moldraw.com/vi/tools/free-chem-tools/beer-lambert-law-calculator.html) [Trình xem protein](https://www.moldraw.com/vi/tools/protein-viewer/)

## Hướng dẫn liên quan

[Hướng dẫn độ tương đồng Tanimoto và SMARTS](https://www.moldraw.com/vi/blog/tanimoto-similarity-substructure-search-guide.html) [Hướng dẫn trình xem cấu trúc protein](https://www.moldraw.com/vi/blog/protein-structure-viewer-guide.html) [Plugin trình xem protein](https://www.moldraw.com/vi/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html) [Hướng dẫn trình xem phổ khối lượng](https://www.moldraw.com/vi/blog/mass-spectrum-viewer-guide.html) [Plugin pKa và vi dạng](https://www.moldraw.com/vi/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Tất cả công cụ hóa học miễn phí của MolDraw](https://www.moldraw.com/vi/blog/moldraw-all-free-chemistry-tools-guide.html)

Cập nhật lần cuối: ngày 19 tháng 10 năm 2026