---
title: "PDB Protein Yapılarını Tarayıcınızda 3B Olarak Görüntüleyin: Protein Görüntüleyici Eklentisi | MolDraw Blog"
url: https://www.moldraw.com/tr/blog/protein-viewer-plugin-pdb-3d.html
description: "Herhangi bir PDB girdisini dört karakterli kimliğiyle yükleyin, şerit veya yüzey olarak gösterin, diziden kalıntıları biçimlendirin ve görüntü dışa aktarın. Ücretsiz MolDraw Protein görüntüleyicisi için pratik bir rehber."
lang: tr
publisher: Scidart Academy
generated: 2026-10-26
---
# MolDraw Protein Görüntüleyici ile PDB'deki Protein Yapılarını 3B Olarak Görüntüleyin

Yayın: 15 Eki 2026 · Yazar: Scidart Academy · Okuma süresi: ~5 dk

![Bir alfa sarmal şeridi ve bir beta zincir oku içeren protein şerit modeli; altında vurgulanmış bir kalıntı parçasıyla amino asit dizisi şeridi](https://www.moldraw.com/blog/thumbs/protein-viewer-plugin.webp)

Protein görüntüleyici PDB yapılarını şerit olarak gösterir ve diziden kalıntı seçmenize olanak tanır.

**Kısa yanıt:** Structure'ın yanındaki **Protein** sekmesini açın, 1HHO gibi dört karakterli bir PDB kimliği yazın ve **Go** düğmesine basın. Yapı zincire göre renklendirilmiş bir şerit olarak yüklenir. Görünümü değiştirmek için **Display** ve **Surface** menülerini kullanın, kalıntıları biçimlendirmek için dizi şeridinde seçin ve bir görüntü ya da dosya kaydetmek için **Export** menüsünü kullanın. Görüntüleyici varsayılan olarak açıktır ve hesap gerektirmez.

## Bir proteine neden 3B olarak bakmalı?

Bir proteinin işlevi şekline bağlıdır. Amino asit dizisi sarmallara ve tabakalara katlanır; bunlar da oluklar ve ceplerle dolu üç boyutlu bir yapıya paketlenir. Küçük moleküllü bir ilaç genellikle bu ceplerden birine oturarak etki eder. Bunların hiçbirini bir dizide veya 2B çizimde göremezsiniz.

[Protein Veri Bankası](https://www.rcsb.org/) (PDB), proteinlerin, DNA'nın ve RNA'nın deneysel olarak belirlenmiş yapılarının herkese açık arşividir. Her girdinin hemoglobin için 1HHO gibi dört karakterli bir kimliği vardır. MolDraw Protein görüntüleyicisi bu girdileri çiziminizin yanına yükler; böylece başka bir program açmadan bir ligandtan hedefine geçebilirsiniz.

Farklı görünümler farklı soruları yanıtlar. **Şerit** görünümü omurgayı izler ve ikincil yapıyı gösterir: sarmallar spiral, β-zincirleri ok olarak. **Çubuklar** tek tek atomları gösterir; yan zincirler ve bağlanma temasları için buna ihtiyacınız vardır. **Yüzey**, molekülün dış şeklini gösterir ve cepleri ve olukları kolayca görünür kılar.

## Görüntüleyici neler sunar?

![Yeşil ve mavi şerit zincirler olarak hemoglobin PDB 1HHO'yu, Open, ID, Go, Display, Surface ve Export kontrollerini ve altta amino asit dizisi şeridini gösteren MolDraw Protein görüntüleyicisi](https://www.moldraw.com/docs/img/plugin-proteins-annotated-screenshot.webp)

Her zinciri kendi renginde olan şerit görünümünde hemoglobin (PDB 1HHO). Dizi şeridi görüntüleyicinin altında yer alır.

| Yükleme | RCSB'den getirmek için bir PDB kimliği yazıp **Go** düğmesine basın, yerel bir PDB dosyası için **Open** düğmesine basın veya bir dosyayı görüntüleyiciye bırakın. |
| --- | --- |
| Görünüm | Cartoon, Ribbon, Stick, Ball & stick, Sphere, Line veya Cross. Chain, Amino acid, Shapely, Secondary structure, Hydrophobicity, B-factor veya Spectrum'a göre renklendirin ya da kendi renginizi seçin. Opaklığı ayarlayın. |
| Yüzey | Bir yüzeyi gösterin veya gizleyin, SAS, SES, VDW veya MS seçin ve opaklığını ayarlayın. |
| Dizi şeridi | Her zincir için tek harfli dizi. Kalıntılara kendi stillerini vermek için onları seçin. |
| Dışa aktarma | Hi-res seçeneğiyle GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D ve OBJ. |

## Protein görüntüleyiciye nasıl erişilir?

Editörü açmadan hızlı bir bakış mı istiyorsunuz? [Bağımsız protein yapısı görüntüleyicisi her zinciri ayrı ayrı biçimlendirir, renklendirir ve gizler](https://www.moldraw.com/tr/blog/protein-structure-viewer-guide.html).

Hiçbir şey yüklemeniz gerekmez. Protein görüntüleyici varsayılan olarak açıktır ve hesap olmadan çalışır. Daha önce kapattıysanız:

1. [MolDraw editörünü](https://www.moldraw.com/tr/) açın.
2. **Settings** (dişli simgesi), ardından **Plugins**'e tıklayın.
3. Proteins'in yanındaki **Install** düğmesine tıklayın. **Protein** sekmesi Structure'ın yanında belirir.

## Bir protein nasıl yüklenir ve biçimlendirilir?

1. **Protein** sekmesine tıklayın. Önce küçük bir örnek yapı olan krambin (1CRN) yüklenir.
2. **ID** kutusuna bir PDB kimliği yazın, örneğin `1HHO`, ve **Go** düğmesine veya Enter'a basın.
3. **Display** menüsünü açın. Cartoon'u koruyun ve sarmalları ve zincirleri farklı renklendirmek için **Secondary structure** seçeneğini ya da alt birimleri ayırt etmek için **Chain** seçeneğini seçin.
4. **Surface** menüsünü açın, **Show** düğmesine basın ve şerit altında görünür kalsın diye opaklığı düşürün.
5. Dizi şeridinde bir kalıntıya tıklayın, bir aralık boyunca sürükleyin veya bir kalıntı eklemek ya da çıkarmak için Ctrl/Cmd+tıklama yapın. Açılan stil panelinde **Style** ayarını Stick yapın ve bir renk seçin.
6. **Export** menüsünü açın, büyük bir görüntüye ihtiyacınız varsa **Hi-res** seçeneğini işaretleyin ve PNG'yi seçin.

## Derste ve araştırmada kullanım yolları

- **Protein yapısını öğretmek:** 1HHO'yu yükleyin, ikincil yapıya göre renklendirin ve sarmalları gösterin. Ardından hemoglobinin dört alt birimi olduğunu göstermek için zincire göre renklendirin.
- **Hidrofobik çekirdek:** apolar kalıntıların katlanmanın içinde yer alma eğilimini göstermek için Hydrophobicity'ye göre renklendirin.
- **İlaç hedefleri:** SARS-CoV-2 ana proteazı 6LU7'yi yükleyin, bir yüzey ekleyin ve bir inhibitörün nereye bağlanabileceğini tartışın.
- **Şekiller:** şerit arka planı üzerinde birkaç önemli kalıntıyı çubuk olarak biçimlendirin ve bir slayt veya rapor için yüksek çözünürlüklü bir görüntü dışa aktarın.
- **Sonraki adımlar:** bir zincirin kütlesini [protein molekül ağırlığı hesaplayıcı](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/protein-molecular-weight-calculator.html) ile hesaplayın veya [PDB'den PDBQT'ye](https://www.moldraw.com/tr/tools/free-chem-tools/pdb-to-pdbqt-converter.html) ile kenetleme için bir reseptör hazırlayın.

## İpuçları ve sınırlar

- İyi başlangıç kimlikleri: 1HHO (hemoglobin), 1BNA (B-DNA), 6LU7 (SARS-CoV-2 ana proteazı) ve 1GFL (yeşil floresan protein).
- Biçimlendirdiğiniz her seçim kendi bölgesi olur; böylece birkaç bölgeyi farklı renklendirebilirsiniz. Geri almak için stil panelindeki **Remove style** veya **Clear selection** seçeneğini kullanın.
- B-faktörü renklendirmesi, atom konumlarının modelde ne kadar değiştiğini gösterir. Yüksek değerler çoğu zaman esnek ilmekleri işaret eder.
- Daha önce kaydettiğiniz bir yapıyı açmak için .pdb dosyasını bilgisayarınızdan görüntüleyiciye sürükleyin.

Kimlikle getirme internet bağlantısı gerektirir; çünkü dosya RCSB'den gelir. Görüntüleyici WebGL gerektirir; tarayıcınız bunu sağlayamıyorsa bir mesaj gösterir. Dizi şeridi yalnızca amino asit kalıntılarını listeler; bu yüzden ligandlar, su ve nükleik asitler orada görünmez. Bir PDB girdisi deneysel bir modeldir ve kalitesi yönteme ve çözünürlüğe bağlıdır; bunu girdinin RCSB sayfasından kontrol edebilirsiniz.

Bunun yerine küçük bir molekülü 3B olarak mı görüntülemek istiyorsunuz? [Molekülleri 3B olarak görüntüleme](https://www.moldraw.com/docs/analyze/how-to-view-molecules-in-3d/) sayfasına bakın.

## Sorular ve yanıtlar

### Proteinleri görüntülemek için hesap gerekir mi?

Hayır. Protein görüntüleyici varsayılan olarak yüklüdür ve oturum açmadan çalışır.

### Yapılar nereden geliyor?

Bir PDB kimliği yazıp Go düğmesine bastığınızda eklenti girdiyi RCSB Protein Veri Bankası'ndan indirir. Bilgisayarınızdaki bir PDB dosyasını da açabilirsiniz.

### Bir aktif bölgeyi veya birkaç kalıntıyı nasıl vurgularım?

Görüntüleyicinin altındaki dizi şeridinde kalıntıları seçin. Onları çubuğa çevirebileceğiniz, renklerini değiştirebileceğiniz veya yüzey ekleyebileceğiniz küçük bir stil paneli açılır.

### Hangi dışa aktarma biçimleri mevcut?

Export menüsü GLB, PNG, JPG, PDB, SDF, XYZ, X3D ve OBJ sunar. Daha büyük bir görüntü için Hi-res seçeneğini işaretleyin.

## Diğer MolDraw eklentileri

[Protein görüntüleyici belgeleri](https://www.moldraw.com/docs/plugins/protein-viewer-plugin-view-pdb-structures-in-3d/) [ChEMBL biyoaktivite araması](https://www.moldraw.com/tr/blog/chembl-plugin-bioactivity-lookup.html) [pKa ve mikrotürler](https://www.moldraw.com/tr/blog/pka-plugin-protonation-states-microspecies.html) [Simetri ve nokta grupları](https://www.moldraw.com/tr/blog/symmetry-plugin-point-groups-3d.html) [Tüm eklentiler](https://www.moldraw.com/docs/plugins/moldraw-plugins-overview-and-how-to-install/)

Son güncelleme: 15 Ekim 2026